拿破仑再次运用那行之有效的战术——各个击破，他要在达维多维奇同阿尔文齐会合前，击溃阿尔文齐的军队。这时，阿尔文齐的军队已抵达卡列迪耶罗。拿破仑不失时机地命令马塞纳率军冲向这个阵地。交战时，狂风暴雨大作，法军进攻十分困难。尽管马塞纳使出浑身解数，但仍被人数众多、阵地坚固的奥军击退。拿破仑见此情况，十分着急，一旦达维多维奇从卡列迪耶罗的后方同阿尔文齐会合，那后果不堪设想。在这紧急关头，拿破仑采取了一个极大胆、完全出人意料的行动。当晚，拿破仑给基尔马内留下１５００人防守维罗纳，其余部队则后撤，佯装退到曼图亚。可是不久，他的队伍又转向阿迪杰河，迂回到阿尔文齐军的尾部阿尔科拉村，冒险地把自己置于阿尔文齐和达维多维奇之间。这里的地形也对法军十分不利。阿尔科拉村四周都是沼泽地带，通往村内的各堤坝非常狭窄，进攻十分困难，后撤则更加危险。拿破仑一心想趁达维多维奇赶到之前拿下这个据点，他不顾地形的不利，于１１月１５日拂晓，分兵三路，沿通往阿尔科拉村的三条堤坝冲锋。奥军根本不知道法军的主力已撤离维罗纳，起先还以为是法军轻装部队的突袭，后来才弄清真相。奥军顽强地把守着这几条狭窄的通道。奥热罗率领第一纵队冲到阿尔科拉村桥头，猛攻不下，伤亡惨重，被迫退兵。这时，抢占洛迪桥时那一幕精彩的场面又重现了，只见拿破仑抓过一面军旗，奋不顾身地冲上桥，督促他的部队再次冲锋。奥军火力十分强大，法军再次败阵。混乱之中，拿破仑掉下堤坝，陷入沼泽，行将灭顶。这时奥军的先头部队已赶到他前面，把他和他的败军隔开。士兵们眼见拿破仑身处险境，情势紧急，高呼"救出司令"，奋勇地冲向前来，以压倒一切的气势冲垮了奥军，从沼泽中拉出拿破仑，攻占了桥梁。战斗持续了３天，打得非常艰难，阿尔科拉桥三易其主，期间没有任何喘息机会。两军将士都已精疲力尽，士兵们巴不得早些收兵回营。在这最后时刻，拿破仑带领全部士兵发起了最后的攻击。他派２５名精锐骑兵，迂回到敌军的侧翼，吩咐他们在冲锋时吹响随身带的三只喇叭，并高呼"法国骑兵来了。”果然，奥军见此情景，一片大乱，他们以为法国的全部骑兵已经越过了沼泽地。趁这当儿，拿破仑立即下令前线总攻。这时一颗榴弹飞来，眼见着就要在拿破仑身边爆炸，说时迟，那时快，一个自进攻小直布罗陀时就跟随着拿破仑的炮兵大尉米尔隆立即扑上前去。司令得救了，自己却被炸得血肉横飞。拿破仑被激怒了，他要为这位英勇的朋友报仇，他率全军猛冲过去。奥军抵挡不住，节节败退。阿尔文齐的军队终于被粉碎了，溃败的残军退往蒙特贝洛。拿破仑依然是伦巴第无可动摇的主人。
奥地利害怕这位年轻的法国军官会乘胜兵临维也纳城下，便不惜任何代价，再次征兵，昼夜兼程驰援阿尔文齐。１７９７年１月７日，又有６００００人聚集在老元帅的麾下。奥军数量再次超过法军。老元帅这次下定决心要救出维尔姆泽并攻占伦巴第。
阿尔文齐令一士兵潜越战地，伺机进入被围困的曼图亚，告诉维尔姆泽他将再度前来搭救，叫老将军奋力出击，牵制敌军，接应大军前来。并告诉他在万不得已时，可杀出曼图亚，退往教皇领地，与教皇军队会合，从南面牵制和威胁法军。这名间谍怀揣这道命令出发了，不想在路途当中被法军抓获。当他被拖到拿破仑面前时，他慌忙吞下了裹着急件的蜡丸。拿破仑不得不从他的肚子中取出蜡丸。敌军的计划暴露了，拿破仑迅速作好迎战准备。
他留下塞律里埃继续围攻曼图亚，随即将中央阵地重设在维罗纳，以便根据具体情况去支援被奥军主力攻击的任何阵线。
阿尔文齐仍然没有吸取上次分兵作战的教训，他又采取了两条行军路线。阿尔文齐自己率军沿阿迪杰河前进，普罗韦拉则统另一军沿布兰塔河前进，两军拟在曼图亚城下会合。拿破仑派儒贝尔驻守利沃里，以阻击阿尔文齐；又派奥热罗师监视普罗韦拉的推进；自己则留守维罗纳，随时准备支援任何一个需要支援的阵地。
