独立门户的策妄阿拉布坦虽然从1689年起便与噶尔丹完全对立，逐渐控制了准噶尔汗国大部分领土和属国，但始终不是被承认的正统统治者。直到噶尔丹在昭默多彻底战败，西藏教廷的实际控制者桑结嘉措才不得不派人到准噶尔，册封他为“珲台吉”。
1697年，策妄阿拉布坦成为准噶尔汗国第四任汗王，他最终从叔叔的阴影中走了出来。
可噶尔丹时代的大好局面已经不复存在，出现的是丧城失地，内忧外患。东面，由于对清战争的失败，汗国不但没能占领喀尔喀，而且连阿尔泰山东坡、科布多河谷、乌梁海的广大牧场以及重要城市哈密全部丢失。西面，原本臣服的哈萨克汗国重新宣布不再缴纳贡赋，并开始收复被准噶尔人占据的牧场。北面，俄罗斯帝国又开始南下，甚至决定派军队进驻原叶尔羌汗国地区建立要塞，开掘金矿。
至于由于战争损失的人口、牲畜、财物对于脆弱游牧经济来说，更是不能承受之重。
策妄阿拉布坦必须隐忍之后，才能再现辉煌。
他将噶尔丹的骨灰送往清朝，并派出贡使，表示恭顺，避免清军趁得胜之势向本土进军。对于俄罗斯，他也派出使者，表示友好，只求各守边界，不发生争端。他先后迎娶和硕特汗国达赖汗、土尔扈特汗国阿玉奇汗之女为妻，增强卫拉特各国之间的联系。甚至对一向处于弱势的哈萨克汗国，他都将噶尔丹曾经俘虏的头克汗之子送回，以示和好诚意。
各国在策妄阿拉布坦的外交之下，都作了相当的回应，各方的压力暂时缓解。而哈萨克汗国可能是因为被准噶尔人欺压得太久，现在见其衰弱，根本不愿讲和。头克汗将策妄阿拉布坦派去护送其子回国的500人全部杀死，并派兵袭击阿玉奇汗送女儿到准噶尔完婚的队伍，险些将新娘抢走。
老虎再衰弱，也不是病猫。对于清、俄两个大帝国暂时不能亮剑的策妄阿拉布坦对于哈萨克还没有放在眼里。何况，失去的土地、属民和财物正发愁没有地方弥补。
于是，从登上“珲台吉”之位的后一年，也就是1698年开始，策妄阿拉布坦便出兵连年进攻哈萨克，1698至1699年将额尔齐斯河西岸、哈萨克草原全部收归囊中；1710至1711屡败头克汗，缴获大量人畜；1716年，更是联合土尔扈特汗国东西呼应，经过两年战争，将哈萨克人全部赶出阿亚古斯河以西。
头克汗当初的傲慢，给自己和所有的属民带来深重灾难，1718年，头克汗病死，完整的哈萨克汗国不复存在，出现了大、中、小三个玉兹分裂割据的局面。
而准噶尔通过这这一系列的战争，牧场扩大，缴获丰富，尤其是锻炼了军队，国势日益增强。
既然有了实力，对于一些原本不得不忍的事，便会改变态度了。
首先是对俄国。1716年，策妄阿拉布坦派自己的堂弟大策零顿多布率军一万包围了俄国亚梅什湖地区的亚梅舍渥要塞，并将俄国所派的援军全歼。强令俄国拆除要塞，撤出自己的领土。俄军3000余人被围困，苦苦支撑，最后撤走时，仅剩700余人。
大策零顿多布是准噶尔的一代名将，策妄阿拉布坦和噶尔丹策零父子两代对外战争的辉煌，都有他参与其中。
亚梅什湖之战，是他第一次崭露头角。
俄国见状连忙派使者切列多夫到准噶尔谈判，可策妄阿拉布坦“对俄国使者的事连听都不想听，而把这位使者扣押了整整五年”。
俄国惊讶于这位珲台吉突然的强硬，向叶尔羌地区渗透的步伐只好先慢了下来。
其次便是对清帝国。
策妄阿拉布坦与噶尔丹不同，他没有从小受到浓厚的宗教熏染，对他来说，利用宗教成就霸业，比因为宗教的虔诚而发动圣战重要的多。如果说噶尔丹是为了建立一个以黄教为国教的大帝国而奋斗终身的话，策妄阿拉布坦便是希望让黄教帮助自己成为强大帝国的统治者。
