几乎于高邮之战同时，远离中原的雪域西藏，一场改朝换代的战争也落下了帷幕。与元朝一同崛起的西藏萨迦政权在“身穿袈裟的英雄”绛曲坚赞的打击下轰然坍塌。
那萨迦政权的寿命与元帝国一样短命，仅统治西藏八十九年。虽说自古无不灭之国，但萨迦政权最后的灭亡除了自身的原因外，更要归咎于蒙古帝国当初对于其进行的制度设置隐患重重。
当年，蒙古帝国的大军兵临西藏，割据分裂的西藏根本没有还手之力，为了不避免生灵涂炭，萨迦派第四任教主萨迦班智达以古稀之龄面见坐镇凉州的蒙古宗王、窝阔台汗第三子阔端，商定归顺条件，并向各个地方势力写信，劝说他们接受条件归顺蒙古。这是西藏纳入蒙古帝国版图的开始。
到蒙哥汗统治时期，西藏成为忽必烈的封地，忽必烈对西藏进行人口普查，按照蒙古本土制度设十三万户，每个万户有一个万户长。
元朝建立后，忽必烈册封萨迦派第五任教主八思巴为“帝师大宝法王”，将卫藏十三万户作为灌顶的供养奉献赐给了八思巴，并赐予萨迦本钦“乌思藏三路军民万户”头衔，建立了萨迦政权。
但卫藏十三万户主要是依据西藏原有各教派和其它地方势力分散割据的政治格局为基础划分的。各万户长通常都要元朝皇帝诏封，虽然这种诏封都要有萨迦政权的提请，但这一做法使得萨迦派对其它十二万户的管理极为有限，其管理权并非以自身的实力为基础，而是元朝强加于其它万户之上的。各万户分别从元朝手中获得诏封并各自管理着自己的辖地和庄园属民，他们在其各自的辖区内仍拥有绝对的权威。
这种制度在萨迦政权有强人坐镇时晏然无事，一旦强者逝去，危机便会爆发。而萨迦政权在八思巴之后，历任法王均是平庸之辈，仅靠着元帝国的支持才勉强维持着统治。
当元帝国步向死亡的时候，萨迦政权也就不可避免的被这万户制度推向覆灭。
元世祖忽必烈在中原的制度最终成就了朱元璋，而在西藏的制度，则成就了绛曲坚赞。
他系吐蕃王朝时代朗氏家族后裔。出生于十三万户之一的前藏帕竹万户之家，7岁受居士戒，9岁受沙弥戒，14岁至萨迦寺学法。1321年被正式委任为帕竹万户长。
绛曲坚赞向有雄心，成为万户长之后，在领地内实行政教合一，将帕竹万户治理的兵强马壮。趁着萨迦政权衰微，频频进行扩张，先后吞并雅桑万户、蔡巴万户、止贡万户等前藏万户，到1349年几乎完全控制了前藏地区。
1354年，萨迦政权内讧，绛曲坚赞出兵包围萨迦寺，收缴了元朝赐予萨迦世代管理乌思藏的敕封，兼并后藏大部分地区，萨迦政权寿终正寝。
绛曲坚赞设首城于乃东，开始了帕竹政权统治时代。为了获得统治的合法性，绛曲坚赞遣使元朝，希望获得承认。
此时已经自顾不暇的元惠宗，对于祖先所尊崇的萨迦派的败亡自然无可奈何，只得承认既成事实，封绛曲坚赞为大司徒，承认其在西藏的地位。
受封于元朝的帕竹政权后又受到明王朝的承认，历任统治者都称为“第悉”，一直稳固的控制着西藏的教派和诸侯。
直到藏传佛教不世出的传奇人物——宗喀巴的出现。
15世纪初，看到佛教徒们沉沦于享受和奢靡，藏传佛教一代宗师宗喀巴倡导宗教改革，提出喇嘛遵守戒律，重苦行，禁娶妻，并制定僧人的生活准则、寺院的组织体系、学经程序和是非标准等等。