１月１３日，阿尔文齐军与儒贝尔军相遇。儒贝尔苦守阵地一整天，甚为吃紧。消息传来，拿破仑率军连夜在铺满白雪的道路上急行军３２公里，于子夜２时抵达利沃里山地。借着朦胧的月光俯视山谷，只见分隔开的５处营盘里篝火无数。如此众多的敌军使一些法军不寒而栗。拿破仑以他犀利的目光仔细地观察了山下５个营盘的阵地，发现了一个秘密，那就是阿尔文齐的炮兵尚未到达，否则他不会把大军驻扎在远离攻击目标的地方。拿破仑断定奥军不会在第二天清晨发动大规模的进攻。他灵机一动，要强迫阿尔文齐提前行动。
一些小规模的袭击开始不断地骚扰着阿尔文齐的军队。阿尔文齐以为这只不过是法军的前哨，并非主力，因而没有采取大规模的周密部署。结果，奥军轻而易举就被法军击退了。
阿尔文启发现情势不对，他断定这必是法军主力。他迅速组织起全部奥军发起勇猛地攻击。
这正中拿破仑的下怀，他亲自骑马前去唤醒因通宵行军极度疲惫而躺倒酣睡的马塞纳所部，命他们立即起来行动。这位英勇的将军立刻率领所部横扫一切进攻的敌人。这时，法军炮兵已经就位，而奥军炮兵尚未赶到。居高临下的炮轰加上骑兵和步兵的不断冲锋，使得奥军冲击山顶的企图连遭失败。阿尔文齐见硬拚不行，想出了一个主意，他派卢津扬率领一个师迂回到拿破仑的侧翼，命其占领法军阵地后面的高地，以期前后夹击法军。可是，还没等卢津扬完成自己的使命，奥军主力在法军的打击下已乱了阵脚，四下溃散奔逃。卢津扬也遭到法军的围困，只得投降。事后拿破仑评价道：“这是个好计划，可惜这些奥地利人不善于估量时间的价值。"只要卢津扬提早１小时在利沃里各高地正面激战时占领法军后部，那１月１４日很可能就会成为拿破仑战史上最暗淡的一天，而并非最光辉的一天。自这天后，阿尔文齐再也不敢去解救曼图亚和困境中的维尔姆泽了。他率残部仓皇逃回了提罗尔。
在这艰难的一天中，拿破仑的三匹坐骑中弹死去，但他毫无惧色，仍然镇定地指挥着战斗。在战斗中，他得悉普罗韦拉所率的奥军已冲到加尔达湖，并用小艇同曼图亚取得了联系，因此，不等看到卢津扬的投降，便把追击阿尔文齐残部的任务托付给马塞纳、缪拉和儒贝尔，自己率援军赶赴阿迪杰河下游。他知道奥热罗的兵力单薄，不足以抗击普罗韦拉的军队，他必须前去阻止维尔姆泽同普罗韦拉的会合。
拿破仑急行军一昼夜，于１５日傍晚抵达曼图亚近郊。这时，塞律里埃的处境十分危急。就在几个小时前，普罗韦拉的一团轻骑兵身披白斗篷，化装成法军，大摇大摆地朝曼图亚郊区圣乔治镇开来。围城法军正准备开门迎接这支军队，一名军士好生奇怪：为什么这些白斗篷历经多次战役磨损还这样光滑挺括、像新的一样？法军警觉起来。一经查问，发现这支军队正是奥军。法军立即予以反击，打退了这支骑兵部队。事过之后，塞律里埃仍心有余悸。差点让奥军占领了圣乔治镇，这位围城司令不得不更加小心谨慎。
拿破仑听取了塞律里埃的报告后，立即提醒大家要保持高度的警觉，他自己则整夜巡查着各个岗哨。一次，他发现一个哨兵斜倚树根睡着了，他没有唤醒他，而是接过士兵的枪替他站了半个小时的岗。哨兵从沉睡中惊醒，认出了替自己放哨的正是总司令拿破仑，不禁惊恐万分，"普通"一声跪倒在拿破仑跟前。拿破仑平静地说：“朋友，这是你的枪。你们艰苦作战，又走了那么长的路，打瞌睡是可以谅解的。但是目前，一时的疏忽就可能断送全军。
我正好不困，就替你站了一会。下次可要小心。"这哨兵感激得说不出话来，一个劲地直点头。
第二天清晨，一场激烈的战斗在圣乔治镇打响了。勇敢的法军用刺刀猛扑奥军的阵线，击溃了所有企图抵抗他们的敌人。在法军的凌厉攻势下，奥军队形开始出现混乱。这时，尾追普罗韦拉的奥热罗师也开始向奥军背后逼进。奥军腹背受敌，走投无路，不得不停止抵抗。下午２时，普罗韦拉军缴械投降。
城中老将维尔姆泽得知前来解围的奥军全被击溃，再加上城中粮秣已尽，不得不派出信使与法军议降。信使走进法军司令部的帐篷，对裹着大氅坐在帐内一角的拿破仑说，他的主将还可以坚守很长时间，不过，如果投降条件优惠，他们可以立即献城。拿破仑走到奥军使者面前，挥笔写下了投降条件，他告诉使者说：“这些都是你们主将受之无愧的条款。他可以今天接受，等一个星期、一个月也可以，不会再加重的。同时告诉他，波拿巴将军即将出发去罗马。"奥军使者读了纸上的条款后，发现比他们奢望的还要宽大，便马上签署了降书。