可他没有噶尔丹那样在黄教教廷无以伦比的威望和丰富人脉，噶尔丹那种与教廷鱼水交融，共同进退的关系对策妄阿拉布坦来说完全不可想象。何况，几乎在噶尔丹走向败亡的同时，他的同窗好友，和硕特汗国第巴桑杰嘉措隐匿五世达赖圆寂的秘密被戳穿，引起教廷动荡。到和硕特汗国第四任汗王拉藏汗继位后，对于教廷的控制逐渐加强。1705年，更是杀死桑杰嘉措，废黜其拥立的六世达赖仓央嘉措，从新选定阿旺伊西嘉措为六世达赖。原本独立的教权如今已经完全掌握在和硕特汗廷手中。
当务之急，控制教廷，号令蒙古各部，是针对清朝最好的策略。这要比直接与清朝进行单挑有利得多。而局势也有可利用的变化：青海诸和硕特台吉不满拉藏汗擅自废黜达赖喇嘛，把在青海找到的格桑嘉措宣布为六世达赖喇嘛，与拉藏汗对立。
策略应当如此，时局可以如此，虽然自己的妻子之一是拉藏汗的妹妹，自己的女儿又嫁给拉藏汗长子，策妄阿拉布坦也只能拿自己的大舅哥兼亲家公开刀了。
1716年底，经过缜密策划，策妄阿拉布坦命大策零顿多布率军6000以护送拉藏汗长子噶登丹衷及其妻子回藏的名义向西藏进军，同时另派300人的队伍前往青海塔尔寺，准备劫持被青海诸台吉拥立的格桑嘉措一起前往西藏。
这本是大有可为的计划，但策妄阿拉布坦却太过忽略了清军的警惕性，格桑嘉措在清军的监护下哪里是300人便可以劫持得了？结果，当大策零顿多布率领铁骑飞渡万里关山，到达西藏那木错湖的时候，与他同时出发的小分队却被清军击溃。
准噶尔最后未能控制西藏，这是至关重要的一步。
拉藏汗虽然接到麾下将领的警报，但对于准噶尔军会袭击自己根本未做准备，结果，大策零顿多布一路上宣传自己是拥立格桑嘉措回藏，获取了西藏人心，沿途关隘无不望风而降。
已失先机的拉藏汗想在当雄草原迎战准噶尔军，但又接受了属下错误的建议，全军回师拉萨固守待援，完全放弃了战略主动。
1717年11月，准噶尔军兵临城下，将拉萨城围得水泄不通。拉藏汗众叛亲离，各大寺的喇嘛以及下属官员纷纷投降准噶尔军。月底，大策零顿多布指挥全军攻城，不费吹灰之力便攻陷拉萨。拉藏汗战死，长子被杀，次子被俘，和硕特汗国覆亡。
可在战场上指挥若定的大策零顿多布却是个政治上低能儿，进入拉萨后，纵兵抢掠，甚至连布达拉宫都进行洗劫。原本人心所向的局面，顿时成为人心离散。
再加上劫持格桑嘉措的计划失败，“护送格桑嘉措回藏”也成了谎言，藏人对于准噶尔更是深恶痛绝。
黄教是清廷赖以安定众蒙古的重要保障，黄教圣地被准噶尔控制无论如何是不能容忍的，康熙皇帝迅速做出了反应。
1718年3月，西安将军额伦特率军7000与四川提督康泰所率1000偏师分别从青海的库库赛、拜图和四川打箭炉进入西藏，欲图驱逐准噶尔军。
大策零顿多布再次发挥了他的军事天才，先派轻骑引诱青海一路清军主力，后又派人诈降，带着清军一步步进入自己精心布置的包围圈。额伦特为了速战速决，沿途之上不设兵站，一路急行军，使得人困马乏，后援也完全无法保障。
7月17日，额伦特所部6000余人到达那曲，才发现上当，但大策零顿多布已派部队切断清军归路，将其包围。额伦特无奈，只得命军士用大石砌成临时工事，坚守待援。可由内大臣策旺诺尔布率领的1000后续部队被准噶尔军挡住，跟本无法前进。四川方面的清军则更是窝囊，提督康泰入藏不久便被当地黑帽喇嘛诱杀，所率清军除500人被俘外，早已全军覆没。
额伦特彻底陷入绝境，大策零顿多布不着急进攻，只是一味包围。一月过后，清军粮尽，所有的马匹都被宰杀，士兵饿的连刀枪拿不动。大策零顿多布这才发起总攻，轻而易举地将所有清军斩杀殆尽。
两路人马几乎无人生还，清廷大为震惊。多数大臣都认为“藏地远且险”，不宜动兵，打算就此作罢。而康熙皇帝虽然已进入暮年，但壮心不已。认为若西藏控制在准噶尔汗国之手，不但青海、云南边境不宁，蒙古诸部也难以相安，于是力排众议，决定第二次对藏用兵。
是年10月，康熙皇帝命自己十四子固山贝子胤禵为“抚远大将军”坐镇西宁，调集兵马20000余人护送格桑嘉措入藏。同时，命四川护军统领噶尔弼为定西将军，岳钟琪为副将军，率军7000由四川入藏以为策应。
