朱棣夺取皇位对明朝政治的影响是深刻的，它同时也给明朝的北部边防留下隐患。为了夺取和巩固皇权，朱棣借助边防力量，使之调头向南，塞王的内迁、北京的经营都是为着巩固统治和对付国内的反对势力。朱棣的地位巩固了，北部边防却空虚了。随着国内秩序的稳定，朱棣把重点转移到控制四夷的宏伟事业上来，为的是做一个超迈千古的盖世雄王。然而，他的蒙古政策，并没有取得预想的效果。北部边防困扰了明朝近两百年。
明朝弘治年间的兵部尚书马文升说：
太祖高皇帝平一四海之后，以西北边境与胡虏密迩，虑为边患，故于甘州设立陕西行都司，宁夏设立五卫所，大同设立山西行都司，宣府设立万金都司，古营州设立大宁都司，于辽东古襄平设立辽东都司，各统属卫如臂指之相使，气脉之相属，以捍卫夷虏，又分封肃、庆、代、谷、宁、辽六王于甘州、宁夏、大同、宣府、大宁、辽东，凡百军马俱听节制，以藩屏王室。若有寇贼侵犯，就命各王挂印充总兵征剿，各边初无总兵镇守巡抚官之设，彼时胡虏远遁，边方宁谧。
朱棣的即位，打破了北部边防的这一格局。
朱棣以一隅之兵争天下，必须先安定后方，巩固地盘，并需要扩大自己的力量。安定后方，有两点十分重要，一是号称“善谋”、实力仅次于燕王的宁王朱权不要做梗；二是鞑靼诸部不要乘机捣乱，如果能争取他们加入自己的营垒则更好。《明史》说：
成祖从燕王起靖难，患宁王蹑其后，自永平攻大宁，入之。谋胁宁王，因厚赂三卫，说之来，成祖行，宁王饯诸郊，三卫从，一呼皆起，遂拥宁王西入关。成祖复选其三千人为奇兵作战。天下既定，徙宁王南昌，徙行都司于保定，遂尽割大宁地畀三卫，以偿前劳。
这里讲燕王“靖难”之后做了三件事：徙宁王南昌，徙行都司保定，割大宁之地。朱棣不惜削弱北部边防以夺取和巩固皇位，这样的代价实在是太沉重。
关于“尽割大宁之地畀三卫”，明人的记载是很多的。然而《实录》、《明会典》等官书并无记载。明末清初学者顾炎武说：“靖难兵之起，三卫夷人从战有功，故畀之(大宁之地)，国史不书，莫可考焉。”兹举私史数例：
郑晓：《皇明四夷考》：
靖难初，首劫大宁兵及召兀良哈诸酋率部落从行有功，遂以大宁畀三卫，宁王移封南昌，徙行都司于保定为大宁都司。今三卫岁二贡，贡卫百人。
王世贞：《弇州史料前集》卷十八三卫志：
文皇从燕起靖难，使使以赂请，而兀良哈以骑来从战有功，……文皇帝乃移王与其军内地，而以其地畀兀良哈等，使仍为三卫，其官都督至指挥千百户有差，约以为外藩，岁给牛具、种、布帛、酒食良厚。
严从简：《殊域周咨录》卷二十三：
靖难兵起，……尽拔大宁诸军及兀良哈三卫胡骑，挟宁王入松亭关，趣援北平。永乐元年敕谕兀良哈部落曰：……今仍旧制。设大宁、福余、朵颜三卫，俾尔等统处军民，镇守边境……乃废大宁镇，空其地给赏三卫夷人，每岁朝贡以为东北外藩。
朱鹭：《建文书法拟》上：
建文元年十月，靖难兵以宁王权及大宁诸军、兀良哈三卫胡骑入松亭关，趣援北平，大宁空。(大宁既破……从官稍稍入城，阴结诸胡并思归之士，濒行宁王饯送郊外，伏兵拥宁王去，遂诏诸胡及护卫官校，皆从宁府毕发，而城为之空。其后，大宁弃与朵颜诸虏，而行都司迁保定。)
屠叔方：《建文朝野汇编》：
燕王靖难初，兀良哈骑兵先鞑靼来助，遂弃大宁故地与之，以内边为界。
谈迁：《国榷》卷十七：
义旗初建，首下大宁，简兀良哈三千骑为奇兵，立三千营，不忘其德，尽捐大宁地予之，割雄镇以资伏莽。
此外，还有相当多的文章奏议均同此说。
在蒙古方面，记载此事的则有《蒙古黄金史纲》。
朱风、贾敬颜译：《蒙古黄金史纲》：
永乐皇帝统帅自己少数护卫与山阳之六千兀者人，水滨之三万女真人又黑城的汉人整兵来伐洪武皇帝之孙建文皇帝，捺银印于颈而废逐之。于是……永乐皇帝为君……号曰永乐大明。以拥立之功而赐与六千兀者人以三百大都。