２月２日，维尔姆泽率军开出曼图亚。为了不让这位年迈的老将感到受辱，拿破仑回避了值得自豪的接受奥地利驻意大利最高统帅缴出佩剑的投降仪式，只有塞律里埃在场受剑。
督政府对拿破仑的宽容大度有些不满，但拿破仑根本不理会他们的旨意，他上报说：“对奥军提出的条款，我以为既对得起勇敢而又可敬的人，也无损于法兰西共和国的尊严。”
长达９个月的曼图亚争夺战结束了。奥军在此期间总共折损２７０００人，５００多门黄铜大炮落入战胜者之手。奥热罗奉命赴巴黎向督政府呈献缴获的６０面军旗，他受到了巴黎人民欣喜若狂的欢迎。
向维也纳进军维尔姆泽刚刚把曼图亚和１３０００人的卫戍部队以及几百门大炮交给法军，拿破仑便立即把围攻曼图亚的军队抽调出来。他要带着这支战无不胜的队伍前去惩罚他隐忍至今的教皇了。教皇庇护六世刻骨仇恨法国革命，把在七月１３日镇压了保王党而被提升为总司令的拿破仑看作魔鬼，他千方百计地帮助奥国进行反法活动。如今，梵蒂冈教庭获知奥地利全军覆灭以及所向无敌的战胜者已向南挺进时，不禁惊恐万状。教士们手捧基督受难像来回奔波，鼓动人们为祖国为信仰而奋勇战斗。教皇东拼西凑才组织起一支军队，可这支军队哪是法军的对手，还没交战，便向拿破仑投降了。教皇领地很快都被法军占领。教皇见胜利无望，只得投降。１７９７年２月１９日，双方在托伦蒂诺签订了和约。和约规定：教皇让出很大一块最富庶的领地；赔偿３０００万金法郎；交出博物馆中最好的油画和塑像。这些珍贵的艺术品被源源不断地运往巴黎。
拿破仑现在已是整个意大利北部的主人，只有威尼斯领土除外。威尼斯使节前来要求保持中立，拿破仑答应了他们的恳求，他说：“保持中立吧，但是注意，你们的中立必须是真正诚恳而严格的。要是我进军奥国旗间，后方发生骚乱，切断了我的交通线，要是有任何行动背弃了你们的意愿，帮助了法国的敌人，我一定立即报复，从那一刻起威尼斯的独立就不再存在了。”
拿破仑在阿迪杰河畔各城镇留下若干守军监视威尼斯的中立，自己率军直驱奥地利首都维也纳。这时２００００名生力军从法国开到他的麾下，这支所向无敌的军队更加壮大。
奥地利宫廷立即组织大军，这次奥皇任命的指挥官是一位年轻有为的将领——查理大公。查理大公曾在莱茵战线上挫败了两位战争艺术大师儒尔当将军和莫罗将军，奥地利帝国的最后一线希望就寄托在这位亲王的雄才大略上。
查理大公在塔利亚曼托河对岸、崎岖的卡林西亚山前严密布防，因为这些山地扼守着从意大利到奥国的通道。拿破仑得知奥军这一部署，立即派马塞纳师前往奥军卢津扬师坚守的皮亚韦河一带，冲击奥军侧翼，自己则从正面向大公进攻。英勇善战的马塞纳再一次没有辜负拿破仑的期望，很快击退了卢津扬，驱散了奥军侧翼。
３月１２日，拿破仑成功地渡过了塔利亚曼托河。他气派十足地把军队列成方阵，好好地炫耀了一番。查理大公见状，不甘示弱，也在自己的阵地上把军队列成方阵，耀武扬威了一阵。突然，拿破仑解散方阵撤退，查理大公估计是法军昨晚通宵行军需要休息，故而撤退。他断定当天法军不可能发起攻击。于是，他也收兵回营。谁知２个小时之后，法军以排山倒海之势冲向警戒不足的奥军，不待奥军组成阵线，法军已冲到近前。大公的部队虽然表现英勇，但是无论怎样奋战也击退不了法军。查理大公不得不决定退却。法军紧紧追击，攻占了格拉迪斯卡，俘虏了５０００人。大公继续退却，拿破仑于几天之内又占领了里雅斯特、阜姆以及卡林西亚地区的每一处坚强据点。此后大公虽率奥军力战拿破仑１０次，竭力保卫每一寸土地，但始终未能恢复在塔利亚曼托河惨败所伤的元气，不得已退往维也纳。
