虽然关根已被警方认定与三亿日元抢劫案无关，但是在特搜本部内部仍然有很多警员对他抱有深深的怀疑。那是因为证明关根与本案无关的恐吓案案发时的不在场证据的成立，都是以三亿日元抢劫案是由一名罪犯单独完成这一假设为前提的，如果罪犯是两人以上的话，那上述不在场证据就变得毫无意义了。
同时，警员们对关根自杀动机不明这一点也非常在意。
关根父亲在接受小金井警署调查时，只是回答说：“我那天晚上回家后曾和我儿子说过话，他当时并没有什么异常情况。到晚上十一点以前，我们都一起在起居室看电视里播放的电影《逃离恐怖》，然后他就回了自己的房间。可不久就从他房间传出类似呻吟的声音，于是我立刻跑进他房间，发现他倒在床上，表情非常痛苦。我当时惊慌失措，急忙跑到厨房拿了一杯水让他喝下去。所以房间里有两个玻璃杯。我根本不知道我儿子到底是喝下了什么东西，而且也完全不明白他为什么会自杀。”
可是，警方在对关根家的邻居进行的调查中，得到这样一则情报，有人证实说：“就在关根自杀之前，从他们家曾经传出激烈的争吵声。”当小金井警署拿出这一证词追问关根的父亲时，他只是回答说：“（自杀的原因）大概是由于我回家后曾经很凶的斥责过他的不好表现的缘故。”单凭这句话，根本搞不清自杀的真实动机和氰化钾的来源。
关根自杀当时并没有受到特搜本部的审讯，因此无论是他父母，还是他本人都应该不知道他正被怀疑与三亿日元抢劫案有关。
所以，如果他没有主动向父母承认自己是劫案真正的罪犯的话，那使得他父亲斥责他的惟一可能的原因，大概就是曾有立川警署的刑警来他家调查这件事吧。
但是关根以前的同伙和曾经对他进行过调查的刑警却觉得，关根不可能因为被父亲责骂这种小事就自杀，他们认为：“关根曾屡次作案，被逮捕、教养的次数也不少，他是那种无论遇到多严厉的审讯都能泰然处之的类型，受审讯时要么就是谎话连篇，要么就缄默不语。他可不是那种因为一点小事就自杀的软弱的男人。”
此外，警员们还注意到一件东西，那就是关根的遗书。
当时的报纸说：“遗书是写给关根父母的，里边写的都是对自己一直以来的不良行为的道歉。”可事实上，在关根枕边找到的，是关根写给一名家庭法院法官的“感谢信”，那名法官曾经负责审理关根的案子。
真正的遗书是写给他妹妹的，是从放在书架上的唱片中找到的。
在这封遗书中，完全没有关于三亿日元抢劫案的内容。遗书满满的写在两张信纸上，里边所写的是对于过于严格的父亲和只顾体面的母亲的不满和批评。
信中有这么一段：“死亡是一种美丽（省略）这个世界上尽是丑陋（省略）爸爸，妈妈都很可恨。他们所拥有的只是虚荣心。不可原谅（省略）你绝不可以再走我所走过的路，你要坚强地、开朗地、干净地活下去……”
此外，在稍微隔开一点的地方潦草地写着“这样一来爸爸也终于可以挽回自己的面子了吧。”信的末尾写着“43·12·15·2：00”字样的数字，看来应该是遗书写完时的时间和日期。
一名原来在特搜本部工作过的警员是这样说的：“在遗书中肯定会出现‘我接下去就要死了’，‘我先父母而去，是个不孝之子，请原谅我’之类提示自己即将自杀的信息。可在这封信中却一点也感受不到‘死’的决心和那种气氛。我觉得把平时对父母有一些不满作为突然自杀的动机过于牵强。我个人觉得这是阿笃日记或者感想文的一种延长，而并不能就判断说这肯定是遗书。就算这是遗书，可从写好到自杀，有九个半小时的‘空白’，这和一口气喝下大量氰化钾这种冲动行为不是有点矛盾吗？”
此外，警员们更关心的，是在发现关根遗书的地方发现的“另外一封遗书”，这封遗书是关根的母亲写给亲戚的。特搜本部没有将这封遗书公开，正证明了这封遗书对于调查工作的重要性以及广大警员对它的重视。
事实上，在这封遗书中，写着这样一段谢罪的话：“我儿子做了这么多坏事，都是因为我管教不严之故。因为他的这种行为，不仅是给我丈夫，同时也给大家添了很多麻烦，我因此深感歉疚……”我们能够从中深切地感受到作为这样一个为非作歹的人的母亲的心情。在遗书中，关根母亲写了对自己先走一步的歉意以及遗体的处理方法、有关自己死后的各种详细安排。但是对于三亿日元抢劫案则只字未提。
那么，关根的母亲是在什么样的情况下写下这封遗书的呢？
有些警员在读了这封遗书以后，认为关根的母亲实际上是想和他一起死，房间内留下的两个玻璃杯就是证明这一点的最好的证据。有这种猜测也完全可以理解。
有如此多的疑点，警员们当然会有些摸不着头绪。