虽然，在朱元璋的怀柔政策下，有不少蒙古官民归顺了明朝，甚至在官僚队伍中有鞑官，军队中有鞑军；虽然由于明军的打击，由于蒙古内部的纷争，蒙古势力有所削弱，但从整体上说，蒙古鞑靼、瓦剌、兀良哈三部并未正式置于明朝的统治之下。明人说：“成祖以武定天下，欲威制万方。”对于不肯归顺的蒙古势力是不会置之不问的。但是，朱棣即位之初，百废待举，而处于纷争中的蒙古各部，一时也还难以给明朝构成威胁，因而，朱棣对蒙古的政策在永乐初期是以怀柔为主，以防守为主，即所谓“来者不拒，去则不追”。凡来归附的，均以礼接纳，不愿归或归而复叛者，也不强求。
洪武三十五年(建文四年，1402年)十二月“有边地降虜叛去者，宁夏总兵官左都督何福“请举兵追之”。朱棣说，“但今朝廷大体，当以诚待之。春秋驭夷之道，来者不拒，去则不追。盖彼之来，既无益于我，则其去也亦何足置意！况其同类颇众，其间必有相与为亲戚者，今若以兵讨叛，其未叛者亦将置疑。不若姑听其去，但严兵备、固疆圉，养威观衅，顺天行事。如造次轻举，后悔无及。”
对于边外用兵，朱棣还举汉武帝以为戒。他说：“汉武帝穷兵黩武以事夷狄，汉家全盛之力遂至凋耗。当时虽得善马，岂足偿中国万一之费？朕今休息天下，惟望时和岁丰，百姓安宁。至于外夷，但思有以备之，必不肯自我扰之以罢弊生民。”
可见，这时朱棣对于边外用兵十分谨慎，他的这种决策，显然受到实力的制约。
既然一时还不能臣服鞑靼、瓦剌诸部，那么，只有先求与之通好。朱棣一即位便遣使赴和林敕谕诸部酋长。永乐元年(1403年)蒙古诸部推奉鬼力赤为可汗。朱棣又遣使致意，谕之曰：“比闻北地推奉可汗正位，特差指挥朵儿只恍惚等赍织金文绮四端，往致朕意。今天下大定，薄海内外皆来朝贡。可汗能遣使往来通好，同为一家，使边城万里烽堠无警，彼此熙然，共享太平之福，岂不美哉！”
这位鬼力赤可汗，对于已经分裂的蒙古，并不能做到实际的控制，特别是无法控制西部蒙古的瓦剌部。朱棣承认鬼力赤在全蒙古的统治权，也是限于力量无法向北伸延。但朱棣并不是不想对蒙古进行控制，他在永乐二年便向瓦剌等地派出使节，争取不战而屈之。其谕瓦剌头目马哈木、太平、把秃孛罗及和林等处头目说：“朕承天命，主宰生民，惟体天心为治，海内海外，一视同仁。今天下底定，四方万国无不来廷，皆已厚加抚绥，劝忻感戴。惟迤北诸部犹观望进退，出没边境，未有归诚。今遣指挥完者先那海、百户亦剌思等往谕朕意。夫天下一统，华夷一家，何有彼此之间？尔其遣人往来相好，朕即授以官赏，今还本地射猎畜牧，安生乐业，永享太平之福。”
我们对比永乐元年和永乐二年的两通敕书，便会发现其中的矛盾。朱棣既然承认鬼力赤为蒙古可汗，要求通好，便不该再遣使瓦剌头目及和林等处头目，望其归诚；反之，要求瓦剌头目及和林等处头目归诚明廷，便是对其可汗的不友好。朱棣推行如此矛盾的政策，正反映了他的尴尬处境与矛盾心态。他希望统治全蒙古，做个主宰华夷的君主，但没有力量；他遣使蒙古可汗鬼力赤要求通好，但不真诚，因为他有臣服蒙古之心。这种矛盾的政策使他无法处理好与鬼力赤的关系，鬼力赤等人对朱棣的心计看得一清二楚。另外，可以断定，朱棣一旦认为自己的力量强大到足以臣服蒙古，便会抛弃这种矛盾的政策。