无论哪种宗教，一旦进行改革，便会出现分裂，便会有新的教派产生。藏传佛教也不例外。于是，一个新的教派，藏传佛教最大的宗派格鲁派——也就是通称的黄教，应运而生。
藏语“格鲁”是善律的意思，该派强调严守戒律，故此得名。创建之初，格鲁派受到帕竹政权阐化王扎巴坚赞的庇护，发展顺利。1409年，宗喀巴在帕竹政权支持下，在拉萨发起大祈愿法会，显示其权威地位，同年建甘丹寺为主寺。
1419年，宗喀巴圆寂，弟子们本着大师遗愿，发扬其宗风，又分头建寺。先后建立哲蚌寺、色拉寺、札什伦布寺，与甘丹寺一起合称为卫藏四大寺。各寺内均成立学院，分科修学显教，此后又相继成立了上下密乘院。
有四大寺为根基，格鲁派的僧众信徒日益增多，势力日渐扩张。
福兮祸所倚，宗教改革会产生新的教派，便难免和旧教派产生内矛盾，轻者分道扬镳，严重便会发生宗教战争。
格鲁派是藏传佛教各宗派中出现最晚的一个，而发展却最为迅速。随着它的日益壮大，其它教派都或明或暗的进行着破坏和打击。其中，反对最激烈的，是噶玛噶举派。
噶举派是藏传佛教的重要宗派之一。藏语“噶举”中的“噶”字本意指佛语，而“举”字则意为传承。故“噶举”一词可理解为教授传承。这宗派历史悠久，形成于“佛法后弘期”，也就是宋朝初年。经过多年演变流传，逐渐形成香巴噶举、达波噶举、噶玛噶举、蔡巴噶举、拔绒噶举、帕竹噶举等派。
而噶玛噶举派是噶举派中势力最强、影响最大的一支派别，其创始人都松钦巴在临终时口嘱他要在人世间再次转世，让后人教法继承者到时要寻访认定转世灵童。从而开创了“活佛转世”之先河。
这么一个树大根深的教派自然不愿意格鲁派压自己一头，不但在教法上处处与之争论，还想将格鲁派彻底铲除。
可打击格鲁派，就必须消灭其身后的支持者——帕竹政权，噶玛噶举派对此没有办法。而此时，帕竹政权的家臣仁蚌巴家族也在希望架空主家夺取政权。两者一拍即合，联起手来。
1462年，年仅3岁的阿旺扎西扎巴登上第悉宝座，这么小的孩子自然不能治国。于是，掌管仁蚌巴家族的措杰多吉以摄政官的名义管理帕竹第悉的政务。这样少主强臣的格局在历史上实在出现得太多，最后的结果也很相似。
从此之后，仁蚌巴家族掌握了前后藏的统治权，帕竹政权仅剩下了一个名义。措杰多吉在担任摄政官期间，将尊崇噶举派，压制格鲁派作为既定国策。
1503年，仁蚌巴家族的权力人物顿月多吉在拉萨附近的萨纳玛地方，为噶玛噶举派兴建了规模很大的图丹曲科尔寺，以此来压倒黄教的——色拉、哲蚌、甘丹三大寺。
格鲁派失去了靠山，在仁蚌巴家族和噶玛噶举派的打压下举步维艰，只能在暗地里对他们进行诅咒。
也许是诅咒应验，仁蚌巴家族很快遭到了报应。靠架空主家得势的仁蚌巴家族又被自己的属臣辛厦巴家族捅了一刀。
1563年，辛厦巴家族的首领才旦多吉对仁蚌巴家族发动反乱，并屡屡战胜仁蚌巴家族的军队，最后取仁蚌巴家族而代之，成为西藏的实际统治者。
格鲁派的大敌仁蚌巴家族倒台了。可前门走了狼，后门来了虎，辛夏巴家族比仁蚌巴家族更推崇噶玛噶举派。格鲁派的危机不但没有减轻，反而日益加深了。