1691年，待带着一路的风尘和损失惨重的沮丧回到科布多时，噶尔丹发现自己几乎无家可归。
在他与清军血战的时候，策妄阿拉布坦偷袭了科布多，不但将财物、牛羊抢掠一空，还将他的妻子阿奴、丹津鄂木布等人全部俘虏带走。
双重打击之下，噶尔丹完全陷入困境。
所幸，有一个值得依赖的同窗好友，在他最困难的时候雪中送炭。
西藏的第巴桑杰嘉措在得知噶尔丹的境遇后，立即开始了援助行动。命令青海的和硕特诸台吉对噶尔丹进行援助，青海的博硕克图济农为首的台吉们，通过阿拉善的巴图尔额尔克济农将粮食、牲畜和其他物资源源不断送到科布多。同时，派遣使者为噶尔丹和策妄阿拉布坦调解。
有教廷作为调人，原本可以进一步趁火打劫的策妄阿拉布坦也不得不坐到谈判桌上。叔侄二人约定各守其地，不再起争端，策妄阿拉布坦归还了噶尔丹的妻子阿奴以及部分人畜。
获得了援助的噶尔丹为了重整旗鼓，命令各鄂托克的宰桑率领部分民众，到乌兰固木、空奎、扎布干、察罕色浑、扎布罕哈萨克图等地从事农牧业生产。
他不服输，要继续向清帝国这个庞然大物亮剑。
而康熙皇帝也没有忘记这个曾经震动京师的大敌。于1692年5月在多伦诺尔会盟喀尔喀诸部，正式将喀尔喀蒙古纳入统治范围，设32旗，分左中右三路。成吉思汗的直系子孙，至此全部归顺满清，而清帝国的边界也扩张到与噶尔丹近在咫尺，规模不等的卡伦、哨所开始大规模建设。
心有余力不足的博硕克图汗噶尔丹，对这一切只能冷眼旁观。从1692至1694年，一直在休养生息，积蓄力量。
1695年，恢复了元气的噶尔丹决定再次东进。这一次，他不再寻求和清军的决战，而是积极煽动喀尔喀和漠南蒙古各部反清，并决定发挥游牧骑兵的优势，进行运动战，敌少则歼，敌众则退，以此来疲痹清军，迫使其退出喀尔喀。
是年2月，噶尔丹将所有人马召集在空奎、扎布干一带，计有20000余众。这相对于第二次东征的时候，实力已经大大不如，久经战阵的老战士也已不多。而已进入老年的噶尔丹仍然壮心不已，他也许还会向自己的战士喊出自己刚回到草原平定叛乱时的那句话：“汝等视吾枪所向！”
5月，噶尔丹率军从科布多出发，途经塔密尔，进入喀尔喀。为了争取喀尔喀民心，噶尔丹命令不得抢掠喀尔喀各地台吉，但因为先前的战争，仍造成喀尔喀各地的恐慌。
9月，噶尔丹大军驻扎在克鲁伦河源头的巴彦乌兰。
可这时的清廷也早已做好的迎战的准备，经过侦查，于9月破获了噶尔丹在内蒙古地区的间谍网，伊拉古克三活佛的徒弟卫征喇嘛及罗布藏端罗卜、尼尔巴格隆、尼克塔鄂木布等众多喇嘛被清政府逮捕处决，从此，噶尔丹对于清廷的动作完全失去了掌握。
这是第一回合，噶尔丹失去了先机。
12月，康熙皇帝做出兵分三路突袭至土拉、克鲁伦河歼灭噶尔丹所部的决策，命费扬古为“抚远大将军”，率领50000人为西路军，由宁夏和归化城出发，在翁金河汇合后向土拉河推进；康熙皇帝亲自率中路军30000人从北京出发压向克鲁伦河；东路大军15000人由萨布素率领在克鲁伦河下游阻截噶尔丹。清廷在全国进行了战争动员，征发军用大车5000余辆，牲畜20000余头。
1696年4月1日，康熙皇帝率部从北京出发，噶尔丹料定清军三路前来，主动撤离土拉河，并下令烧毁土拉河的布尔察克10里之内的草原，以阻挡西路军。自己率军驻扎到达尔罕敖拉一带。
4月末，康熙皇帝的中路大军到达离达尔罕敖拉仅五十里之处，为稳住噶尔丹等待西路军汇合，将长史多禅公主及大量礼物送至噶尔丹军营，表明并无剿灭之心。噶尔丹照单全收，但仍在5月7日西走巴彦乌兰，准备迎击西路军。
西路军本是三路清军中实力最为雄厚的，但因为行军路线长，且要穿越沙漠，所以也最为疲痹。5月3日到达土拉河时，仅有先锋部队14000人，正好符合噶尔丹敌少则歼的战略。
5月13日，在肯特山南、土拉河北、汉山之东的昭默多，噶尔丹率军与费扬古决战。
这一回，准噶尔军在噶尔丹指挥下首先发起攻击，主动围攻清军阵地。
而吸收了前两次大战经验的清军此时配备了大量火器，数十门大炮轮番轰击，噶尔丹军尸横遍野，伤亡惨重。
见众军畏缩不前，噶尔丹的大妃阿奴为鼓舞士气，“披铜甲，配弓矢”冲锋在前，被清军火炮击中阵亡。这个女人与噶尔丹相濡以沫20年，无论丈夫是顺境还是逆境都忠实追随，可以想见，她的死对噶尔丹的打击何其巨大，对这场决战的前景也蒙上了不祥的预兆。
