梃击、红丸、移宫三案，只有梃击一案是发生在明神宗在世时的万历四十三年（1615），其他两案则都发生在万历四十八年（1620），明神宗万历去世之后。虽然三案中有两案发生在万历的身后，但因这三案是相互关联，造因也同是一个，并且蕴积了很久，所以若说到三案的造因人，则又应说万历是最主要的。
这样，要想弄清三案的成因，谈谈万历这个人实在是很有必要的。
朱翊钧是明代即位为帝的第十三人，他的年号是万历，死后被谥为神宗。在万历之前，明代已有十二人为帝，但年号却有十三个，那是由于“土木之变”曾为瓦剌所掳的朱祁镇曾有前后两次登基，年号也改过两次；初号正统，继称天顺。
在明代的一十六帝中，朱翊钧是在位最久的。他年仅六岁便被立为太子，十岁时，他的父亲明穆宗朱载垕（hòu）去世，他便即位为帝，次年十一岁才把年号改为万历。从隆庆六年（1572）六月他在灵前即位算起，到他于万历四十八年（1620）七月去世为止，万历身居帝位足足有四十八年还多一点。他不但以在位最久著称，说到贪财好货，懒散拖沓，多年倦于临朝，把国事扰得一塌糊涂，他也是极有名的。他之所以如此，从他自幼及长所受到的教育和影响，不难看出一些端倪。
万历登基为帝时才年仅十岁，还完全是个孩子，扶植他习为帝业的，主要共有三人：他的母亲李贵妃、太监冯保和首辅张居正。这三个人相互利用，联合得很紧，万历在初年便是在他们的共同管理下长大成人的。这三个人彼此配合，把万历管得很紧，因而对于万历的影响也都很大。认真说来，李贵妃、冯保、张居正三人的联合实是显然违反祖训的事。因为不许后妃干政，明太祖朱元璋不但在他生前常说，而且还在他的《宝训》中列有专条。李贵妃后来虽被尊为太后，干政也还是不能允许。冯保更不消说了，宫门立有铁牌：“内臣不得干预政事，犯者斩！”他先就犯了死罪。张居正是阁臣，辅政原是他的本分，但外臣勾结内臣，外臣暗结宫闱都是犯了极重的条款，为此而送命的人实在并不算少。然而他们各自为着本身的利益，还是悍然紧密联合了，最高的统治权落入了他们的手中，《宝训》、铁牌还不是干摆在那里。
他们三人的结合，是由冯保从中穿针引线撮合成功的，最初的共同目标是赶掉首辅高拱。冯保仇恨高拱，是因为高拱两次阻挡了他升任掌管司礼监的工作。由于奉行相互牵制的政策，司礼监掌印太监（提督、掌印后常合为一员）出缺，例应由首辅加以推荐，在隆庆初年，司礼监掌印太监出缺，依次应由冯保递补，但那时的首辅高拱因不满意冯保，把那位置推荐给了御用监的太监陈洪。陈洪被罢后，高拱又撤开了冯保，推荐出尚膳监的孟冲。依例，尚膳监并没有升任司礼监掌印的资格，所以冯保就更恨高拱。冯保这人极其有心计，很早便一意结纳下了皇后和李贵妃，向她们诉说过由孟冲掌司礼监的不当，终于在穆宗朱载垕去世之际把司礼监的职位夺了过来。他很清楚，不去掉高拱，他的职位绝不会安稳，而要去掉高拱必须得到李贵妃和张居正的配合，内外夹攻，才行。
李贵妃的心事，冯保知道得很清楚。他知道李贵妃最切望的便是，如何把她那当了皇帝的儿子掌握在自己的手中，最好是被尊为太后之后，能摆脱一向在她之上的皇后的威势。作为皇帝的生母，被尊为太后倒是已有先例了，但与皇后成为一无差异的敌体，她却没敢想望，因为就是为生母争到同封太后权利的明宪宗的生母，她那样力争，也还只争来了个光秃秃的“太后”，比不得皇后，在太后之上还另有徽号。冯保为赶走高拱和迎合李贵妃，暗自想出了个办法，他向李贵妃说，只要赶走高拱，使张居正得为首辅，张在议上尊号时，便能左右一切，使她和皇后一样，在太后之上也加上同样的徽号。这便成为他们之间的，最先订下的一个协定。
冯保虽不为首辅高拱所喜，而与次辅张居正却一向相交甚厚，高拱所以不高兴他，也许这也是原因之一。张居正和高拱由于徐阶的事已经弄到了势同水火，在穆宗临终之际，更是闹得很难共事。那事也是冯保惹出来的。照例，皇帝去世总要拟出一道遗诏，昭告世间。这遗诏，向来也都是首辅一人的工作。但冯保为了想把自己的名字加入到顾命大臣之列，便在暗中约了张居正，想要由他们二人先就同草遗诏。不想事机不密，却被高拱赶来冲散了他们，高拱责问张居正道：“我当国，奈何独与宫人草遗诏？”高拱问得理直气壮，张居正只有赤颜谢过不已，实在感到很是难堪。冯保对于这些又很清楚，所以他便径自前来与张居正商议如何赶走高拱，并且向张居正提出了要做到两宫皇太后一体并尊的先决条件。赶掉高拱，晋居首辅，张居正当然极为高兴，但那条件却又使他为难。因为获居首辅，德业也很重要，这并尊为太后而在徽号上有别，那是当年彭时、李贤为阁臣时硬顶住了宪宗的生母订下来的，一时极为世所称颂，连宪宗朱见深都曾暗派中官夸赞他们，说是“上意固如是，但迫于太后，不敢自主，非二公力争，几误大事”。彭时、李贤以持正而大获时誉，他张居正却要出头打破这个办法，会得到什么结果呢？因此，张居正很久都难决定是否可以应承这个条件。但是，从此得为首辅，又不再受到高拱的压抑，这种诱力终要大些，使他终于答应了这个条件，并在由他主持廷议时，议定了，尊皇后为仁圣皇太后，尊李贵妃为慈圣皇太后，仁圣、慈圣，铢两悉称，真做到了并尊无异的地步。