正在绝望之际，查理大公得到了一些情报，这些情报又重新点燃了大公挽回败局的希望。原来，提罗尔边界的奥军司令劳顿将军已率军下驰，凭借优势兵力击败了拿破仑派在阿迪杰河上游的代理司令官，占领了整个提罗尔以及伦巴第若干城镇。威尼斯参议会获悉奥军取胜，鼓起勇气抛开了他们的中立立场，不仅对法国宣战，而且还煽动他们在维罗纳的党羽在当地医院惨无人道地屠杀法国伤兵。威尼斯军队越过边界，截断了拿破仑从后方获得各类补给品的路线。查理大公决定趁这机会在首都与拿破仑决一死战。
正当查理大公重整齐鼓时，维也纳宫廷却被拿破仑军队闪电般的推进吓坏了。维也纳到处都在传扬着一句话：汉尼拔兵临城下了。维也纳宫廷一片惊慌，贵重物品和重要文件已经开始运往匈牙利，奥皇弗兰西斯二世准备向法国请求议和。
拿破仑乘胜猛追，一心想把共和国旗帜插上维也纳城头。他上书督政府，希望得到桑尔方面军、蒙斯方面军以及莱茵方面军的配合和支援。但督政府批复道，他不能指望德国境内能有牵制性攻势，提及的各军均不得渡过莱茵河。督政府还告诉拿破仑他们已同意奥皇的议和请求。拿破仑不得不停止。
４月７日，拿破仑的先头部队抵达累欧本。累欧本是奥地利斯蒂利亚省的一个城市，距维也纳２５０公里。拿破仑写信通知查理大公，表示准备议和。他在这封意味深长的信中，充分照顾了战败者的自尊心。他写道，假如他能够签订和约的话，那他所感到的自豪将会超过由于战争胜利而得到的微不足道的荣誉。"难道我们杀害的人民还不够多吗？难道我们给可怜的人类带来的灾难还不够深重吗？"很快，查理大公的参谋长别耳加德中将和梅尔委耳特少将以军使身份来到法军大本营，他们在同拿破仑会商后提出照会，内容如下：
“将军麾下，皇帝和国王陛下愿意促使欧洲安宁，结束使两大民族破产的战争。……在我们和您刚才进行的商谈以后，皇帝深信两国都有尽快结束这个灾难性战争的善良愿望。因此，他愿意缔结为期１０天的停战协定。”
拿破仑作为总司令同奥军代表进行谈判。当天晚上签订了为期５天的停战协定。接着，拿破仑未等督政府派人前来媾和，便授权自己同奥地利代表谈判和约的初步条款。４月１８日，签订了累欧本临时条款，战争以拿破仑的胜利而告终。
拿破仑自累欧本回师后，毫不留情地报复了出尔反尔的威尼斯。他派兵占领了威尼斯，并改组了其政府，还向威尼斯索取了３００万法郎黄金、３００万法郎海军物资、５艘战舰、２０幅最精美的油画和５００部珍贵的原稿。威尼斯的独立地位再也不存在了。
６月２９日，拿破仑宣布在意大利北部以伦巴第为中心成立内阿尔卑斯共和国。在这里，他废除了奥地利的一套政府机构，组成了市政府和国民自卫军。这个仿效法兰西政体的共和国版图北平阿尔卑斯山脉，南至里米尼，西迄提契诺河，东抵明乔河。它成为法兰西有力的同盟国。
约瑟芬的背叛拿破仑在远征意大利期间，屡屡思念到他的新婚妻子约瑟芬，他利用休战的点滴空闲给她写了一封又一封充满柔情蜜意的情书。他写道：“我没有一天不在爱你，没有一个夜晚不在默默地思念你，在幻觉中将你搂入怀抱。每当我空闲，捧起茶杯，总要诅咒那使我远离生命灵魂的荣誉感，我的心中只有你——可爱的约瑟芬，你占据了我的心。如果说我与你猝然告别，一如罗讷河的急流，那是为了能快快与你团聚。每当夜阑人寂，我就起床工作，那也是为了尽快完成我的使命，重返你的身旁。""离开了你，我就不知道什么才是欣悦；离开了你，这世界就像是荒凉一片，我孤独地站在其中，没有任何人使我内心横溢的情感有所慰藉；你是我生活的源泉，你束缚了我的肉体和灵魂；因此，我的生活目的，乃是为了你而活着。我所崇敬的约瑟芬！若我离开你太久，我就不能忍耐。我并不是十分勇敢的人，有些时候，我也曾夸口我的勇敢，可是现在，我想着我的约瑟芬就生了病。尤其是那你不会太爱我的恐怖幻想楔入我的精神，使我发狂，使我连感受失望的勇气也没有了。我时常对自己说：
人类对于不怕死的人是没有支配力的，但是如今我会为没有得到你的爱情而死，……我不能占有你的心的那一天，就是我在人世间末日的来临。”
