准噶尔汗国的建立是在什么时候？明清之际的所有蒙古汗国中，它的建立时间恐怕是最有争议的了。
《蒙古民族通史》中，把汗国的建立定在1678年（清康熙十七年），是以噶尔丹打败自己岳祖父鄂齐尔图彻辰汗为标志。
法国蒙古史学家勒内·格鲁塞在《草原帝国》中，把建立时间推前到1634年（明崇祯七年），建立者是噶尔丹的父亲——巴图尔珲台吉。
日本学者若松宽在《清代蒙古的历史与宗教》中，与勒内·格鲁塞说法相同，认为巴图尔珲台吉继承父亲哈拉忽剌的事业，在1634或者1635年建立了准噶尔汗国。
苏联学者伊·亚·兹拉特金在《准噶尔汗国史》中，也将汗国的建立时间定在1635年。
日本学者宫胁淳子虽然在《最后的游牧帝国》中压根就不承认有“准噶尔汗国”的存在，只认为是“部”或者“珲台吉国”，但也认为其崛起应该从巴图尔珲台吉开始。
学术问题是不能民主的，不能哪方人多便听哪方。但大多数专家把时间定在1634～1635年之间，总是有一定道理。
游牧汗国的国名都是后世的学者为了叙述方便而加上去的。例如前文的叶尔羌汗国，其建立者是取名“Mamlakat-Moghuliye”，意即“蒙古国”，而与其差不多同时建立的印度的莫卧儿帝国，其名称是“Moghul”，也是“蒙古国”的意思。为了区分，便前者为叶尔羌汗国，后者为莫卧儿帝国了。
因此来说，“准噶尔汗国”也是后世学者叫出来的，是对统治天山地区的游牧政权的称呼。而其建立者和之后的统治者，都称自己为“准噶尔”的可汗或者珲台吉。那么，汗国的建立，应该从准噶尔开始在天山崛起，成为主宰天山地区以及所有卫拉特部落的时代算起。那，时间必然要定在巴图尔珲台吉身上。
也许这并不科学，但目前也只有这样的算法，看起来比较合理。
现在，我们就以巴图尔珲台吉为分界线，看看准噶尔汗国的建立过程吧。
故事还要从达延汗分封诸子开始讲起。
卫拉特人在北元时代一度成为掌控整个蒙古命运的强大力量，几乎垄断了“太师”这一职位，对可汗都有着生杀予夺的权力。到脱欢、也先父子时代更是登峰造极，也先甚至无视数百年“非黄金家族不得称汗”的传统，自立为汗。但所谓月满则亏，卫拉特人在也先之后，内部的统一不复存在，而蒙古正统派却迎来了自己的巾帼英雄满都鲁皇后以及中兴之主巴图孟克达延汗，对其进行了坚决有效的打击，卫拉特人一蹶不振，向西迁徙，离开了蒙古中心，来到了现在新疆北部和外蒙古西部地区。
但离开中心，也不等于可以独立发展，被卫拉特人欺压了近百年的黄金家族继续向他们挥出复仇之剑。
达延汗分封诸子，幼子格埒森扎的封地是在今天外蒙古一带，因为这里靠近新疆地区，便成为了与卫拉特人作战的前哨。
格埒森扎的七个儿子在他死后继承了他的属民。而其中，第三个儿子诺诺和之子阿巴岱勇武绝伦，从十四岁起便频频率兵攻打卫拉特，到27岁时终于粉碎了卫拉特人的反抗，将他们纳入自己统治之下，派自己的儿子锡部古泰作为卫拉特人的监制官，以“珲台吉”作为称号。这本是“皇太子”的音译，但在此时，便是“副王”的意思了。
阿巴岱征服卫拉特人后，在原蒙古帝国首都和林修建额尔德尼召，并接受前来拜谒的三世达赖喇嘛赐予的封号，开始称汗，他的子孙从此世代便是喀尔喀左翼的土谢图汗。
但卫拉特人也绝非被打败后便认命的羔羊，1588年，阿巴岱汗去世，卫拉特人群起反叛，抓住了统治他们的“珲台吉”锡部古泰，恢复了独立。
左翼土谢图汗部没有强人可以镇压，他们的长兄部落，格埒森扎的长子阿什海之孙赉瑚尔出兵进攻卫拉特，获得胜利后，四部卫拉特于1606年被迫签署和约，承认自己是赉瑚尔的属民。赉瑚尔及其子孙便世代成为喀尔喀右翼的扎萨克图汗，他也学习阿巴岱，派自己的堂兄弟硕垒乌巴什统治卫拉特人，仍是以“珲台吉”为称号。
统治卫拉特人的珲台吉政权一般被称为“托辉特部”。而在与俄国交往时，一向自称“阿拉坦汗”，因此在俄国历史学者的记述中，均把其称为“阿拉坦汗王朝”，硕垒乌巴什便是第一任“阿拉坦汗”。
