舟行途中，苏轼整日蜷曲在船舱里，耳边只是单调的橹声，夹着船夫的吆喝，怀着满腔心事，如波涛起伏，动荡不宁。
三月十八日夜，船泊吴淞江。五更时，苏轼梦见仲殊长老，在弹一张十三弦的破琴，弦音非常怪异。苏轼甚为诧异，便问仲殊：“琴，何为十三弦？”
仲殊口诵一诗代答：
度数形名岂偶然，破琴今有十三弦。
此生若遇邢和璞，方信秦筝是响泉。
梦中，对此诗意，好像还能了解似的。醒后，这四句诗也记得很清楚，不过意思转为模糊。饭后午睡，不料竟又重复这一梦境，心里觉得奇怪，就取过纸笔将它记录下来，预备到苏州与仲殊见面时给他看。不料尚未写毕，殊老已经扣舷求见。其时，距离苏州，还有五里路程。
这个“破琴之梦”，实非无自而至。
苏轼在船中，长日无事，不免回想往事，觉得刘挚这个人，最最不可思议。王安石当国时期，他原是个不向权势低头的硬汉；而今，一旦执政，忽然就要援引小人，党同伐异，无所不为，竟然完全变为另一个人了。
司马光逝世后，刘挚乘时崛起，招徕羽翼，排除异己，成了官僚集团朔派的领袖。任何政治制度，只要一有派系存在，为了维护集团利益，政治上一切夺权现象，都是免不了的，尚非国家之患；但是大处不该违背立国的原则，小处不该违背个人立身的本末。
刘挚所领导的夺权运动，是非常成功的。朝廷里面，现在已经尽是朔派的天下，不但占尽要津，而且把持了言路；戆直的吕大防，已经孤立，不足顾忌；只是与元祐政治对立的，那批旧被司马光罢废在外的政客们，各处散布谣言，窥伺机会，阴谋东山再起，最为可虑。他们大多是老手的职业官僚，极善运用政治技术；即使官廷内部，也有照顾的人事，为达目的，什么手段都敢使，什么谣言都敢造，挑拨离间，动摇在位的大臣。
宋朝的制度，君权至上，即使是宰辅之臣，进退均在君主一念之间。所以，刘挚为了贪恋既得权位，对于那些在野政敌，就不得不畏惧，不得不联络。
刘挚和他们之间发生联络，都由邢恕牵线，最先与蔡确通声气，然后不惜叫自己的儿子刘斯立与章惇的儿子致平相交结，内外勾通起来。到了上年协调成熟，刘挚便蒙着老实人吕大防，共同提出了“调停论”，公然主张对于前被排斥的新法用事诸臣，不妨“稍加引用，以平宿怨”。
果然如此，则司马光那一番努力，罢废新法，分别邪正，辛苦建造的这个贤人政治的架构，岂不完全搞垮？元祐更化的人治原则，岂不完全破灭？太皇太后对于刘挚此论，迟疑不决。苏辙时为御史中丞，站出来说话了，两上《分别邪正札子》，有言：
盖自熙宁以来，小人执柄，二十年矣。建立党与，布满中外；一旦失势，睎觊者多。是以创造语言，动摇贵近，胁之以祸，诱之以利，何所不至。
又说：
顷者一二大臣，专务含养小人，为自便之计，既小人内有所主，故蔡确、邢恕之流，敢出妄言，以欺愚惑众。……故臣愿陛下谨守元祐之初政，久而弥坚；慎用左右之近臣，毋杂邪正。
此所谓“一二大臣”，意指刘挚，并明言蔡确、邢恕，与之有关联，幢幢鬼影，皆已呼之欲出。
对于吕大防、刘挚的调停论，苏辙斩钉截铁言道：“独未闻以小人在外，忧其不悦，而引之于内，以自遗患者也。”
宣仁太皇太后命宰执将苏辙这两道札子，于帘前公开诵读。听完，她乃降口谕说：
“苏辙疑吾君臣兼用邪正，其言极中理。”
所幸刘挚道行尚浅，不能一手遮天，朝臣中还有多人反对此议，“调停论”始被攻破。
