1294年，元世祖“薛禅汗”忽必烈驾崩。因为太子真金先他而死，皇太孙铁木尔继位，是为元成宗“完泽笃汗”。
成宗即位后，在诏书中宣布自己将奉行先朝的成规，但也对爷爷留下的政策作了许多调整，首先便停止了对安南（今越南）的进攻，释放安南使节，同时又拒绝了大臣继续讨伐日本的建议，派使节出使日本，恢复邦交。从而专心治理内政。
在位十三年中，成宗的表现基本是一个皇帝的仁慈与文治，与金戈铁马的帝国可汗几乎不沾边。
为了与民休息，他屡屡下诏减免赋役，规模较大的便有1294年减免所在本年包银、俸钞，以及内郡地税和江淮以南州县当年的一半夏税；1295年停止一切非急需的工程营建，免除本年五月以前积欠的钱粮；1296年要求权贵豪绅交纳所隐匿的江南田租，以减轻小民负担；1298年因水旱成灾，下诏减免受灾郡县当年田租的十分之三，受灾严重地区全部减免，老弱残疾及人丁稀少的民户免除三年差税，同时停止当年的一切土木工程；1299年免除当年内郡包银俸钞和江南夏税的十分之三；1304年下令天下官员体恤民情，减省刑罚，免除灾民差税一至三年不等。鉴于江南佃户田租过重，在过去减过十分之三的基础上再减十分之二，且永为定例。同时开放山场、河泊，任民采捕。
为了有一个高效的行政班子，他施重手整肃吏治。即位的第二个月便下诏各道廉访司及时追查转运司官员欺隐奸诈的案子，以防止管财政的官员贪污中饱。同年十月，要求中书省臣约束属宫官，凡对公事敷衍塞责者处以笞刑。1295年7月，下诏告诫全体官吏，有再犯贪赃之罪者，罪加二等。不久，又将对贪赃罪的处理改为罪加三等；1302年，因江南朱清等贪污贿赂案发，成宗当年便罢免贪官18473人，审理冤案5176件。
为了避免宗王干政，他一面多次赏赐诸王、公主、驸马，增加官员俸禄，一面下诏禁止诸王擅自干预地方行政。
唯一能让他看起来像一个成吉思汗子孙的，是在1300年发兵征讨八百媳妇国（今泰国北部、缅甸东北部，治京泰国清迈）。第二年，又因金齿（今中国云南西部和缅甸腊戍一带）诸国阻击元朝的征缅归师，下诏征伐金齿诸国。但随着战局不利，他很快便停止了用兵，同时与反对自己为正统的察合台汗国可汗笃哇、窝阔台汗国可汗察八儿达成和解，使得从忽必烈时代便开始的，延续几十年的西北战乱得以平息。
成宗不通汉语，读不懂汉文典籍，但他的所作所为却几乎符合一个理想的汉人皇帝的标准。唯一遗憾的，是他不能，也不敢改变爷爷忽必烈留下的一国多制。他所能做的，只是让这颗不祥的种子慢些发芽，在他的手中不要成长起来。史书评价他“垂拱而治，可谓善于守成者矣”，应该是公允之论。
1305年6月，成宗立自己的独子德寿为皇太子。岂料，仅半年过后，年轻的皇太子便病逝。此时的成宗也已重病在身，这打击更使他缠绵病榻而不能起，只得由皇后卜鲁罕执政，朝中大事委于右丞相哈剌答孙。
1307年正月，元成宗“完泽笃汗”铁木尔病逝大都宫中。因为太子早死，帝位传承便成了问题。
以血缘来说，最有资格继承帝位的是成宗兄弟的儿子们。真金太子有三子，长子甘麻剌，次子答剌麻八剌，三子便是成宗。甘麻剌有子也孙铁木儿，答剌麻八剌早逝，但留下两个儿子海山和爱育黎拔力八达。
既然成宗有三个侄子，随便挑那个都可以定社稷安人心，可事情总不是那么顺利。
成宗的卜鲁罕皇后不喜欢三个之子中的任何一个，而属意于真金太子之弟忙格剌之子安西王阿难答，左丞相阿忽台也鼎力相助。
这位阿难答久镇边关，麾下有二十万大军，实力雄厚，再加上是忽必烈直系孙子，原本继位没有问题。但阿难答是一个极为虔诚的穆斯林，命令自己的属下全部信仰伊斯兰教。一旦成为皇帝，可说是必然会使大元朝伊斯兰化。这引起了众多大臣的不满。
右丞相哈剌达孙便是反对最激烈的一个，一面将玉玺、官印以及府库钥匙藏在自己手中拒不交出，一面派人请答剌麻八剌之子海山回京继位。
海山在元成宗时一直镇守边关与察合台、窝阔台两汗国作战，一度取胜，甚至击毙窝阔台汗国可汗海都，使得两国不得不求和，可谓立有大功，被成宗封为怀宁王。他血统高贵，又有边功，是大多数贵族大臣属意的帝位继承人。
