远古时，科学技术很不发达，许多自然现象无法解释，于是先民认为是鬼神在暗中操纵一切：得到神的庇佑，可以消除灾祸，解除病痛，否则将受到惩罚。摆脱苦厄灾祸与疾病痛苦，必须求助于鬼神，而人与鬼神的交通媒介是巫。所以，先民要解除病痛，必须依靠巫，从这个角度说，巫就是医。
“医”的繁体字形有两种，即“醫”和“毉”。“毉”从“巫”，说明医巫关系十分密切。《山海经·大荒西经》写道：“大荒之中……有灵山，巫咸、巫即、巫朌、巫彭、巫姑、巫真、巫礼、巫抵、巫谢、巫罗十巫，从此升降，百药爰在。”群巫在灵山升降，采集那里的药草。群巫采集的不是普通的药草，而是所谓的不死之药；其中的巫咸据说就“实以鸿术为帝尧医”。《山海经·海内西经》记载：“开明东有巫彭、巫抵、巫阳、巫履、巫凡、巫相，夹窫窳之尸，皆操不死之药以距之。”群巫手操不死之药，为的是救活已经死去的窫窳（yà yŭ）。显然，巫的职责是救死扶伤，与医生的职责相同；也可以说，最初的医生由巫来担任。
“巫医”的神职身份，注定其治病方法必然要利用巫术。《韩诗外传》卷十：“上古医曰茅父，茅父之为医也，以莞为席，以刍为狗，北面而祝之，发十言耳。”意思是上古名叫茅父的巫医，以蒲草为席，以草编为狗，模仿巫术，并且向北方不断发出祝祷之语。显然，作为巫医的茅父主要是利用巫术治病。实践中，巫医在治病时更多使用的是巫术和医术相结合的方法。《广博物志》卷二十二引《物源》：“神农始究息脉，辨药性，制针灸，作巫方。”搭脉、辨药、针灸，都是神农配合巫术创造出来的医疗方法。传说神农时白族的巫师们还探求了以野兽来治病的方法。《说郛》卷三十一《芸商私志》：“神农时白尼进兽药，人有疾病则拊其兽授之语，语如白尼所传，不知何语。语已，兽辄如野外衔一草归，捣汁服之即愈。”意思是巫师对兽使用巫术，使兽获知病的感应力，从野外衔回药草，人们捣烂服之即愈。当然，这只不过是巫术之幻想，但从中可以看出上古医术和巫术是紧紧结合在一起的。
医巫同源，成了后来医仙同流的滥觞，秦汉时期盛行的神仙方术也往往采用医术巫术相结合的方法。众所周知，将医生从业雅称为“悬壶”典故中的费长房，称医界为“杏林”典故中的董奉，其妙手回春的医术都来自神秘力量的佑助。民间传说虽然不可尽信，却反映了中国古代医学始终贯穿着医巫同源的传统。
“医”的小篆字形作“”，楷定为“醫”，从殹从酉。“殹”表示疾病，“酉”取象酒坛之形，表示酒可以用来治病。整字表示“治病工也”，即医生。酒可以通血脉，养脾气，厚肠胃，润皮肤，去寒气，适量饮酒是一种良好的祛湿散风、活血化淤的手段。因此，酒被视为百药之长，“医”字从酉正突出了酒在医疗上的特殊功效。马王堆出土的西汉帛书记载有五十二个医方，其中三十三个与酒有关。秦汉时大医学家秦越人、淳于意、张仲景等都有用酒治病的医案。后来，人们逐渐认识到酒可以消毒防腐，在针灸或外伤时可以用来作局部处理。
“药”的小篆字形作“”，楷定为“藥”，《说文解字》说解为“治病艸”，说明植物是最重要的中药来源。传说神农是慈爱的天神，他牛头、人身，力大无穷，常常帮助穷苦人家耕种，像牛一样，辛辛苦苦为人类服务。人类跟神农学会了种地，有了足够的粮食，从此不愁挨饿一事。可是，不少人吃饱饭之后，常常会生病。有的人患了病，很长时间也不好，直到死亡为止。这类事情被神农知道之后，他感到很焦急，他不相信巫医问卜，但也没有治疗疾病的办法。于是，他便与不少人商讨，怎样才能把疾病治好，使他们摆脱疾病的困扰。他想了很多办法，如火烤、水浇、日晒、冷冻等等，虽然能使某些疾患的症状有所缓解，但效果却不理想。有一天，神农来到山西太原金冈一带，品尝草木，发现草木有酸甜苦辣等各种味道。他就将带有苦味的草，给咳嗽不止的人吃，这个人的咳嗽立刻减轻不少；把带有酸味的草，给肚子有病的人吃，这个人的肚子就不疼了。神医尝百草是十分辛苦的事，不仅要爬山走路寻找草木，而且品尝草药还有生命危险。