阿拉坦汗王朝的历史长达61年，强盛时期，不但卫拉特人要受其统治，而且归并了整个南西伯利亚。
而准噶尔汗国便是在反抗阿拉坦汗王朝的过程中逐渐形成的。
1620年，准噶尔部首领哈拉忽剌率先对阿拉坦汗王朝发动了反击，但这次反击因为没有所有卫拉特贵族的参与遭到惨败，哈拉忽剌和他的儿子们仅以身免，损失大量部众，亚梅什盐湖附近的牧地落到了阿拉坦汗手中。
这次反击虽不成功，但却奠定了准噶尔部在四部卫拉特中的崇高的威望，原本是四部卫拉特盟主的和硕特部，反而退居其次了。
1623年，内部纷争不已的四部卫拉特，终于团结在一起向阿拉坦汗王朝发动大会战。双方都投入数万骑兵，打得难解难分。混战中，“阿拉坦汗一世”硕垒乌巴什被冲进自己阵中的卫拉特勇士赛因色尔滕吉撞见，无奈进行单挑。赛因色尔滕吉虽然一口一个“殿下”，叫得恭顺有礼，手下却是毫不容情，最终将硕垒乌巴什一枪刺于马下。
统帅战死，阿拉坦汗军大败，部队主力和大量属民仓皇东撤。卫拉特人从此摆脱了自己头上的宗主。而在这次战役中，哈拉忽剌一直冲在第一线，获得重要战果，将阿巴坎河至叶尼赛河流域的吉尔吉斯人纳入自己统治之下，而这些人原本是向阿拉坦汗王朝缴纳贡税的。
经过此役，因为“始终站在卫拉特诸侯的最前线，是宁愿粉身碎骨的人物，是卫拉特独立的承担者”，哈拉忽剌领导准噶尔部成为卫拉特最强大的势力，这为他的儿子巴图尔珲台吉建立汗国奠定了基础。
会战之后的11年间，哈拉忽剌凭借着自己的威望和扩充的实力，逐步推行统一卫拉特的行动。统一，必然是要依靠暴力，于是便出现了“恃其强，侮诸卫拉特”的情况，1628年，土尔扈特部不堪其扰，举族西迁，来到伏尔加河流域自成一体。
而到了1629年秋末，卫拉特盟主，和硕特首领拜巴噶斯在家人争夺财产的内讧中被杀，其弟图鲁拜琥继承了首领之位，这就是著名的顾实汗，和硕特的实力进一步衰弱。但顾实汗是以“聪慧”著称的首领，从不与哈拉忽剌硬顶，处处退让，并与之配合对外发动战争。刚继位不久，顾实汗便与哈拉忽剌一起组织卫拉特联军第二次发动了对于阿拉坦汗王朝的会战，“阿拉坦汗二世”鄂木布额尔德尼再次战败，天山草原几乎完全成为卫拉特人的牧场。
经过此战，准噶尔气势愈加灼人，和硕特处于下风，卫拉特内部彻底大洗牌的日子已经不远了。
1634年，哈拉忽剌去世，传位于长子巴图尔，达赖喇嘛赐封号为“额尔德尼巴图尔珲台吉”，从此便以巴图尔珲台吉之名出现在中亚历史上。
巴图尔珲台吉继续父亲的统一政策，甚至与顾实汗起了激烈冲突，及至刀兵相见。幸亏顾实汗不带随从前往巴图尔珲台吉的大帐相见，提出和解，双方才偃旗息鼓。但是，一个要建立统一的汗国，一个是联盟的盟主，最后的决战，可说是不可避免的。
而历史终究没有让这两个英雄人物来场对决，他们共同信奉的藏传佛教格鲁派此时遭了大难，统治西藏的噶玛政权对格鲁派步步紧逼，甚至组织了“反黄教联盟”，准备彻底铲除格鲁派。五世达赖和四世班禅派遣使者携密信来到卫拉特，面见顾实汗，希望他能负起“持教法王”的重任，前去援救。
是留下来等待未知胜败的决战，还是去保卫教主并独立发展，两者之间顾实汗做出了明智的选择。
他向巴图尔珲台吉征求意见，巴图尔珲台吉也想尽快摆脱这个绊脚石，便欣然同意，并亲自协助。
于是，1636年，顾实汗和巴图尔珲台吉以及几乎所有的卫拉特贵族率领军队南征青海，击败了“反黄教联盟”的主要成员绰克图台吉。顾实汗率部留在了青海，继续完成护教大业，而巴图尔珲台吉则在得到大量珍贵的礼物并迎娶顾实汗的女儿之后，返回了卫拉特。
卫拉特联盟至此完全瓦解，拥有力量的首领们各自建立了自己的汗国。顾实汗日后在拉萨建立了囊括青、藏、康区的和硕特汗国，土尔扈特首领和鄂尔勒克在伏尔加河建立了土尔扈特汗国，而巴图尔珲台吉虽然还要和顾实汗的侄子鄂齐尔图用“合约尔台吉”的名义管理卫拉特，但实际上已经“成了所有卫拉特领地的专制执政者”。
准噶尔汗国便是在此时，正式诞生，也就是1636至1637之间。