但他毕竟距离遥远，得到消息后率兵回大都，难以猝至。而阿难答此时正在大都，随时有继位的可能。为了占得先机，哈剌达孙催促时在怀州（今河南沁阳）的海山亲弟爱育黎拔力八达进京。
爱育黎拔力八达自幼跟随太常少卿李孟学习儒家经典，深谙汉学，但也有些优柔寡断，闻讯后犹豫不决。幸亏老师李孟进谏，才下定决心和母亲答己夫人前往大都。进京后，联合哈剌达孙软禁卜鲁罕皇后，囚禁阿难答，处死阿忽台，稳定局势。
此时，大都已经掌握在爱育黎拔力八达手中，他完全可以登基为帝。但因深受儒家教诲，他坚持等哥哥海山回京登基。
因为弟弟的谦让，海山顺利继位，是为武宗“曲律汗”。作为对弟弟的报答，他封爱育黎拔力八达为“皇太子”，约定兄终弟及，叔侄相传。
元武宗喜欢大修庙宇、行宫，对于朝臣滥赏无度，导致国库空虚。手头没钱，便滥赐爵位。史书称其“故其封爵太盛，而遥授之官众，锡赉太隆，而泛赏之恩溥”。虽只在位四年，那粒成宗未敢触动的种子已经茁壮成长。
1311年，元武宗病逝，其弟爱育黎拔力八达继位，是为仁宗“普颜笃汗”。
仁宗受过儒学熏陶，“天性慈孝，聪明恭俭，通达儒术，妙悟释典”，懂得“修身治国，儒道为切”的道理，自然想做一个“圣君”。一登基，便着力想根除那粒已经成长起来得种子。他下诏取消尚书省，减裁冗员，整顿朝政。还在1314年实行“创举”——开科举取士。
在武功上，他出兵西北，击败察合台汗国可汗也先不花，稳定边关，也算有所建树。
但仁宗的母亲答己太后却特别宠信铁木迭儿（野史言二人有私情），对仁宗处处掣肘。而仁宗又是个孝顺儿子，不敢违逆母亲，所谓“事皇太后，终身不违颜色；待宗戚勋旧，始终以礼”，结果很多改革措施中途流产，无法推行下去。
作了九年皇帝后，仁宗不得不但着遗憾离开人世，在此之前，他违背了和哥哥武宗的约定，没有立武宗之子为储君，而是将自己的儿子硕德八剌立为皇太子。这也算是其于理有亏。
1320年，仁宗之子硕德八剌继承皇位，是为英宗“格坚汗”，这位年仅17岁的少年天子爆发出勃勃生机，力图破旧立新，扫除弊政。对铁木迭儿等佞臣一律拒斥，对处处干预朝政的奶奶答己太后也不假以颜色。1322年，答己太后和铁木迭儿相继病死，英宗完全掌握了朝政大权，以拜住为右丞相，开始推行改革。
拜住是成吉思汗身边智将木华黎的后裔，又是忽必烈时丞相安童的孙子，此时年纪也只有二十出头，其人深谙儒学，心怀大志，全力辅佐英宗进行改革。
由于君臣二人的雷厉风行，不足两年之间，新政迭出：
推行助役法，民田百亩抽三，以岁入助役；
颁行《大元通制》，督责国家政制法规，推行汉法；
裁撤冗职，节省浮费，减免赋役，以舒农力；
广泛起用汉族官员和儒士，如张珪、吴元珪、王约、吴澄等；
发布《振举台纲制》，要求推举贤能，选拔人才；
罢徽政院及冗官冗职，精简机构，节制财用，行助役法并减轻徭役。
一时间，天下为之风动，海内称颂，政治为之一新。
然而，英宗的改革过于操之过急，蒙古守旧贵族的实力又没有被削弱，朝中立即集结其巨大的反对势力。以御史大夫铁失、知枢密院事也先帖木儿、大司农失秃儿为首，可以拉出一个长长的名单：前平章政事赤斤铁木儿、前云南行省平章政事完者、铁木迭儿子前治书侍御史锁南、铁失弟宣徽使锁南、典瑞院使脱火赤、枢密院副使阿散、佥书枢密院事章台、卫士秃满及诸王按梯不花、孛罗、月鲁铁木儿、曲吕不花、兀鲁思不花等等。
别人都还不算什么，可反对集团的首脑铁失不仅是英宗的妻舅，还掌握着禁军大权，这对英宗来说是极为危险的。可英宗因为与皇后感情甚好，不忍加罪，结果引来大祸。
1323年5月，英宗与拜住从上都返回大都时，驻于上都西南二十里的南坡驿，铁失等人趁夜深人静，暴起发难，杀死拜住，并弑了英宗。史称“南坡之变”。
英宗壮志未酬，便死于逆臣之手，史书称英宗“果于刑戮”，才会导致“奸党畏诛，遂构大变云”，其实，若英宗真的果于刑戮，将原本就是铁木迭儿党羽的铁失等人斩尽杀绝，又哪里来的“大变”？
英宗之死，根除那粒种子的希望再次破灭，大元王朝也走向了由盛转衰的不归路。