神农为了寻找药品，曾经在一天中中毒多次，神农被毒得死去活来，痛苦万分。可是凭着他强壮的体力，又坚强地站起来，继续品尝更多的草木。大地上的草木品种多得很，数也数不清，神农为了加快品尝草木的速度，使用了一种工具，叫“神鞭”，也叫“赭鞭”，用来鞭打各种各样的草木，这些草木经过赭鞭一打，有毒无毒，或苦或甜，或寒或热，各种药性都自然地显露出来。神农就根据这些草木的不同特性，给人类治病。他在成阳山上，曾经发现不少疗效显著的草药，如甘草可以治疗咳嗽，大黄可以治疗便秘，黄莲可以消肿等等。所以，后人管成阳山叫神农原，也叫药草山。
人类所患的疾病很多，而神农所发现的草木有治病功效的不多，他为了治疗更多的疾病，便不停地去品尝更多的草木。一次，他在品尝一种攀援在石缝中开小黄花的藤状植物时，把花和茎吃到肚子里以后，没有多久，就感到肚子钻心地痛，好像肠子断裂了一样，痛得他死去活来，满地打滚。最后神农没能顶得住，被这种草所毒死。神农以生命为代价，发现了一种含有剧毒的草，人们给它起名叫断肠草。
实践中，先民逐渐认识到，酒是一种最佳药物溶剂，于是把酒和草药混合在一起，创造出一种新的药物剂型——“鬯”（chàng），即药酒。“鬯”的甲骨文作“”，金文作“”，像用器皿盛放着用黑黍（秬）酿造的酒之形，本义就是祭祀时用的香草酒，以郁金香草与黑黍混合酿制而成，其香浓郁，可以提神醒脑，祛除蛊野诸毒和秽腐恶臭。甲骨卜辞中有关于鬯的记载，说明至晚在殷商时期，先民已经知道制作和使用药酒了。有人统计，至清代，散见于各种医籍里的药酒方近千则，而流传于民间的单验方更不计其数。
最古老的针刺工具是“砭”，“砭”字从石突出了它的石制特点。砭的外形像一根粗大的针，所以也称为石针，又称药石，或称石。《一切经音义》：“攻病曰药石，古人以石为针。”《战国策·秦策》“扁鹊怒而投其石”，其中的“药石”“石”都指砭石。用石针刺病也叫“砭”，《说文解字》：“砭，以石刺病也。”“砭”的主要作用是挑破脓肿部位，使脓血流尽而加快肿块痊愈。“砭”这种疗法在古文字形体中有所反映：金文“殷”作“”，左边是突出腹部的人形，表示人腹部患疾肿胀，右下方构件像手持砭针刺腹部。砭针作为治疗肿胀的常用工具，在文献中多有记载。《黄帝内经·素问》：“其病为痈疡，其治宜砭石。”《淮南子·说山训》高诱注：“石针所抵，弹人雍痤。出其恶血。”考古中，砭石多有发现，山东日照西城镇龙山文化遗址中曾采集到两枚锥形砭石，河南郑州附近的龙山文化灰坑里也发现一枚三棱形砭石。这说明新石器时代后期，人们已经懂得用砭石的治疗技术了。商周以后，青铜冶炼技术高度发展，刺病的石针，逐渐被金属针代替。《一切经音义》：“古人以石为针，今人以铁，皆谓疗病者也。”《左传·襄公二十三年》服虔注：“石，砭石也，季世无复佳石，故以铁代之耳。”于是，文字中也出现从金的“鍼”字，后简化为“针”。随之，以砭石治病的技术也慢慢退出历史的舞台。《汉书·艺文志》：“医经者，原人血脉经络骨髓阴阳表里，以起百病之本，死生之分，而用度箴石汤火所施。”颜师古注：“箴，所以刺病也。石谓砭石，即石箴也。古者攻病则有砭，今其术绝矣。”可见，东汉时期砭石技术已经绝迹。
“灸”是中国古代医学中常用的另一种治疗方法。《说文解字》：“灸，灼也。从火久声。”段玉裁注：“久灸皆取附箸相拒之意。凡附箸相拒曰久，用火则曰灸。”那么，“久”不仅标识“灸”的读音，也有表意的作用，即“久”“灸”是读音相同，并有相同义素的同源字。“灸”的字形从两个方面说明了灸疗的基本特点：“灸”从火表明要用火烧，烧灼是灸疗的第一个特点；从久表明“灸”在灼烧时要“附箸相拒”，既不要像针疗那样刺割，也不要像按摩那样漫漶，而是抵近肌肤表面的某一穴位点灼烧，以求对人的经络穴位产生某种热刺激，从而调理气血阴阳，疏通经脉，使人康复。