罗马教会为了确保自己在基督教国家中始终处于核心地位而不断进行斗争，不过其却在斗争中表现出一个巨大的弱点，那便是教皇选举制。
一位教皇，如果他想要统治整个基督教世界，并且让各基督教国家保持秩序与和平——为了实现这些野心，那么他必须制定一个强大、稳固、持久的方针政策。所以，教皇的首要素质应该是年富力强；其次，每一任教皇都应该拥有一位能够与其探讨各项教会政策的继承者；再次，教皇选举的形式与过程必须是清晰明朗的、固定不变的和没有争议的。然而，实际情况却与此理想状态相差甚远。在选举教皇时，对于谁才具有投票选举资格这一项并没有明文规定，甚至连神圣罗马帝国或拜占庭帝国的皇帝是否具有发言权也不清楚。为此，伟大的政治家兼教皇希尔德布兰德（教皇格列高利七世，1073年—1085年），花费了极大的精力去规范这一选举制度。他将选举权限限定在红衣主教之列，而皇帝不具选举权也没有发言权，只对教会提交的公文决议做例行的批准便可。不过，他却没有对确立继承人的问题做任何规定，从而导致红衣主教为讨论继承人的问题而争论不休，使得教皇之位空置了一年多的时间。
我们不难发现，16世纪以前的教皇选举并不严谨，而由此也产生了一系列严重的后果。为选举教皇而发生争执的现象在很早以前就已经有过，有时甚至会出现两个或是更多人都自称教皇。每当发生这种事情的时候，教会就会屈尊去请皇帝或是其他局外人来调停此事。而且，任何一位教皇，不管其是否伟大，在死去时总会留下一大堆问题。他一死，教会就会陷入群龙无首的境地，往往会乱成一锅粥。有时，继位者是前任的对头，所以一上任便大肆诋毁、破坏前任的功绩；有时，继位者是一位耄耋老人，是早就徘徊于墓旁的人了，一般无所作为。
教皇机构中的这些弱点，让英格兰的诺曼系统治者、德意志王侯、法国国王和法兰西系的国王们，找到了可乘之机。他们用尽一切手段去干预教皇的选举，都想着将对自己有利的人推上罗马拉特兰教堂的教皇之位。教皇在欧洲事务中所起到的作用越大、地位越重要，各国国王与王侯之间的这种干预和争夺就越厉害。这也就难怪大多数教皇都是软弱无能之辈了。相反的，如果教皇中突然出现一位富有才学的、胆略过人的教皇，倒是颇令人感到惊讶！
事实上，这一时期就出现了一位精力旺盛且颇有趣的教皇——英诺森三世（1198年—1216年在位）。英诺森三世非常幸运，当上教皇时尚未年满38岁。当上教皇之后，英诺森三世和他的继承者们不断与那位更有意思的人物进行着激烈的较量，这位人物便是被誉为“世界奇才”的弗里德里希二世。弗里德里希国王与罗马教会的较量是历史上的一个转折点。最后，弗里德里希不但被罗马教会给打败了，而且他所建立的王朝也遭到了摧毁，不过他却也让罗马教会和教皇威望扫地，导致教会和教皇势力不断走向腐朽衰败。
弗里德里希的父亲是德意志皇帝亨利六世，母亲则是西西里诺曼王罗杰一世的女儿。1198年，弗里德里希只有4岁，但就在这一年他继承了外祖父的王国——西西里王国，教皇英诺森三世做了他的监护人。当时，西西里刚被诺曼人占领，宫廷中有一半人都是东方人，其中大部分是受过良好教育的阿拉伯人。弗里德里希就是在这种环境中长大的，他不仅接受了这些人的共同教育，而且深受其影响。毫无疑问，这些人无不倾尽全力地想用自己的思想去影响他。结果，弗里德里希既能够用穆斯林的观点去窥视基督教，又能用基督教的思想去观察伊斯兰教。然而，这种双重教育却令弗里德里希萌生了一种想法，而这一想法在当时那个宗教信仰至上的年代是十分可怕的，即他认为所有的宗教都是欺骗。他甚至公开发表自己的想法，他的这些亵渎神灵的、悖教的言论都被记录了下来。