这段话虽未确指以大宁地畀兀良哈之事，但却有力地证明靖难时朱棣与兀良哈之间有过一笔政治交易。
日本和田清先生对以大宁畀三卫的说法表示怀疑。他认为此说是由于人们对建文帝的同情而将事实演义了。他说“三卫远在北方的根据地，它既没有被成祖收买的可能，也没有胁从宁王的可能”。“成祖不但没有得到三卫的援助，反而曾为制驭三卫费尽心机”。而且成祖还说过“今灭此残虏，惟守开平、兴和、宁夏、甘肃、大宁、辽东，则边境可以永远无事矣”这样的话。成祖弃大宁，有“徐图他策”的打算。只因为他的死，重置大宁的志愿才未得实现。
类似的说法在明朝时便已出现，或为和田清之说所本。陈仁锡在《皇明世法录》中说：
论曰：三卫地界宣、辽，为蓟门之肩背，自大宁失而宣辽隔绝，昔人有血脉雍滞，肩背拘孪之恨，岂不信哉！世多以文皇畀虏为口实，爰考永乐、宣德有剿捕之诏，有宣捷之敕，除恶务本，曷尝不廑门庭之诚乎？且文皇帝尝语大学士金幼孜曰：今守开平、兴和、大宁，边境可幸无事。当日无弃大宁之意甚明。大宁弃斯开平难守，开平弃斯古北可虑，胡马云扰，谁阶之厉？初以三卫侦虏，亦略仿汉倚乌桓伺匈奴。或谓喜处之可因以为间，虽藩离失而耳目在，计非全拙。乃市赏无艺，至为东西虏攘臂挂藉，譬养鹰而绦绁去手，又如之奈何！
尽管陈仁锡做了这样一番辩护，但仍不能否认大宁失于朱棣之手：“兀良哈从征有功，文庙嘉其绩，秩以都督，宠以三卫，于是徙镇入于蓟南，而畀其地。”即以“养鹰而绦绁去手”而喻之，其中也不无批评之意，至少得以“不慎”、“决策失误”归咎之吧！劳堪则将大宁的丢失，归于朱棣等过分相信兀良哈的“诚款”所致，“永乐宣德之间，但知兀良哈之诚款，开平之艰远，东胜之丁口不立，甘心弃土，略不顾惜，非往事之恨乎？”明朝灭亡后，顾炎武曾到北京一带考察山川利病，他同样认为大宁是由于靖难而放弃。
不管怎样，朱棣无法逃脱丢弃大宁的责任。
朱棣以塞王起家，对拥兵守塞的诸王的力量有深刻的认识，因而对之十分戒备。除燕王外，塞上之王以宁王朱权的势力最大。同燕王一样，宁王也有争夺皇位的野心。朱棣做了皇帝，宁王就成了最危险的人物。宁王要求徙封内地，正中朱棣下怀。但宁王请苏州、钱塘皆不获准，终于徙封南昌。《太宗实录》载：
永乐元年二月己未，以大宁兵革之后，民物凋耗，改封宁王府于南昌。
三月壬午，改北平行都指挥使司为大宁都指挥使司，隶后军都督府，设保定左、右、中、前、后五卫，隶大宁都司，调营所左屯卫于顺义，右屯卫于蓟州，中屯卫于平峪，前屯卫于香河，后屯卫于三河。设左、右、中、前、后五所，仍隶大宁都司。
如果不是有意放弃大宁，在内徙宁王之后完全可以保留原大宁都司卫所以戍守之，大宁都司迁于北京城南之保定，其卫所亦散置于北京周围而于原大宁之地却完全不设防，显然是故意放弃大宁。与内徙宁王弃守大宁的同时，朱棣对兀良哈三卫则恩宠有加：
永乐元年五月乙未，敕兀良哈三卫官军(按：三卫既已归附，且从战有功，故称官军)，人等曰：朕嗣位之初，已尝诏喻尔众，……但有来朝者，悉授以官，俾仍居本地，岁时贡献，经商贸易，一从所便。前阿哥歹、那海帖木儿、纳哈出来寇广宁，守臣擒送至京。朕矜其远人，且各有父母妻子之思，曲宥其死，就令尚都等送还并谕尔知之。
不仅授官互市，而且为寇者亦曲宥之。固然，朱棣怀柔远人的政策是一贯的，问题在于，为什么明知兀良哈之不可靠，却还要从大宁撤防呢？朱棣第三次北征，以兀良哈“党逆”，曾回师击之，为什么不因而恢复在大宁的防御设置呢？和田氏说：朱棣“出师未捷而崩于榆木川，重置大宁之志未得酬现”。我想，以朱棣“五出漠北，三犁虏庭”之威，以南征交阯、远出外洋之盛，是完全有能力恢复大宁的，不必临死再为之嗟叹。他可以远出漠北，边防线大大向北推移，因此用不着在大宁再设防，大概可以说朱棣就根本没有“重置大宁之志”！