与冯保内外串联的同时，高拱也在匆匆安排着他的谋划。冯保夺回了司礼监掌印太监，又想把自己的名字添进顾命大臣里面，使他怒不可遏。他上疏以主上年幼为言，说是为了免于中官专政，最好免去司礼监批硃等权，以之还归内阁。提出了重要的改革意见。同时，他还命给事中雒遵和程文二人合疏力劾冯保，准备二人的劾疏一入，他自己便立刻拟旨，把冯保逐出宫外。他安排已定，很不自秘，还把一切都告诉了张居正。张居正表面上唯唯诺诺，暗中却把这一情况迅速通知了冯保，要他预为准备，先行下手。冯保利用高拱在阁中痛哭大行皇帝时曾说过“十岁的太子，如何治天下”的话，稍加改动，告诉两位太后说，高拱竟说“十岁的孩子，如何做天子”！显然有不臣之心。这话不仅使两位太后极为震动，就是那个十岁的皇帝听了，也不觉为之变色。这样，驱除高拱的决定，便在宫中早已定下了。
高拱万没想到他会遭到暗算，次日一早，他便来到阁中，静候消息。不久，果然便有中使传谕，说是两宫太后召集阁臣入宫，要宣读太后和皇帝的诏书。高拱满心以为所要宣读的诏书必是认可处分冯保，于是高高兴兴，立即率领众人入宫。不料，入宫之后他才知道，被处分的不是别人，却竟是他高拱。两宫太后宣示了高拱的种种罪状，并即予以罢斥，命其即行出京。这个意外的骤变，有如晴天霹雳，直震得高拱跪伏在地，不能转动。最后还是张居正搀他起来，把他掖扶出宫，才得离去。
逐去了高拱，张居正便即晋位首辅，这次的首、次辅之争，干得最是迅捷，真是短兵相接，胜负立见，前此后此，都没有过。但是事情还没就此完结，冯保深恨高拱，必欲置之死地。不久，却巧有个叫王大臣的人，身着内侍服装，混入宫内，一直走到乾清宫的近处才被捉获，送到东厂。那时冯保已兼管东厂，便想借此致高拱于族罪，便和张居正商量，看是如何入手。为了免除高拱或会起复的后患，张居正自也赞成。于是二人商议妥当，命冯保的家仆辛儒勾通王大臣，交给他一把刀，让他说是高拱被罢斥后心怀怨望，特派他来行刺皇帝的。借事构成谋逆罪名，陷仇家以灭族之罪，自明初以来便有过多起，因此冯、张二人的密谋很快便被很多人看出，于是高拱的门下之士，甚至张居正门下的人，纷纷都来设法解脱，他们都申明利害，劝张居正万万不可下此毒手。张居正迫于众意，已经感到硬做下去好处不多，加之王大臣在会鞫（jū，审问）时又翻了供，于是张居正才改变了主意，他微然一笑，说：“不会有什么事，可以去告诉他，千万可别吓死！”
李太后、冯保、张居正合谋赶走了高拱，彼此都很满意，于是便又通力合作，分担经管这个孩子皇帝的工作。
那时李太后最关心的是如何能把她的这个儿子教好，使他快些可以成为一个像样的皇帝。为此，她从原来居住的慈宁宫里迁出，搬到乾清宫里和万历同住，处处都加以监管。每逢临朝之期，李太后总是将近五更便亲自去到万历的寝所，叫起他来，免致误事。万历读书的事，她抓得最紧，不但每天都要课其背诵，讲官讲过的新书还要他当面再行复讲。背诵不出，或是讲不上来，便要罚他长跪朗读，直到做好为止。如有逃学行为，则罚得更严，不但罚跪，有时还要责打。万历如或有些越轨行为，太后罚得更严。一次，万历喝多了酒，乘兴命内侍唱个新曲，内侍推说不会，万历便要用剑斫他，经劝说后，还割下了那内侍的头发，并说那是“割发代首”。次日，太后听到了这事，她一面把张居正召入，命他上疏切谏，在疏中力陈做这等事的种种不是，要他力行改过。与此同时，还命张居正代万历起草一封自己悔罪的“罪己御札”，交来备用。一面她又把那个撞了祸的皇帝叫来，叫他跪下，听她审问并叱责他的罪过，直到这个皇帝给责备得痛哭流涕，叩头认罪，保证愿改时，太后才把张居正谏疏和代拟的“罪己御札”都掷给他，命其朗读疏文，深刻知罪，并要他把“罪己御札”亲手抄好，公布周知。在万历初期的三个监护人中，李太后是唯一可以直予处罚的人，万历实在也最怕她，但他们终是母子，所以终于还是怕而不恨，关系一直很好。
冯保是作为太后的助手，在内廷、外廷都对万历加以监护的。万历也很怕他，因为他是太后的耳目，有了错处，即便瞒过了太后，被冯保知道了也逃不脱，他的活动范围很大，内廷、外廷，哪里都躲不过他，出了错他都要上告，而且每告必应，太后的处罚也就随之而至。万历依照宫内的惯例，称冯保为“大伴”。这冯保也确以大伴自居，把万历当个孩子一样，提携抱持，不离左右。在万历初行登基大典之时，冯保还是紧随不舍，万历已经坐上宝座，他还紧紧跟住，站在宝座近边。此举使得前来朝贺的诸臣大哗，纷纷加以疏论，都说：诸臣朝贺，拜的是天子，冯保何人，难道他也配受我们拜贺么？
万历对于冯保，感受上极为复杂，前后的变化也极大。万历最初还很依赖他，朝见群臣，冯保给他壮了不少胆。在冯保身上，万历确也学来了不少东西，专横无礼、妄自尊大，大概是冯保为他做的榜样。对于冯保总是向太后告密，万历当然并不满意，但是最使他怀恨的却是冯保多次拆散并惩罚了他的玩伴。万历大婚后不久，有一阵也像他的从祖明武宗那样，好作夜游，有些为他宠信的小内监引诱着他，小衣窄袖，走马持刀，到处乱跑。冯保不但把这些事都报告了太后，使万历又得长跪受责，并又抄了一通张居正代拟的“罪己诏”，并且连那些最为他所宠爱的小太监，孙海、客用等人也都受了杖责，全被逐出了宫门。还有很多为万历宠任的执事太监，也常因得罪了冯保而被逐出，如很能为万历办事的张诚，便是硬给冯保撤去职司，安置到南京去的。万历因怕冯保，每与小内监们玩耍，总要派出多人在外放哨，望见冯保从远处走来，便赶忙飞报：“大伴来了！”于是万历便赶紧正襟危坐，装作正在读书，或是写字，用以逃过冯保的巡视。万历为了讨好冯保，还效法以前赐给阁臣以银章以示荣宠的办法，多次赐给冯保镌有褒奖词句的牙章，文有“光明正大”、“尔惟盐梅”、“汝作舟楫”、“鱼水相逢”、“风云际会”，等等。这些褒词，有的也许真是发自内心，有的则不免只是用些陈词滥调加以敷衍，甚至竟还有些讽意。如冯保的暗报太后，万历是很着恼的，而以“光明正大”章文赐之，不已是一种嘲讽了么？其中“汝作舟楫”一章，更可说是神来之笔，十分耐人寻味。从表面上来看，这全是奖誉冯保的扶持载负之功，然而细寻其意，却也含有“抵岸舍舟”、“过河拆桥”之意，不能不说已予暗示警告。冯保如能体味及此，也许结局会稍好些。