苏辙所说的邢恕本来就是不折不扣的诡诈小人。恕，字和叔，郑州原武人，洛学程颐的门生。元祐初，由程颐荐于吕公著，得为起居舍人。他教唆太后的内侄高公绘，上书请求尊礼太妃，为高氏异日之福。太后大为气愤，叫他侄子来问：“谁为汝作此书？”公绘不敢隐瞒，对曰：“起居舍人邢恕。”
太后以神宗顾托之深，天下责望之重，自临御之初，即先限制对于自己母家的恩荫，所以示天下以至公。而邢恕竟敢挑拨她母家子侄，作此逾分的请求，必欲严惩。因此命他出知随州。
邢恕本来就是小人，且不说他；而苏轼最早记忆中的刘挚，却完全不是现在这副嘴脸。当权前后的刘挚，判然不同了。
苏轼回想熙宁年间，初任监察御史的刘挚，他那正气凛然的声音风貌，竟是如在梦里。犹忆他到任之初，入见神宗时，帝问：“卿从学王安石耶？安石极称卿器识。”
刘挚对曰：“臣东北人，少孤独学，不识安石。”
从此极论新法弊害，中丞杨绘原亦与他同声抨击。安石使曾布作《十难》反诘，声势汹汹。杨绘怕了，当廷谢罪，而刘挚独能奋然作色道：
“为人臣岂可压于权势，使天子不知利害之实。若谓向背，则臣所向者义，所背者利；所向者君父，所背者权臣。”
如此直搏当朝的宰相，这是何等激昂的烈士声口，不料到他自己要做权臣时，竟然变得如此丑恶。私欲使人堕落，权力使人腐败，现在的刘挚，已是隔世的另外一个人了！苏轼在船舱中思前想后，感慨沉吟，心里充满了迷惘，充满了悲悯。
这份迷茫、悲悯的情绪，化作了三月十八之夜，舟泊吴淞江上的破琴之梦。
苏轼心想：小人真有本事，善于利用别人的弱点；而原来的铮铮铁汉，只因邢恕一番播弄，便要援引群小，认是同调的了。
旧时传说唐朝的房琯，于开元年间，作宰卢氏。一日，与道士邢和璞出游，过夏口村，入一破寺，坐古松下暂息。邢道士使人凿地，掘得一瓮，瓮中藏有娄师德与智永禅师书一幅。和璞笑谓房琯道：
“还记得这件事吗？”
邢和璞从地下捡出一张破纸，使房琯从此相信他前生是智永禅师。
现在的刘挚，经邢恕一番勾串，即使他相信被司马光打出去的一批“秦筝”，个个都是“佳琴”，但他自己高踞在政治舞台上，已从正派的须生，变成一个大白脸了。
苏轼抵京，寄住在兴国浴室，亲戚柳仲远来见。他想起柳家旧藏有宋迪（复古）临唐人本（邢和璞、房琯前世事）的一幅画，便向仲远求取。既得，遂将吴江琴梦事记于其上，又题《破琴》诗于后曰：
破琴虽未修，中有琴意足。
谁云十三弦，音节如佩玉。
新琴空高张，丝声不附木。
宛然七弦筝，动与世好逐。
陋矣房次律，因循堕流俗。
悬知董庭兰，不识无弦曲。
琴，本来只有五弦，周文王、武王各增一弦，所以正规的是七根弦；筝，渊源于瑟，有十七弦。而现在则如人事一样颠倒，琴有十三弦，而筝却是七根弦了。然而，十三弦的破琴，形象虽然怪异，而音节总还是响铮铮的佩玉之声，一如旧日的刘挚，不失大丈夫立身的本末；现在虽然变成拱张高处的新琴，但却声不附木，宛然是具随波逐流、追求时好的筝了，实在可惜；至于那些依草附木之辈，只是替房太师招揽纳贿的董庭兰，微不足道了。
柳仲远将宋迪摹本那幅画送了苏轼，自己托王诜临出一本，题为“邢房悟前生图”，苏轼再题《书破琴诗后》：
此身何物不堪为，逆旅浮云自不知。
偶见一张闲故纸，便疑身是永禅师。
苏轼奇怪人如贪恋权位，便迷失了本性，竟不想人生如逆旅，富贵皆浮云？又何苦这个样子做人呢？
吴淞江上的破琴之梦，只是苏轼难言的感慨，心头的鄙薄。
