赵尔丰在川边的改土归流，尚称顺利。
康南地方巴塘、里塘改土归流初具成效。而康北的德格和霍尔五土司及明正土司等，还未着手进行。
此时，德格土司家族内部不和，正好给赵尔丰一个插手的机会。
前面讲过，鹿传霖任四川总督，派军进击瞻对藏军得胜后，曾派委员张继处理过德格土司家族内部争夺土司权力而起的纠纷。当时，鹿传霖有意在瞻对和德格实行改土归流，便借机将老土司切麦打比多吉夫妇和两个儿子先解往打箭炉，再后又解往成都软禁。鹿传霖改土归流未成，德格土司一家被释放回本土。官方正史中对此事语焉不详，但地方史料对此过程则有详细描述。
鹿传霖去职后，四川方面裁定，由切麦打比多吉的长子多吉僧格随老土司“襄理政事，如能称职，则准承袭”。不意切麦打比多吉夫妇在归途中相继病逝。经驻藏大臣文海审定，又经成都将军恭寿允准，由多吉僧格代理土司职务，并颁给印信一枚。
多吉僧格性情柔弱，继承土司职后，大权落在了负责协理土司日常事务的大头人手中。
他的同胞兄弟昂翁降白仁青则个性强悍。当年，在其母亲和驻瞻对藏官的支持下，曾经实际控制过土司大权。其父不甘心大权旁落，清军平瞻得胜后才有赴瞻对告状之举。有此前因，昂翁降白仁青对其兄承袭土司职位本就不满，见其大权旁落，便用武力迫其兄退位。川省派章谷屯委员前往调解无果，多吉僧格被迫交出土司印信，逃往西藏出家为僧。时在1903年。昂翁降白仁青上任后，为摆脱忠于多吉僧格的大头人的控制，另辟官寨居住行使土司权力。1906年正式呈请清廷，准许其正式承袭土司职位。驻瞻对藏官也派出武装进驻德格，支持昂翁降白仁青。
此举激起原多吉僧格手下任事头人的激烈反对。他们派人从西藏迎回多吉僧格，同时组织武装进攻昂翁降白仁青官寨。杀死和驱逐了部分支持昂翁降白仁青的头人，多吉僧格重新执政，并将其弟囚禁。后来，昂翁降白仁青逃走。德格土司属下头人分成两派，各拥一方，相互争战不止。最终，多吉僧格战败逃亡。昂翁降白仁青再次掌握土司大权。
此时，多吉僧格走投无路，眼见在其兄弟相争中，驻瞻对藏官并不站在自己一边，而是明明白白地支持其弟弟，所以失败后便不愿也不敢再到西藏，剩下一条路便是从清廷方面得到支持。于是派亲信南下巴塘，控告其弟反对“天命皇帝”，要求赵尔丰出兵镇压，并情愿交出土司印信，在德格改土归流。
赵尔丰平伏康南后，想在康北地区改土归流，正愁无从着手，德格土司兄弟相争誓不两立，对他而言，正是天赐良机，当即亲率大军分多路自南向北挺进德格，多吉僧格也组织土兵八百余名以为内应。昂翁降白仁青兵败逃往西藏。
民间传说，昂翁降白仁青先是率败兵逃到青海，经某寺著名活佛介绍，便和正返回拉萨的十三世达赖喇嘛一起到了西藏。他和其追随者被噶厦政府安置在那曲地方，并给予四品职衔。
战后多吉僧格“多次要求呈缴印信号纸，自愿辞去土司职务”，赵尔丰求之不得，自然允准。