在三人中，张居正主要是负担着师保的任务。李太后对他极尊重，既把国政都托付给他，对万历的成长，更希望他也能多尽心。张居正对此也当仁不让，在执政方面，他是明代所有阁臣中最少受到阻扰的一个。在他为首辅时，票拟、批硃等类手续虽说仍然如故，一切循例而行，其实已只是走个过场，事情的依违可否，已全依张居正的主张而定；因此，张居正在明代所有的阁臣中，以握有的权力而言，可以说是能与以前历代的宰相相比的，唯一的一人。在张居正当国的十年间，他对内对外都取得了不少的成就，显出一片安裕升平的景象，使人甚至兴起渐可以得臻盛世为期，便都是由于他的各种想法都能一力而行，不会遇到无端的非议之故。
万历的读书问题，也是李太后所望于张居正者甚殷的问题之一，在这方面，张居正倒也很用了一番心力。万历即位为帝以来，他的日课虽然例由他的讲官沈鲤和马自强按日授读、讲解，但讲些什么，以及正课而外还要有哪些安排，则都要由张居正来决定、安排。最初，张居正以治乱之由为着眼点，把自古以来的治乱大事，编成了一套“小人书”，既有图画可作直观，又有说明，稍以见治乱之由。他想借此可使万历对于为君之道可以有个初步的理解。继这套教材之后，张居正又命翰林院的儒臣们，从历代诸帝的《实录》和明太祖的《宝训》中选择一些材料，分别归类，编辑成书，共编成了《创业艰难》、《励精图治》、《勤学》、《敬天》等类名目的四十本书，继诸那些图文都有的小书之后，使万历对于帝业可有更进一步的理解。除此而外，张居正每有机会，总还要向万历郑重宣说一些如何为君的正论，对于诸般礼治，类如长幼有序、嫡庶有别等等，每也多所发挥。万历幼年对于这位师尊极其敬畏，静心地听着，不觉便有了很深的影响。后来他在立长、立爱这个问题上所以总觉很是为难，并且显得颇为心怯，张居正的这些教导确乎起到了很大的作用。
李太后和万历母子，在张居正在世之时，对之都极尊敬依信。在李太后方面，张居正不但是代为承担国家大事的擎天之柱，而且是代她教子成材，使其得为有道之君的最好的师傅，因此于尊敬之外，还带有一些感激和畏惧的心情，并且常常也把这类心情传给了万历。每当万历有了过错，或是读书不够用功，她常以郑重的语气把这位尊师抬了出来，使万历感到惧怯。她每训责万历，常常要说：“这叫张先生知道了可怎么好？”或是，“这样，张先生会怎么说呢”？这使万历感到，张先生的威势竟远在太后之上，敬畏之心，不觉与日俱增。在张居正的生前，万历对他的敬畏倚赖，确实是日益增重，毫无疑念。张居正的权倾一时，这也是其原因之一。
但是，万历之于张居正，实在也常很有些不满之处。这是由于他们之间也还有些利害冲突。万历是个以贪婪好货著称的皇帝，这是他从他的生母李太后那里承袭下来的，在他还是个孩子的时候，便已经时有显现。早在万历还没有大婚，太后还在乾清宫里和他同住之时，万历便已由一些小太监诱引着，在宫外搜寻一些珍奇玩物填充自己的小小私库。那时他已感到，自己虽然贵为天子，被称说是“富有四海”，可是实在却是手中无钱，真是叫人冒火。小太监们都是很会出些花花点子，教他如何捞点外快来用的。但是用那些招数得来的钱不唯很少，而且常会给张居正晓得了，还会递上谏疏，连太后也被惊动，常常会以此受责，并要把那些讨厌的谏疏背熟，有时甚至还得抄上一通“罪己诏”。迨万历大婚之后，他要花钱的路数更多，缺钱之感益甚。他究竟登位已久，很晓得一些门道了，他曾将太仓储银自行取用过几次。但很快这又给张居正知道了，不仅立行疏论宣讲银钱的非是，并且把户部进呈御览的岁入、岁出的各项数字列表进陈，并说每年都是入不敷出，要他把这表置于坐隅，以便朝夕省览，可以量入为出，节省浮费。万历对此极为反感，但又无可奈何，他由此产生了他自己的见解，觉得他素常被教导的，所说天子当以四海为家、家国一致，等等，其实有些空幻，国库中的财物，说来仿佛都是他的，要用却又很费周折，只有转移到了自己的小私库里，用着才觉方便。他的这种想法，久而弥甚，而且越来越想打破这些阻碍，到了万历中期，他几乎常使自己与阁臣处于对立的形势，不拘阁臣想要他去做点什么，他都要讨价还价，多少总要捞入一点才肯罢休。
万历对张居正不满意的另外一点，便是张居正代拟的“罪己御札”、“罪己诏”等，文句都太尖刻了，抄着实在叫人脸红。特别是他与小太监们持刀走马、夜游别宫一事，文章说得更加刻薄尖酸，那时他年纪已有十八岁，什么都懂得了，要他对着抄发的那些，看着、想着，觉得这张居正简直是故意拿他这个九重天子出丑。他多次曾想不写，但又迫于太后之命，不敢抗拒。他只得写了，心里却很生气。
