朋党是宋代政治的传统，远如庆历党争，闹得天翻地覆。近如熙宁年间，元老旧臣与新政派的互相排斥，搞得波涛汹涌，使全国上下，都为之阢陧不安。到了元祐开元，宣仁太后所唯一信任依赖的，是息影十余年的恂恂儒者司马光，他上承太皇太后绝对的信任，下负天下人的重望，完全掌握进退人才的权力，盈廷朝士，不论是否出于他的门下，皆是他的晚辈，即使一向善于兴风作浪的台谏们，也无不仰视司马的颜色说话，他是元祐更化的主流之主，根本没有派系孳生的可能。不幸司马当国，为时仅及一年，他只做得把新法罢废，把主新法的朝官清除了去，却来不及做进一步的建树，便尔谢世。后继的人没有他的德望，就开始分裂成为三个派系：一是以司马门下为骨干的官僚集团，人称朔派；一是以洛学程子为主的洛派；一是籍属西南的朝士，人称蜀派。苏轼位望最隆，所以将这蜀派领袖的帽子扣在他的头上。
司马门下，与王安石不同，以个人的道德学问而论，甚少瑕疵可求，但他们大多是职业官僚，凡事遵循典制，以经验为主，重视实际利害，看不起好高骛远的空言。
宋朝取士太滥，粥少僧多，爵禄的竞争，非常激烈。司马既亡，他们为要维护既得的权位，非常自然地结成集团，政治上一经分成派系，则党同伐异，势所必至。人如过度执着于权势利禄，就会牺牲政治原则，变成一大堆不问是非的政治动物了。
司马光受命之初，汲引程、苏，本意在于利用他们学术上的地位、声望和才华，来辅翼他的经国大业。洛学的程颐，本是中原理学的重镇，道德学问，为世表率。然而一个人的学问愈高，他的知识范围便愈专门，观念就愈固定，他的经验和思考几乎完全偏在理论和概念方面，与行政业务的相关性就非常薄弱，对于现实政治的了解，实际社会的知识，常常不如一个平常人，何况还要高自崖岸，架子摆得很大，官场上的人事摩擦就从此发生。所以自古以来，学人从政几乎命定是要归于失败的。
颐兄程颢，胸襟比较通脱，生前与司马光相交甚好，不料程颐个性，与他哥哥完全不同。他一上来，即要用三代礼法来指导现实政治，辅弼天子圣学。他坚持周礼一定可以重行于当世，认为治天下不由井田，经济民生，终不得平。
引用这样一个学者，是司马光的失策；而一向坚守学术本位，至年已半百再出来做官，更是程颐的不智。《二程语录》说：
伊川（程颐）与君实语，终日无一句相合。明道（程颢）与语，直是道得下。
盖二程论学，本与温公不同，惟明道性较和易温粹耳。论学尚且如此，论政当然更加格格不入了。
苏氏家学，本于荀卿和孟子，具有自由批评的特质。苏轼是非观念之强，也实不下于司马光，疾恶如仇，坚持小人之防，努力保卫元祐朝“贤人政治”的原则，是其所是，非其所非，绝不与人妥协，好用激烈的语言文字，扫荡脏乱。
这样做，必然要与现实的权力世界，发生直接冲突，使自己在政治社会中变成一个可怕的“异端”。异端固常促进人类文明的进步，但他本身则将遭受无穷的迫害，何况他的言论具有很大的影响力量，何况他有不可轻视的主眷。
怨恨苏轼的，固然是最先挨打的蔡确、吕惠卿等辈；而司马门下所结成的那个官僚集团，具有极大的政治野心，嫉忌苏轼更深，也最不能容忍他。
据说，争论役法后，司马光生前就有将他“逐外”的意思，而现在，他的门人们自知声望不如他，帘眷不如他，不得不结起伙来，对付这匹政治上纵横难驭的野马。
苏轼作吕惠卿告词，辞锋那么凌厉，怨已结得不小，这人目前虽然失势，但党羽布列内外，仍然具有非常深厚的潜力。政治变幻无常，一旦机会到时，隐忍的怨恨，都将变为报复的利刃。
这还不算是眼前的对立，最糟的是二苏又得罪了数代簪缨，父子弟兄相继为相的豪门——颍昌韩家。韩家的门生故吏，此趋彼附，本属一气，在官僚政治的结构中，具有极大的势力，得罪韩家，等于得罪了掌握实际政权之官僚全体，二苏的祸患，从此便连绵不断了。
