继东晋十六国长期分裂之后，南北朝的对峙状态又持续了160余年，这一局面为佛教的发展提供了有利条件。
南朝佛教是在帝王们的普遍提倡和支持下兴盛起来的。宋高祖刘裕篡位时，曾有人借僧徒之口以符瑞劝进，故刘宋一朝对佛教始终十分尊重。在他们看来，佛教“进可以系心，退足以招劝”(《宋书》卷九十七)，即能够有效地收拢人心。宋文帝认为：“若使率土之滨，皆纯此化，则吾坐致太平，夫复何事！”(《弘明集》卷十一)意思是说，如果天下人都信仰佛教，那我就可以稳坐帝位，不必忧虑了。他和宋孝武帝都宠信僧人慧琳，让他参与政事，成为当时人们所共知的“黑衣宰相”。南齐帝王继承刘宋时期扶植佛教的方针。齐武帝次子竟陵王萧子良十分崇信佛教，常于邸园举行斋戒仪式，并招致名僧讲说佛法，使江南一带的佛教又有所发展。
梁武帝时，南朝佛教进入了全盛时期。梁武帝(公元464—549年)，名萧衍，字叔达，与齐皇室本是同族。早年他曾尊奉道教，与著名道士陶弘景关系甚密。当他准备夺取南齐政权时，陶弘景曾派弟子送书信表示支持。因此，在即位后，他每有吉凶、征讨大事，常遣使入山向陶弘景请教。当时社会上称陶弘景是“山中宰相”。但是，梁武帝后来权衡得失，转而提倡佛教。天监三年(公元504年)，他下诏宣布“舍道归佛”，并要求王公贵族、公卿百官等也“返伪就真，舍邪入真”(《广弘明集》卷四)，即抛弃道教等信仰，皈依佛教。
为了表示对佛教的支持，梁武帝热衷于修建佛寺等活动。据载，他亲自敕修大型寺院就有10余座，如大爱敬寺、同泰寺、智度寺等。在他的带动下，梁代王公、后妃以至门阀士族纷纷仿效，一时寺院之数剧增，仅建康一处便有500余座，全国则有2800余座。唐代诗人杜牧名句“南朝四百八十寺，多少楼台烟雨中”，便是对当时京城佛教盛况的形象描写。与此同时，梁武帝又大规模营造佛像，著名的有光宅寺的丈九无量寿佛铜像、同泰寺的十方金铜像和十方银像以及剡〔shan 善〕溪的弥勒大石像等。此外，他还多次举办大型法会，如“水陆大斋”、“无遮大会”等，以扩大佛教在民众中的影响。为了表示对戒律的尊重，梁武帝明令僧众禁断肉食，而且自己也身体力行，从此不吃荤，不喝酒。从他开始，素食便成为汉地佛教生活的一大特色；寺院僧尼一律素食，在家信徒通常也自觉素食。
最富有戏剧性的是，梁武帝曾多次“舍身”同泰寺“为奴”。他脱下黄袍，穿起法衣，自愿为僧众执役，以证实自己信仰的虔诚。据《南史》记载，梁武帝一生共有四次“舍身”，它们分别为：1.大通元年(公元527年)，在寺住四天，回宫后大赦天下；2.中大通元年(公元529年)，在寺13天，后由群臣出钱一亿赎回；3.中大同元年(公元546年)，在寺37天，也由群臣花钱赎回，回宫后大赦天下；4.太清元年(公元547年)，“出家”39天，又由群臣花钱一亿赎回。
梁武帝这样做，有着他的政治意图，那就是要借佛教来规范百姓，以巩固他的统治。他在把来世不可实现的幸福给予百姓的同时，又把现实苦难的枷锁套在百姓的脖子上。一旦全国上下都为佛教所感化，他也就能“坐致太平”了。事实上，梁武帝思想的基本倾向是重视儒术和经学的恢复、建设，以传统礼教为治国的根本；在此基础上，辅之以佛教和道教的教化。在佛学理论方面，他肯定“涅槃佛性论”，并以“神明成佛”说为中心命题。但他所说的“神明”，并非印度佛教的“业识”，而是中国传统宗教观念中鬼神、灵魂的别称。他还以为，“善恶”之说为佛教的核心，而善恶又以“忠孝”为根本。
梁武帝既要做世间的帝王，又要当出世间的首领。他实际上是依据儒家伦理纲常原则，对佛教教义予以吸收和改造，使之更好为己所用。
但是，佛教的急速发展，也削弱了国力，加深了社会矛盾。正如时人郭祖深上疏所指出的：“恐方来处处成寺，家家剃落，尺土一人，非复国有。”(《南史》卷七)就是说，要是将来全国到处是佛寺，人人都出家，恐怕国家也就完蛋了。不久，“侯景之乱”爆发，建康被攻破，梁武帝困死台城。梁朝后来的灭亡虽然是士族政治经济发展的必然，但是梁武帝的奉佛也起了一定的作用。这与他当初的意图恰好相反。他不仅自己“舍身为奴”，且把国家也给“舍”了。
史称“江东佛法，弘重义门”(《续高僧传》卷十七)，东晋南朝的佛教与北朝佛教相比，以教义理论的阐述见长。宋文帝时以“文治”见称，重视清谈玄理，他本人又通晓佛理，因此佛学自然成了“文治”的点缀。南齐萧子良对佛教理论的宣传更是不遗余力。据僧祐《出三藏记集》说，萧子良曾“召集京师硕学名僧五百余人”，请僧柔、慧次法师讲《成实论》。为了反驳无神论者范缜所著的《神灭论》，他集合大批名僧和名士撰文围攻。梁武帝不仅重视佛教实修，而且勤于研读佛经，并亲自讲经说法。他一生中撰写了数百卷有关佛理的论著，还敕请名僧撰写佛经注疏。陈代各帝王也尊奉佛教，对佛教义理颇感兴趣，常召请高僧宣讲佛经，对思辨色彩极强的“三论”学说尤为推重。