然而，拿破仑热情洋溢的来信，并没有打动约瑟芬的心，因为她不是一个情窦初开的小姑娘，而是一位再嫁的寡妇。她嫁给拿破仑，物质需要重于精神。她一向挥金如土，前夫的去世使她的人生旅途变成了灰暗色。如今她嫁给前程似锦的拿破仑，她要在巴黎好好地享受所得到的一切。因而，她对拿破仑的那些热烈的来信，总是不理不睬，有时顶多只是写一些公式般的回信。她越是对他不诚心，他越发对她眷念。他三番五次写信请她速往前线与他相会，她以"怀孕不能动身"为借口拒绝了他。
拿破仑得知约瑟芬怀孕，激动得泪流满面。后来他获悉约瑟芬并没有怀孕，就再一次要求约瑟芬前往意大利。约瑟芬被拿破仑缠得不耐烦了，只好动身前往。
约瑟芬的到来使拿破仑欣喜万分。他们在米兰短暂相聚之后，拿破仑又上前线去了。善于交际的约瑟芬并没有感到孤独，她很快在米兰形成了自己的娱乐圈。拿破仑一面在战场上拚死冲杀，一面思念着爱妻约瑟芬，一旦得闲，便纵马驰骋，直奔米兰，奔向心爱的约瑟芬怀抱。可是，等待他的却是失望，约瑟芬走了，她到热那亚去了，因为那里有一个奢华的舞会，她在那里可以纵情狂欢。年轻的将军此时疑虑重重，内心交织着无以言状的爱与怨，他给约瑟芬写下了痛彻心肺的话语：“我终于来了，而你却走了，撇下你的波拿巴，抛弃了对你倾注全副身心的丈夫，到别处去寻欢作乐了。我曾历尽千辛万苦，在人世间种种厄恶面前，我面无惧色，处之泰然。然而，眼前的这般心境、这般痛苦与煎熬却使我一筹莫展，无以排遣。我以前何曾料到此种结果？我要在米兰一直呆到晚上９点。别管我，欢乐永远属于你，你快活，世上万物也随之欢腾，唯有你的丈夫，他在默默地忍受着孤独。”
拿破仑重又回到疆场冲杀了，而约瑟芬却与年轻的夏尔中尉开始了他们的浪漫史。夏尔年轻英俊，谈吐幽默，性格活泼。他所服役的骑兵先遣团是拿破仑在意大利的一支铁腕部队。当约瑟芬在米兰敞开她的沙龙大门时，夏尔和其他军官一道步入了这个娱乐圈，他以迷人的风度与不俗的谈吐博得了女主人的欢心。很快，他们便在一起调情鬼混，开始了频繁的接触。拿破仑没多久便掌握了约瑟芬与其亮军官的私情。于是，有一天，夏尔突然接到命令，叫他立即返回巴黎。夏尔走后，约瑟芬如失魂一般，终日心神不定。约瑟芬的背叛给拿破仑的心灵蒙上了一层阴影。从这以后，虽然他在感情上依旧眷念约瑟芬，可是科西嘉人那种不顾一切的冲动正在逐渐消失。
果月１８日政变督政府对拿破仑日益增长的权势和不断提高的声望深感不安。巴黎的督政官一方面贪得无厌地用拿破仑从撒丁王国、教皇国和意大利各公国勒索来的大量财富中饱私囊，并兴致勃勃地欣赏拿破仑掠夺来的第一流的油画和雕塑，一方面又从心底厌恶这个才华非凡、桀岂不驯的年轻将军，害怕这位年轻人的功业有朝一日会动摇自己的统治地位。督政府曾派克拉尔克将军监督并随时向巴黎密报拿破仑的行动，但克拉尔克并没有很好地完成任务，因为他很快就成了拿破仑的热心拥护者了。督政府的担心不无道理，这时候的拿破仑不再是获胜共和国的一位将军，而是一位按自己意志行事的征服者，他有更远大的理想。他住在米兰郊区豪华的蒙贝洛城堡里，围绕着他的是一批英勇善战的将领、对他言听计从的城市行政长官和意大利各国的部长们。蒙贝洛成为一座真正的宫廷。拿破仑曾得意地说：“我位于高空之中，我已看到世界在我底下流动。"他的理想是要当未来的领袖，他对法国外交官奥·德·梅利托说：“您是否设想我在意大利的胜利，仅仅是为了给督政府的那些律师们，为了给卡尔诺和巴拉斯增添荣誉？……国家需要一个领袖，一个以其功业驰名的领袖，而不是一个以其管理学说以及理想家的高谈阔论和讲演闻名的领袖。"为了实现自己的雄心壮志，拿破仑时时刻刻地密切注视着巴黎的政治动向。
１７９７年５月的一个晚上，拿破仑的部下贝尔纳多特将军从法军占领地的里雅斯特派来了一个急使。这名信使交给住在米兰的拿破仑一个公事包。这个公事包是从一个叫德·昂特雷格的保王党那里没收来的。拿破仑在这个公事包中发现了一个惊人的文件，那就是五百人院的主席、因征服荷兰而出名的皮什格鲁将军暗通保王党，企图帮助保王党推翻现任的督政府。拿破仑认为机会来了，他要有所行动了。