最初是苏辙把出名凶暴的韩缜攻掉了，后来刑部侍郎范百禄与门下侍郎韩维争议刑名，范百禄坚欲遵守祖宗成规，不敢以疑法杀人，而谏官吕陶又疏论韩维专权，说他援引亲旧，分布要津。韩维因此罢职。苏轼与范百禄、吕陶原是同乡知旧，所以韩氏之党迁怒苏轼，就将他戴上一顶“川党领袖”的帽子，虽然苏轼本来出自韩魏公之门，到这个时候，就都无用了。
“川党”这一名称，到了洛党口中，就又变成了“蜀党”。
然而不论名为川党或蜀党，被目为党人的，只是气类相从的几人而已，岂能与出将入相的豪门以及官场老手的集团相抗衡？故洛党既败，苏轼的孤危，就暴露无遗了。
苏轼是个文人气质非常浓厚的人，而官僚与文人，却是两种根本不同的人物。官僚重视利害，文人耽于想象；政治离不开权术，需要客观冷静，而文人则一腔热情，但求发泄。官僚必然看不起文人，所以朔派领袖刘挚，曾告诫他家子弟道：
士当以器识为先，一号为文人，无足观矣。
孔文仲死后，吕公著也曾背后骂过苏轼为“浮薄之辈”。苏轼成为现实政治人物轻视之人，是很显然的了。
至于程、苏二人，性格更是完全相异。
程颐是个死硬派的理学泰斗，桃李满天下，一向被人宠惯了，态度高岸，固执己见，即使面对高官，他也直言无忌，不为他人稍留余地，所以朝士们几乎没有人不对他厌憎。道学家之不能与语文学，更是必然之理，举一故事为例。程颐有一天见到秦观，突然问道：“天若有情，天也为人烦恼——这是你写的词句吗？”
少游以为这回得了老夫子的赏识，恭恭谨谨地拱手逊谢。哪知程颐却正色训道：“上穹尊严，安得易而侮之！”
少游碰了一鼻子灰，惭惶告退。
苏轼憎恶矫揉造作以权威自命的人物，而聪明人喜欢表现自己，戏谑别人，成了习惯。当他看到口诵三代圣道，一脸“孔孟再世”的伊川程子，正如文明人见了巫婆，不免觉得可笑；又如一旦发现这道学君子的实际为人，却又奔走权门，作伪欺世，便再也忍耐不住，要破口大骂了。在奏状中也会说：“臣素疾程某之奸，未尝假以辞色。”
苏轼在程颐眼中呢？只是个徒逞辞辩的浮薄文人。他这种观念，成为理学人物的共识，即如后来的朱熹，也极诋苏轼为“早拾苏张之余绪，晚醉佛老之糟粕”。一笔抹杀一个天才所有的成就。
以这样两个人同列朝班，同预经筵，不必一定得有“戏侮之言”做导火线，早晚是会发生冲突的。
元祐与熙宁不同。熙宁党争，一方面为要实现新政理想，一方面则为维护传统的安定，虽然双方争得剑拔弩张，“喜于敢为者，骂别人为流俗，乐于无事者，诋他人为乱常”。双方都不免意气用事，但其指归，皆为国家民族的前途，所争者是国家的利益，人民的生计，不为个人争权夺利。而元祐朝士不同，党争的目的，只是职业官僚的排斥异己，政治上的夺权运动而已，所争者皆是细事，并无一定的政治立场，甚至是一大堆人身攻击，纷纷叫嚣，尽是权势欺凌而已。
假如说当时朝士，真是鼎足三分的话，也只有朔派才具“党派”的规模，不但羽翼众多，而且大多数是搞政治的老手。所谓“蜀派”、所谓“洛派”，根本没有作为一个政团应有的条件，只是几个同乡朋友，三四个门生，各卫乡贤师门而已。
何况当时地位超然，有胡说八道特权的台谏官，后来又大都投靠了朔派。在宋代的政制中，谁抓得住这个政治工具，谁就能够操纵政局，这岂是迂夫子型的理学人士，天真任性的文人们所能抗衡的呢？
朔派诸公，大多是职业官僚，具有非常高明的政治手腕，他们冷静察见，洛蜀双方的摩擦，指日可待，所以稳坐高山，等待虎斗，若非两败，必有一失，到那时候，他们就收渔人之利了。
