第二天再审，刘锡彤逼问奸情和毒药，小白菜还想诉冤，将自己和杨乃武都洗脱了。刘锡彤哪里肯听，立刻就叫动刑。一连三拶，顿时十指的皮肉绽开，鲜血崩出，小白菜一个柔弱女子哪里熬得过去，只好照何春芳所教的话供了，说杨乃武十月初五日曾到她家里，给她一包药，说是治流火的，葛品连吃下就死了。
说毕之后，小白菜心中总觉得有些对不住杨乃武，不禁哀哀痛哭起来。葛喻氏等人已被刘锡彤有意带到堂下，当下听得明明白，都信以为真，把杨乃武恨之入骨。这时堂上早录下口供，命小白菜划了供，锡彤即吩咐把小白菜收监，俟提到了杨乃武，再行审问，又命堂下人等不许多言，暂且收监，以防走露风声。然后立刻回到后堂，写下了名贴，命一个伶俐家人，送到杭州杨乃武寓所。
余杭到杭州不过五十多里，上午骑了马去，下午就到了。这天已是十月十二，杨乃武自中了第一百零四名举人，便没有闲的时候。当下在杭州拜老师、会同年，聚亲友。又有一般凑趣趋承的人，同杨乃武设宴贺禧，直闹了一个多月，仍是意犹未尽。因为小白菜是在十月十一被捉入狱中的，杨乃武接到刘锡彤的请贴是十月十二，此时尚未知道小白菜的事，所以并未起疑心。本来大考之后，拜会当地父母官是极平常的事。所以即回复了来人，准时前来。下贴人又赶回余杭，回复了刘锡彤。刘锡彤急忙将何春芳请来，二人一同商议，设下了天罗地网，只待杨乃武到来。
十月十三日，杨乃武穿了云龙纹绸箭衣，黑素缎的马褂，又戴了举人的银座冠顶，上衔素金顶，一副春风得意的模样。出了杭州，迳直到了余杭县衙中。刘锡彤一听杨乃武来了，亲自迎出来，满脸带笑，一直将杨乃武迎到里面，在书房内分宾主坐下。
杨乃武向四周一瞧，只见两旁差人排得齐齐整整，十分严肃，不像是个请客的样子。回头再看刘锡彤，须臾之间已换了颜色。满面含着一股肃杀之气，好似罩了一层严霜，方才的一脸笑容早丢的无影无踪。杨乃武心中愈发不解，正待说话，却见一个瘦脸师爷走了进来，对杨乃武拱拱手道：“兄弟何春芳，是这里的刑名师爷，因有一事不明，要向您请教高见。所以央我家老爷把您请来了，不知可能见教否？”
杨乃武不知是什么事情，忙道：“先生有什么问题，晚生自当领教。”
何春芳即在身旁取出了一张东西，交给杨乃武道：“杨兄且瞧这一纸诉状如何？”
杨乃武接过一看，却是葛文卿告小白菜因奸谋命，毒死小大的状子。他见是有关小白菜的案子，心中有些发慌，也不知道刘锡彤的目的何在，便沉吟道：“这般谋死亲夫，自得真凭实证，方能有效呀。”
刘锡彤冷笑一声道：“正是正是，本县已下乡验明，确是服毒身亡咧。”
杨乃武听了此话，不禁愕然，疑道：“这般说来，葛毕氏实有可疑了。可是因奸谋命，有了淫妇，必有奸夫，公祖可曾问出口供，奸夫是谁呢？”
刘锡彤冷冷道：“兄弟说的不差呐，奸夫倒也供出来了。”
杨乃武听得小白菜已供出了奸夫，不觉面色一变。没想到他与小白菜分手三年，小白菜熬守不住，竟然有了奸夫，还干出这般害命谋夫的大事，过去倒未曾瞧出她，竟如此狠辣，不由得暗暗痛恨小白菜。即正色道：“老公祖，这般大事，自应按法严办。既供出了奸夫，即可将奸夫拿到，使他对口，供出实情，方能替死者伸冤哩。”
刘锡彤听得杨乃武这几句言语，将双目一瞪道：“好，既是如此，杨乃武，你猜猜奸夫是谁？”
杨乃武道：“我怎能猜出？”
这时刘锡彤已经立起身来，向何春芳道：“何先生，你把小白菜的口供，高声念上一遍。”
何春芳从袖中取出小白菜的口供，高声念道：“小女子同杨乃武自前年四月起首通奸，那时候小妇就住在杨家。”接下来说的是葛品连后来险些撞破奸情，便起下疑心，立即搬出了杨家，住到太平街内。等等所说一般不差，件件真实。但再往后的供词便开始捏造起来，说杨乃武色心不死，仍常来行动。此前一月光景，又被葛品连险些撞着。自此之后，葛品连每晚住在家中，杨乃武遂无隙可乘，不能到来，心中十分怀恨。十月初五的时候，葛品连到店中去了，杨乃武悄悄来到葛家，把一包药粉交给自己，说是可治流火之症。恰巧葛品连在十月初九犯了急症，要小白菜买了桂圆熬桂圆汤治病。小白自称是一时糊涂，便把药粉下在药中，小大服下，即刻便死了。