这时，巴黎的政局动荡不安。保王党乘督政府残酷镇压巴贝夫革命运动之际，又大肆活动起来。在改选元老院和五百人院的三分之一议员时，保王党分子赢得了大部分议席，给议会添上了浓厚的保王派色彩。在保王派占显着优势的情况下，督政府的政策是摇摆不定的。
５个督政官中，巴泰勒米和卡尔诺反对采取坚决措施反击保王党，巴泰勒米甚至在暗中同情和支持保王党的活动。巴拉斯、勒贝尔、拉·雷韦伊埃·莱波这三位被誉为共和国三巨头的督政官虽经常开会，要对保王党下手，但最终也没付诸行动。当他们得知皮什格鲁将军站在反对派一边，并成为向共和国发动进攻的最高领导人之一时，深为不安。巴拉斯曾派在旺代省和布列塔尼省因迅速平息王党叛乱而声名大振的奥什将军来制服对方，并任命他为陆军部长，但因奥什还不到３０岁，根据宪法不能担任这个要职，两院中的保王党抓住这一点大肆攻击，奥什将军不得不辞职。形势对巴拉斯一派十分危急。
拿破仑预见到保王党和共和国之间的斗争行将发生，他的朋友们催促他赶紧决定自己的立场。拿破仑考虑再三，认为现在自己的功劳还不足以支持他夺取最高权力，他决定保卫共和国，反对王政。其实，在拿破仑的心里，他早就瞧不起这个怯弱、无决断的督政府，并且作好了不能永远为督政府取得胜利的打算。但是，他更不想为波旁王朝取得胜利。保卫这个不屑一顾的督政府，无非是保卫一个能使他达到权力顶峰的政权而已。
拿破仑开始秘密地进行自己的计划。他先派自己的副官拉瓦莱特到巴黎去，作为他的正式代表，指示他不要卷入任何党派斗争，在巴黎的政治斗争中保持不岂不倚的中立态度。７月７日，他又派奥热罗到巴黎。拿破仑致函巴拉斯说：“奥热罗将军因料理私事，请假回巴黎。他将面告诸位，远征意大利的军人们绝对效忠于宪法，效忠于督政府。"拿破仑委托奥热罗带去意大利军团的请愿书，"如果你们害怕王党分子，你们可以调动意大利军团，它将迅速扫除这些王党分子和英国人。"拿破仑还送了３００万金法郎给督政府，用以缓和其财政困难。奥热罗是个政治观点偏激而又好大喜功的将军，拿破仑相信他的这位将领在巴黎绝对不会无所作为的，他会替自己去完成自己想要完成的任务。这样，拿破仑自己不必在众目睽睽之下去冒陷入政治漩涡的危险，从而避免了重蹈奥什将军覆辙。
在拿破仑的支持下，共和国三巨头决定逮捕五百人院和元老院中的保王派议员。他们任命奥热罗为军事司令官，以保证计划的成功。这一行动正中拿破仑下怀。
果月１７日午夜（１７９７年９月４日），奥热罗下令所有部队开赴指定地点，并在各桥梁和主要街道设置了大炮。拂晓时，两院大厅被包围，大批保王党人遭到逮捕，皮什格鲁将军和巴泰勒米督政官也被投进了监狱，只有卡尔诺督政官逃走了。就这样，果月１８日政变没有遇到任何抵抗便完成了。
督政府胜利了，共和国得救了，节节胜利的拿破仑将军从遥远的意大利军营向督政府表示热烈的祝贺。
然而，督政府并未因此感激拿破仑，他们始终认为拿破仑是一头蜷缩着的、瘦弱的海兽，在潮水涌来时，会突然伸展出令人眩目的触须，置人于死地。他们起了一个让奥热罗来对付拿破仑的念头。
政变后的奥热罗将军被任命为莱茵方面几万大军的指挥，这位虚荣心极强的将军以为自己的地位可与拿破仑匹敌，开始趾高气扬起来。他站在督政府一边，发表了有指责拿破仑内容的声明。拿破仑愤怒异常，９月２５日，他向督政府提出了辞职书：“我请求你们委派别人来替代我，批准我的辞职。政府这种可怕的忘恩负义的行为，完全出于我的意外。从此世界上再没有任何权力能使我为它服务了。我的相当地受到损害的健康情况迫切需要休息和安宁。我的精神状况也要求我在普通公民的行列中经受锻炼。在相当一段时间里，我被赋予很大权力，我在各种情况下都在为祖国的幸福服务。让那些不信奉善行并怀疑我的行为的人去说吧。我的安慰在于问心无愧和后世对我的评论。”
