山门大众向来喜欢惹是生非，动辄兴讼，此次却宁愿息事宁人，居然毫无动静。然而三井寺与兴福寺，或庇护高仓宫，或准备前往迎接，可说均为朝敌。官方不可能置之不理，一定会加以讨伐。果然于同年五月二十七日，指派入道相国四男头中将重衡为大将军，萨摩国守忠度为副将军，率领兵力一万余骑，开往三井寺。寺方也挖了壕沟，布置了盾垣，架设了鹿寨，严阵以待。卯时互射响箭，正式开打。鏖战终日。寺方僧众或法师阵亡者三百余人。入夜续斗。官军趁黑攻入寺院，到处放火。
结果烧毁者有：本觉院、常喜院、真如院、花园院、普贤堂、大宝院、青龙院、教待和尚本坊及其本尊等，还有八间四面大讲堂、钟楼、经藏、灌顶堂、护法善神社坛、新熊野宝殿等，堂舍塔庙，总共六百三十七所。又有大津当地民家一千八百五十三户、智证大师自唐携回之一切经七千余卷、佛像二千余尊，全都付之一炬，化成灰烬，令人痛心无极。诸天五妙之乐，从此永成绝响；龙神三热之苦，以后愈益难堪矣。
且说三井寺，原来是近江拟大领的私人寺院，后来捐献给天武天皇，变成了敕愿寺。其本尊便是天皇所奉的弥勒菩萨。弥勒的生身教待和尚在此修行了一百六十年后，传给了智证大师。据说弥勒菩萨将于遥远的未来，从兜率天摩尼宝殿下凡，降生此世，在龙华树下说法。然其凡间寺院竟被烧毁，不知何以至此。智证大师以此寺为传法灌顶之灵地，每日清晨汲其井花水，故名之为三井寺。如此神圣的宝寺，现在却荡然无存。显密之教亡于须臾，伽蓝更失其迹。三密道场已废，不再闻其铃响。无一夏之花，故少汲水之声。知名宿老大德，怠乎修业问学；受法相承之弟子，则疏于经典说教。三井寺长吏圆惠法亲王被撤天王寺别当之职。此外，有僧纲十三位遭受罢免后，交由检非违使议处。另有猛僧三十余人，包括筒井净妙明秀，被处了流刑。人们都道：“天下如此失其道，国内这般动而乱，非同小可，极不寻常。岂非平家已到了末世之兆？”