柔福死后，韦太后带回的那棺木中的骸骨身份被正式确认为柔福帝姬，赵构将其追封为“和国长公主”，并发丧厚葬。
绍兴十三年二月，太师秦桧率群臣三上表乞选正中宫。赵构请韦太后降手书立后，韦太后说：“我只知家事，国政要事非我所能干预。你自己拿主意便是了。”
闰四月己丑，赵构立贵妃吴氏为皇后。制曰：“顾我中宫，久兹虚位。太母轸深远之虑，群臣输悃愊之忠。宜选淑贤，以光册命。”
吴婴茀入主中宫后待太后更为孝和恭顺，亲自供承太后饮食衣服，将慈宁宫中事料理得无处不妥帖，与太后相处融洽，此后十数年，两人间未曾有一件不快事发生。
吴后婴茀弟吴益娶秦桧长孙女为妻，又与医官王继先交相荐引，三家姻族相继加官进爵，显贵一时。婴茀见赵构提及皇后邢氏时每每悒郁不乐，遂请赵构为其侄吴珣、吴琚赐婚邢氏后族二女，“以慰帝心”。
赵构待婴茀不薄，凡她所请也大多应承，但自立后之后即广纳妃嫔，选的多为通文墨、晓音律的年轻美女，闲暇时便去品鉴她们才艺，与婴茀相处的时间日渐稀少。
一如往常，婴茀全无妒色，甚至还于绍兴十九年，亲选一名叫玉奴的吴氏族女献与赵构。赵构先封玉奴为新兴郡夫人，后进为才人，但对她了无兴趣，数年后命其出宫归本家。
诸妃妾中，赵构最宠爱者有两人，刘贵妃与刘婉仪，宫中人分别称之为大刘娘子与小刘娘子。
刘贵妃有一双纤足，穿着绣鞋形如新月，纤巧可爱。赵构待其优渥，刘贵妃恃宠骄侈，曾在盛夏以水晶装饰脚踏，那日娇慵地斜靠于床上，双足莲鞋精美，闲点脚踏上水晶，满心以为赵构见此情形必会倍加爱悦，岂料赵构入内一见，脸微微一沉，冷眼看她，道：“这是脚踏么？取来做枕头。”
他语调只是淡然，也没有许多怒色，却已把刘贵妃惊出一层冷汗，立即悻悻地撤去脚踏，此后再也不敢做此等暴殄天物之事。
刘婉仪则生得娇俏可人，性情又活泼，能歌善舞，且抚琴吹笙技艺双绝，故此赵构尤为眷顾。刘婉仪亦不安分，恃恩招权，曾遣人命广州蕃商献明珠香药给她，暗许以官爵。舶官林孝泽得知后禀告赵构，赵构当即诏止蕃商进献。回宫斥责刘婉仪，而刘婉仪颇不以为然，牵赵构袖娇嗔告罪，赵构心一软，也就不忍苛责于她。
绍兴三十一年，刘锜都统镇江之师，听说金人将叛盟，有意渡江攻宋，遂屡次请求对金用兵，赵构不许，刘锜仍申请不已。王继先等人坚持和议，称用兵恐误大计，王更暗示赵构应诛杀刘锜：“如今边鄙本无事，只是有一些好战的军官，喜于用兵，欲图邀功请赏。若斩其中一二人，则和议可以稳固如初。”赵构不悦，一语回之：“你是要我斩了刘锜？”王继先便不敢再多言。
此后赵构在刘婉仪处进膳，因心忧边鄙事，久久不举箸。刘婉仪觉得奇怪，便命内侍去打听官家因何烦恼，很快探知刘锜主战之事与王继先之言。翌日见赵构依然深锁愁眉，刘婉仪便也轻叹一声，作善解人意状，说：“刘锜妄传边事，教官家烦恼。”
赵构闻言抬目，瞥她一眼，不动声色地问：“哦？这事小刘娘子可有良策？”
刘婉仪见赵构征询自己意见，很是欣喜，只求宽解帝意，连连说朝廷应坚持和议，刘锜主战出于一己私利，不如斩之，所言大抵与王继先的话相似。
赵构冷面听她说完，才扬手掀翻满桌酒菜，指着她怒问：“你不过是妇人女子，如何得知军政要事？必有人教你欺我！”
刘婉仪从未见他如此盛怒，跪下请罪，颤栗着吞吞吐吐地道出原委。赵构越发恼怒，将她斥出，赐第别居，永不再召见。并连坐王继先，贬其福州居住，停子孙官。