随着年龄的增长，弗里德里希发现了自己与监护人英诺森三世开始有了冲突和对立，英诺森三世对他的要求也越来越严格。而且，当弗里德里希继承皇位时，教皇还以各种条件对此事横加干涉，如教皇要求弗里德里希镇压德意志的异教，放弃对西西里与南意大利的继承权。事实上，教皇之所以提出这些要求，无非是弗里德里希的强大力量令他感到害怕。此外，德意志的主教们还要求免除他们的各种赋税。对于这些要求，弗里德里希都满口答应了，不过他却没打算要履行自己的承诺。曾经，教皇因一己之私，唆使法兰西国王在法国发动了一场战争，用残酷血腥的方式来镇压沃尔多派。这时，教皇竟然又想让弗里德里希在德国也做一样的事情。然而，和那些因为太过朴实、虔诚而招致教皇憎恨的沃尔多派教徒相比，弗里德里希则更像是一个激进的异教徒，他并不愿意镇压异教徒。所以，当教皇让他组织十字军去征讨耶路撒冷时，他口头上答应了，可行动上却迟迟不见动静。
弗里德里希登上皇帝宝座之后，还是到西西里居住了。事实上，他更喜欢以西西里作为居住地，而不是德国。对于自己对英诺森三世的各种承诺，他根本就没打算履行。1216年，教皇英诺森三世最终在愤懑中去世。
英诺森三世的继任者是霍诺里乌斯三世，但是这位新教皇也拿弗里德里希一点办法也没有。后来，教皇之位传到了格列高利九世（1227年）手上，他决心无论付出什么代价也要让这位年轻的皇帝臣服。他开除了弗里德里希的教籍，剥夺了他的一切宗教特权，但这对生活在充满阿拉伯色彩的西西里宫廷里的弗里德里希来说，根本无关痛痒。格列高利九世还发表了一封公开信，痛斥了这位年轻皇帝的种种悖教行径与其他罪行。对此，弗里德里希准备了一份更为有利的文件进行反击。这份文件是为欧洲所有的王侯准备的，而后者也都收到了这份文件，弗里德里希在文件中明确陈述了教皇与王侯之间的争端，还揭示了教皇企图控制整个欧洲的狼子野心，并对此进行有力的抨击。最后，弗里德里希还建议王侯们一定要团结起来，共同抵抗教皇，同时也提醒大家要特别留意教会的财产。
当发射了这枚致命的导弹后，弗里德里希终于打算履行其12年前对英诺森三世的承诺，组织十字军东征。这就是所谓的第六次十字军远征（1228年），也是一场战争闹剧。军队开拔后，弗里德里希二世先到了古埃及，与苏丹（编者注：某些伊斯兰教国家统治者的称号）进行了会晤，一起谈论国家大事。由于两人都对基督教持怀疑态度，所以此次会谈的气氛极为融洽，他们彼此交换了相似的宗教观点，并签署了互惠互利的商业协议。最后，苏丹还答应把耶路撒冷交给弗里德里希。
所以说，这次的十字军东征完全是一种新式的远征，既没有战场上的血腥拼杀，也没有“喜极而泣”的战后场景，而是通过私人交涉就完成了远征。这真是一次不可思议的远征行动，而它的领导者却是一个被开除教籍的人。所以当这位领导者要在耶路撒冷举行加冕礼时，所有的主教都躲着他，而他只能自己从圣坛上取下皇冠戴在头上，完成了这个纯粹世俗的加冕仪式。后来，他回到了意大利，并将那些入侵其领地的教皇军队全都赶了出去，还迫使教皇恢复了他的教籍。在13世纪，王侯对教皇采取这样的措施，已经不会引起百姓的抗议了，因为那样的时代早已过去了。
