阿剌知院刺杀也先，完全是出于私愤，事先并没有政治方面的计划。报仇雪恨后，下一步该怎么办，他完全没有了主意。
他得这种迟疑，不但造成了卫拉特各部的分裂，也使自己很快陷入四面楚歌。
原本拜服在也先脚下的蒙古本部（都沁）各首领这个时候却空前团结，迅速取得了主动权。
1454年，成吉思汗弟别里古台后裔毛里孩、另一弟哈撒儿后裔齐王勃鲁乃、哈剌嗔首领孛来、永邵部首领癿加思兰、知院阿哈剌忽、平章昂克、少师阿罗出等人拥立脱脱不花幼子马儿古儿吉思为汗，汗号“乌珂克图汗”。毛里孩与孛来同为太师，向明朝派遣使节宣布新汗继位，同时迅速以“臣弑君”为名起兵攻打阿剌。
此时的卫拉特各部早已各奔前程，连最大的绰罗斯家族也已分裂，阿剌知院除了本部人马没有任何外援，众寡悬殊之下，兵败身亡。
以北元君臣来说，这也许只是一次讨伐逆臣，使黄金家族复辟的战斗，与以前的历次作战没有什么区别。
但是，这却是对蒙古历史影响巨大的事件。
阿剌知院败死，卫拉特各部西迁，这个一贯标榜独立的部族从此不再和北元发生关系。他们没有了统一的首领，也不再拥立大汗，开始了没有目的的自行其是。
在此之前，他们希望掌握蒙古的最高权力，甚至希望代替黄金家族成为蒙古人的可汗。而在此之后，他们完全将自己置身于蒙古之外，彻底成为了敌国。
以后的北元蒙古，不再包括他们；蒙古的可汗也再与他们无关。
即使是中兴之主，也无法再把他们纳入麾下。