在达延汗时代，蒙古本部经过百余年的分化整合，逐步形成几大势力。除汗廷直接控制的部落外，还有永邵布部、鄂尔多斯部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部、科尔沁部以及朵颜三卫。
经过满都海彻辰夫人时期的铁腕执政，永邵布部、鄂尔多斯部、蒙郭勒津部、喀尔喀部、兀良哈部已经相继归附汗廷。
亲政后的达延汗面对的局面相当安定，在最初几年，他按部就班地用怀柔手段逐步扩大汗廷的实力。
在呼伦贝尔东部和大兴安岭以东的嫩江流域，是成吉思汗二弟哈撒儿后裔所属的科尔沁部，此时实力雄厚，号称“二十万科尔沁”。达延汗对之克尽兄弟之礼，并保证绝不会拆分科尔沁原有部落，也不派汗廷官员管辖，只需他们向可汗效忠即可。科尔沁部首领鄂尔多固海审时度势，归附汗廷。
而对朵颜三卫，达延汗通过联姻、结盟和互访等方式，逐步将他们纳入自己的统治之下。
和风细雨，润物无声，年轻的达延汗让蒙古本部的各首领都在名义上服从于汗廷，在表面上做到了政令统一。
但这种统一是极不稳定的，各部首领实力雄厚，大汗的政策一旦触及到了他们的既得利益，便会战火频起。
亲政后第十年，战乱暴发了。
1509年，达延汗任命次子乌鲁斯博罗特为右翼济农，掌管永邵布、蒙郭勒津、鄂尔多斯三部。
这一任命使得永邵布部首领亦不剌、鄂尔多斯部首领满都赉的极为不满，于是暗中联络蒙郭勒津部首领火筛，决定发动叛乱。
鄂尔多斯是成吉思汗陵——“八白室”所在地，乌鲁斯博罗特济农刚一到任，便到八白室拜祭。亦不剌等人趁机在典礼上向济农的侍从挑衅，双方发生争执，遂致殴斗。乌鲁斯博罗特济农手下大臣巴布岱一时冲动，将亦不剌的手下砍死。
一直在等待机会的亦不剌等人立即大呼：“刚来此处便草菅人命，日后还不得将我们斩尽杀绝么！？”这句话就是信号，一时间，八白室内外伏兵四起。
面对这突然的变故，乌鲁斯博罗特济农的属下毫无防备，虽拼死保护主人的安全，并夺得马匹让济农逃走，但终于寡不敌众，乌鲁斯博罗特济农在混乱中被杀。
“八白室之变”发生时，达延汗的三子巴尔斯博罗特正在土默特部探亲，闻变后趁夜色逃走，一路上以打猎果腹，在饥寒交迫中赶回汗廷，向父亲报告了事变经过。
一夜之间，风云突变，右翼三部叛离，还折了爱子。达延汗勃然大怒，决定亲征讨伐。
鄂尔多斯、永邵布两部都兵强马壮，而且还是护卫八白室的“大有福者”。达延汗不得不认真对待，不但让左翼察哈尔、喀尔喀、兀良哈三部集所有丁壮参战，还向科尔沁部发出谕旨，要求援助。
科尔沁部首领鄂尔多固海此时已经被达延汗封为“诺颜”，正愁没有报效的机会，接到谕旨后带领其子布尔海率主力前来。汗廷所能调集的军队几乎倾巢而出。
而在叛乱者一方，亦不剌、满都赉都是直接置乌鲁斯博罗特于死地的祸首，自然没有退路，集中所有精锐准备迎战，而蒙郭勒津部的火筛此时看到汗廷来势凶猛，便玩起了坐山观虎斗，不派兵参战。
天平倒向了汗廷一方。
达延汗率大军到达答阑特里温之地时，右翼军队已经先期抵达，双方对峙，谁也不先出手。此时，右翼军队数量大约有三万人，而达延汗的部队则有5到7万人。
右翼军是背水一战，生死存亡全系于此。而汗廷军则有些七拼八凑，求战之心不够热烈，若是对峙久了，便会士气低落。为了速战速决，达延汗派布尔海、巴嘎逊塔布囊和巴尔通三将率小股骑兵为先锋，冲击叛军阵营，诱其出阵。
果然，早已绷足了劲的右翼军一遭到进攻就如堤坝破口一样，大军宣泄而出，以弓形阵向汗廷军发动猛攻。达延汗用以诱敌的部队几乎全军覆没，布尔海阵亡，但战略意图已经达到，而且让失去儿子的科尔沁首领鄂尔多固海红了眼睛，率军死战。
面对敌军的弓形阵，达延汗将军队编为六十一组，以牛角阵形迎击。同时，命兀良哈军单独列阵，并将自己的大纛矗立于其军阵当中，诱惑右翼军队主攻方向。
亦不剌、满都赉看到这面大纛，认为达延汗便在兀良哈军中，指挥其主力向之猛攻。兀良哈军以一军之力哪里抵挡得住，经过激战后败退，但右翼军队主力亦有相当损失，锐气已失，人马俱疲。
趁此机会，达延汗高举起代表可汗的黑色大纛，指挥全军向右翼军队发起猛攻，一举击溃其主力。亦不剌、满都赉率残部败走，达延汗紧追不舍，直追到柴达木，将满都赉斩杀。亦不剌逃到哈密，被白帽回诱杀。
见到亦不剌、满都赉败亡，蒙郭勒津部的火筛连忙向大汗表示忠诚。右翼的叛乱平息。
基于对这次叛乱的反思，达延汗决定将本部各部落进行重新划分，而以自己的儿子为各部之首，避免动乱。
在答阑特里温之战后不久，达延汗册封三子巴尔斯博罗特为右翼济农，统领三部，而以四子阿尔苏博罗特统领蒙郭勒津部的七个鄂托克，划为土默特部。
蒙郭勒津部首领火筛见到大汗要把自己的部落拆分，又用济农剥夺了自己对部落的治权，这才后悔没有与亦不剌等人一起反叛。此时虽然孤掌难鸣，但为了权力也不得不铤而走险，于是发动叛乱。
以一部之力起兵，胜算绝少。虽然在图尔根河（今呼和浩特之大黑河）一战中，火筛主动出击，一度使得汗廷的讨伐军陷入混乱，达延汗本人也因乘骑陷入泥泞而狼狈不堪。但最终还是战败，火筛被迫投降，不久郁郁而终。他的蒙郭勒津部最终完全被巴尔斯博罗特济农统管，成为其世袭部落。
至此，蒙古本部所有不安定因素全部解除，达延汗开始了他一生中最影响后世的业绩——分封诸子。