公元1239年，格列高利九世再次挑起与弗里德里希的斗争，教会又一次解除了弗里德里希的教籍，于是严重有损教皇权威的辱骂闹剧再次上演。这场论战持续了很久，直到格列高利九世去世而英诺森四世成为新教皇后，仍未平息。弗里德里希又给欧洲的王侯们写了一封信，其在信中对教皇的所作所为进行了强烈的抨击，对主教们的傲慢和无视教规的行为进行严厉的斥责，同时还指出正是教士的骄奢和贪婪导致了种种腐败现象。他还建议王侯们没收教会的所有财产，以重新树立教会的名声。他的这一建议，一直萦绕在王侯们的脑海里。
在此，我们不再详述弗里德里希的晚年了。与他的日常生活相比，他一生的各种逸事都稍显逊色了。关于这一点，我们只要将他在西西里王宫中的一些生活片段拼凑在一起，就能窥其一二了。弗里德里希对生活极为讲究，喜欢美丽的东西。有人认为他放荡不羁，但也清楚地了解他是一个好奇心强、热衷钻研探究的人。他将基督教、伊斯兰教和犹太教的哲学家都召集到他的王宫里，与他们探讨学问；拼命地用撒拉逊的文化去影响意大利人的思维想法；还将阿拉伯数字和代数介绍给基督教的研究者。在他的王宫里，住着一位名叫麦克尔·斯科特的哲学家，此人不仅翻译了亚里士多德的许多作品，还翻译了阿拉伯哲学家阿韦芳埃斯（科尔瓦多人）对这部分作品的评注。在弗里德里希的帮助下，那不勒斯大学（最古老的大学之一）在1224年建成，而勒诺大学的医学院也得以扩大充实。他还创建了一个动物园，并且留下一本有关放鹰的书，可见他曾细致观察过鸟类的生活。另外，他还是意大利人中第一批用意大利文写诗的人，意大利的诗歌就是从他的王宫中诞生的。有人称他是“第一个近代人”，这一称号恰恰说明了，他在知识方面是超然的、没有偏见的。
当法国国王的势力一天天强大起来，并且还不断与教皇发生冲突时，即意味着：教皇的权威下降的趋势正日益加剧。弗里德里希二世在位之际，德意志就已经开始分裂了。而在法国，法国国王成为继霍亨施陶芬王朝各位皇帝之后，教皇的护卫者、支持者与竞争者。所以，连续几代教皇都推行支持法兰西君主的策略。在罗马的支持和帮助下，法国的亲王们建立了西西里和那不勒斯王国，这也催生了法兰西国王恢复查理曼帝国的想法。不过，让这种想法变成现实，却是困难重重。当弗里德里希二世，即德意志霍亨施陶芬王朝的最后一位皇帝去世后，因为没有继承人，王位曾空置了一段时间。1273年，哈布斯堡家族的鲁道夫被众人推上了王位，结束了德意志的虚君时代。后来，罗马教廷的政策便开始在德意志与法兰西之间摇摆不定，而且完全取决于继任教皇的好恶。在东方，希腊人于1261年从拉丁系皇帝那里夺回了君士坦丁堡。新王朝的缔造者是迈克尔·帕莱奥洛古斯，即迈克尔八世，他不止一次表示愿意与教皇和解，但却从未实现诺言，最终彻底与罗马教皇决裂。另外，亚洲各拉丁王国逐一陷落，教皇在东方的势力也逐渐消失。
公元1294年，意大利人博尼法斯八世成为新一任教皇。这位教皇对法国有极大的敌对情绪，其拥有强烈的罗马传统意识和使命感。曾经有一段时间，他处处独断专行。1300年的时候，他主持了大庆典，各路朝圣者纷纷涌入罗马，而“流入教皇财库的金钱如此之多，使得他的两个助手只好用耙子来收集堆积在圣彼得墓上的献礼”。然而，这个庆典不过是表面上看起来胜利了而已。不久，博尼法斯便同法国国王发生了冲突，而此时不过是庆典结束的两年后。公元1303年，博尼法斯刚准备宣布废除法国国王的教籍，法国国王的代理人纪尧姆·德·诺加雷便突然出现在他的阿纳尼宫殿里，出其不意地逮捕了他。这位代理人闯入宫殿，冲进早已惊慌失措的教皇（此时教皇正捧着十字架躺在床上）的卧室里，对他进行大肆的侮辱和威胁。大概是在一两天后，教皇才被镇上的居民给释放了，他这才得以逃回罗马。但后来又遭到阿西尼家族的某些成员的逮捕，又一次沦为阶下囚。过了几周，老人由于惊吓、幻想破灭，在囚禁中死去了。