韦太后的侍婢杨氏未活到南归后次年元旦。绍兴十二年岁末，杨氏年满六十，韦太后在慈宁宫为其庆生辰，赵构亦赐御酒一壶及金帛若干相贺。杨氏谢恩领受，欣然饮下御酒后当夜便无疾而终，“含笑九泉”。
赵构此后向太后宫人下旨道：“为太后寿考康宁计，今后慈宁宫中大小事均直接禀告朕，勿与太后商议，以免太后烦心。”
杨氏既死，韦太后的生活顿时归于沉寂。终日身着素袍独守青灯古佛，不苟言笑，只念佛诵经。虽赵构常命人供进财帛于太后宫，她亦无心去用，节俭度日，所得财帛大多闲置于库中。也极少与宫中人往来，惟准婴茀每日入省。婴茀顺适其意，曾亲手绘一卷《古列女图》，将太后绘于其中，又取《诗序》之义，为太后佛堂匾额题字“贤志”。
绍兴二十六年十月，尚书右仆射万俟禼上《皇太后回銮事实》。臣下呈书于太后时亦选取大批礼物一并奉上，韦太后悉数退出不受，赵构遂向群臣大赞太后俭德，道：“宫中用不上这许多礼物。皇太后今年七十七岁，而康健如五六十岁，皆因德行感天之故。这等福泽自古帝后都未尝有。”
韦太后每年生辰赵构都会为她隆重庆祝，并不忘同时宣扬她的年岁高寿。凡见过太后的人都讶异于她远比年龄年轻的容貌，随即不免对她的德行福泽又有一番感慨称颂。
太后身体也一直较为康健，只是眼睛越来越不好，视物日益模糊，到后来有一目近乎失明。见御医对太后目疾束手无策，赵构便在国中遍寻良医。绍兴二十八年，临安守张偁推荐一位善风鉴之术的蜀人皇甫坦为太后治病。赵构召其问如何医治，皇甫坦答道：“心无为则身安，人主无为则天下治。”赵构听后若有所悟，引他入慈宁宫为太后用其术。太后目疾渐好，赵构大喜，厚赏皇甫坦财物，皇甫坦一无所受，辞谢而去。
但韦太后眼明心静的日子亦未过多久，绍兴二十九年九月庚子，皇太后韦氏手持一串佛珠崩于慈宁宫寝殿。
太后在世时，一直希望赵构能有亲生皇子继承皇位，故始终不允许赵构正式确立养子皇子身份，更不愿他立养子为储。而在赵瑗与赵璩二子中，她也更喜欢璩，对赵构更为钟意的瑗毫无援立意。
绍兴十五年二月，在韦太后与吴后的促进及与赵瑗不和的秦桧怂恿下，赵构加封赵璩为检校少保，进封恩平郡王，出宫外居。一时璩与瑗并为郡王，地位平等，诸臣私下称之为“东西府”。
绍兴二十五年十月，秦桧病重。他与家人及党羽商议，决定封锁消息，企图由其子秦熺代其继续把持朝政。赵瑗闻讯立即禀告赵构，于是赵构亲赴秦家，以探病为名验其虚实。秦桧不发一言，惟涕泪交流。秦熺奏问代居宰相为谁，赵构答：“此事非卿所应预闻。”随后拂袖出室，乘辇还宫，当晚便召权兵部侍郎兼权直学士院沈虚中草拟秦桧父子致仕制（即因年老解官的手续文书）。秦桧见阴谋不成，忧惧不已，于失望中咽气离世。
经此一事，赵构更为赏识赵瑗，也更着意考验。赵瑗不喜声色，郡王府中姬妾寥寥。某日赵构召赵瑗与赵璩入宫，赐他们宫女各十人。未过许久又将这些宫女召回，命人检视，见赐给赵璩的宫女已非处女，而入赵瑗府中的那些尚完璧如初。赵构虽就此未置一辞，但心中已有定论。
太后崩后，赵构有意询问皇后婴茀于立储一事的意见，婴茀微笑答：“普，即‘并日’二字。普安，其天日之表也。”赵构遂一笑，于绍兴三十年二月御笔付三省：普安郡王瑗可立为皇子，更名玮。数日后，进封皇子为建王。
绍兴三十一年五月甲子，诏立建王玮为皇太子，更名昚。
六月丙子，诏皇太子赵昚即皇帝位，是为孝宗。赵构改称太上皇帝，与太上皇后吴氏退居德寿宫。