为了配合这次进军，康熙皇帝还充实了驻扎在清准边境的傅尔丹驻军，并命富宁安率军袭击吐鲁番。
与康熙相比，策妄阿拉布坦棋输一招，也许是看到堂弟在西藏全歼清军感到欣慰，竟一直没有再派援军。当得知清军很快便又组织新的攻势，准备派援军时，又面对着清军在边境增兵，为了确保本土，只得按兵不动。
而西藏本地藏人为了反抗准噶尔军，也先后有拉藏汗部将康济鼐、颇罗鼐分别在阿里和日喀则起兵，进军拉萨，阿里布巴在工布地区起兵袭扰。大策零顿多布除了本部6000准噶尔军外，再无法调动其它军事力量。
1720年，清军兵分三路进入西藏。
孤立无援的大策零顿多布只能尽力而为，派小股部队沿途骚扰清军，并频频发动偷袭，给予清军重大杀伤，仅在卜克河畔偷袭清军大营，便斩杀千余人。
但清军人数众多，齐头并进，并先期占领拉萨，对准噶尔军形成前后夹击之势。寡不敌众的大策零顿多布只得放弃与清军决战的计划，率军撤回准噶尔。
策妄阿拉布坦经营三年的西藏被清军夺得，控制教廷计划最终成为泡影。非但如此，清军挟战胜之威屡屡骚扰准噶尔边境，一度占领吐鲁番，俘虏驻守在边境的杜尔伯特台吉垂木伯尔以下2000余人，掳掠大量牲畜、物资，甚至践踏了乌兰呼济尔的军屯区，践踏毁坏大量庄稼。准噶尔军前去迎击，清军却又迅速撤走远遁，并不接战。
更让策妄阿拉布坦恼火的是，得知自己在西藏失败消息的俄罗斯，竟然又开始蠢蠢欲动，派利哈列夫率领450名装备有新式枪支和火炮的“考察队”进入斋桑湖准备建立要塞。策妄阿拉布坦把在西藏失败的怨气全部撒在俄国人头上，命长子噶尔丹策零率军与俄军激战三天，最终将其击退。
1722年12月20日，清帝国“圣祖”康熙皇帝病逝于北京，健康状况业已不佳的策妄阿拉布坦也没有过多的精力与清军纠缠，双方边境一直持续不断的摩擦终于停止下来。为了缓和关系，策妄阿拉布坦派垂纳木喀为使臣前往北京。
继承康熙皇位的雍正皇帝仍然坚持康熙的强硬政策，并没有召见垂纳木喀，只是派理藩院尚书特古忒传谕道：“若尔台吉即遣亲信之人，诚恳陈词，朕即宽宥，以宁尔土宇。若冥顽不灵，仍构兵端，亦可名言其意”，虽然傲慢，但却表示只要准噶尔方面不主动挑衅，自己也不会再兴兵端。
东线已经无事，策妄阿拉布坦本想休整兵马，治愈战争创伤。岂料，1723年，他得到消息，哈萨克大玉兹和中玉兹的统治者准备联合俄国进攻准噶尔。
每次汗国遇到危机，哈萨克便会趁火打劫，屡屡被教训而屡屡不吸取教训。策妄阿拉布坦“无奈”，派自己的次子罗卜藏索诺率军进攻哈萨克。
分裂的哈萨克果然极为窝囊，罗卜藏索诺轻而易举的占领了土尔克斯坦和塔什干，并缴获大量人口和财物。
这次战争收获颇丰，多少弥补了争夺西藏失败的损失，但从政治角度来看，却是得不偿失。
原来，在在清军进兵西藏过程中，康熙皇帝向青海诸和硕特首领许诺，评定西藏后从他们当中选贤者继承和硕特汗国汗位，诸部首领于是积配合清军攻势。但在大局安定之后，康熙皇帝及其继任者雍正皇帝都没有履行这一诺言。
汗国恢复无望，诸部首领对清廷日益不满，最终酿成了1723年罗卜藏丹津领导的以“恢复先人霸业”为口号的反清大起义。这次起义有各族僧俗20余万人参加，声势浩大，如果准噶尔能够派军予以协助，控制青海并非难事。可就是由于对哈萨克的远征，只能坐视其在清军的镇压下归于失败。青藏都为清军所控制，东线边境的压力更为沉重。
尤其是经过这次远征，原本并不显山露水的次子罗卜藏索诺获得了政治资本，起了觊觎汗位的野心，与长子噶尔丹策零处处相争。汗国宫廷内部又开始了明争暗斗。
儿子争夺储位，是司空见惯的。但策妄阿拉布坦无论如何也不会想到，两个儿子的争斗，竟然会使自己这个父亲身罹惨祸。