和硕特部是四部卫拉特中唯一黄金家族后裔为首领的部落——成吉思汗二弟哈撒儿的子孙。
有人说，正是因为有高贵的血统，才使得他们在卫拉特中成为盟主。这实在有些一厢情愿，自从北元时代开始之后，卫拉特一直都是蒙古正统派的大敌，对于黄金家族极为蔑视，可汗在他们眼中不过是傀儡。在也先时代，甚至连傀儡都不让黄金家族的子孙来做，直接自称大元天圣可汗。哪里会因为什么黄金家族的血统，便把本部的盟主让出去？
之所以和硕特能够成为四部卫拉特的盟主，源于在也先死后，蒙古重新分裂，卫拉特中一直处于统治地位的绰罗斯部也分裂为准噶尔和杜尔伯特两部，在力量分散下，和硕特趁势而起夺取了盟主地位。
在顾实汗的哥哥拜巴噶斯汗时期，准噶尔首领哈喇忽剌崛起，开始侵夺盟主之位。哈喇忽剌的儿子巴图尔珲台吉更为强悍，甚至有了刀兵相见的架势。继承哥哥汗位的顾实汗努力化解两部的矛盾，虽暂时无事，但终究一山难容二虎。顾实汗的南征，便在这样局势下，成为最好的永远化解纷争的办法。
从拉萨回到卫拉特后，顾实汗开始了南征的准备，不但动员了和硕特的人马，还向准噶尔、土尔扈特、辉特、杜尔伯特各部调兵。土、辉、杜等部势力弱小，自然奉命，而准噶尔的巴图尔珲台吉明白，顾实汗此举实际上是把卫拉特盟主之位和天山草原都让给了自己，交换条件就是自己帮助其攻打青海。这样的买卖，怎么看都是合算的。
战争动员顺利地完成了。
1636年秋末，顾实汗率领卫拉特联军从伊犁出发南征青海，卫拉特各部首领几乎全部参加，除了顾实汗外，准噶尔部的巴图尔珲台吉、墨尔根岱青；土尔扈特部的墨尔根济农、衮布伊勒登；辉特部的苏勒坦台什、苏木尔台什；杜尔伯特部的达赖台什、保伊勒登全都率部从征。卫拉特出现了暂时的“无政府”状态，以至于俄国派使臣在这一年来到卫拉特访问，一个重量级的领导都没有见到。。
大军穿越塔里木盆地，乘冰冻越过黑达河大沼泽地后，进入青海，在如今青海省乌兰县的卜浪沟休整兵马，等待时机与绰克图台吉决战。
绰克图台吉能够从漠北一路杀到青海建立霸权，也绝不是庸懦之辈，听闻卫拉特大军压境，立即调动人马与之对峙。
两军在1637年正月正式交战，顾实汗以一万精兵迎战绰克图台吉三万人马，战斗惨烈异常，血流成河，尸积如山，后来这里的地名就被称为乌兰和硕（蒙语：血染的山）。
顾实汗以少胜多大败绰克图台吉，长子达延台吉率军紧追绰克图台吉残部，一直追到哈尔盖全歼敌军，绰克图台吉慌不择路，躲在一个旱獭洞里，仍然被找到，这个称雄一时的人物就在这窝囊的状态下被俘杀。
青海之战结束，顾实汗赠送各部首领很多礼物进行酬谢，尤其是对巴图尔珲台吉，不但礼物丰厚，还将自己的女儿嫁给了他。各部首领心满意足，纷纷率军返回卫拉特，而顾实汗则率和硕特部留在了青海，准备进一步统一青藏高原的行动。
巴图尔珲台吉返回卫拉特后，在博克塞里建立城市，作为自己的统治中心，与顾实汗的继子鄂齐尔图汗（拜巴嘎斯之子）一起掌管卫拉特，这就是后来雄霸中亚的准噶尔汗国的肇始。也许无论顾实汗还是巴图尔珲台吉都没有料到，整整八十年后，结束和硕特汗国和持教法王家族历史的，正是现在既是盟友又是亲家的准噶尔。
安排妥善后，1638年顾实汗再次化装成香客来到拉萨，面见五世达赖。由于绰克图台吉的覆灭，黄教的气势已经壮了不少，不再是偷偷摸摸，而是举行了隆重法会，达赖喇嘛封顾实汗“丹津崔吉扎勒布”称号，这是藏语，也就是“持教法王”。
如此大的动静，藏巴汗丹津旺布竟然没有得到消息，顾实汗获得封号后安然回到青海，也没见这位藏巴汗采取什么行动。任何政权的灭亡都有它必然的原因，从藏巴汗的迟钝，也就不难预测噶玛政权已经离倾覆不远了。
统治康区的白利土司顿月多尔济倒是比藏巴汗更敏锐地感到了危机，联盟中军事实力最为强大的绰克图台吉迅速败亡，使他大为吃惊，为了共同对敌，顿月多尔济向藏巴汗送出密信：“非常令人沮丧的是，我们的盟友绰克图台吉被消灭了，虽然如此，明年我将在喀木（康区）集中起一支兵，把它带到卫。同时你也应当带着后藏的兵来，我们一起消灭格鲁派，让他们连个影子也找不到。”这不失为以攻为守的好策略，可偏偏带着这封信的密使被格鲁派的僧人擒获，并将信转交给顾实汗。没有材料显示顾实汗在收到这封信之前有用兵康区的打算，这一回，不先发制人是不行了，白利土司引火烧身。
