治承五年正月一日，鉴于东国的兵变、南都的火灾，宫中取消了例行的朝拜仪式，皇上也不临朝。无管弦之音，无舞曲之乐。吉野国栖住民不来。藤原氏公卿参见者无一人，盖因家寺兴福寺烧失故也。
二日，清凉殿上亦无宴飨之礼。男男女女噤若寒蝉，禁中一片沉寂。佛法王法皆已亡灭，世态炎凉，令人慨叹。后白河法皇不由得埋怨道：“余以十善余荫而得登万乘宝位。四代帝王非子即孙。何以不许插手万机政务，空耗岁月？”说罢叹声连连。
五日，南都的僧纲等人全被解了僧官僧职，撤销其参与宫中法会的资格。寺中老少，或被射杀砍杀，或被火焰吞噬，大多难逃劫数。有少数幸存者，无人淹留，都遁入山林之中。兴福寺别当花林院僧正永缘，亲睹佛像经卷惨遭祝融之灾，顿时灰飞烟灭。痛心疾首，深受打击，旋即卧病不起，不久终于去世。僧正是情致高雅的人。有一日，听到杜鹃的叫声，即咏短歌一首：
每听杜鹃叫，一叫一番新。声声听不厌，仿佛听初音。
因而获得了初音僧正的称号。
尽管如此，还是决定，即使徒具形式，至少御斋会却非举行不可。于是召集了公卿会议，讨论主司其事的讲师人选。“南都僧纲今已解任，能以北京僧纲代行之乎？”然而，觉得南都方面也不能完全弃之不顾，便将三论宗的大师成宝已讲，从其隐居的劝修寺请了出来，行礼如仪，完成了御斋会。
高仓上皇由于一连串的不幸事故：前年父亲后白河法皇之幽禁鸟羽殿、去年皇兄以仁亲王之惨遭杀害、骚动天下莫名其妙的迁都闹剧等，事事烦心，抑郁成疾。尤其听到东大寺、兴福寺被烧毁后，病情急转直下。法皇焦虑万端，不知如何是好。到了正月十四日，上皇终归晏驾于六波罗池殿。在位仅十二年，德政无数。兴诗书仁义已废之道，继理世安乐早绝之迹。生死之事，三明六通之罗汉所不能免，幻术变化之权者所不能逃；诸行固然无常，但理过于情，不胜唏嘘。当夜便移灵东山脚下清闲寺火葬，遂化为一道暮烟，随着早春的晚霞，飘上天空。
法印澄宪想去送葬，赶忙从比睿山上下来，却只能望见一缕青烟，袅袅飘上虚空，乃咏歌道：
往常拜行幸，瞻仰致微忱。哀哉今上路，已是不归人。
又有一位女官，听说上皇驾崩，作歌一首，咏其哀思：
虚空云上月，永世发其光。如今光不在，哀哀泪沾裳。
上皇享年二十一岁。内则坚守十戒，外则不乱五常，恒以整饬礼仪为念。可谓末代之贤君。举世哀悼，若失日月之光。如此，人之愿望难偿，民之命数不振，人间世界笼罩在愁云惨雾之中。