一个帝国的开创者，比前人优秀的不仅仅是能力，还有志向和眼光。
与自己的父亲和哥哥以自保为目标不同，噶尔丹始终以统一蒙古，称霸中亚，建立一个与清、俄等量齐观的大帝国为理想。甚至在一些史料中，还看到他有“促夏执金，混为一尊”的雄心。
有这样的目标，他就不得不准备挑战清朝这个庞然大物。
在与清帝国正面对决前的11年间，他按着自己的理想在一步步前进。
1679年，噶尔丹收到了老师五世达赖的亲笔信，而送信者是一个伊斯兰教长，叶尔羌汗国白山派的和卓伊达耶提拉。老师在信中要求噶尔丹帮助这位和卓回国，并确立其在那里的统治。噶尔丹明白，老师决不是要自己助人为乐，而是用这个人来给自己当钥匙，打开一统天山南北的大门。
但叶尔羌汗国毕竟以经立国160余年，能不能一举征服还是未知数。噶尔丹先做了试探，派大将阿拉达尔和硕齐率兵3万攻入叶尔羌汗国东部，连下哈密、吐鲁番、察力失等城，各城总督纷纷投降，叶尔羌一半的领土卷席而定。
看到对方果然是个软柿子，噶尔丹信心大增，1680年，亲率12万大军以伊达耶提拉为前导，兵分三路攻向叶尔羌。由于有白山派教徒的策应，除了在喀什噶尔和首都叶尔羌城受到激烈抵抗外，其余各地均是不战而降，噶尔丹俘虏了叶尔羌汗伊斯玛依勒和所有汗室成员，将他们囚禁在伊犁，立阿卜杜·里什特为傀儡可汗，封伊达耶提拉为“阿巴克”（首领），作为自己在南疆的代理人。
察合台汗国的继承者叶尔羌汗国至此灭亡，成为每年向准噶尔缴纳10万两白银、24万斤麦以及其他贡赋的后勤基地。
也在同一年，噶尔丹向清廷派出使臣，说明自己受达赖喇嘛册封为“汗”，希望得到清廷的承认。康熙皇帝虽然认为“从无以擅称汗号者，准其纳贡之例”，但此时三藩之乱正如火如荼，实在无暇西顾，便以“特遣使入告，应准其献纳”为理由“从之”。这是康熙皇帝和噶尔丹的第一次碰撞，大清帝国的统治者并未对这个日后的大敌过于看重。
而轻易地统一了天山南北，并看到清廷无意西进的噶尔丹，继续对周边地区进行扩张。
为了增强军队战斗力，噶尔丹更新装备和战术。他命工匠打造大量锁子甲，必须要求弓箭无法射穿，如做不到，便要处死工匠，这样的战甲所有战士人手一件。同时，制造和购买大量火枪，每当与敌交战，先用火枪射击，然后弓箭，最后再近身肉搏，同时用骆驼运载大炮，组成随军炮队。为保证军需，更是规定每次出征，富裕家庭准备十匹马，三峰骆驼和十只羊，而贫困家庭则准备五匹马，一峰骆驼和五只羊。
噶尔丹对自己“新军”充满信心，他踌躇满志，兵锋直指在僧格时不再甘为藩属的哈萨克汗国。
1681年，噶尔丹出征哈萨克。此时统治哈萨克的，是杨吉尔汗之子头克汗。他与准噶尔有杀父之仇，自然不能俯首称臣。可见噶尔丹来势汹汹，头克汗采取缓兵之计，亲自带少量随从面见噶尔丹，表示服从，并邀请其进入自己的首都塞里木城宴饮。
噶尔丹原本就没有把哈萨克人放在眼里，见其服软，不疑有它，率军进入塞里木城与头克汗把酒言欢。
岂料，头克汗虚与委蛇，只是为了等待援兵。到了夜间，准噶尔的士兵大部分都喝得的大醉，疏忽防范。从各地赶来的哈萨克骑兵立即将准噶尔军包围，不由分说，四面突击。而头克汗也指挥城中人马内外夹攻。
准噶尔军措不及防，火枪来不及装填，马匹也大多陷入雪坑，只得在被动中进行肉搏。战斗持续到天亮，噶尔丹大败亏输，兵马损失过半，只得率败军撤回本土。
“新军”初露锋芒，却先栽了个跟头，噶尔丹愤恨不已，但他“未尝挫锐气，益征兵训练如初”，继续进行自己的军事改革。
来年，整顿军马的噶尔丹再次进攻哈萨克汗国，大败头克汗，连下塔什干、塞里木等城，并俘虏其子，报了一箭之仇。哈萨克人流离失所，惨不堪言。
为了展现自己的成功，噶尔丹将俘虏送往西藏献给自己的老师五世达赖喇嘛，但他并不知道，此时他的恩师已经圆寂，他的同窗好友桑结杰嘉措密不发丧，暗中执掌着黄教最高教权。桑杰嘉措以达赖喇嘛的名义写信给噶尔丹，大加鼓励。
有了“老师”的赞赏，噶尔丹干劲十足，继续西征，并一路凯歌：
1683年，征服黑海沿岸的诺盖人的“美人国”；同年，进兵费尔干，击败乌兹别克人；1684年，派侄子策妄阿拉布坦第三次征伐哈萨克汗国，迫使其臣服；1685年，完全占领费尔干……
到1686年，噶尔丹统治下的准噶尔汗国，不但包括了今天新疆全境，且占有今天中亚五国的大量土地，边境可达黑海沿岸。中亚重要的贸易城市，如撒马尔罕、布哈拉、乌尔根奇均在其掌控之下。西面的威胁已经完全打碎，噶尔丹开始向汗国的东邻投去了充满欲望的眼光。
那里的喀尔喀蒙古三部，此时仍在内讧不断。在1662至1667年的阿拉坦汗之乱中，原扎萨克图汗的众多部众逃难到土谢图汗处，土谢图汗从此拒不归还，两部由是纷争不断，至今尚未解决。
西藏的教廷和北京的清廷都准备派人进行调解，噶尔丹也准备介入其中。
一件事有三个“和事佬”已经够乱了，而这三个“和事佬”又各怀心腹事；以五世达赖名义执掌教廷的桑结嘉措意图扩大黄教在喀尔喀的影响；康熙皇帝想借机归并喀尔喀；而噶尔丹则更是直截了当的表明了自己的意图：“我们是蒙古人，统一在一个法律之下。让我们联合起来，收复那原来属于我们，是我们祖先遗留下来的帝国吧！”。
他不断地扩张领土，扩充实力，就是要统一蒙古，而他知道要做到这一点，就必须要和已经归并漠南蒙古，并对喀尔喀蒙古也跃跃欲试的清帝国展开全面的决战。
在1686年，身为准噶尔汗国的丹津博硕克图汗，中亚地区无可争议的霸主，噶尔丹认为自己已经有这个实力了。
是年8月16日，喀尔喀所有贵族聚集于库伦伯勒奇尔举行大会，清廷代表，理藩院尚书阿尔尼，西藏教廷的代表噶尔亶席勒图与会。
这原本是一场旨在调解纠纷，恢复和平的大会。但在与会各方的精诚合作下，成为了一场改变中北亚格局大战的导火索。