朱棣一再遣使鬼力赤，但鬼力赤非但无所表示，反而一再传言鬼力赤有寇边的意图。朱棣对此十分警觉。永乐三年五月庚申，鞑靼头目察罕达鲁花遣人归附明朝，使人言，鬼力赤见在卜鲁屯之地。朱棣联想到不久前山西地方曾报告说云内及天城小尖山有火，因而料定“此必鬼力赤遣人觇我边也”。他敕谕迤北巡哨武城侯王聪、同安侯火真曰：“尔等可遣精骄密侦其动静，若来寇开平，即设伏出奇击之。”朱棣一再通过各种途径了解蒙古的动静，并令缘边兵马加紧备御。永乐四年二月丙子，朱棣以书谕赵王朱高燧：“小旗孙成自虏中逸归，见鬼力赤阿鲁台也孙台向东南行。其来寇掠边境，亦未可知。尔速遣人驰报武安侯郑亨等，令坚壁清野以待。自黑峪、车坊至鱼台领隘口，可塞者塞之，不可塞则凿深壕以断其路，仍督兵屯田，且守且耕，寇来则相机用事。尔居守北京，一切边务皆当究心。”他同时还谕武城侯王聪、同安侯火真率将士往兴和同武安侯郑亨备御，敕谕甘肃总兵官西宁侯宋晟“训练士马，坚固城池以俟，无为虏所乘”。
永乐四年三月辛丑，朱棣派遣指挥哈先、千户火儿忽答恍惚儿阿忽来赍书再谕鞑靼可汗鬼力赤，其口气已较前大为强硬。
联嗣天位抚天下，体天心以为治，惟欲万方有生之众咸得其所。今海内海外万国之人番已臣顺，安享太平。尝遣使致书可汗，谓宜通好往来，安为一家，而可汗不晤，拘我使臣掠我边境，自阻声教之外。夫天之所兴，孰能达之；天之所废，孰能举之？昔者天命宋主天下，历十馀世，天厌其德，命元世祖皇帝代之。元数世之后，天又厌之，命我太祖皇帝君主天下。此皆天命，岂人力之所能也！不然，元之后世自爱猷识里达剌北徙以来至今，可汗更七主矣，土地人民曾有增益毫末者否？古称顺天者昌，逆天者亡，况而之众甲胄不离身，弓刀不释手，东迁西徙，老者不得终其年，少者不得安其居，今数十年矣。是皆何罪也哉！可汗聪明特达，宜敬天命，恤民穷，还前所遣使者及掠去边境之人，相与和好，且用宁息尔众，同享大平之福，顾不伟哉！若果负倔犟之性，天命之穷有所不顾，必欲以兵一较胜负，朕亦不得独已。中国士马精强，长驱迅扫之势，恐非可汗能支也。可汗其审度而行之。文绮二表里往致朕意。
永乐五年十月壬辰，朱棣再次致书谕鬼力赤：“前遣使致书可汗，本朝通好，共享太平乃拘留信臣不报，今再遣百户早花等审求其故。祸福之机，天有显道，惟可汗省之。”然此次致书仍不获报。
这时，蒙古鞑靼、瓦剌之间攻杀不已。可汗鬼力赤实际在鞑靼头目阿鲁台的控制之下，被当作号召蒙古各部的工具。但因鬼力赤“非元种”。“其臣不肯下”。