诺加雷侮辱教皇的暴行，招来了阿纳尼人的愤怒和憎恨，他们奋起反抗并解救了博尼法斯。当然，诺加雷之所以遭到反抗，原因之一是，阿纳尼是教皇的家乡。不过值得我们注意的是，法国国王这种粗暴对待教皇的行为是得到法国人的支持的。在行动前，法国国王曾召开了法国的三级会议，即由教会、贵族和平民共同参与的会议，会议通过了以这种方式制裁教皇的决议。另外，德意志人、意大利人和英格兰人对随意处置这个教皇，都表现出赞同的意思。由此可见，基督教的观念已经完全失去了人心。
在整个14世纪，罗马教廷仍然始终没有恢复其道义上的权威。博尼法斯八世去世之后，教皇之位由法国人克勒芒五世接任，他其实是法国国王菲利普选定的教皇人选。克勒芒五世不曾到过罗马，他将教廷设在了阿维尼翁镇。阿维尼翁镇实属法国，却又不由法国管辖，而由罗马教皇统治。继克勒芒五世后，又有几位教皇也都居住于此，直到公元1377年，格列高利十一世任教皇，这才搬回罗马梵蒂冈宫居住。然而，格列高利十一世虽然回到了罗马，但他却无法将整个教会的情感支持也带回罗马，因为大部分红衣主教都是法国人，他们已经将自己的各种习惯和社会关系都扎根在了阿维尼翁。1378年，格列高利十一世去世，意大利人乌尔班六世被选为教皇，但是却遭到了不支持他的红衣主教们的反对，他们宣布选举无效。接着，他们另外选出克勒芒七世为教皇，让他与罗马教皇分庭抗礼。这就是历史上被称为“教皇分裂”的事件。罗马教皇还是居住在罗马，凡是反对法兰西的势力都拥护罗马教皇，如英格兰、匈牙利、波兰以及北欧各国的君王。而与之对抗的教皇则驻扎在阿维尼翁，并有法国、法国的盟国苏格兰、西班牙、葡萄牙各国国王以及部分德意志王侯的支持。两大阵营的教皇叫将对方的信徒开除出教，并对其施以诅咒。
在这样的境况下，欧洲人民为了自己去思考各种宗教问题，就显得再正常不过了。
在前面的章节中我们曾经提到了方济各会与多明我会，它们不过是基督教世界里众多新兴教派中的两个代表。这些教派根据自己的视角，支持或反对教会。虽然教会一度对方济各会进行暴力镇压，但对于方济各会和多名我会，教会更多的还是希望能够同化和利用它们。然而，其他教派可就没那么幸运了，教会对它们往往持反对和消灭的态度。
在方济各会与多明我会出现的150多年后，出现了一个敢于直言批评教会无知和教士的腐败的人，此人便是牛津大学的一位极有学问的博士教士威克利夫（1320年—1384年）。威克利夫将那些贫苦的牧师组织起来，成立了一个威克利夫派，并且还在英格兰的街头巷尾宣传他的观点。他把《圣经》译成了英文，以便人们更方便地评判教会，同时又能让人明白他和教会之间的是非曲直。和方济各会与多明我会比起来，他能力更强，见识更广博。在普通民众中，他拥有大批信徒；在上层社会里，他也拥有不少的支持者。虽然罗马教会憎恶他，还下令要逮捕囚禁他，但他却一直是一个自由人，直到去世时还是。然而，那些将教会引向灭亡的腐朽邪恶的势力却不愿让他的尸骨在墓穴中安睡，根据1415年康士坦茨宗教会议的一项教令，他的遗骸被从墓中拖出并焚毁。1428年，弗莱明主教执行了罗马教皇马丁五世下达的这项命令。这种亵渎神圣精神的举动，并不是某一个狂妄者的一时冲动，而是教会的正式活动。