且看馆试策题案起，朔派诸公原来想帮程颐、贾易，先把那个“哓哓好言”的苏轼揪下台来。但是后来看太皇太后的脸色不对，劾案的理由也缺乏根基，就此暂时歇手。等到程颐有隙可攻时，他们又倒在苏轼、孔文仲、吕陶这一边，给这位愚不晓事的圣人之徒，先来个致命的打击。
程颐、贾易既都罢去，洛学这一派，“树倒猢狲散”，一部分投机分子又被朔派吸收了去，于是声势更盛。
声势更盛的朔党的矛头，现在可以毫无顾忌地专门对付苏轼了。然而苏轼是个对人对事非常天真的人，毫不警惕眼前的形势已经非常危险，依然任性任情地议论时事，臧否人物，不留一点余地，如写范子渊、吕惠卿制词，虽然笔墨淋漓，读者称快，然而他个人的冤家，也愈结愈多。他的门人毕仲游怕他再惹灾祸，致书恳切劝谏：
……君自立朝以来，祸福利害系身者未尝言，顾直惜其言尔。夫言语之累，不特出口者为言，其形于诗歌，赞于赋颂，托于碑铭，著于序记者，亦言也。今知畏于口而未畏于文，是其所是，则见是者喜；非其所非，则蒙非者怨。喜者未能济君之谋，而怨者或已败君之事矣。
天下论君之文，如孙膑之用兵，扁鹊之医疾，固所指名者矣。虽无是非之言，犹有是非之疑，又况其有耶？官非谏臣，职非御史，而非人所未非，是人所未是，危身触讳以游其间，殆犹抱石而救溺也。
毕仲游是苏轼主持馆职试中，以第一名入选的高材生，这样苦口婆心的劝说，做座师的当然只有满心的感激。不幸苏轼生来心直口快，有话非说不可，又嫉恶如仇，遇事一定要分个黑白，个性如此，就毫无选择的余地，在这个官僚社会里，成为一个悲剧的角色。
还有一层，即使苏轼从此钳口结舌，废笔弃砚，他也一样逃避不了官僚集团的围攻，那是因为他在当时政治与文化方面过高的声望使然。欧阳修逝世后，接任文坛盟主地位的是苏轼，几为天下人所公认。宋是彻底实施文人政治的朝代，像他这样名满天下、望重士林的人物，被既得权位的职业官僚所嫉视、所恐惧，毋宁是极为自然的形势。所以，“盛名”为苏轼祸患的根源，实不下于“多言”。
苏轼读书求知，总期望能以自己的才智，照亮社会的黑暗，疏解人民的苦难，救助时代的孤危。何况，入仕以来，自仁宗以次，经历三朝，一直承受皇室的器重，尤其元祐时期，宣仁太皇太后对他的期望如此殷切。危身奉上，本是儒者应有的节操，知遇激发勇气，他那奋不顾身的建言，皆是出于不能自已的赤诚。且看他此一时期，若干奏议的“尾言”，便是责任感使他不得不然的苦衷。
元丰八年《论给田募役状》：
臣荷先帝之遇，保全之恩，又蒙陛下非次拔擢，恩慕感涕，不知所报，冒昧进计，伏维哀怜裁幸。
元祐三年《论特奏名》：
臣等非不知言出怨生，既忝近臣，理难缄默。
同年《大雪论差役不便札子》：
今侍从之中，受恩至深，无如小臣，臣而不言，谁当言者。
同年《乞郡札子》：
言之则触忤权要，得罪不轻；不言则欺罔君父，诛罚尤大。故卒言之。
又《论边将隐匿败亡宪司体量不实札子》，不但得罪边将，更伤害了包庇边将们的朝中重臣，奏尾上说：
臣非不知陛下必已厌臣之多言，左右必已厌臣之多事。然受恩深重，不敢自同众人，若以此获罪，亦无所憾。
苏轼曾经自己形容他那“难安缄默”的脾气说：“性不忍事，如食中有蝇，吐之乃已！”一个人的性格，决定他一生的命运，苏轼也不例外。
虽然，处身在现实政治的巨大压力下，有过身中奇祸的经验，中年以后，但在可以谨慎的地方，苏轼也已颇知谨慎了。蜀国公范镇作《司马温公墓志铭》，中间有一段写的是：
在昔熙宁，阳九数终，谓天不足畏，谓民不足从，谓祖宗不足法，乃裒顽鞠凶。……
稿成，嘱苏轼写此碑文，苏轼便复书劝景仁道：
二丈之文，轼不当辞，但恐一写之后，三家俱要遭祸。……
结果，苏轼未写此碑，而今传铭文，也没有“裒顽鞠凶”这四个字了。