像邢和璞与房琯这类道家故事，平凡得俯拾即是；而苏轼托诸梦境，一再题咏，长跋记事，即使是那条诗题，也故意将许多不相关联的人与事扯在一起；一则赞柳瑾善草书，一则称宋复古的画艺，梦里梦外的仲殊长老，梦中所见的破琴！邢和璞的“邢”姓（影射邢恕），唐朝的“宰相”房琯（影射刘挚）……构成光怪陆离的一重烟幕，跳掷起落，令人目迷，显然是诗外有事，只因“时忌”，不能不这样故作神秘。
苏轼自吴淞而至苏州，目睹大水所造成的毁败和破坏，灾区人民的饥荒惨状，深恨去年奏请朝廷，拨放钱一百万贯、买米平籴这个案子，虽然已获圣上旨许，却被发运使诿称淮南江东米价昂贵，不肯收籴，以致造成目前饿殍载道而无可救援的惨局。官僚的误国殃民，实在可怕。
于是，苏轼满怀悲愤地上《再乞发运司应副浙西米状》，报告他实地勘察的灾情如次：
目睹积水未退，下田固已没于深水，今岁必恐无望；而中上田亦自渺漫。妇女老弱，日夜车水，而淫雨不止，退寸进尺。现今春晚，并未下种，乡村缺食者众，至以糟糠杂芹莼食之；又为积水占压，薪刍难得，食糟饮冷，多至胀死……流殍疾疫必起。……今亲见数州水灾如此，饥殍之势，极可忧畏……岂敢为已去官，遗患后人，更不任责。
苏轼不能像个官僚，无视于泡在深水中的民命，虽然他现在实际上已无这个职守。一路遍与接任的林希、淮南转运毛渐（正仲）、两浙转运使和提刑马瑊等讨论救灾的方策。两年前，他初到杭州时，米价每斗九十文，现在京口米已涨到每斗百二十文，贵上三分之一，人心已是惶惶，而且四月天气，阴冷得像正月一样，蚕麦收成，皆已无望，他要林希继续与上述诸人合力，早做储备，迟即无益。
苏轼一路勘灾留滞，到润州已是四月。他的后任林希还在润州，马上举行盛大欢宴，但苏轼此时，心头眼底，尽是一片荒寒的水潦灾象，决然食不甘味。
再至扬州，答诏已至，其中有“兄弟同升，朝廷盛事”的话，不允所请。苏轼再上辞免第二状，很有预见地说：
……而况清要之地，众所奔趋，兄弟迭居，势难安处。正使缘力辞而获谴，犹贤于忝冒而致灾。
他为表示坚定的决心，暂缓赴京，转往南都去等候朝旨。
到达南都乐全堂张家，已经是五月了。张方平致仕家居十五年间，苏轼这回是第六次到南都来谒候。从这次相与晤聚二十余日之后，一别便成永诀，再也没有那样的机会了。
在南都，奉到尚书省札子：三省同奉旨，对于他前上辞免第二状，太皇太后降诏依然不允所请。苏轼再上第三状，举一前朝成例为必须回避的理由，请求在扬、越、陈、蔡各州中，随便给予一郡。其例为：
窃见仁宗朝王洙为学士，以其从子尧臣参知政事，故罢。臣今来欲乞依王洙故事回避。
中古时代政治上，援引前朝典故是不成文法中最具强势的理由，十足表示辞意的坚决。然后他静静地住在张家，陪伴衰病的乐全老人，撰写《滕元发墓志铭》。
然而第三状仍然不能“遽回天意”，奉诏不许。苏轼徘徊斗室，自己从头检点，从治平二年（1065）自凤翔签判任上得替还朝，至今二十七年来经历的仕迹，一片心血，遭遇无穷的侮辱与不停的迫害，真如遍体陈伤，一一隐痛，可以覆按，他本来不愿再提这些往事，但是事到如今，若不从头细说，尽露本心，又绝不能够获得太皇太后谅解，也不会准他辞免；倘若贸然到京供职，则现在由刘挚独揽政柄的朝局下，原本在朝的苏辙且已栗栗危惧，不可终日，在他赴京途中，听说因荐王巩除知宿州事，已遭台谏安鼎攻击，在家待罪了。小苏尚且如此，何况大苏是众所忌嫉的目标，他若要来，那些刘相御用的台谏们，怎会放得过他，早已磨刀霍霍，等他送上去听凭宰割了。