杨乃武听毕，又惊又气，他想不到小白菜竟这般忘恩负义，把自己咬了上去。但想道此事无凭无据，凭着一个妇人的话，刘锡彤也不能便把自己怎样。方欲分辨，刘锡彤先喝道：“杨乃武，本县一向以为你是读书君子，谁知你却是人面兽心，竟干这般丑事，皇子犯法，与庶民同罪，今天可由不得你咧。”说毕，向两旁差人道：“快把杨乃武押将起来，本县即刻升堂审问，替死者伸冤。”两旁衙役，早把杨乃武一把在座上扯起，喝着快走。
杨乃武见这般情形，终于明白刘锡彤是为了过去自己曾经弄了他两次，这回他是要公报私仇，可是自己究竟是个地方绅士，名声在外，又是新中举人，仅凭小白菜所言，刘锡彤终究不能把自己怎样，哈哈大笑道：“好个刘锡彤，原来今天你请我赴的是鸿门筵。好在我杨乃武并未犯下这般歹事，看你能将我怎样？将来水落石出之时，我不要瞧你的好看？”
刘锡彤并不答言，一抖衣服，竟自出去。何春芳急忙命差人将杨乃武押将下去。过了半个时辰，刘锡彤吩咐升堂。一刹时鼓声响亮，两旁差人立得齐齐整整。刘锡彤在大堂正中坐定，一边坐着刑名师爷何春芳，另一边是录供幕府李禁。这时，原来到仓前镇要提的听审人，都已经提到。
刘锡彤坐定之后，便命人把杨乃武带上堂来，却先不审问。又让把葛喻氏带上来。不一时，葛喻氏当堂跪下。刘锡彤问了她年岁籍贯，又问葛品连死的情形，小白菜与杨乃武是否有奸情。葛喻氏前日听了小白菜的招供，愈发认定杨乃武是害死葛品连的仇人，自然又说出怀疑杨乃武的情由来。又说早就知道二人奸情，只是拿不住凭据，杨乃武又有势力，只好忍辱不宣，没想到葛品连还是死在杨乃武的手中。
刘锡彤听毕，便命她跪在一边。又将冯许氏等人一一带上，这些人都亲耳听过小白菜的口供，杨乃武与小白菜以前也的确有过不轧之事，所以个个都指认杨乃武。刘锡彤暗暗得意，当下即把小白菜带上堂来，又假意喝问了一回。小白菜依旧咬定是杨乃武交的毒药。刘锡彤把众人问过，方开始审问杨乃武。
杨乃武此时已是新中举人，照例不跪，立在下面。刘锡彤把惊堂木拍得山响，喝道：“杨乃武，你尚有何说，快些从实说来，怎地起意，因奸谋毙葛品连的性命。”
杨乃武听罢，哈哈笑道；“老公祖，我毒死葛品连，可是你亲眼看见的吗？既然没有凭据，为何要凭空诬我？”
刘锡彤听杨乃武仍是桀骜不驯，想起来前仇旧恨，早就忿火中烧，喝道：“杨乃武，葛毕氏已招得明明白白，是你亲手授给她的砒药，四邻、干证也都说你与葛毕氏暗有往来，你还想刁赖不成？若是好好招出，本县还能为你存些体面。”
杨乃武道：“晚生又没有做过这事，说些什么出来。”
刘锡彤见杨乃武不肯招，又不能动刑，一指小白菜道：“葛毕氏，你把杨乃武怎样命你毒死丈夫，同杨乃武对来。”
小白菜见了杨乃武，又羞又愧，但她听了何春芳的恐吓，要救自己的性命，免受千刀万剐之刑，又怕刘锡彤再给自己上刑，不得不把天良泯绝，向杨乃武道：“二少爷，事已至此，便说了吧。”
杨乃武听得小白菜果然攀咬自己，牙齿咬的咯咯响，忍不住向小白菜骂道：“好一个没良心的淫妇，我当初怎样看顾于你？你我又定了什么约定？怎么都忘得一干二净。今天不思报答，反将这般事情攀供于我，你的良心何在？”
小白菜被杨乃武说的惭愧，再不敢说话，低了头不再言语。刘锡彤见了，暗叫声不好，害怕小白菜良心发现，当堂翻供，再将何春芳卖出来，那还了得，忙把惊堂木一拍道：“好个杨乃武，竟敢仗着科举威势，咆哮公堂。我也知道你是个新科举人，不把我小小县令放在眼中。但你如今犯下重法，皇子犯法，与庶民同罪，本县也顾不得体面。”说着，即命人将杨乃武与小白菜各自收监，其他人证回家听侯传讯。又命何春芳写下一角文书到学府中，呈请浙江学政将杨乃武的举人功名革掉。
浙江省学政胡瑞澜，是个道貌岸然，张口闭口不离尊礼守教的老学究。一听本省出了这么大一件有伤风化的事，立刻大怒，马上批准斥革。批罢回文之后，余怒未尽，又写下“正身洁己，不以财色经怀；敦品励行，当以作人为先。”二十个字，命通令全省学子要以杨乃武为鉴。