但是，虽有这些不满，万历对张居正的敬畏和倚赖却仍日益加重。最初，他是由于母亲的教导，不由不肃然起敬，后来渐渐懂事，自己也深深感到，那些烦劳的国事，非得倚赖张居正不可，那些小小的不满，如和对他的倚重比较起来，实在也太微不足道了。张居正可以说是，一直都被以极隆重的师礼来尊敬着的，万历不单当面、背面都以先生或张先生称之而不名，在有谕帖给张居正时，前面还总要加上宫衔，以示隆重。在张加有少师衔时，称呼常是“少师张先生”，或是“元辅张少师先生”，等到张居正已加上最高的太师尊衔，那称呼便也改成了“太师张先生”，或者是，“太师张太岳先生”。张居正字叔大，号太岳，天子而称臣下以号，真可说是极少见的。有明一代，在生前得有太师衔的，只有三人，在张居正之前则有李善长，在其后则是顾秉谦。但李善长之加称太师，是以之为致仕前的抚慰，顾秉谦之晋为太师，与李善长全同，而且那完全出之于魏忠贤之手，与张居正都还有些不同。
张居正对万历所起到的最大影响，便是养成了他的疏懒的习性，万历最初是由过于看重张居正，以他为泰山之靠，诸事不敢过问，逐渐而形成的。张居正之后，另有别人来代替了他，万历一时无从着手，但事情却也照常都给办了，于是便又觉得事情当然就是如此，因而就更加心安理得地懒散下来了。
万历对张居正的倚赖之殷，从张居正的“夺情”和在他病重时的慌乱，表现得最为显然。
关于“夺情”，那是发生在万历五年（1577）的事。那年，张居正的父亲，在其原籍湖广江陵，因病去世。依照历代惯例，为人子者，于其父母之丧都要守孝三年，为官的人也要去官回乡，在家守孝，三年过后，才得复官。这回家守孝之举，便称为“丁忧”。张居正虽为首辅，也丝毫不得例外，因为封建时期，历代都是以“以孝治天下”为称，执政者更应当做人们的表率。但是，回家去守孝三年，作为孝子的张居正，首先便很忧虑。在他之前，正是内阁间彼此排挤、倾轧最激烈的一段时期，他自己便是以非常手段搞垮了高拱，才得位居首辅的。他的威势虽大大超过了以往的首辅，其他阁臣都被压得有如属吏，没一个敢说些什么的，然而人心难测，三年间很难保证不出什么岔子。为此，他极担心，不知如何是好。在内廷和他携手合作的冯保，对此也极忧心。他们二人，都不是什么廉洁奉公的人，由于大权在握，都曾多方牟利，并且安置了很多私人，一旦换上一个新的首辅，这些营私的方面，难保不会不被揭发，甚至被用来作为攻击他们的口实。还有，李太后和万历，尤其是万历，对张居正将要丁忧也极担心。对他们母子说来，张居正是主要的安全倚靠，一旦他去，别人如何顶得下来？他们四人，意念虽同，但却又都束手无策，因为这是有关立国、立身的大事，想要回避，实在很难。
那时外廷诸臣也在纷纷议论。很多守正之人，对张居正未能迅即奔丧，颇为不满，认为一个孝子，应该闻讯即行，刻不容缓，才是正理。也有人觉得张居正非比旁人，他身负国之重任，先把要务安排妥当，然后再行奔丧，却也很有道理。也还有人，觉得张居正此时一身实系国之安危。太后、皇上都怕他走，但又挽留乏术。如果有人能想出个回天妙法，可真算是立了不世之功，即此飞黄腾达，实在如掭左券。通朝议论之间，果然有个人搜索枯肠，终竟让他想到了个可以留住张居正的妙法。此人非他，乃是户部侍郎李幼孜，他想到的方法则是倡导请由廷议，令张居正“夺情”。
所说“夺情”，倒也是个古礼，那是用于出征将、帅等人的一种变通之制。因为出征将、帅如有父母之丧，倘仍循例回家守孝，影响军情必然很大，因而造成败溃也有可能；因此，遇到此种情况，国君便可命其移孝作忠，不必回家守孝，仍在前方戴孝从军。这种决定，便叫“夺情”，夺情者，夺去其亲、子之情，移为别用也。
这“夺情”之说，于礼虽有所本，但它只适于用在出征的将、帅，即便身为将、帅，如果没有战争，也不适用，何况首辅是个文臣，又且并无征战，提出此说，实在离题很远。但是话虽如此，这总是个借口，所以此说一出，立即引起了很大的反响。李太后、万历，还有冯保，自然都极高兴，张居正也喜在心里。下面争着想要讨好他们的人当然很多，大家力表拥护，唯恐或后。然而坚持古礼的人却也不少，他们也大声疾呼，纷纷疏论，认为这是有关人伦的大事，必须加以痛斥。这些疏文中，以编修吴中行说得最为深刻、痛切。他从父子之情、君臣之义、祖宗法度、圣经贤训等等方面入手，切论夺情一举为害之大，认为绝不可行。他在最后还说，“事系万古纲常，四方观听，惟今日无过举，然后后世无遗议。销变之道，无逾此者”。吴中行是隆庆五年（1571）辛未科的进士，张居正是那一科的主考官，依例而言，吴中行便是张居正的门生，而张居正则是吴的“座师”。这种“师谊”、“门谊”，自来便很为自科甲出身的人所重视，时至当时，由拉帮结派已经渐有门户的雏形，这种“乡谊”、“年谊”、“师谊”、“门谊”等等，在当时已是极被重视的结合条件了。然而吴中行却不重视他的这个有利条件，不但并不亲附张居正，还要予以奏论，这在那时看来确乎有些不合常情。不但如此，吴中行在疏本递出之后，还带了一份副本去见张居正，要他先行看过，张居正看过那份疏文，极为惊愕，便问：“疏本已经递上去了么？”吴中行道：“当然已经递上去了，如果没递，如何敢请师相来看。”张居正对那些上疏反对“夺情”的人原本就很恼怒，对吴中行则更加甚，因为这吴中行竟还是他的门生。他提到了那个身后名声更为狼藉的严嵩，他说：“当日疏论分宜的人有那么多。可是没有一个是他的门生，看来我连分宜都比不上了！”他称严嵩为分宜，是以严的乡郡为代称。人以地称，原是古已有之，降及明、清，尤为通行，如张居正常也被人称为“江陵”，也是属于此类。那时疏论“夺情”的人原已很多，吴中行的疏文一出，更起到了推动的作用，一时风起云涌，已然形成一股巨波，其中措辞激烈锋利的，还有赵用贤、艾穆、沈思孝等人。
