汉文帝十三年（前167），文帝下诏废除肉刑。这是中国刑罚史上最重大的事件之一，也是刑罚从野蛮走向文明的标志性事件，从此，以肉刑为中心的旧五刑制度逐渐向封建新五刑制度演进。然而肉刑废除却充满反复，其间有无数坎坷与波折。
文帝除肉刑与一位少女有关，班固有诗《咏史》赞曰“百男何愦愦，不如一缇萦”，说的就是此人。据《汉书·刑法志》记载：当时，齐国的太仓令淳于意有罪应受刑，被押往长安。他有五个女儿，但却没有儿子，伤心之余不禁骂道“生子不生男，缓急非有益”，没有儿子，碰到急事真是一点办法也没有啊！他最小的女儿缇萦听后非常伤心，就陪同父亲到长安向皇帝上书说：“我父亲当官，临淄城的人都称赞他廉洁公平，现犯法要受刑。人死不能复活，受肉刑后，残缺的身体也无法恢复，就是以后想改过自新也不可能了。为此，我愿意到官府为奴，换得父亲不受刑，使他以后有自新的机会。”
文帝读到这篇上书，“怜悲其意”，非常感动，立即下诏：“现今法令规定了黥、劓、斩左右趾等肉刑，但奸邪之事仍久禁不绝，这是为什么呢？这是因为教育不得法啊！朕非常惭愧……由于教育不得法，导致很多人犯罪，并被施加刑罚，其中有的想改恶为善，但却没有机会了。朕很同情他们。肉刑断肢体，刻肌肤，终身不能再生。这种刑罚使人何等痛苦而违背道德！难道符合为民父母的本意吗？”文帝于是下令废除肉刑。具体的办法是：改黥刑为髡钳（剃光头发胡须、脖子上戴一个铁钳）城旦舂，改劓刑为笞三百，改斩左趾者为笞五百。
文帝废除肉刑之举，无疑具有划时代的意义，它首次将存在了两千多年的肉刑废除，是刑罚从野蛮走向文明的重要标志，符合社会进步的要求。同时，改革还体现了文帝对刑罚的目的的新认识：刑罚不仅仅在于惩罚犯罪，还在于改造罪犯。文帝充分认识到刑罚的教育功用，为罪犯开辟了改过自新、重新做人之路，因而文帝的改革被后世颂为“千古之仁政”。
但是，改革不可避免地存在一些不足。
首先，将斩右趾改为弃市（死刑），这其实扩大了死刑范围，加重了刑罚，不符合除肉刑的初衷。
其次，劓刑用笞三百代替，斩左趾用笞五百代替，许多罪不当死者因笞数太多而出现“率多死”的现象。因此时人指责这次改革“外有轻刑之名，内实杀人”。对此弊端，汉景帝先后两次下令减少笞数。一次是在景帝元年（前156），他下诏说：笞刑与死刑没有什么区别，笞刑之下，即使侥幸不死，也会落下终身残疾。应更改律条：笞五百者笞改为三百，笞三百者改为笞二百。另一次是在景帝中元六年（前144），他再次下诏：受笞刑之人，有的还未受完笞打之数就被打死了，朕甚怜之，现更令，笞三百改为二百，笞二百改为笞一百。同时还规定：笞打犯人的竹板全长五尺，大头宽一寸，小头宽半寸，行刑时必须打屁股，不得胡乱下手，更不许中间换人，以免增强笞打的力量。经过景帝几番更改，才避免犯人死于笞刑之下。
第三，肉刑废除之后造成刑罚体系的严重失衡，导致不同刑种的轻重悬殊，出现“死刑既重，而生刑又轻”的现象。这是文帝废除肉刑后最严重的缺陷，也是日后持恢复肉刑论者最重要的借口。
作为一项重大的改革举措，文帝的除肉刑之举不可避免地会遭到诸多质疑，有关肉刑存废的争论甚至延续到了清末，这种争论也就成为中国刑罚史中最重要的课题之一。首先对废除肉刑提出全面质疑的是班固，他说：“且除肉刑者，欲以全民也，去髡钳一等，而入于大辟。以死罔民，失本惠矣。故死者岁以万数，刑重之所致也。至乎穿窬之盗，忿怒伤人，男女淫佚，吏为奸臧，若此之恶，髡钳之罚又不足以惩也。故刑者岁十万数，民既不畏，又曾不耻，刑轻之所生也。”班固显然认为废除肉刑导致死刑与生刑的距离太大，造成刑罚畸重畸轻。由于缺乏中间刑，罪犯或被处死导致刑罚畸重，而仅服劳役等轻刑则导致刑罚畸轻。刑罚畸重对罪犯不公平，刑罚畸轻又无法有效遏制犯罪。