十月十五，刘锡彤接到学台回批，立刻将命差人把杨乃武的举人素金顶剥下，带到大堂。刘锡彤将惊堂木一拍道，喝道：“杨乃武，你怎样与葛毕氏通奸，又如何把葛品连谋死的？从速招来，免得皮肉受苦。”
杨乃武见自己十年寒窗的功名，就这样轻易被刘锡彤断送的干干净净，又悲又愤，将刘锡彤恨的咬牙切齿，站在堂上立而不跪，只道：“如今你非要置我于死地，我便也没有什么可说的。”
锡彤喝道：“不上刑具，谅你也不肯招出。”当即喝命差人把杨乃武按倒在地，先打了三十大板。杨乃武自出生以来那里受过这般苦痛，只打得皮开肉绽，鲜血飞横，趴在地上，爬不起来。
刘锡彤喝道：“这只是小试牛刀，你若不把毒死葛品连的情由，从实招出，莫怪本县一会儿大刑伺侯。”杨乃武忍着疼痛道：“这事情一点儿影踪全无。你想叫我招出些什么来呢？”
刘锡彤听罢，也不再问，又将一支签扔下来，吩咐给杨乃武上三木大刑伺候。
顿时堂下呛啷一声，扔上一付三木夹棍，两旁差人走将上来，把杨乃武靴袜扯去，双足套在夹榻之中，一起喝道：“杨乃武，快些招吧，免得受这些零碎苦处。”见杨乃武并不说话，遂将夹棍一收，只痛得杨乃武两目昏花，眼前金星乱迸，大叫一声，已昏了过去。上刑的衙役松去夹棍，又有一个差人早备了一碗水，过来把水将他喷醒。刘锡彤再问杨乃武，却仍是不招。刘锡彤又让行刑，如此三番，将杨乃武折腾的死去活来，面色昏黄，气息奄奄。刘锡彤一见，知道不能再用刑，怕杨乃武受不住死在堂上，没了口供，还要连累自己担带。即命差人把乃武先行收监，自己退堂。
杨乃武被押回到监中，只觉双腿如过火一般，疼痛不止，不住的呻吟。心中也颇不平静，一会儿想小白菜过于绝情，竟不顾过去情义，一张红口白牙，随意攀诬自己，咬定了自己不松口，不知是何缘故；一会儿又想她应当是熬刑不过，又不知道按大清律例谋毙亲夫者当受临池之刑的厉害，才会这样做，倒是情有可缘。又想到刘锡彤一定要将自己置于死地，恐怕即使是熬刑不招，刘锡彤也不会放过自己。说不定刘锡彤为着以前结下的仇怨，在狱中将自己暗暗戕害，那时即便是有冤也无处伸了。想来这里不过是个知县衙门，只能拟结，不能定案，将来到了按察使司衙门再申冤不迟。
正在胡思乱想着，听远处监牢的大门响动，狱卒领着一个四十多岁的中年人走了进来。那人走到近前轻轻唤道：“二爷，我来看您来了。”
杨乃武见是自己的管家王廷南，急忙爬到狱栏前，道：“你可来了……”话没有说，却已经流出泪来。
王廷南也哭道：“二爷，这是从哪里说起？真是飞来横祸啊。”
二人对哭了一番，守监的狱卒道：“有话快说，一会儿若有查狱的来，你我都不好过。”
王廷南掏出十块银元放到他手中道：“麻烦几位老哥在外边放放风，我们略说几句话就出来，决不连累。”
狱卒方才已经收了十块银元，这回见又送过来十块，顿时眉开目笑道：“我代几位兄弟谢过了。你们慢慢谈。”
杨乃武待狱卒走远了道：“廷南，你且别悲伤。这一回的事情，也是命中注定。我和知县刘锡彤，之前便结了仇怨。所以他要借此事陷害于我。若熬刑不招，不过白受苦楚，说不定刘锡彤恼羞成怒，还要暗害于我。看来只有从上面翻案才能成功。你要报给家中我姐姐叶杨氏和二奶奶杨詹氏知道。让她们一面速去杭州与同年好友姚士法联系，到省里诉冤；一面赶到京城与族叔杨增生商量，他在都察院经历厅任六品经历，官虽不大，但认识的京官却不少。都察院又向来是核准、参审重大案件的衙门，有族叔说项，大概此案能有转机。”
王廷南道：“二爷，您放心好哩。既然刘锡彤一定要同您做对头，二奶奶和姑奶奶就是倾家荡产也得给您伸冤。这里我不能多来，家中的事，有我全力操持，您尽可以放心。”
杨乃武又道：“我姊姊比了二奶奶能干得多，你去转告姊姊，诸事要请她照应。就是我万一冤沉海底，家中各事，都得仰仗姊姊了。孩儿年纪尚小，要好好当心。”
王廷南听得，洒泪道：“二爷放心，我就回去报信，您要自己保重，吉人自有天相，二爷又没干这般伤天害理的事情，将来自有水落石出雪冤的一天。”又把身旁带的几十块钱交给杨乃武，作为监内使用，方匆匆的去了。