大妃战死，准噶尔军更加同仇敌忾，奋勇搏杀，可战争的胜负绝不是勇气所能决定。噶尔丹麾下宿将戴巴图尔宰桑、博罗特和硕等相继战死，两军战至傍晚，仍然未分胜负。
清军统帅费扬古深知，自己的后续部队最早第二天早上才能赶到，在人数上处于劣势的清军如果再这样消耗下去，很难固守阵地。
为了扭转劣势，费扬古趁两军胶着之时，派一支奇兵偷袭了噶尔丹后营。
抄袭后路，攻敌不备，原本是噶尔丹惯用的战术，但也许是因为大妃、爱将相继战死让他一味猛攻而忘记了敌人完全可以以彼之道还施彼身，噶尔丹大意了。
大意的后果是灾难性的，准噶尔军的后营被清军轻易攻破。妇女儿童哭喊之声震天动地，战士无心恋战，全军大乱。清军趁势掩杀，获得完胜，曾经横扫中亚的准噶尔军被彻底击溃，战死2000余人，被俘3000余人，损失牛羊60000余头只。
噶尔丹在50名护卫的保护下突围撤走，后与丹济拉、丹津鄂木布、伊拉古克三呼活佛汇合，收拢5000余人马，到塔密尔一带休整。
这时的博硕克图汗，几乎拼光了全部实力，运动战也无法进行，因而决定在杭爱山一带游击。丹津鄂木布、杜噶尔阿拉布坦等人对前途丧失希望，率部叛走，噶尔丹仅剩不到3000人马。
墙倒众人推，是政治不变的法则。
8月，康熙命清军把守住各处前往青海的必经之路后，派理藩院官员二郎保到青海各部传达“不得对噶尔丹进行援助，否则将视为敌人”的诏书，原本对噶尔丹持同情态度的青海诸部首领们全部奉诏；9月，噶尔丹在南疆最后一块根据地哈密的伯克额贝都拉达尔罕谴使进北京表示归顺，并积极协助清军捉拿噶尔丹；而策妄阿拉布坦也派兵封锁了边境，严防噶尔丹返回准噶尔本土。
在确保了噶尔丹一切外援都已经断绝后，康熙皇帝在10月派卫拉特人曼济、阿旺丹津对其招降，噶尔丹严词拒绝。
劝降遭拒，清军的围剿更为严密，噶尔丹的部众四处转移，不但缺乏粮食、马匹，连火药也将用完，全军靠打猎维持生计，而离开大部队狩猎的人往往成为敌人捕杀的目标。其独子塞卜腾巴珠尔奉父命在巴尔库尔山打猎时被额贝都拉达尔罕的哨探发现行踪，被捕后送往北京。这对于噶尔丹来说，无疑又是沉重的打击。
妻子儿子都已不在身边，四处转移的行军生活又极为艰苦，年老的噶尔丹在内外夹攻下病倒了，人终归是人，无论什么样的强者在命运接二连三的打击下都是无法一直傲然挺立的。
在最后的岁月中，只有女儿钟察海的照料能给这个老人不多的安慰。而疾病和穷困却没有摧毁他的意志。11月，康熙皇帝再派员外郎博什希、笔帖式阊寿劝降，噶尔丹予以接待，但让其远坐，不准靠近。这个细节，可以看出此时的噶尔丹已经重病缠身，形容枯槁，不愿被敌手的使者看到。而对于投降，他的回答仍是拒绝。
1697年2月26日，对劝降丧失希望的康熙皇帝亲自到达宁夏，组织对噶尔丹的合围。
清军不再担心噶尔丹会有什么激烈的反击了，这次调动声势浩大，毫无掩饰。得知消息的噶尔丹离开过冬之地撒克萨图库里克，准备前往额黑阿拉尔。
然而，也许是命运不忍心再捉弄他了。当他率部于4月4日转移到达科布多地区布彦图河畔的阿察阿穆塔台时，一代雄杰在数日“饮食俱废”后，走完了自己的人生，享年53岁。弥留之际，他也许会见到父亲、母亲、老师、兄长和同窗好友，他曾是他们最为热切的希望，但却在如此凄凉的境况下看着一切归于泯灭。
当晚，丹济拉火化了他的遗体，将骨灰交给了策妄阿拉布坦，带着噶尔丹的女儿钟察海以及所剩部众归降清朝。
正史总是说噶尔丹是绝望自杀，以显示天威临头，宵小无所遁形，只能自绝。而以清军的将领来说，围剿多年的大敌竟是自己病死的，实在很没有面子。虽然不能亲自擒获或者杀死，将其逼迫自杀也是个挽回面子的好办法。就如日后太平天国的天京陷落前，天王洪秀全的死也被说成是服毒自杀，隐晦其早已病重，医治无效的实情，原因也大抵如此。
1698年秋，策妄阿拉布坦将噶尔丹遗骨送往清廷，康熙皇帝在城外练兵场上集合军旅，当着诸大臣、将军和兵丁的面，将噶尔丹骨灰迎风扬撒。以此来宣布，这场两个男人之间的战争结束了，自己是最终的胜利者。
可是，准噶尔和清这两个帝国之间的战争，还远远没有结束。
曾在自己叔叔背后捅过一刀的策妄阿拉布坦还将以准噶尔汗国统治者的身份，与清廷继续战斗下去。