蒙古的军队也是分等级的。
最高等级的一种是蒙古军，其次是由蒙古族人担任用来镇守边境的探马赤军，再其次是由中原汉人担任的汉军，最后的一级是由南方宋人担任的新附军。
蒙古军与探马赤军军籍严密，是不让汉人知道的。
住家并建立里甲制度，二十家为一甲，每一甲的甲主则必定是蒙古人。并禁止汉人去山泽捕猎；亦同时禁汉人习武艺，持兵器；亦不准有集体的汉人做祷告，做买卖；亦不准汉人夜行。这些都是为了防汉人有异动，使蒙古人易于统治。
蒙古人管理下，又多次搜括民间马匹。如元世祖至元二十三年，收民间马十万二千匹。至元二十七年，收马九千一百匹。至元三十年，收十一万八千五百匹。元成宗大德二年，搜括马十一万匹以上。元武宗至大三年，收马四万多匹。仁宗延祐四年，收二十五万五千匹。延祐七年，二万五千匹。天顺帝天历元年，十一万余匹。数十年之间，共搜括民间马共七十余万匹之多。蒙古人本为游牧民族，善于骑兵作战，因此亟需良马备用，其理甚明。
蒙古人擅长作战，不善管理财政，故有关钱财赋敛之事，便交给色目、回人办理。但凡于蒙古军所到之处，便强抢民户，作为蒙古人之家奴。如至元十四年，荆湖行省一地方官将三千八百户降民没入作为家奴，由自己设官治理之，并每年规定其应缴赋税。
又如至元十七年，阿尔哈雅等将所俘三万二千多汉人赦为民，当然亦成为蒙古人的家奴了。政府将此种措施作为对汉人的恩典，其实汉人成了家奴，只是被剥削的苦民而已。
至元十八年，蒙古人平定江南后，将江南之汉人民户分赐给诸王、贵戚、功臣，此次受赐之诸王共有十六人，后妃公主九人，功臣三十六人。高级的王有受封一二万户甚至十万户者，功臣受封的自四万户以下，至数千户或百数十户不等，视其功勋高低而定多少。当时此种奴隶的献赐、买卖和投靠，是经常发生的。蒙古人一方面拥有汉人家奴，一方面又霸占民间田地。据赵天麟写的《太平金镜策》书中记载，当时的王公大人家中，有占民田近千顷之多者，不耕不稼，谓之草场，专供马羊吃草之用。于是牧场与农田很难分清界线，便时常发生冲突。据一本《和尚传》的书中所记，当时诸王的牧地、草场，与民间的耕地混杂一起，于是互相侵夺，有司视何者势力强大，便让何者占用。亦就是没有道理可讲。又在《塔里赤传》一书中记载说，南北方的民户的农地好坏杂凑在一起，和蒙古军的牧马草地，大家互相争夺霸占，这些都是元世祖至元年间所发生的事。