人是合群的动物，脱离了自己的群体便无法生存。但人又是最善于窝里斗的动物，在大群体里，分成各个小群体互相争斗，小群体里分成更小的还是继续争斗。世界是这样，国家是这样，民族是这样，宗教也不能超凡脱俗。
基督教先是分裂成为天主教和东正教，后来又出现了新教，教派之间的战争你死我活。新教所衍生出来的教派更是种类繁多，英国清教、路得宗、长老会等等都在其中。最与世无争的佛教，在佛祖释迦牟尼在世的时候，便出现了提婆达多与佛祖分庭抗礼，创建“头陀行”一派。之后一再结集，一再分裂，未等传出次大陆便已经是宗派林立，传到中国，又有南传、中原、藏传三个分支。中原佛教又出现禅宗、法相宗、净土宗、律宗等，而藏传佛教不但分成格鲁（黄）、萨迦（花）、噶玛（白）、宁玛（红）四大教派，还经常出现“宗教战争”。
基督教和佛教相对而言较为平和，尚不能免除教派之争。战斗性最强的伊斯兰教就更为激烈。先是有什叶、逊尼、哈瓦利吉、穆尔吉埃等派，逊尼派又分出哈乃斐学派、马立克学派、沙斐仪学派、罕百里学派等。随着神秘主义和禁欲主义进入伊斯兰教，又产生了苏菲派，苏菲派又产生出许多小教派，各个教派随着伊斯兰教的传播和阿拉伯帝国的分裂，分布于各个国家。冲突，战争从而此起彼伏。
作为圣战者的国度，叶尔羌汗国也不可避免的陷入其中。
从萨亦德汗时期开始，汗国便信奉苏菲派中的纳克什班底教派，但一直到阿不都·哈林汗时期，宗教总要依附于汗廷，并不能发挥多大作用。纳克什班底教派到第五任教长马哈图木去世后再次出现分裂，长子额敏一派成为白山派，而四子伊斯哈克一派成为黑山派。两派在大本营河中地区争来斗去，都没有什么发展，伊斯哈克另辟蹊径，选择进入叶尔羌。
初来乍到，伊斯哈克便看出未来的马黑麻汗前程远大，便收其为徒，为其出谋划策。待到马黑麻汗正式继位，黑山派在叶尔羌成了最受可汗青睐的教派，受到大力扶持。待到伊斯哈克的儿子沙迪和卓时期，已几乎到了权倾朝野的地步。
马黑麻汗虽然对伊斯哈克自称“最劣等的奴隶”，愿意把“头颅作为贡献礼物献给”他。但在在位的时候，仍能牢牢掌握汗权，宗教只能帮忙，不能添乱。可到他去世后，教权就成了脱缰野马，没人制得住了。
1610年，马黑麻汗去世。按照传统，应该是长者继位，众多贵族中，马黑麻汗的幼弟，吐鲁番总督阿杜剌因王子，以及他的侄子，和田总督沙·海达尔王子年纪最长，是合法的继承人。可黑山派和卓沙迪联络众多朝中重臣，违背传统，拥立喀什噶尔总督，马黑麻汗长子阿黑麻继承汗位。
规矩的好处，就在于都按着规矩来便会平安无事。而一旦有人破坏了规矩，就会人人效仿。你可以破坏规矩，谁不可以？
阿黑麻汗刚刚继位，他的表弟，东部重镇察力失的总督哈斯木王子便起兵反叛，并邀请卫拉特人支援。紧接着，有汗位继承资格的吐鲁番总督阿杜剌因王子也竖起反旗。汗国东部一片混乱。
所幸阿黑麻汗有一个骁勇善战的儿子帖木儿王子，率军东征击败叛军，收复察力失、库城等地。但没能彻底消灭叛军，阿杜剌因王子从此不再受中央控制，自行称汗实行割据。而卫拉特人，这个日后汗国的噩梦，开始频频出现。
帖木儿王子在东征胜利后，自恃有功，荒淫暴虐，1615年因意外而死。长子的死不但是阿黑麻汗失去了继承人和重要战将，更使得喀什噶尔局势动荡，堂弟沙拉夫·丁王子叛乱，阿黑麻汗迅速将其镇压。派自己的少子拉提甫王子为总督，并让所有贵族派自己的儿子前去辅佐，以此来确定自己的继承人避免再起争端。
可事与愿违，他的侄子兼女婿亦斯干答儿又接着反叛，旋即失败。这使得阿黑麻汗再也不信任自己的同宗，不但已经反叛的或杀或流，一些并没有表现反迹的也遭到流放。萨伊德汗的子孙们枝叶凋零，汗廷宗族势力大衰，而重臣沙家族乘势占据了权力真空，得以指掌大权。
补了东墙西墙漏，阿黑麻汗又不得不提拔一些身份较低的人担任重要官职对沙家族加以遏制，结果却引来杀身大祸。
1619年，不甘心大权旁落的沙家族开始暗中组织刺杀可汗的队伍。但出于对可汗的忠诚，沙家族的一个成员法尔比赫将这一阴谋告知了阿黑麻汗，但可汗认为自己有大恩惠于沙家族，如果他们要反叛，“至高的真主就是目睹者和见证人”，所以没有丝毫的防范。
麻痹大意终于酿成恶果。
在一次在游猎时，阿黑麻汗的驻地被沙家族派兵偷袭包围，可汗身边只有少量护卫，无法抵抗，只能保护着可汗退到冰窖里。沙家族的人四处搜索，叫嚷着要杀死所有被他们发现的人。
为了不牵连随行人员，阿黑麻汗高喊：“你们要找汗，汗就在这里！”主动将自己暴露。行刺者们闻声而来，刀剑齐下，将他当场杀害。
这位可汗虽然死得很有骑士风范，却留下了烂摊子：沙家族拥立其堂弟忽失歹为汗，可仅九天后，其少子拉提甫王子率兵攻陷叶尔羌，杀忽失歹汗，并彻底铲除沙家族。自立为汗后，又将阿黑麻汗的“纳吉卜”，也就是监军，与黑山派和卓沙迪同属“圣裔”的拉扎克驱逐出境。这样一来，可以制约沙迪和卓的权臣和宗教人士全部清除，黑山派的地位已经无人可以撼动了。
拉提甫汗在位的12年中，汗国的内忧外患更加严重，割据东部的阿杜剌因屡屡联合哈萨克汗国和卫拉特人入侵中西部地区，使得生灵涂炭，最后拜城丢失，库车也成了实际上的独立地区。朝廷内部，各大臣党争频繁，流血事件此起彼伏。面对如此局面，年轻的可汗忧愤成疾，年仅26岁便病逝了。
继位的是拉提甫汗大哥帖木儿王子的次子速檀马黑麻，这又不是“长者继位”，战端再起。他的哥哥，帖木儿的长子速檀马合木起兵反叛，将弟弟驱逐，自己做了可汗。仅三年后，速檀马合木汗便在做礼拜时被沙迪和卓派人暗杀，速檀马黑麻汗复辟。
在他们兄弟相残的时候，1636年至1637年间，天山北部的草原上，卫拉特人几经分化整合，崛起了一个新的汗国——准噶尔汗国。同时，与黑山派势不两立的白山派也在教长玉素布的带领下进入到叶尔羌，在喀什噶尔传教。这两件事，都是对病魔缠身的汗国雪上加霜。
当一切似乎跌到谷底的时候，转机也随之而来。毕竟有一百多年的根基，叶尔羌汗国枯木逢春，迎来了自己的中兴之主。
虽然，这次中兴更像是回光返照。