卫拉特的马哈木、太平和把秃孛罗三位首领都接受了明成祖的册封，成为顺宁王、贤义王、安乐王。可那只是为了得到封赏，并借之对抗阿鲁台控制的北元汗廷。
现在，看着汗廷覆灭，他们绝不会放弃这个重新获得草原号召力的机会。
于是，在杀死本雅失里后，三位首领立即摇身一变，成为存亡续绝的“忠义之臣”，拥立阿里不哥后裔答力巴为汗，马哈木自任太师。
明成祖是以消灭北元蒙古汗廷为目的，岂料按下葫芦浮起瓢，一个大汗刚死，另一个大汗又出现了。既然卫拉特人敢悖逆于我，明朝便支持阿鲁台与之作对。
原本已经元气大伤的阿鲁台在受到明朝的支持后，迅速重新崛起，为了表示对卫拉特人拥立大汗的不承认，自己也拥立成吉思汗弟斡赤斤后裔阿台（也有说阿台是月鲁帖木儿之子）为汗。
蒙古高原形成东西两大政治中心，答里巴为西汗，阿台为东汗，双方不停交战。但两位大汗都是台上的木偶，真正较量的则是两位太师，马哈木和阿鲁台。
可悲的是，马哈木和阿鲁台的身后，也有着一双控制局势的手，那便是明成祖朱棣，谁赢谁输，都要看着双手会摆向哪一方。
1414年，明成祖率50万大军第二次北征漠北，兵锋直指马哈木控制的西汗廷。答里巴汗、马哈木、太平、把秃孛罗率精锐3万骑兵在克鲁伦河的忽兰忽施温（红山嘴）迎战。激战的结果，双方“杀伤略相当”，但明成祖损失几万人只是九牛一毛，卫拉特几万人战死却几乎是灭顶之灾，这样的平手，对后者而言自然是大败。
东汗廷太师阿鲁台闻讯，立即率军连连西征。这样的“雪中送炭”，使得西汗廷几乎崩溃，可汗答里巴、太师马哈木先后战死。马哈木是卫拉特的灵魂人物，他的死更让西汗廷元气大伤。马哈木之子脱欢统领其部，与太平、把秃孛罗拥立阿里不哥后裔斡亦剌歹为汗，率残部西迁，等待时局的变化。
他们知道，阿鲁台以正统大元太师自居，一旦有了实力，决不会安心臣服明朝，而明成祖更是决不会允许蒙古出现一家独大，尤其不能容忍坚持正统的东汗廷独大。时局马上就要变化了。
果然，日益强盛的阿鲁台开始频频骚扰明边，明成祖认为其“凶悖之心复萌”，决定再次翻脸。
在生命的最后三年，明成祖朱棣始终坐在马背上，1422、1423、1424年三次亲征攻打东汗廷，阿鲁台虽然以避而不战的方针尽量保存实力，让成祖到死都没能和他交上手。但物资、人口特别是作为太师的威望损失巨大，在不战而败中迅速衰落。
这回，轮到西汗廷“雪中送炭”了。此时，马哈木的继承人脱欢已经兼并了太平、把秃孛罗，结束了卫拉特三巨头的历史，厉兵秣马多年。明成祖自南而北，脱欢自西而东，阿鲁台屡屡战败，再加天灾不断，所部日益解体。
1434年7月，在北元担任太师30余年，拥立了三位大汗的阿鲁台终于被脱欢攻杀。
与福威自操的阿鲁台相比，东汗阿台要冤枉得多。近二十年来，自己毫无实权，只是有一个汗号。可偏偏这个汗号成了他的催命符，明朝和脱欢都要将他消灭。成为众矢之的的阿台汗，在将领朵儿只伯的保护下四处逃难，身边的部队最多时不超过千人。
但这位阿台汗甚有骨气，虽然穷途末路，仍然拒绝了明朝的招降。在脱欢和明朝的夹击下又苦撑了4年，终于败死在巴丹吉林沙漠。
东汗廷灭亡，脱欢控制的西汗廷成为北元蒙古唯一的中心。
此时，斡亦剌歹汗已死，在位的是“岱总汗”脱脱不花，其人是益宗次子之孙，根正苗红的“元裔”。当年益宗败死，他归顺明朝，在甘肃一带放牧，身边只有二十余户属民。斡亦剌歹汗死后，脱欢将他请回草原，立为可汗。
脱欢在统一卫拉特，消灭东汗廷后，已经将蒙古高原完全统一。一个强臣，到了这个地步，就该谋划篡位自立了，立实力微乎其微的脱脱不花为汗，也就是在为自己称汗铺路。然而，这位脱脱不花汗是位“聪智”、“有奇策”的人物，被立为可汗后，韬光养晦，收买人心，并在击败东汗廷的战争中将阿鲁台残部收编到自己麾下，实力迅速壮大。
黄金家族的声望加上脱脱不花的经营，脱欢虽然有自立的打算，却始终不敢违背传统。他所能达到的辉煌，最多不过是蒙古的曹操。
1440年，脱欢病逝，将自己的功业和成为可汗的梦想，留给了自己的儿子也先。