为了刹住这股反对的怒潮，张居正和冯保不断在暗中计议，最后二人商定，由冯保出面怂恿万历，把持论最烈的几个人逮入诏狱，并予廷杖，或者尚可刹住此风。万历原也深恨那些疏论夺情的人，对冯保提出的办法当然并无异议，于是即将吴中行、赵用贤、艾穆、沈思孝等四人都逮入了诏狱，并命予以廷杖。但这四人的入狱，却反引起了更大的风波，不但有很多人纷纷上疏论救，翰林学士王锡爵甚至率领词臣数十人赶往张居正的居邸，当面要他免责诸人。张居正推说此事全由圣命，他也没有办法，心下却更火起，不但把吴中行、赵用贤等四人都予以杖责，并且把论救最为激烈的邹元标也列入了应予廷杖之数。这五人虽都受到了很重的杖刑，却因此反而声名大振，当时被人赐以“五直臣”的嘉名。
“夺情”之说在巨大的威压之下，总算是顺利地通过了，张居正只匆忙地赶回家乡，安葬了他的父亲，便又匆匆赶回京中重理阁务。在他离京之时，阁中事务，除细事由在阁诸人商办而外，万历命将一应要务都星夜送往江陵，还是都要张先生加以决定。万历对张居正的倚信，于此更可想见。
在张居正的卧病期间，万历生怕失去他的这个擎天之柱，表现得更加显然。他不仅不断派出中使颁敕问病，还频频颁发巨额资金作为医药费用。关于朝中诸务，万历也还是如以前张居正回乡葬父时那样，命次辅张四维等只在阁中办些细务，凡有大事则要送往张居正的家里，还是由他斟酌处理，即在他已卧床不起之时，也还是要把那些重务送到他的榻边。那时京中大小百官，眼见皇帝如此敬重首辅，一则为了上体君心，二则想要见好于辅臣，便也不断请安问候，并且还都各自出资聘请僧、道，建起醮坛为张居正祈寿祈福。人臣而至如此，在封建社会，已觉有些太过，万历虽然并未也予祈福，但也暗予默许，没有表示什么。后来此事传到外间，各地外官，如南京、湖广、河南、山西等等地方也都纷纷设坛建醮，为这位以一身而系天下安危的人祈福、消灾，闹得举国上下，纷纷扬扬，乱成一片。
张居正死后，最初也是备极哀荣，万历对他的这位重臣表现得也极尽礼、尽哀，赠以上柱国的荣衔，并谥为文忠公，还为之辍朝志哀（即停止坐朝，以志哀思），又命赐祭九坛，仪式按身为国公而兼帝师的人那样，依式举行。诸礼已毕，并命四品京卿、锦衣卫堂官、司礼监太监等人一体护送，运柩回乡，入土安葬。身后的恩礼如此之隆，在有明一代的所有臣僚中，也是极罕见的。但这份好景为时极暂，仅到次年，便已形势大变，张居正那时便被削去所有官阶，后来又抄了家，最后竟被称为逆臣，几乎闹到了险被剖棺戮尸的地步。
所以很快就有这样的剧变，那是由于张居正人虽能干，并在政务方面确也很有建树，但他过于威福自恣，却也招来不少的怨恨。特别由于他并不是个廉洁自好的人，招权纳贿，甚至吞没被籍没（抄家）的藩王资产。这些弱点，张居正人在势在，自然很少有人提到，人亡势去，可就很难禁制人们揭开这些了。张居正和冯保，一直都是相互应和，各自为利的，争权夺利，两人都很认真，因此倒也时有冲突，但他们也都明白，他们二人，一内一外，实是合则两利，分则两伤，所以冲突之际，彼此都肯克制，虽然两方属下不时还在挑拨，但他们冲突之后总能合好。他们的这一手，确是很有远见，果然张居正一死，冯保便立见孤掌难鸣，不久之后便即同遭祸患。
冯保倒也早就看到了这种危机，他在看清张居正的病势将不起之时，便已做了安排，他硬逼着张居正，要张把在内书堂教过他、和他有师谊的潘晟推荐入阁，以便彼此又能内外呼应，立定脚跟。那时张居正已经病在垂危，昏昏沉沉，也就答应了他，推荐潘晟入阁。不由廷推，而由首辅推引入阁，原是不合正规的，但在以前却也并非仅见，而对张居正来说则更是件常事。但话虽如此，却是多少也要有些布置，还要倚仗他自己主持廷推的威力才得纵横自如。这次张居正的病危已是尽人皆知，他还想以一纸疏文便将潘晟推为阁臣，如何得成呢？况且潘晟与冯保的关系人们都很清楚，推他入阁是想干些什么，人人更都心里明白，所以一闻此事，很多言官便都纷纷疏论，都说潘晟这人实不可用。自从阁臣们争着拉拢言官成为自己争权夺势的助力以来，言官的势力便已日益增大，积至当时，已有些可以左右朝权：资历不够的人，群起一捧，便能捧上台去；为他反对的人，群起而攻，上了台的也要垮掉。潘晟是个老官僚，他很明白这些，所以虽然已经奉召入京，但在道上便已上疏力辞这份入阁之命。他这样做，一是顺应那时的惯例，一经疏论，便得恳辞，以示推让；二则，那份辞疏也是一种试探，前途如何，从疏文递上去后的反应便可供为揣摸。他递出疏文以后，一路缓行，等候信息。那时阁中的首辅是张四维，次辅是申时行。张四维在张居正的窒压之下，一直默默无闻，如今才将出头，很想做出点顺乎人心的事，让人们看看。潘晟的来头他很清楚，一旦入阁，他与冯保一唱一和，必会把他和申时行都压下去；但是，如果顺水推舟，拟旨准其辞退，不但可无后患，而且还会大得人心，何乐而不为呢？寻思已定，票拟时就这么做了，万历也即报“可”，于是潘晟入阁一事，也就和他的入京一样，都是半途而止了。
