明室初以辽东兵起事，但在神宗万历年间屡次加赋，先后共增五百二十万两。毅宗时又加一百六十五万两，名为辽饷。后来又增加剿饷二百八十万两，练饷七百三十万两。先后共加一千六百九十五万两。但正统年以前，天下征收只有二百四十三万两，而此时已增加达七八倍之多，因而民穷财尽，流寇等乱源遂起。
且当时又值荒年，陕西延安人民有食榆树皮、石块者，甚至有父子、夫妇互相交换小儿为食者。于是有叛卒、驿夫、饿民结伙纷起，造成乱源。最初有高迎祥者，窜扰陕西、山西、河南、湖北四省。
接着又有李自成、张献忠扰乱甘肃。高迎祥被诛后，李自成继称闯王。此等乱党，到处掳掠十五至四十岁的民人为兵，并有号令法律。
考查以上流寇不能速平之原因，由于地方分省制度不当，因元人尽废唐宋之制而自行分省建制。总之，元、明、清三代无藩镇专制之忧，以致平日无准备，而无法禁息乱民之平地突起也。
明代北部既陷，南方则有诸王争相拥立，计有：福王在南京，唐王在福州，鲁王在浙江，桂王在肇庆。但不到二十年，上述诸王相继破灭。
清军之入关而能急速灭南明，由于汉奸之助，于是清人论功行赏：
封吴三桂为平西王，居云南。
封尚可喜为平南王，居广东。
封耿精忠为靖南王，居福建。
“三藩”不能自安，于康熙十二年自请撤藩，竟得许可，遂作反。当时耿、尚各有藩兵八千，吴三桂则领绿旗兵一万二千，再加余丁四千，共有一万六千。当时清廷要付之兵饷甚重。清廷已内定撤藩，三藩内心实不愿撤，于是吴三桂首先发起反清，滇、蜀、湘、桂等六省响应，康熙十七年吴三桂死，不久三藩乱平。
三藩之失败，主要是吴三桂不得人信仰，且三藩内部不一致。三桂晚年力衰，已无锐气。又加清主玄烨年少力壮，借汉人之力而平乱，遂由明而转清代。