1639年5月，顾实汗率军“如黑色狂风一样”攻入康区，白利土司率军拼死抵抗，但在没有外援的情况下连战连败，甘孜等地相继失守，1640年11月，康区全境被顾实汗占领，白利土司顿月多尔济被俘杀。顾实汗释放了白利土司关押的各派僧人，并安抚百姓，获得各教派徒众的拥护。
接下来，便是进军西藏，消灭在盟友受难时按兵不动的藏巴汗，完成护教大业了。
1641年底，顾实汗做出从康区返回青海的假象，迷惑藏巴汗，半途中突然改道杀入西藏。毫无准备的藏巴汗丹津旺布被打得大败，一个又一个宗城失守，最后只能退守日喀则。
丧城失地的藏巴汗此时才后悔没有积极和盟友们配合，如今敌人兵临城下，取胜的希望已经微乎其微。为了能苟延残喘，他向四世班禅罗桑曲杰等高僧求告，希望他们从中斡旋，使顾实汗罢兵。
四世班禅本着不忍生灵涂炭的慈悲心亲赴顾实汗大营进行调解。顾实汗对班禅极为尊重，但提出，藏巴汗必须交出政权和军队，自己可以给他保留一个庄园让他安度晚年。至于划疆而治之类的条件，根本不予考虑。
毕竟也是一方之雄，面对这样苛刻的条件，藏巴汗愤而再战。双方在日喀则城下激战数场，藏巴汗军仍然连连失利。没有了强硬的本钱，藏巴汗只得答应了顾实汗的条件，宣布无条件投降。
1642年，藏巴汗丹津旺布交出首城日喀则以及茶叶、酥油、糌粑、金银珠宝一千余驮，在顾实汗面前认罪，噶玛政权灭亡。
五世达赖和顾实汗原本履行了自己的诺言，给藏巴汗几处庄园当“寓公”。但藏巴汗的旧部以及噶玛噶举派的地方势力仍然打着他的旗号四处动乱。为了剪除乱源，顾实汗只得食言，将他装进牛皮袋扔进雅鲁藏布江。
至此，已经61岁的顾实汗完成了统一青、藏、康区的大业，成为青藏高原的最高统治者——“全藏三区之王”。他将首城迁到拉萨，在布达拉宫设无畏狮子宝座，作为自己的行政处所，囊括整个青藏高原的和硕特汗国从此建立。
作为持教法王，顾实汗请达赖喇嘛从扎什伦布寺搬到布达拉宫，将八思巴所用的法器、西藏十三万户的税收以及从日喀则缴获的大量珍宝都奉献给达赖喇嘛，奉达赖喇嘛为藏传佛教最高教主，但同时，请四世班禅坐床扎什伦布寺，掌握后藏教权，使得格鲁派出现了两佛并尊的局面。至于一直排挤格鲁派的噶玛噶举派，顾实汗镇压了他们的反抗，将大量噶玛派寺院改为格鲁派。格鲁派作为藏传佛教最大教派的地位已不可动摇。
他自己和长子达延台吉率军常驻拉萨，其他八个儿子回驻青海，成为掌控青海的“八台吉”。康区的税收支持青海的军队，青海的军队作为汗权的保证。顾实汗的狮子宝座固若金汤。
一个强大汗国的横空出世，西藏周边的小国自然要选择其作为自己的靠山，“印度之拉克新王，尼泊尔之雅木布王，阐旦王（拉达克王）等边境小国君长，亦多进方物为贡”，成为汗国的藩属。《哲孟雄王统记》记载，锡金第一代统治者朋素克纳姆扎勒也与汗国建立邦交，成为联盟。
而此时，中原的“天朝上国”大明王朝在起义军和满清帝国的内外夹攻下已经摇摇欲坠。为了汗国的长治久安，顾实汗必须与将要取而代之的中央朝廷建立联系。不得不承认，顾实汗有相当的眼光，他没有选择好象最有希望的农民军，而是将宝押在了还未入关的满清身上。刚刚稳定了青藏局势便派出使团前往盛京建立联系，献上贡品，受到皇太极赞赏。
果然，1644年，清军入关，顺治皇帝迁都北京，成为了中原朝廷新的统治者。随后便遣使西藏，请达赖喇嘛入京，但因为战乱未平，不能成行。1652年，五世达赖喇嘛进京面见顺治皇帝，被封为“西天大善自在佛所领天下释教普通瓦赤喇怛喇达赖喇嘛”，同时让达赖喇嘛携带金册金印入藏，封顾实汗为“遵行文义敏慧顾实汗”，正式承认了顾实汗作为庶邦君长的身份。
1655年初，和硕特汗国开国汗王，持教法王家族第一代法王顾实汗病逝于拉萨，享年73岁。长子达延台吉继承汗位，也成为第二代持教法王。也许是贪图青海的宜人气候，或者是对于家族权势的自信，达延汗继位三年后才来到拉萨。三年，时间并不长，但也就在这短短的三年中，五世达赖喇嘛开始了扩大教权染指政权的活动，持教法王的权势受到了严重的挑战。
顾实汗留下的狮子宝座，开始隐隐出现了松动。