潘晟的入阁告吹，冯保正在病中，病后得知此事，不由怒道：“我才害点小病，眼睛里就没有我了么？”他所怒骂的，正是张四维等人。他与阁臣又不断发生纠纷，却不料真正的祸事已在内廷酝酿，很快就要爆发了。这事的导火线是前些年因得罪冯保而被赶出宫去的张诚已经又回到万历的身边。这张诚原就很受万历的宠信，冯保便是出于畏忌才一心要赶走他的。张诚离宫之时，万历很是难舍，又恨造成事端的冯保和张居正，所以在张诚拜辞之时，便暗自交给张诚一项任务，要他在暗中探明冯保和张居正之间有何种勾结，得便秘密奏知。张诚也自深恨冯、张二人，对于这项任务如何肯不尽心，几年之中，他将冯、张二人种种勾结情况以至所有各项罪行，全都探知得清清楚楚，但却无由回京，不得入宫详奏。张居正死后，外间的阻力已无，张诚这才又得入宫，把他所探知的一切都一一陈奏，并且建议万历可以把冯保发往南京安置，免得再在宫中为患。那时万历虽已年满二十，张居正死后并已开始自理朝政，但是慑于冯保的余威，始终有些畏畏缩缩，不敢即行决定。张诚和另一名内监张鲸都是极恨冯保，并且深知万历很为贪财，于是不断在万历的耳边叨念冯保如何富有，甚至竟说冯保的家财早已富过皇宫，只要把他赶出京去，立刻便可抄他的家，把他的家财全部据为己有。万历的贪欲被他们大大扇起，已很跃跃欲试，但他还是很怕。一次，他向张鲸、张诚说出了他的惧怯之处，他说：“想着倒好，可是大伴如果冲上殿来，朕可怎么办呀！”张鲸、张诚同声都说：“已经有旨处分了他，他如何还敢来呢！”他们说的确是实话，这里又是明代诸帝陆续立下的一些保卫帝室的条款起到了它的作用。
抄了冯保的家，财物果然不少，但与想象中的数目却又差得很远，万历不免有些失望。为了满足万历的贪欲，张鲸等人开始引诱着他再向张居正下手。他们替张居正大加吹嘘，说他比冯保可又阔多了。万历被冯保这块肥肉已经引得胃口大开，这次毫不犹豫便同意了，而且为了防止走漏，声势步骤也比抄冯保的家时要紧密得多。这次万历特别派了已在司礼监供职的张诚和右通政丘橓二人作为指挥，由他们率领锦衣卫指挥和几个给事中，一同办理查抄事宜。张诚等人还没赶到江陵，地方官便已先到张府点验了人口，把他们都关锁在一些空房间里，封了门，不许随便出入。等张诚到时，开门查看，那些被锁的人，由于缺乏食物，饿死的人已达十数人之多了。这次共抄得黄金一万余两，白银十几万两，数目虽已不少，依然比预计的要少得多。张诚感到无法交差，便把张居正的长子，礼部主事张敬修抓来拷问，要他说出把财物已经转寄到哪里去了。张敬修支不住拷问，只得信口乱说，诬称还有三十多万两银子，都分藏在曾省吾、王篆和傅作舟等人的家里。于是曾、王、傅等人便也跟着倒了大霉，他们的家也都被抄了。张敬修诬服只不过为了逃刑，他自知抄不出来还得找他，便偷个空子自己上吊死了。
连连抄家，使万历的贪欲益炽，他觉得抄家这个办法实在太好，比向国库伸手还要方便，从此便把这一着看成法宝，凡是有人获罪，不拘内侍、外官，论罪之后，便要继以抄家。有些狡猾的内侍，看出了这个苗头，奉命外出，更加放胆胡为，一旦为人论奏，势将难免，便不等到论罪抄家，先自便把部分赃银献给这位贪馋的皇帝，结果不但罪行可予免究，还可照样干他的富有油水的美差。历代皇帝极为贪婪的倒也不少，但公然受贿如万历的却又很难找到。
在张居正之后对万历起到很多影响的，是万历六年（1578）入阁，十一年晋居首辅的申时行。申时行是嘉靖四十一年（1562）的状元，为人极其聪明便给，很为张居正所看重。张居正将于万历六年三月回家葬父，阁中颇感缺人。他觉得申时行这人很会办事，又极柔顺听话，不但是个很好的帮手，如果在他之后得任首辅，对他自己也必会有好处，因而便在临行之前把申时行从吏部右侍郎升为左侍郎，兼东阁大学士入预机务，使他成为阁臣。张居正死后，继之为首辅的是张四维，但到次年张四维又丁忧回籍，申时行真如张居正所盘算的那样，在他之后，很快便位居首辅了。不过张居正想在身后受到申时行的保护却又算差了。申时行这个人太聪明，太乖巧，出头干些费力又不讨好的事，他可绝不肯来。他的聪明、能干，万历也很欣赏，他出的主意，常使万历出乎意外地称心，因此万历倒很乐意向他请教，听他的话。
申时行对万历的最大影响，是教会了他很多偷懒的办法。最先，申时行便教会了万历把奏疏“留中”。“留中”这个办法，由来倒已很久，但都不过是偶一用之，所以万历为帝虽说已逾十年，却还没有晓得，他常给那些谏疏、论疏扰得头疼，却又没有办法躲过。他常向申时行抱怨，申时行便趁机教他：“这些其实看看也就行了，不必出示外廷，反而引起争论，更添麻烦。把这些‘留中’，还有很多好处，最要紧的是上疏人一心想着他的疏文，不会再生出别的事端。”万历并不好学，但于这事却心领神会学得很好，很多奏疏，最初倒是还肯看看，后来则是只看几行，便丢开算了，再后则是有些人的奏疏他竟看也不看，便留中了。万历得以公开逃课，也是申时行给他想出了个妙招。原来历代帝王虽已身登帝位，也得定期学习，到时便得出御经筵，听经筵讲官讲读经籍。万历自来很不好学，大婚以前由李太后逼着，张居正经管着，还是常要设法逃课。大婚以后，李太后搬出了乾清宫，迁回她向来居住的慈宁宫去了，在迁出前，她虽再次郑重抬出先皇的顾托之重，把教管万历的工作托付给张居正，但张忙于政务，哪里能如李太后的督管之严，万历在读书上就更松了。