沙漠，不适合人类生存，尤其是数万尽失粮秣，仓皇逃命的人。
顺理成章的，林丹汗所剩的部众开始“杀人易食”，凄惨之状，无以复加。一些部众忍受不了这样的苦楚，纷纷东归投奔后金，1633年4月，两翼大总官塔什海、虎鲁克寨桑投降后金。6月，巴达西寨桑等5个头目，率千余户投降。
图谋恢复是以后的事情，现在必须解决吃饭问题。自己没有，就只能去抢。
1633年，林丹汗五次攻掠明边，1634年，更是连续在3～5月出兵，闰八月甚至和洪承畴交手。这没有什么政治意图，目的只有一个：粮食。
这时的林丹汗，几乎又回到了刚刚继位时“穷饿之虏”的起点上，人生的循环就是如此残酷。
跌落到命运的谷底，或者彻底沉沦，或者再继续拼搏下去。林丹汗选择了后者，他不甘心就这样宣布自己的失败。
1634年，经过多方联络，统治西藏的藏巴汗、游牧青海的绰克图台吉以及控制康区的白利土司与林丹汗结成了“反黄教联盟”。既然黄教的活佛和僧侣们已经视我为敌人，那就决裂的彻底一些吧。黄教不是庇佑后金吗？那我就反黄教。
联盟成立之后，获得了物资补充的林丹汗，向青海转移，那里，可以建立根据地，东山再起。
命运出现了转机，但这转机却更像是一次无情的嘲弄——1634年夏秋，林丹汗因天花病死于甘肃大草滩。
他只有43岁，如果不是突如其来的瘟疫，他应该还有很多时间。
他失去了重振旗鼓的可能，但也避免了亲眼看到自己灭亡的可能，如果当他面临崇祯皇帝所面临的最后选择时，他会如何去做？历史没有答案了。
林丹汗的死，使蒙古的抗金阵营失去了最后一面旗帜，林丹汗身边最忠心的部众也开始星散，成群结队的人降于后金，仅是年十一月，便有五千户二万余人。那尊被林丹汗视为护法神像的嘛哈噶喇金佛也被人送到后金，在皇太极看来，它的载归昭示着蒙古国运的终结。
林丹汗的儿子额哲与母亲苏泰带着最后数千部众困守在大漠，父亲、丈夫不在了，他们不知道自己该怎么办。
漠北喀尔喀车臣汗遣使额哲，希望他移帐漠北：“我等与尔汗原系同宗，满洲岂尔等之主耶？即宜来归，勿再迟延”。汗廷末路，有人便想做曹操了。留下来必然被后金消灭，而北上就会成为傀儡，额哲母子权衡犹豫，彷徨无计。
而皇太极却不会给他们权衡的时间，1635年2月，后金以多尔衮、岳托、萨哈璘、豪格为统兵元帅，率精骑一万远征林丹汗余部。
4月28日，后金军趁着大雾包围了汗廷，派出苏泰之弟南楚劝降。额哲母子见大势已去，“遂归降后金”。那块世代相传的传国玉玺，终于落到了皇太极手中。
429年的蒙古帝国，364年的元朝，267年的北元，至此终结。作为亡国之君的林丹汗，也“享受”到了应有的耻辱，自己的八个妻子，全部被皇太极及其兄弟、臣子瓜分。
1636年三月，漠南蒙古十六部49个大小领主齐聚盛京沈阳，承认皇太极为汗，并奉上“博格达·彻辰汗”的尊号。
同年，皇太极即皇帝位，改国号为“清”，改元崇德。
林丹汗败死，“建虏无复西顾忧，而东谋朝鲜矣”。而随着朝鲜王国的归附，在东亚清朝最后的要消灭的对手，就剩下大明王朝了。