战争刚一开始，罗卜藏丹津便犯了一个致命的错误。
虽然在他的麾下有青海几乎所有的僧俗人众，但大多数都是百姓和僧侣，并非作战部队。他所能掌握的野战军实力并不雄厚。而在攻下西宁周边的各个要塞、堡垒后，他分兵据守，使得手中的兵力更为分散，给了清军各个击破的机会。
1723年10月，年羹尧的大军攻入青海。12日向正在攻打镇海堡的和硕特军发起攻击。
攻打镇海堡的和硕特军统帅是阿旺丹津，遭到清军攻击后死战不退，并向罗卜藏丹津请援。20日，罗卜藏丹津派派3000人增援。双方反复争夺，死伤枕籍，激战5日，清军援军陆续开到，和硕特军死伤惨重，被迫撤退。
与此同时，罗卜藏丹津正亲自率领5000人据守申中堡，与清军进行轮番争夺。镇海堡的失败，使得那里的满洲兵、绿营兵几千人前来支援，罗卜藏丹津洪独力难支，遂率众撤出了申中堡。
两处失利，引起连锁反应。西宁北面的新城堡、上北塔和下北塔的众喇嘛组成僧军死守堡垒，清军屡攻不下。罗卜藏丹津撤出申中堡后，堡外清军绿营兵参将宋可进率领3000人立即转向攻打，众喇嘛腹背受敌，全部战死。
初一交战，和硕特一方先机尽失，从主动迅速陷入被动。
1724年正月，奋威将军岳钟琪率领的中路主力军前锋，抵达西宁东北的郭隆寺一带。这里没有罗卜藏丹津的军队，但寺中喇嘛与百姓自发起来对抗清军。
12日，双方交战于郭隆寺东北的哈喇直沟。清军“直前奋战，斩贼数千，据其三岭，毁其十寨”，喇嘛僧众战死无数。13日，清军进至郭隆寺附近的山谷，千余名喇嘛前来伏击，被清军打退，只得逃入山洞。清军聚薪放火，众喇嘛不愿逃出，被活活熏死于洞内。
扫清外围后，清军攻入郭隆寺，达克玛活佛以下6000名喇嘛全部战死，郭隆寺被烧成白地。
这一战，是清军入青海最激烈一战，仅川陕官兵腰刀砍缺者就有三四百口，年羹尧也说：“自三藩平定以来未有如此大战者。”。
人言佛教摧毁斗志，郭隆寺喇嘛们的壮举，足以提出强有力反证。
由于大批清军的推进，罗卜藏丹津及诸台吉的队伍，被迫陆续西撤。而清军则乘胜追击。
1724年2月，岳钟琪分兵三路，开往青海湖北岸的伊克哈尔济。
在伊克哈尔济地方，阿喇布坦鄂木布、巴勒珠尔阿喇布坦两台吉及其属下被清军俘虏。
2月14日，一路清军开赴青海湖西北的希尔哈地方。台吉吹拉克诺木齐率所部抵抗，旋被击败，吹拉克诺木齐及属下300余人逃至乌兰白克地方，但还是被清军抓获。
同时，清军副将军阿喇纳自天青察罕哈达西趋哈喇淖尔，台吉阿喇布坦苏巴泰率部拒清军不敌，尽弃牛羊逃走。
其余两路均取得胜利，岳钟琪自率精兵5000人，自布尔哈达、察罕哈达经哈喇淖尔，2月20日进抵柴达木。
2月22日，岳钟琪大军进至柴达木以东的乌兰穆和尔，对罗卜藏丹津的营地发起突然袭击。
其时，罗卜藏丹津部属尚未起床，人不及衣，马未衔勒。在突袭之下仓皇逃散，溃不成军。罗卜藏丹津的母亲阿尔泰夫人、妹夫克勒克济农藏巴吉查及其属下人口均被清军俘获。罗卜藏察罕台吉等率领属下被迫归降清军。罗卜藏丹津仅率200余人出逃。
清军以每天数百里的行进速度追赶数日，罗卜藏丹津身边人马日益减少，眼看难以幸免。所幸，山穷水尽之时，逃至青海和西藏交界处桑骆海，这里红柳蔽天，目望不及，清军迷失方向。罗卜藏丹津骑白驼，穿越红柳，投奔了准噶尔汗国的策妄阿拉布坦。
至此，罗卜藏丹津的反清起义完全归于失败。