辞职是拿破仑的杀手锏，他知道自己对督政府的重要性。果然，尽管督政府很不喜欢这位势力不断壮大的年轻将领，但经过果月事变冲击后，他们已无力摆脱拿破仑了。他们要求拿破仑继续留在意大利军团总司令的岗位上。
坎波福米奥和约１７９７年夏天巴黎政局的动荡，使得奥地利和整个君主制的欧洲政府突然兴奋起来，他们盼望着督政府和共和国被推翻，波旁王朝复辟，从而得以收复所有被法国占领的土地。
但果月１８日保王党的溃败使他们这些幻想破灭了。拿破仑看准时机，坚决要求督政府尽快地与奥地利签订正式和约。
９月２７日，双方谈判开始。奥地利派了一个精明强干的外交家科本茨同拿破仑交手，可谓是棋逢对手，将遇良才。督政府由于挫败了保王党，过高地估计了自己的力量，坚持要把威尼斯和弗留利并入内阿尔卑斯共和国，坚持奥地利在意大利的损失只能在德意志寻找补偿。而科本茨伯爵则在头一次会议上就一口推翻了他的同事过去所允诺的一切，提出对意大利的新的要求。这是一场漫长而艰巨的谈判，双方互不退让，谈判出现了僵局。
这时，巴黎发来了最后通牒：若奥方拒绝法方提出的要求，则立即恢复军事行动，向维也纳进军。可拿破仑认为目前形势不宜重起战端，理由有三，一是奥地利只是暂时的和局部的被打败，它在总体上仍强于法国；二是英国正酝酿着第二次反法战争；三是法国国内形势动荡，战争连年，国库空虚，亟需一段喘息时间。因而，拿破仑拒绝执行督政府恢复军事行动的指令，他要想方设法促成两国和约的签订。
在这次谈判中，拿破仑表现出的外交才能丝毫不亚于他的军事才能。他把巴黎的最后通牒始终放在桌上，以提醒科本茨伯爵法国每一分钟都可能中断谈判，恢复进攻。科本茨伯爵对拿破仑的外交手腕起感头痛，他多次向本国政府抱怨说，很少碰到像拿破仑这样的诡辩家和毫无良心的人。
１０月１６日，谈判继续进行。科本茨再次强调：法国给皇帝的补偿还不及皇帝损失的四分之一；法国若占据曼图亚和阿迪杰河一带，实际上等于吞了整个意大利；皇帝已下了不可动摇的决心，宁可冒战争的全部风险，甚至离开自己的京都，也不能同意这种和约。科本茨指责拿破仑不要和平，并威胁说，他今晚就动身回去，战争的一切后果由法国代表负责。
拿破仑发怒了，"你的帝国是习惯于被所有人强奸的老牌婊子，……你忘了，法国是战胜国，你们是战败国，你是在我的掷弹兵的包围中同我进行谈判的。……"拿破仑发疯似地喊叫着。他抓起桌子上的玉石咖啡盒——俄皇女皇叶卡德琳娜赠给科本茨的礼物，继续大叫道：“好吧！那么停战就到此为止，新战争马上宣布开始！但是请你们记住：在秋末以前，我一定要粉碎你们的帝国，就像现在粉碎这件咖啡盒一样！"说罢，用力将咖啡盒摔在地板上，咖啡盒的碎片溅满一地。他向到会的人点一点头就走了出去。尽管拿破仑以后成为欧洲主宰时经常发脾气，但在这时，还是第一次。科本茨被他这通火发得不知所措，嘴里嘟囔着：“像个疯子一样。"拿破仑临上马车时，打发一位军官去通知查理大公：谈判已经破裂，过２４小时以后就开始军事行动。
第二天清晨，拿破仑被告知天开始下雪了，他从床上一跃而起，奔至窗前，果然发现山头上已有积雪，他泰然地说：“怎么，不到１０月中旬就下雪！这是个什么地方啊！那么，我们必须讲和了。"他匆忙穿上衣服，同他的秘书布里昂关在密室中，详细研究各军团呈上的报告。他说：“这里有将近８００００能作战的士兵，我供应他们军粮和饷金。但是开战那天，我只能带６００００人上战场。我能够获胜，但我的兵力将因死、伤、被俘而减少２００００，那时怎能对付前来保卫威尼斯的所有奥地利军队呢？即使莱茵河各军能支持我，必须再等一个月以后，１５天内条条大路都将被大雪覆盖。就这样定了，我要讲和。威尼斯得赔偿战费，我国国界要移到莱茵河。督政府和那帮律师爱怎么说就怎么说去吧！”