与此同时，元裔本雅失里的势力却在兴起。本雅失里又名完者秃，流亡于帖木儿帝国，居撒马儿罕之地。蒙古兀良哈部来朝者向明廷报告说本雅失里欲率其卒合别失八里之众南掠。虽然别失八里远在西北，且据说本雅失里部属不过百人，但以其元裔的身份，必有相当的号召力，朱棣绝不能掉以轻心。又有消息说蒙古将遣人“迎立之”。于是，他于永乐六年正月甲子派遣太监王安往别失八里，潜察其所向，同时敕令甘肃总兵官何福等遣人往哈密以买马为名而觇本雅失里动静。三月辛酉，朱棣又遣使赍书谕本雅失里，劝其勿做非份之想。
鸿胪寺丞刘帖木儿不花等回，知尔自撒马儿罕脱身居别失八里，今鬼力赤等迎尔北行。以朕计之，鬼力赤与也孙台文结肺腑之亲，相依为固，今未必能■亲就疏矣，况乎握重兵！虽或其下有附尔者，亦安敢与之异志？今尔与鬼力赤势不两立矣！夫元运既讫，自顺帝之后传爱由识里达腊至坤帖木儿，六辈相代瞬息之间，且未闻一人遂善终者。此亦可以验天道。然则，尔之保身诚不易也。去就之道正宜详察善处。古之有天下者，皆于前代帝王子孙封以爵土，俾承宗祀，如周封舜之后胡公满于陈，封夏之后东楼公于杞，封商之后箕子于朝鲜，微子于宋。汉唐宋亦皆封前代之后。我皇考太祖高皇帝于元氏子孙存恤保金尤所加厚，有来归者皆令北还，如遣妥古思帖木儿还，后为可汗统率其众，承其宗祀，此南北之人所共知也。今朕之心即皇考与前古帝王之心，尔元氏宗嫡，当奉世祀，吉凶二途，宜审思之。如能幡然来归，加以封爵，厚以赐赍。俾于近塞择善地以居，惟尔所欲。若为下人所惑，图拥立之虚名，虽祸机在前有不暇顾，亦惟尔所欲。朕爱人之诚同于皦日，今再遣刘帖木儿不花等谕意，并赐织金文绮衣二袭，彩币四端，尔其审之。
朱棣的一纸诏书自然没能阻止本雅失里东来，权位的诱惑力是至为强大的。但有一点则被朱棣说中了，鬼力赤必与本雅失里势不两立，而首先受害的竟是鬼力赤。永乐六年十二月，传来蒙古迎立本雅失里戕杀鬼力赤的消息。鬼力赤的被戕杀，也许不都因为他“非元种”，有传说“鬼力赤欲归附而未决”是否与其被戕杀有关，亦未可知。
本雅失里雄心勃勃，甚至要恢复大元帝国。朱棣被迫接受了本雅失里被立为可汗这一现实。永乐七年三月，朱棣派都指挥金塔卜歹和给事中郭骥出使鞑靼，郭骥曾出使帖木儿汗国很可能与本雅失里相识，朱棣在信中说：
边将得尔部下完者贴木儿等二十二人来，其言众已推立尔为可汗，尔欲遣使南来通好，朕心甚喜。今遣都指挥金塔卜歹、给事中郭骥等赍书谕意。可汗诚能上顺天心，下察人事，使命往来，相与和好，朕主中国，可汗主沙漠，彼此永远相安於无事，岂不美哉！彩币大表里用致朕意，完者帖木儿等朕念其有父母妻子，均给赏赐令使臣送归，可体朕至意。
朱棣在诏书中表示无意臣服本雅失里，愿意与其平起平坐。他送还了边将所得之二十二人，对其臣阿鲁台等也都有赐赍，真可以说是至为诚恳了。
然而，事实并不像朱棣信中说的这样简单、美好。朱棣在争取通好本雅失里的同时，仍然在与蒙古瓦剌部频繁联络，朱棣于永乐六年十月丙子接待了瓦剌马哈木等的使节，并于七年五月封瓦剌马哈木为特进金紫光禄大夫顺宁主。太平为贤义王，把秃孛罗为安乐王，并给赐印诰。既然称本雅失里为可汗，又相约“可汗主沙漠”，为什么又封其臣马哈本等为王？且本雅失里既为元裔，自以乃祖乃兄继承者自居，其志焉得囿于沙漠？