张居正死后，越见稀松，每逢讲期，常常要托故传免。不过这种推托搪塞，长久了也很为难，光是想些传免的理由就越来越难。申时行又给万历解脱了这份困难。他做得倒像关心皇帝的讲习，请求即或免讲，讲官仍应把讲章进上，请皇帝自读。由此，递进讲章倒成了讲官的正务，皇帝出御经筵就此声息俱无了。言官论事的奏疏一向便使万历最为头疼，后来发生了立储（即立太子）问题，奏疏更是有如雪片一样，不断飞来，更使万历大为冒火。在这一点上申时行也使万历轻松了不少。巧妙的是，申时行是从侧面着手，他请万历敕谕御史、给事中等言官，要他们各理本职，不得越科言事，以期各本所职。这从表面看来倒像是在改进工作，骨子里却是取消了言官们可以放言内外诸事的权力。譬如十三道监察御史，职分所在虽仅止于一道，其实道外诸事以前他都可以论奏，如今可只限于一道了。又如给事中们一向虽分为吏、礼、户、兵、刑、工六科，但从无只论本科之事的，也是举国上下，宫廷内外，所有各事都得论列。有了这个敕旨，他们便得各守本职，吏科的不能言礼、言财，兵科的不能言工、言刑，除了本职以外，什么都不能顾了。当然敕谕初下不免引起不少抗争，有些骨鲠之士还是一直不肯遵从，但毕竟敢于抗旨不遵的只有很少数，大多数人都给限制住了，每日的奏疏数量明显地减少了很多。凡此种种，都使万历格外高兴，十分倚信申时行，但外间对他的评价却反越来越低，甚至有人说他是以“媚行取悦”，或者说他惯于“逢君之恶”。但是申时行以其聪明巧辩也还很有些事竟能救祸于未发，深为人所赞许。万历十七年（1589），申时行巧妙地使大理寺评事雒于仁得免杀身之祸，最为受人称赏。这个雒于仁，颇为尚气敢为，他虽非言官，但因见万历好酒贪杯，贪财好色，颇以为忧，便曾上疏亟谏，还在疏后附有酒、色、财、气四箴，用词极为尖刻，颇具讽刺意味。万历是好气的，看了很是愤怒，但以时值岁暮，一时忙于别的事情，只好暂把此事丢开。待到元旦召见阁臣，万历便将雒于仁的疏本取出，交给申时行看，一面极力为自己申辩，一面表示必须把雒于仁置于重典方能消恨。申时行觉得如果因此便把雒于仁判为死罪，必会大招物议，他又已看出万历此时确是色厉内荏，既想重办，又怕张扬，于是便说，“办虽该办，不过并不妥善。因为那样便要把疏本宣付外廷，议明处罪。雒于仁说的都是无稽之谈，万岁实在并不如此。但宫禁深密，外间岂能尽知。此疏传出，如或引起外间猜疑，反而不好。不如暂行搁下，容臣在私下里予以斥责，命其辞官回家，一尘不惊，岂不更好？”这番话很对习于因循苟安的万历的胃口，果然一拍即合，雒于仁不仅逃脱了性命，而且还能太太平平地辞去官职，回乡家居。还有巧为张居正解脱了剖棺戮尸之祸，也是申时行极其为人称道的事情之一。张居正把申时行引入阁中，原本是想申时行如为首辅，对于他家应该多予维护。这一点，他是把算盘打错了，申时行这个机灵人，白费力的事他是不干的。张居正的家被抄后，万历的余怒仍在日甚一日，凡有略似为张居正说话的人，无不立即获罪；反之，毁谤他的，追论其罪的人，无不受到褒奖。行之日久，用尽心机以攻击张居正作为自己的进身之阶的人，真如风起云涌一样，越来越多，用心也更险毒。后来御史丁此吕竟至疏劾侍郎高启愚，说高在会试时竟以“舜亦以命禹”为题，暗以大禹影射张居正，含有“劝进”（即是劝张居正自立为帝）之意。此论一出，风波更险，攻讦张居正的人更多，竟有人疏请应将张居正以大逆论处，虽已死了，也应剖棺戮尸。万历对此是满意的，但还是把那些疏文拿给申时行看，想听听他的意见。申时行很不赞成这种一朝势去纷纷“下井投石”的做法，但他知道，如果为张居正辩解，结果反会适得其反，于是便单就丁此吕一疏着手，说：“此吕以暧昧陷人大辟，恐谗言接踵至，非清明之朝所宜有。”他的话不多，却以“暧昧”二字推开了疏中的要点，下面著一“陷”字，微示其意，却也是定下了格调。万历是够昏庸的，却又极怕世人以此目之，申时行以清明之世为称，正投合了万历的隐衷，使之心甘情愿地不再追论。在内，申时行总算稍稍扭住了一点陷人的歪风；在外，人们也都为他轻易地就救下了张居正和高启愚，对他的这一举动很为钦佩。申时行的聪明便都是在此等去处格外显得奇妙。
申时行给予万历的印象可以说一直都是极好的，但外间的舆论却又不同。最初，申时行几乎是紧接着张居正之后便成了首辅，他一反张居正的严峻刻细，务以宽大和平待人，因而赢得了很好的声誉。但是这些都是他的聪明的做工，实在他却是很忮（zhì）刻的，得罪了他的人，没有一个能逃开他的打击和惩罚。他不像张居正那样，有所不快，迅即爆发，灾祸立即飞降；申时行有所不满却总是不露声色，按下再说，以后抓个别的事端才来动手打击。他还有更迷人的一手，便是命人将你打到晕头转向之后，有时还会自己出来，稍行抚慰，甚至给点颇为意外的好处，因此人心悦服，常被称为长者。但是戏法变得太多，总不免要有些露相，人们也越来越感到，他这个人其实却是个更为可怕的“笑面虎”，竟说他是“专横过于张居正”！
