清朝皇帝，嘉庆过后是道光。
道光年间的大清朝，王气已经一天紧似一天。境内少数民族地方依然变乱不断，汉人地区则教乱蜂起，这是从清代开国就一直此起彼伏的老问题。前所未有的新情况是，外国人也打上门来了，而且一来就把大清国的军队打得一败涂地。一场为禁止鸦片贸易而起的战争打败了，简单的历史教科书中只说主战派首领林则徐如何被革职流放，却不说被作为投降派代表人物的琦善也没有好果子吃，“革职锁拏，查抄家产”。这说明，强敌当前，皇帝也不晓得该战还是该和。只是战和均告失败时，自己不用负责，用主办大臣代过罢了。
皇帝对此自然也心知肚明，所以过些年，又重新起用了琦善。于是，琦善出现在拉萨，出任驻藏大臣，这是大多数中国人并不知道的。史籍上说，琦善在任上“依然恭敬勤勉”。他到任后，就大力整肃西藏地方政府吏治，查处噶厦主要官员贪赎营私案件。时在道光二十四年，公元1844年，距第一次鸦片战争爆发四年。
前面说过，乾隆年间，西藏郡王勾结准噶尔蒙古作乱，傅清诛杀该郡王，自己也被乱兵所杀，死于任上。乾隆皇帝派军队入藏弹压。平乱后，制定西藏善后章程二十九条，永远废除郡王制，结束了当时世俗贵族掌握政治权力，达赖喇嘛掌握宗教权力的政教分离的局面，将过去由郡王所掌握的世俗权力也归于达赖喇嘛。从此，达赖喇嘛作为西藏宗教领袖同时掌握西藏地方政府行政大权，影响近现代西藏以致整个藏区治乱的政教合一制度正式形成。虽然驻藏大臣的设置对政教权力集于一身的达赖喇嘛有所节制，但琦善到西藏任职时，随着清朝国势衰弱，驻藏大臣对西藏地方政府的影响力严重下降。噶厦政府官员保守颟顸，不知世界大势，弄权贪腐，结党内斗，内部统治糜烂不堪。琦善面对这样的情形，还思对藏政有所振作，筹划对藏政进行改革，推出《酌拟裁禁商上积弊二十八条》。“商上”，原是达赖喇嘛个人的一个管理机构，达赖喇嘛全面掌握西藏政教大权后，渐渐也成为噶厦政府的代称。琦善改革的重点，着意重申驻藏大臣地位与达赖、班禅平等，强调西藏地方外事交涉权由驻藏大臣掌管。
琦善又查办了因达赖喇嘛年幼不能亲政，控制噶厦政府实权达二十六年之久的摄政王策墨林二世，将其革职，并查抄家产。
接下来，他又着手整顿驻藏清军。
道光二十四年八月，琦善上奏：“西藏驻防弁兵原系三年一换，例准雇佣番妇代司缝纫樵汲。”也就是说，驻扎的清兵可以雇请当地藏民妇女缝补衣服，砍柴背水。但后来，三年一换的制度也不能正常实行了，“迨后留防过多，更换日少，该弁兵奸生之子在营食粮者，现已十居二三”。你老不换防，这些兵就跟当地“番妇”有了“奸生之子”。而且，这些兵二代一天天长大，只好就在军营中张口吃饭，那兵营就很不像兵营了，“且恐在营弁兵渐成唐古特族类矣”。担心长此以往，驻藏清军官兵都藏化了。
再解释一个名词“唐古特”，清代时，对于青藏高原的世居民族，尚没有统一的“藏族”这个称呼。有些人被称为唐古特，有些人被称为“番”，比如瞻对人，在以前我们所见的奏文中，就都被称为“番”。而征金川前，当地人又有另外的称谓“苗蛮”。
皇帝当然同意琦善的措施：“嗣后遇换防之期，即行照例更换，少准留防。”
但能不能实行，就不知道了。因这些兵长留驻地，一则是无兵来换，二则是因为被拖欠军饷，拿不到工资，就只好赖在兵营等待欠薪发放。
同年同月，琦善又上奏：“前藏应存火药、铅子等项因滥行借支不敷操演。”滥行借支造成军火库的亏空数目不小，奏折中有具体数字：“火药四千一百六十斤，火绳一千六百盘，铅子三万三千粒，炮子二百颗。”怎么办呢？“将前历任驻藏大臣交部议处”，办了一干大员。但体制弊坏，大小官员贪腐，从来是前赴后继，远比战场上的士兵勇敢。
川藏道上，还有专管转运和储备军粮的官员叫“粮员”。琦善又奏报皇帝，好多粮员卸职回川时，也不搞离任审计，以致“交款未清，请饬来藏质算”。皇帝下旨，便有两位粮员回川做了知县的，被勒令回藏“质算明确”。
事有凑巧，当琦善在西藏任上大事整顿时，道光二十六年，鸦片战争中因主战被流放伊犁的林则徐也被重新起用，署陕甘总督。但他离开新疆还没有到任所，又遇青海一带番人“作乱”，便先派他去“搜捕番贼”，“以三品顶戴署陕甘总督林则徐为陕西巡抚，命筹办番务竣事再赴新任”。
道光二十六年，琦善到西藏刚两年，所办藏事刚有些眉目，又接到新任，“赏驻藏办事大臣琦善二品顶戴，为四川总督”。
新总督没到任，琦善只好在西藏继续办事，等新总督到了。琦善才欣然束装就道，那已是一年多后的道光二十八年间了。