进而放眼看去，无论是明人陈仁锡等，还是日本人和田清氏，都忽略了一个前提，即朱棣是以普天下之主自居的。他自认为四海一家，无分内外，兀良哈与任何异族异类一样都是他的臣民，对于那些殊方远夷朱棣尚可不分彼此，厚往薄来，对于有功靖难的兀良哈格外眷顾就十分自然了。朱棣自己并不认为是放弃了大宁，因而也便无须有“重置大宁之志”。问题在于，朱棣的这一四海一家的宏伟构想，在国力强盛、君主有为之时尚可维持一定局面，而一旦国力削弱，主暗臣庸，非只“天下一家”不可能实现，就连近在咫尺的边陲之地也难于控制了。历史事实已经证明朱棣好大喜功，大而无当反不及朱元璋的稳扎稳打来得可靠。
在蒙古地区脱离中原政权的控制时期，大宁是明朝边防的战略要地。顾炎武说：“大宁居遵化之北一百里，沿山海以逮独石，一墙之外皆其地。独石、山海离京师皆七百里，与大宁正相等。国初建谷、宁、辽三王，与代朔若运雉，以屏藩东北，其为计深矣！”其时，大宁与宣府、辽东并列为第一道防线，朱元璋又命徐达西自古北，东至山海修关隘一道，为第二道防线。因此，控制大宁，对于制驭兀良哈、女真，遏止鞑靼东进是十分重要的。
为了经营大宁，朱元璋曾花费一番苦心。洪武二十年，为了对付纳哈出，朱元璋下令筑大宁、宽河、会州，富国四城，并驻兵防守，随之，设大宁都指挥使司及大宁中、左、右三卫，并以木榆、会州、新城等卫隶之。洪武二十四年，宁王就藩大宁，又增置卫所十余处。朱元璋甚至在大宁卫设立儒学，教授武官子弟，设教授训导，“仍选识达达字者教习达达书”，并“颁经书，以广文教”。这些，在朱棣下令拔大宁于保定后，全被取消了，大宁“遂为空城”。朱元璋的心血，被朱棣做皇帝的野心和大而无当的规划淹没了。
兀良哈三卫设于洪武二十二年，而“久之皆叛去”。靖难之役后，朱棣虽加意拢络，“欲使受国恩，永为外藩，共享太平之盛”。但兀良哈三卫“当成祖之世已烦驾驭”，不时剽掠边地屯堡，甚至与本雅失里合谋寇边。因此，放大宁虽贻患后世，但永乐年间就已显出祸端。
大宁之弃，使辽东到宣府的防御线被切断了。而且，大宁既弃，开原逼塞不可居，不得不将韩王朱松改封平凉。再加上东胜诸卫迁于内地，开平迁于独石，北边第一道防线完全崩溃，只有靠近北京的第二道防线可守。自是“诸夷列我险阻，闯我门庭，要我官员，残我吏民”，“畿辅之间骚然多事矣”。永乐以后的边患，不少与兀良哈有关，加之国都迁于北京，其威胁益显严重。后人对此批评甚多！
正统己巳，嘉靖庚戌，诸敌犯内，皆从此(指大宁)至，则(兀良哈)阳顺阴逆，亦卧榻鼾睡故也。
泰宁、福余常与东虏合，而朵颜常与西虏合。弱则乞赏，强则要挟。少则鼠窃狗偷，众则称兵入犯。或联姻于西虏而藉其势，或乡导于东虏而假其声……使我蓟边疲于奔命，此贼寔为之耳。
明朝许多有识之士，看到这种局面潜伏着更大的危险，有练兵振武之谋，有恢复大宁之议。大学士丘浚指出：“京师东北藩离单薄之甚，异时卒有外患，未必不出于此。”明末东北边警频仍，完全证明了丘浚的这一预见。
此外，在内迁辽王的同时，朱棣又将谷王从宣府、辽王从广宁内迁。塞王内迁，固然解除了诸王对皇位可能构成的威胁，但也大大削弱了北边的防卫力量。这样，就形成了国都靠近前线，天子坐镇守边的局面。尽管朱棣雄心勃勃，长驱远驾，扬威塞外，但留给后世的却是北部边防退缩的格局。
朱棣的措置失当留于后世，极大地影响了明朝政权的稳固。明末清初，不少人追究明朝灭亡的责任，都不免要归罪于朱棣。傅维鳞说：“太宗定鼎幽燕，居外驭内，南面以临海宇。独迫在边陲，则守御为艰。然而大宁之内徙三卫之外向，独石之孤悬，东胜之沦没，抚今追昔，宁无叹慨！而况于数千里严疆，一旦波沉陆海，则明季边臣之偷玩，有不忍言者。而迹其始境，宁不罪有所归哉！”让朱棣承担一定罪责是不冤枉的。