在国共两党的夹缝中，他始终坚持独立的民间立场，不仅不断地批评当政的国民党，也没有放弃对共产党的批评。1945年11月，他发表《质中共》社评，呼吁和平，《新华日报》第二天就发表《与大公报论国是》的社论，进行严厉驳斥；次年4月，他又发表《可耻的长春之战》社评，《新华日报》则针锋相对，于两日后发表《可耻的大公报社论》，予以反驳。
据王芝琛介绍，在1948年王芸生应毛泽东之邀赴解放区之前，曾专门请人找来《解放日报》，翻看了其中王实味的《野百合花》一文。当时他说：“这就要挨枪子儿啊，那我过去岂不是要挨800个枪子儿？”
上世纪40年代曾有人这样评价：“王芸生的文章为世人所传诵。他立言的长处是常以国家为前提，而站在人民的立场，说一般人民所要说的话。”事实上，这也正是《大公报》的理念之所系。
其实，给予《大公报》最高评价者，恰恰是解放前的毛泽东。1945年，毛泽东飞抵重庆，与蒋介石进行举世瞩目的和平谈判。期间，他曾两次约见王芸生，单独交谈甚久。后来大公报馆回请毛泽东，宴会后，毛泽东当场为《大公报》题词：为人民服务