再三考虑，只有向太皇太后从头诉说过往一切，归结为此行必然要被毁败的结果，恳求曲赐保全。
状中叙述英宗和神宗两朝，因蒙“二帝非常之知，不忍欺天负心”，所以上疏六千余言，极论新法不便，因此激怒王安石，招来谢景温的弹奏和冤诬，牵连发生乌台诗狱和黄州贬谪的经过。
哲宗立，起复还朝，因论差役雇役利害，得罪了司马丞相，又为程颐党人侧目，致被朔洛两派交相攻击；在经筵因论黄河不可回夺，开罪了执政，只好力求外放。而现在遭逢众怒的情形，并未消解，留朝，不过徒作牺牲，无裨国家。
苏轼原状最后一段话，说得非常沉痛：
臣之刚褊，众所共知。党人嫌忌，甚于弟辙。岂敢以衰病之余，复犯其锋。虽自知无罪可言，而今之言者，岂问是非曲直。所以不避烦渎，自陈入仕以来进退本末，欲陛下知臣危言危行，独立不回，以犯众怒者，所从来远矣。
臣若贪得患失，随世俯仰，改其常度，则陛下亦安所用；臣若守其初心，始终不变，则群小侧目，必无安理。虽蒙二圣深知，亦恐终不胜众，所以反复计虑，莫若求去。
苏轼甚至说：“若朝廷犹欲驱使，或除一重难边郡，臣不敢辞避，报国之心，死而后已。”
宣仁太皇太后虽然宽和仁厚，但却是个大事精明的女主。眼看范纯仁被刘安世劾罢以后，吕大防质朴无能，容易受人操纵利用，朝局将被朔党头子刘挚所独占，尤其内外奔竞爵禄的政客，如万流归壑，有一起归附刘相门下之势，所以太皇太后不次擢升苏辙，目的是用他来辅助吕大防，原欲建起一道权力制衡的堤防，防止刘挚独揽政柄。
刘安世久在谏垣，又收揽了一批丧家之犬的洛学门人，朱光庭、杨畏、贾易等人做他的羽翼，把持了言路。那个时代的政治结构中，台谏本是帝王的耳目，假使台谏官都成了宰相的附庸，为执政所用，则太皇太后岂不孤立于上，耳目尽蔽了吗？因此，她必须有个公忠体国、忠诚可信如苏轼者，依以防止权力下移，抵制刘挚辈的野心。
所以苏轼请辞，愈是说得呕心剜肺，太皇太后愈是紧紧抓住不放。
苏轼逗留南部，总不能永远趑趄不前，落个抗旨的罪责，遂于五月二十四日别了张方平，继续晋京。
苏轼为了表示决心请辞，所以单身赴京；到京之后，仍然保持外官的身份，也不住到苏辙的官邸——东府去。汴京有东府西府八座官邸的建筑，是神宗创置给政府执政所居之所。
所以他便寄寓于开封城内第三条甜水巷里兴国寺的浴室院中，院僧慧汶招待他在东堂住下。
苏轼于五月二十六日上殿报到，二十九日赴阁门受诰命，但仍继续上疏，恳请于贺坤成节（七月十六日宣仁太皇太后诞辰）上寿后，仍乞外放。
六月一日供奉官梁迪奉旨宣召再入学士院，四日又奉诏兼侍读，至六月中旬才搬到西阙角附近的东府，去与苏辙同住。
苏轼住在兴国寺时，求退不能，心情沉重，无聊中翻阅寺中名人留题的诗卷，也看了自己当年的旧题，引起许多回想，顾念平生，无穷感慨。想到自己第一次到兴国寺来住时，还是个年轻的应举士子；经历三十余年的艰危困苦，一事无成，而今仍然还住东堂；当年的住持老僧德香早已死了，而自己也已是一个急欲归休的老翁，不禁对这空虚的人生，发出满含悲悯的一笑，作诗三绝：
半熟黄粱日未斜，玉堂阴合手栽花。
却思三十年前味，未饭钟时已饭茶。
梦觉还惊屧响廊，故人来炷影前香。
鬓须白尽成何事？一帖空存老遂良。
尺一东来唤我归，衰年已迫故山期。
文章曹植今堪笑，却卷波澜入小诗。