申时行对于自己的进退做得也很聪明，到了万历十八年（1590），他的声名日替，外廷对他的攻击已是越来越多，又已看出万历对于政事已很厌倦，觉得长久恋栈下去，结果并不会好，便开始疏请致仕。万历对他的倚信还隆，多次慰留，不肯放他，但申时行一直力请，终于在次年九月，万历应允了他，放他回到长洲家里安居去了。那时申时行年才五十七岁，比起他的很多前辈们来，可以算是深得急流勇退之道的人。他在家里安居了二十多年，直到万历四十二年（1614），年已八十，才始去世。万历一直很眷念他，常派行人到他家里存问。最后一次正巧是他去世之时，诏书到门，申时行已不在了。
申时行是于万历颇有影响的最后一人，他离京后，继为阁臣的，终万历之世还有十五六人，但因万历已经学会了很多偷懒的法门，倦于理事，后来更竟躲入深宫，长久不肯视朝，阁臣们连见到他都难，更不必说想要对他有些影响了。
万历虽然久居深宫，不理朝政，但弄钱的心思却从来也没停过，遇有机会便向国库伸手，这已是他的常伎，诸臣但凡获罪，必以抄家继之，则是他的外快。此外，他还不断想出很多怪招，随处都想捞点油水。碰到廷臣有所请求，不拘是要兴办某事，或是禁绝哪些弊端，后来竟都成他讨价勒索的大好机会。你要我批准某事么，行呀，我可正在缺钱，想办点事，还差若干若干银子，你给我想法办来，我就一定照批！这种商人式的，讨价、要价的口吻，后来竟成了他的日常习惯，不拘什么事，开口就是要钱，有钱万事都行，没钱你就免开尊口！光是福王之国一事，他就一直拖着，不知讹索了多少钱财、土地，最后才算应承了让福王之国。这福王是他最钟爱的一个儿子，“之国”便是放他到被封定的藩地上去。由于福王是个与太子争立的人，廷臣希望快些让他之国，免得多起争端，万历抓住了这一点，便就借机大敲竹杠。万历所以如此贪财，很多史家都说那是出于他的生母李太后的身教。原来这李太后出身于小商之家，贪财好利，是其习性，不觉便也影响到了万历。在为万历的弟弟潞王办理婚事时，他们母子所谈的一些话，倒很可证明此说。那是由于太后问起潞王婚事要用的珠宝等物何以长久还没办妥而引起的。万历向太后解释道：“这都由于臣僚们无耻，把珠宝都搜罗了去，献给张、冯两家，所以货缺又价高。”太后又追问道：“他们的家都抄了，还没都得到么？”万历恨恨地说，“他们狡猾得很，不知都分藏到谁家去了，哪里能都抄到！”这些话，《明史》和一些野史、笔记之类都有大同小异的记载，这也活画出万历母子孜孜为利的神气。
万历所想的一些生财之道中，为害最大的便是当时称为“矿税”的一事。开矿取利，原本是好事，但做法不良，目的又仅在牟利，不管有矿无矿，只要有人报称哪里有矿，便就派出大批内监前往坐索，多方搜刮，这便成为害民之举了。万历早在万历十二年（1584）时便已有意于此，但因勘察有误、廷臣驳议等等原因，一直没能搞成。到万历二十四年（1596），乾清、坤宁两宫都遭到火灾，次年，皇极、建极、中极三殿又被焚毁，万历急欲修建，而财力却又不足，这才决意由此入手，捞上一把。他先后派出内监多批，几乎遍布国中各地，虽统名为矿税，其实远不限于矿业，大概通都大邑则立税监，两淮则有盐监，广东则有珠监……总之凡有名目，无不设监取税，大小内监布满各地，敲骨吸髓，扰得民不聊生。其中尤以陈增、陈奉、高淮三人为恶最多，不断激起民变。陈奉在襄阳时，冒称“千岁”，作恶多端，人民围了他的税署，把在署中的耿文登等一十六人全部投入了江中。陈奉见势不妙，先行逃入楚王府中，才逃脱了性命。
矿税如此为害，诸臣都曾多次论及，甚至内监也有很多人谈到它的危害之大。但万历一心要钱，什么都不理会。然而这事的病民之甚，他其实也很清楚。这从万历三十年（1602）他自觉病危要立遗诏废除矿税一事，可以看出。这事，《明史》的记载如下：
帝忽有疾，急召诸大臣至仁德门，俄独命（沈）一贯入启祥宫西暖阁。皇后、贵妃以疾不能侍侧，皇太后南面立稍北，帝稍东，冠服席地坐，亦南面，太子、诸王跪于前。一贯叩头起居讫，帝曰：“先生前，朕病日笃矣，享国已久，何憾。佳儿佳妇付与先生，惟辅之为贤君。矿税事，朕因殿工未竣，权宜采取，今可与江南织造、江西陶器俱止勿行，所遣内监皆令还京。法司释久系罪囚，建言得罪诸臣咸复其官，给事中、御史即如所请补用。朕见先生止此矣。”言已就卧，一贯哭，太后、太子、诸王皆哭。一贯复奏：“今尚书求去者三，请定去留。”帝留户部陈蕖，兵部田乐，而以祖陵冲决，削工部杨一魁籍。一贯复叩首，出，拟旨以进。是夕，阁臣九卿俱直宿朝房。漏三鼓，中使捧谕至，具如帝语一贯者，诸大臣咸喜。
这份遗诏办得真是又快又好，可谓大快人心。然而变得却也很快，相隔只几小时，天才刚亮，就又有中使到来，说是奉命就要取回遗诏。原来万历的病变化真怪，前是感到必死，所以力意悔过，想在死后捞个好一点的名声。但到天光近晓，病又忽然好了。既然已无性命之忧，废除矿税便太肉疼了，于是接连打发中使前往内阁索取遗诏，说是矿税万不可停，别的你们看着办吧。史称那时“中使来者二十辈”，真可说是不绝如流，急如星火。沈一贯本想不给，但禁不得“中使辄搏颡流血”，便也只得给了他们了。据说，万历最初想要收回成命时，司礼太监田义曾据理力争，加以阻拦，恼得万历竟想用刀砍他。这事过后，田义一见到沈一贯，便啐着埋怨他道：“相公稍持之，矿税撤矣，何怯也！”
万历为了取回遗诏，甚至不惜动刀，其贪可以想见。然而他的胆怯却也明白显出。若真顶回他去，他倒不见得会如他的祖父嘉靖那样，有不顾一切，硬来到底的勇气。由于沈一贯没能顶住，矿税之害便终万历一朝都没能废去，一直为害到万历身后。