公元1909年，清廷下旨，授予多吉僧格世袭都司职，保留二品顶戴花翎，每年发给膳银三千两。同时，将多吉僧格迁离德格，安置在巴塘。将巴塘前土司官寨和寨外马场、水磨及菜园数亩和草场一片，归其居住使用。也就是说，改土归流，也不是一味将土司职权剥夺了事，朝廷还是要维持他们较高的地位与生活，地位由有品级的虚衔保证，生活嘛，就是给银子和一定的生活资料。多吉僧格被迁往巴塘后，向赵尔丰兴建的新学堂捐银两千两，充作修建男女学堂的经费。为此，多吉僧格受到清廷褒奖，赏给一品顶戴和“急公好义”匾额一道。德格土司被废，附近一些小土司无力抵抗，也相继缴出印信，纳地改流。赵尔丰便在这片地方设邓柯府、德化州、麻陇州、石渠县、同普县。设置流官之外，又“集百姓议定赋税，改善差徭”。
1911年，赵尔丰接到任命，出任四川总督。他便和其推荐的新任川滇边务大臣一道率兵绕道康北，一路将孔萨、白利、朱倭等土司缴印归流。
《西康纪事诗本事注》载有赵尔丰改土归流时的文书数件。
著者贺觉非说：“兹录赵在边文件数则于后，藉见改流情形之一斑。”我将此抄录于此，想大家知道所谓“传檄而定”是什么意思。需要说明的是，这是在平巴塘、里塘、德格后的“传檄而定”。
第一则：《赵和新任边务大臣傅会衔札》：
“为会札事，照得各省土司地方，现经民政部禀请改流，奉旨允准咨行前来，自应钦遵办理。本署督部堂大臣已将朱倭、白利、灵葱、东科、孔萨、麻书六土司印信号纸一并收回，改设汉官管理。除孔萨、麻书两土司因案革除不议外，其余各土司拟禀请大皇上天恩，别给汉职世袭，永保其业。尔崇喜、曲登、毛丫各土司，应即将印信号纸呈缴来案，以便缴部销毁，并为该土司禀请改为汉职，合行札饬。为此，札仰该土司遵照，札到之后，即将印信号纸克期亲带，定于六月二十六日到打箭炉行辕呈缴，听候分谕，勿得怀疑观望，迟延干究。切切特札。”
这里出现了一些前文未有的新土司名字。
我们以前说的都是互不隶属的大土司或中土司。除此之外，还有一些小土司，清朝的土司制度，更多地狭民少的小土司是由大土司管辖的。任乃强先生《康藏史地大纲》记清代川边土司颇为详尽。例如里塘宣抚司，就“外辖长官司三”，分别是瓦述毛丫长官司，瓦述曲登长官司和崇喜长官司。
鱼科土司也是一个小土司，接到赵尔丰和新任边务大臣傅华封的“会衔札”，不敢反抗也无力反抗，但还是试图观望拖延，便上了一个“夷禀”：
“钦差大臣台前，小的鱼科土司具恳禀事，情因小的自先年以来，不比他们牛厂，小的于大皇上属下，每年上纳银子，大臣均是知道的，哀恳大臣准小的照前一样居住，赏张执照，沾感不浅，如难允准，要缴印信号纸，恳先饬绰斯甲、革什咱两土司呈缴印信后，小的亦随即缴呈。”
赵当即在这禀文上批示：“禀悉。该土司恳求照前居住，赏给执照，均如所请。应缴印信号纸，乃奉旨之件，各处土司一律办理，岂有绰斯甲、革什咱不令呈缴之理。惟尔恳求先饬该两土司缴印之后始呈缴等情，定属荒谬，同是缴印，何分先后？本督部大臣，岂有偏私，如朱倭、白利、灵葱均已缴案，该土司何不以朱倭等比较，而以绰斯甲、革什咱为衡？似此野蛮无知，本应惩办，姑从宽宥。”
严责之下，鱼科土司也只好缴印了事。
川边土司中也有携带印信号纸逃跑，以逃避改土归流的。霍尔孔萨第七代土司拥金堪珠就以进藏朝佛为名，携带土司印信，率领属下头人喇嘛等共三百余人，趁夜出逃。赵尔丰派兵追截，将其阻回，并于1911年3月，召开大会，公开收缴印信，宣布废除世袭数代的土司权力。