坐在帖必利斯城的宝座上，合赞汗的心境与他的前任大不相同。
从阿八哈汗开始，历任伊儿汗与其说是一个国家的首脑，不如说更像军事统帅。他们并不关心国计民生，而只关心战争，进攻的或防御的战争。只有在国库空虚的时候，他们才会考虑如何更多地榨取民脂民膏。
再这样统治下去，旭烈兀家族还能走多远？
合赞汗知道，自己必须要改变这一切，他注定要成为一个前所未有的伊儿汗。
成为这片土地真正的统治者和管理者。
这需要一场彻底的改革，而在向拜都汗发起挑战之前，他就已经考虑到这一点了。
他做了一个重大的决定。
以合赞的军事和政治实力来看，能在几个月时间便打败叔叔夺取汗位原本是不可能的。
政治上，拜都汗是被众将拥戴而成为可汗的，在法统上毫无问题；军事上，合赞远不能控制绝大多数军队，更多的将军并不倾向于他。
可他偏偏成功了，而且相当迅速。
奥妙，就在于1295年6月19日，在剌尔谷地进行的一次受洗仪式。
在这个仪式上，合赞，这个地道的蒙古人，原本的佛教徒，宣布信仰伊斯兰教，成为穆斯林。
这一举措，使得合赞改变了伊朗人心中“我们被异教徒统治”的观念。外来政权的统治者，从他开始，接受本土的意识形态。
对于人口百分之九十以上都是穆斯林的伊儿汗国来说，臣民们早就希望有一个穆斯林君主来统治他们。合赞汗正是看中了这一点，他“从来都不是一个认真的虔诚的穆斯林，但他的确从这个皈依中看到了实质性的政治利益。”。
而拜都汗在这个问题上棋差一着，他是个基督教徒，并且一继位便委派了很多基督徒官吏。
可想而知，当合赞向着帖必利斯城进军的时候，会是何等的众望所归，而拜都汗又会是何等的众叛亲离。
进入帖必利斯之后，合赞汗第一件事，便是宣布以伊斯兰教为国教，不再奉行历任伊儿汗所推行的宗教宽容政策，排斥基督教、佛教、犹太教大臣。拆毁帖必利斯、巴格达和汗国其他各地所有的基督教堂、犹太教堂和佛教寺庙。甚至毅然拒绝哈敦和异密们的劝告，毫不留情地毁掉其父阿鲁浑汗修建的供有阿鲁浑画像的佛教殿宇。
一时间，汗国各地，伊斯兰教徒们欢欣鼓舞，而其他宗教的教徒则备遭迫害。尤其是基督徒，伊儿汗国大主教麻古思年事已高，在阿鲁浑汗时代很受尊重，出使过欧洲。现在也被逮捕遭到毒打，幸亏亚美尼亚国王海屯二世求情才留下一命。主教尚且如此，至于普通的基督徒更是惨不堪言。
称汗不到一年，合赞汗便获得了以往历任可汗所不能获得民心，统治根基空前稳固。这使得任何反对者都毫无可能获得成功。
合赞汗即位不久，旭烈兀第三子玉疏木忒之子速该和万夫长巴鲁来因不满他信仰伊斯兰教，起兵反叛。合赞汗委派捏兀鲁思率军平息，处死巴鲁来、速该，并清除与此相关连的蒙古将军秃列克、鲁迷失、扯里克以及宗王也先·帖木儿。
次年2月，成吉思汗兄弟哈撒儿的后代阿儿思兰举叛，叛军规模庞大、实力雄厚。合赞汗以行猎为名，引军征讨，阿儿思兰败死。
不久另一宗王亦里答儿也因谋叛被处死。合赞汗“一月间凡杀宗王五人，叛将三十八人。”。
蒙古贵族中反对伊斯兰化的势力被彻底清除。
反伊斯兰化的势力没有了，但身边的伊斯兰大臣们却还希望合赞汗保持从旭烈兀开始的分权制度，并不希望有一个集权于一身的可汗。这对打算进行大改革的合赞汗来说，也是不能容忍的。
一起接一起的大狱在合赞汗的汗廷中上演了。
拜都党附案：合赞汗以曾经依附拜都汗为名，处死大将坤竹克巴勒、扯扯克，并消灭最忠心于拜都的斡亦剌惕部，使斡亦剌惕部万户长塔儿海率领一万八千户游牧民叛走叙利亚。
脱合察儿案：脱合察儿是杀死乞合都汗的凶手，合赞汗即位后，他虽然宣誓效忠，但其“性多疑而好乱”，势力还很庞大。这么一个杀死先可汗的人，合赞汗自然一百个不放心。于是以此为罪名处死脱合察儿，并剪除其党羽。
捏兀鲁思案：捏兀鲁思是河中地区的行政官，其家族树大根深，曾经多次挑起叛乱。但在合赞汗争位的时候，捏兀鲁思居功至伟，立下汗马功劳。合赞汗即位后，其自恃功高，专横跋扈，为所欲为。合赞汗不露声色，在一次朝会上，突然发难，逮捕处死捏兀鲁思的所有党羽。并立即发兵攻打正在呼罗珊统兵的捏兀鲁思。捏兀鲁思走投无路，被抓获后处死，他的整个家族被斩尽杀绝。
巴勒图案：巴勒图是鲁木地区的统兵官，与其副手速剌迷失为汗国防御南部边陲。但二人统兵多年，军队几乎成为私兵，鲁木也几乎成为独立王国。合赞汗以雷霆手段将二人处死，并挫骨扬灰。
一连串的杀戮，汗国大小贵族毛骨悚然，再也不敢对合赞汗有任何不臣之心。在众多老面孔变成死尸的同时，一个又一个合赞汗的心腹占据了汗国的重要位置。
他的贴身将军木来被任命掌管迪牙别克儿和迪牙剌必阿两州，纳邻负责管理呼罗珊和祃桚答而的财政，他的胞弟合儿班答统管呼罗珊，妹夫忽都鲁沙掌管鲁木和阿儿兰等地。
1297年底，大换血基本完成。
1298年，大学者拉施特被合赞汗任命为宰相，这个日后史学名著《史集》的作者，将成为历经三朝的名相。
他将辅佐合赞汗进行伊儿汗国全面的改革。君臣合作之下，一场大变革的风潮，将要席卷这个被内忧外患所笼罩的国家。
以现代的观点来看，合赞汗的作为是缺乏宽容精神的，是残暴不仁的，但是为了让国家繁荣昌盛，合赞汗是别无选择的。在那个时代，无论皇帝、国王、苏丹还是可汗，要做出一番事业，都要用血腥的手段。
人类需要成长，我们不能苛责古人，就如未来的人不该苛责我们现在一样。
历史的车轮总是要用鲜血来做润滑剂才能滚动，只不过，有时向前有时向后。
当车轮是前进的时候，那些被迫害的“异教徒”，被处死的政敌，只能算是必要的代价了。