有关肉刑存废的争论在汉末魏晋时期达到了顶峰，当时的朝廷重臣名将均参与讨论，魏明帝太和年间的那场讨论，参与者竟多达百人，就像今天的领导干部参加的法律专题讨论会。肉刑存废争论主要围绕着两个方面：
其一，刑罚的目的。
主张恢复肉刑者认为刑罚的目的主要在于惩罚与威吓，用今天的术语来说，也就是通过肉刑剥夺罪犯的再犯能力实现刑罚的特殊预防作用，同时对他人进行威吓实现刑罚一般预防的作用。其代表人物是崔寔、陈群、钟鹞、曹洪、王导、李胜等人。他们的主要依据是：汉文帝废肉刑“内实杀人”，且死刑的功效远远不如肉刑。
如陈群除了重申其父陈纪之论以为废除肉刑是“名轻而实重”外，还强调了刑罚的惩罚功能，以为“杀人偿死，合于古制；至于伤人，或残毁其体而裁翦毛发，非其理也”。曹洪的观点则明显地体现了刑罚的一般预防功能，他认为，“以肉刑代其死，则亦足以惩示凶人，而刑者犹坐役，能有所为，又不绝其生育之道，而终身残毁，百姓见之，莫不寒心，亦足以使未犯者肃，以彰示将来，乃过于杀人。杀人非不重也，然辜之三日，行埋弃之，不知者众，不见者多也”。
反对恢复肉刑之人则大力强调刑罚的教育功能，主张以仁德为宗旨对罪犯实行感化。其代表人物有王充、荀悦、王朗、孔融、曹羲、曹彦、桓彝等人。他们主要基于儒家的“仁学”思想，认为肉刑残酷无道，对犯人的身体和精神伤害极深，不可恢复的刑罚断人生路，让人无法改恶从善。
如孔融指出：“古政古者敦，善否不别，吏端刑清，政无过失。百姓有罪，皆自取之……纣斫朝涉之胫，天下谓为无道。夫九牧之地，千八百君若各刖一人，是下常有千八百纣也。求俗休和，弗可得已。且被刑之人，虑不念生，志在思死，类多趋恶，莫复归正。夙沙乱齐，伊戾祸宋，赵高、英布，为世大患。不能止人遂为非也，适足绝人还为善耳。虽忠如鬻拳，信如卞和，智如孙膑，冤如巷伯，才如史迁，达如子政，一离刀锯，没世不齿。是太甲之思诵，穆公之霸秦，南睢之骨立，卫武之《初筵》，陈汤之都赖，魏尚之守边，无所复施也。汉开改恶之路，凡为此也。故明德之君，远度深惟，弃短就长，不荀革其政者也。”通过对肉刑历史的阐述，孔融坚决反对恢复肉刑，认为肉刑无道，不仅不能阻止坏人为恶，反而会堵塞人从善之路，让罪犯反复犯罪。
其二，生刑与死刑之间的中间刑。
这是肉刑存废之争的焦点。文帝废肉刑后一个重要的弊端就是刑罚体系失衡，造成刑罚畸重畸轻，因此才有后来的复肉刑之议。主张恢复肉刑的人认为，肉刑可以作为生刑与死刑之间的中刑，可以起到减少死刑适用的功能，反而符合儒家的仁德之意。
具体说来，主要是以斩右趾代替弃市。此论最著名的代表人物是钟繇。钟繇认为：“假如孝景之令，其当弃市，欲斩右趾者，许之。……能有奸者，率年二十至四五十，虽斩其足，犹任生育。今天下人少与孝文之世，下计所全，岁生三千人。张苍除肉刑，所杀数以万计。臣欲复肉刑，岁生三千人。”在钟繇看来，废除肉刑实在是徒有轻刑之名，反而将很多罪不至死之人处死，恢复肉刑可以减少死刑的适用，缓解连年征战人口锐减的社会问题。
与钟繇同时代的王朗则针锋相对，认为应该把劳役刑作为生刑和死刑的中间刑，减少死刑的适用。王朗认为钟繇的观点，虽有轻刑之实，却难免酷烈之名，实施起来固然有“起偃为竖，化尸为人”之效，但将导致吴蜀谣言流传，以为魏国刑罚残酷，“前世仁者，不忍肉刑之惨酷，是以废而不用。不用已来，历年数百，今复行之”，恐怕“所减之文未彰于万民之目，而肉刑之问已宣于寇雠之耳，非所以远来人也”，影响其“国际声誉”，妨碍吴蜀民众弃暗投明。因此，王朗主张：“夫五刑之属，著在科律，自有减死一等之法，不死即为减。施行已久，不待远假斧凿于彼肉刑，然后有罪次也……今可按繇所欲轻之死罪，使减死之髡、刖。嫌其轻者，可倍其居作之岁数。内有以生易死不訾之恩，外无以刖易釱骇耳之声。”