１０月１７日，拿破仑终于在小村庄坎波福米奥同科本茨签订了和约。根据坎波福米奥和约，奥地利把比利时各省割让给法国，并承认版图已扩大的内阿尔卑斯共和国。法国则将威尼斯的一大片土地及首都划归奥地利，作为奥国失去比利时各省和伦巴第的补偿。威尼斯的剩余部分则割让给内阿尔卑斯共和国。这样，拿破仑不论是在他取得胜利的意大利，还是在法军屡屡被奥军打败的德国，他所坚持的一切几乎会都达到了。他用威尼斯换得了奥国在莱茵河上的让步，莱茵方面得救了，莱茵河成了法国的天然疆界。这是拿破仑外交活动的第一个重大成就，从此，第一次反法联盟便正式宣告破产。
督政府对坎波福米奥条约极为不满。但无论他们如何激烈地反对，拿破仑心安理得地不理睬他们下达给他的训令。督政府无奈，只得批准了这项和约。
荣归巴黎１７９７年１２月７日，拿破仑回到巴黎。１２月１０日，懦弱的督政府在卢森堡官为这位载誉归来的征服者举行了豪华的欢迎仪式。数不清的群众聚集在宫殿前报之以暴风雨般的喊声和掌声。对于人民的这种狂欢情绪，拿破仑并没有把它放在眼里，他事后对人道：
“假如把我送上断头台的话，人民也会这么快跑来看热闹的。”
外交部长塔列兰代表督政府发表了一篇十分讲究的、对拿破仑百般阿谀的欢迎辞。全场听众对此并不十分感兴趣，与会者急切要听到的是这位意大利征服者的答辞。于是，拿破仑用他那刺耳的、非法国本土的口音发表了一篇简短的讲话。他说：
“各位督政公民：法国人民为获得自由必须同各国君主较量。要得到一部以理性为基础的宪法，必须克服１８００年来的各种偏见。你们已经有了共和三年的宪法，你们已经战胜了所有这些障碍。宗教、封建制度和王政在２０００年间相继统治欧洲，但是你们不久前缔结的和约，开始了代议制政府的时代。你们已经组成了伟大的国家，其领土以大自然亲自划定的疆界为范围。你们的成就还不止如此。向来以科学、艺术和伟人出生地闻名的欧洲两个最美丽的部分，怀着乐观的期望看到他们祖先的墓地上升起了自由的精神。这就是命运行将安置两个强大国家的基座。我荣幸地呈献给诸位的是在坎波福米奥签订并且业经奥皇陛下批准的条约。法国人的幸福得到最有实效的法律的保障时，欧洲就获得自由了。”
接着，擅长辞令的巴拉斯发表了充满华丽辞藻的赞美辞。然后，他紧紧拥抱了拿破仑，其他督政官也一一和他拥抱。
议会两院在欢迎拿破仑方面也不甘落后。几天以后，他们在罗浮宫画廊中摆设盛大筵席，款待司令。画廊里又增添了一批从意大利运来的珍贵油画。
２８岁的将军以十分安详的表情接受了这些如倾盆大雨袭来的荣誉。鲜花、掌声、赞美词对于这个雄心勃勃的将军来说，实在是太微不足道了，更何况这些赞扬备至、热情洋溢的话未必出于真心，他十分清楚督政府是不甚喜欢他的。他仍然住在赴意大利以前居住那所朴素的房子里，他似乎是在有意回避大众的青睐和喝彩，每天只以同自己朋友相聚为满足。人们注意到这个瘦削、苍白，神情疲乏的小个头将军在听人说话时总是心不在焉，与其说是在听人说话，不如说是在独自出神，谁也猜不透他究竟在想些什么。不过，人们隐约感觉到，在他那好思考的头脑里，在他那无畏的心胸里，一个行将影响欧洲命运的计划正在诞生。
由于前督政官卡尔诺的出逃，科学院空出了一个院士名额。顿时，名人云集，纷纷前来竞争这一空缺。拿破仑也加入了这一行列。当时整个法兰西都在为这个年轻的征服者狂热、陶醉。在这个横杀出来的竞争者面前，其他名人不得不耷拉下脑袋，拿破仑轻而易举地获得了科学院院士这个头衔。拿破仑一向崇拜科学文明，做个真正的科学院院士是他朝思暮想、梦寐以求的愿望。有人曾问他，在和平得到保障之后将如何安排自己的闲暇时间，拿破仑答道：“我将安心退休，并为有朝一日成为一个名副其实的科学院院士而尽力工作。”科学，特别是天文学，对他产生了无可比拟的吸引力。他把从事天文学视同最甜蜜的爱情享乐。２８岁的拿破仑给"幸福"下的定义是：“在漂亮的女人和美丽的蓝天伴随下度过夜晚，在计算和观测中度过白天。”
拿破仑把科学院院士这个头衔视为极大的荣誉。在以后的远征埃及其间，他所发布的命令和文告都签上了"科学院院士、东方远征军总司令"的字样。