本雅失里心中十分清楚朱棣的诚意有多大。他绝不会接受朱棣为他划定的范围的。而且，迎立本雅失里的主要是鞑靼头目，瓦剌与之势不两立，朱棣封瓦剌头目为王，只能会给鞑靼头目带来反感。果然，本雅失里等拒绝了朱棣的要求，永乐七年六月辛未，百户李咬住及鞑靼伯兰等从漠北带来了给事中郭骥被杀的消息。其时，本雅失里阿鲁台为瓦剌所败，居于胪朐河，“欲驱败散之卒，掩袭兀良哈诸卫，遂袭边境”。朱棣无法忍受如此的侮辱，怒曰：“朕以至诚待之，遣使还其部属，乃执杀使臣，欲肆剽掠，敢肆志如是耶？逆命者必歼除之耳！”他决心用武力铲除逆命之寇。
朱棣对蒙古的政策从此发生一大变化，从“去则不追”变为“逆命必杀”。从此，他为歼除“逆命”之寇耗尽了精力，一直到死于北征蒙古的归途。
从表面看来，朱棣是在一再忍让，求和不成才怒而决定用武的，实际上，朱棣对蒙古政策的变化还有更深刻的内在原因。首先，明朝国内的形势已远非朱棣即位时可比了，政治反抗已经大体平息，社会秩序已经稳定，另外安南的战争从永乐四年开始至永乐五年告一段落，明廷在安南设置了郡县，篡杀逆命的黎季犁、黎苍等已献俘京师。朱棣已经可以腾出力量把目光投向北方。朱棣说“逆命者必歼除之”的话是在永乐七年六月，而在这一年的三月朱棣已经从南京来到北京。难道朱棣此次北行只是为了巡幸他的龙飞之地吗？他是否对在北边用兵早有成算呢，且本和田清先生说：“在这期间，四月，所以派郭骥等出使蒙古，如果不是为了冀求万一侥幸诏抚收效，也只是为了获得出兵的借口。”是肯定朱棣早已有了出兵的决定的，但这方面的证据还不足。然而，我们从朱棣的北巡、营山陵、封瓦剌马哈木等为王，以及赦免曾助其靖难的将士及北京人民之罪这些事来看，朱棣确已用更多的精力注意北边的工作，可以说，朱棣用兵蒙古从而使之臣服也是久有酝酿的。
永乐七年七月，朱棣以淇国公丘福为征虏大将军，率师十万征鞑靼。八月，丘福败绩胪朐河，全军覆没，《明实录》等书多以为丘福指挥失误，并说丘福辞行时，朱棣曾授以方略，丘福临阵背弃朱棣所嘱云云。这显系为朱棣开脱之辞，明军失败的根本原因在于朱棣的轻敌。朱棣在郭骥被杀以后仅一个月，便命十万之师仓卒远征，准备不足是显然的。当时海内大定，经济已经得到恢复，明军又在安南取得新胜，朱棣方在志得意满之时，又过低估计了鞑靼“残虏”的力量。他的这种情绪，很可能也传染了丘福。清初史学家谈迁说：“本雅失里之初，众心未附，降胡接踵。谓垂败之虏，尺组可缚。故淇公挥剑无前，灭此朝食。迨警尘沸天，捐十万之甲以填胪朐，犹未塞也。嗟呼，蜂虿有毒，况冒顿之馀腥乎，上(朱棣)在潜邸，数出塞北，自后阴山断牧者十馀年。兵有时而变，不得以前事为准也。”朱棣错误地估计了形势，对这次失败是要负责任的。
朱棣志得意满，方欲用“四夷来朝”、“天下一家”来夸耀于国人，然而遣使被杀，命将败绩，“逆命者”仍然逍遥漠北。高傲的大明皇帝无法忍受如此巨大的耻辱，绝不能让潜在的政治反对派在暗中窥笑。为了保住尊严，只有一种选择，亲征，而且必须取胜！