王朗的看法显然更具合理性和可行性，一方面它可以解决减少死刑适用，缓解人口不足的社会问题，另一方面也可以避免刑罚过于残苛的指责，因此王朗的主张为统治者所接受。
事实上，王朗的主张也符合刑罚进化的规律，对旧五刑演化为新五刑产生了重大的影响。
肉刑存废的争论直接影响了肉刑实践，虽然统治者并未明确表示接受恢复肉刑的主张，但在事实上，自文帝废肉刑之后，肉刑并未绝迹，它屡见于后世。景帝之时，一度被废的宫刑又被恢复，到武帝时，宫刑的适用就更为普遍了，直到清末才被废止。至于墨、劓、刖之刑，也并未禁绝，五代宋明帝有黥刖之制，梁武帝也有黥面之法，即使在唐太宗贞观初年，戴胄、魏徵也曾议复肉刑，以断右趾作为死刑的替代刑，北宋神宗熙元年间（1068—1078），大臣韩绛再次奏请神宗“请用肉刑”，南宋的大学者朱熹也重倡复肉刑之论，有宋一朝，刺配之法更是被广泛使用，并为后朝所沿用，直至清末。
肉刑存废之争延续了数百年，直到北朝“流刑”制度的出现，问题才有转机。流刑一般分为三等，分别是流二千里、二千五百里、三千里，往往辅以劳役刑（徒刑），这种惩罚比死罪为轻，但较笞刑为重，同时还能以流放的距离远近实现罪刑的均衡，而且还不会因为流放距离的增加造成受刑者的死亡，造成名轻实重。总之，“流刑”的出现解决了肉刑废除之后，死刑与生刑之间过分悬殊，基本解决了刑罚体系的失衡问题，也就使得肉刑的废除具有了现实性。从此，以肉刑为中心的旧五刑逐渐被新五刑所替代，肉刑也基本就被抛弃。
但是，历史总有反复，新五刑的确立虽然在制度上根除了肉刑，但是在实际层面，肉刑仍时有出现，从更广义的程度上，笞杖之刑，何尝不也是摧残身体的肉刑，而它们更是长久存在于法典之中。因此，在某种意义上，北朝的流刑制度不过是将肉刑在形式上予以剔除，而肉刑的真正废除则是在清末刑法改制中才成为现实。
清末的废除肉刑与以往任何一次肉刑废除运动都有本质的不同。
以往的肉刑存废之争，无论是赞同恢复肉刑之人，还是反对肉刑之人，他们的共同逻辑都是以目的来证明手段的正确性，这个目的或是惩罚，或是威吓，或是教化，为达目的，可以不择手段，只要目的正当，手段也就具有无可置疑的正当性。在这种前提下，作为手段的肉刑，其反复是不可避免的，因为它必然随着当权者的统治目的变化而变化。因此我们不难理解，为什么肉刑的废除会经历如此多的坎坎坷坷。即使是新五刑取代旧五刑，肉刑也并未真正废止，因为新五刑仍然是一种以身体刑和生命刑为主的刑罚体系，新五刑中各个刑种存在的正当性仍然取决于其目的的正当性。
随着时代的发展，西方启蒙思想强调人权，反对酷刑，反对罪刑擅断思想的渗透，封建五刑制度开始动摇，于是迎来刑罚历史上又一次伟大的改革，一次真正的跃进——清末刑法改制。这次改革废除了刺配刑、宫刑等旧五刑中残余的肉刑，也废除了新五刑中的笞刑、杖刑等摧残身体的实质肉刑，同时还废除了各种残酷的死刑执行方式，极大地限制了死刑的适用，建立了一个以自由刑为中心，由死（绞）刑、无期徒刑、有期徒刑、罚金、拘役等五种刑名组成的新的刑罚体系，封建新五刑被以自由刑为中心的近现代刑罚体系所替代。
这是中国刑罚史上又一次划时代的改革，刑罚体系近代化初具雏形，肉刑也就真正走向了灭亡。
与以往不同的是，清末的废肉刑之举并不单纯考虑刑罚目的，还对刑罚本身的正当性进行了思考，人们开始认识到：“手段代表着形成中的正义和正在实现中的理想，人无法通过不正当的手段去实现正当的目的，因为手段是种子，而目的是树。”（马丁·路德·金语）正是因为肉刑本身的残酷性，违反了刑罚人道主义的要求，这种惩罚犯罪手段是不正义的，无论它能够实现何种目的，也应当被抛弃。