当时蒋廷黻担任系主任。他采取的革新措施之首就是聘请雷海宗回母校主持“中国通史”这门基础课程。雷海宗在美国芝加哥大学取得博士学位后，回国即开始以文化形态史观试图建树中国通史的宏观理论架构。因此，何炳棣记忆中的清华历史系显然更加多元，“当时陈寅恪先生最精于考据，雷海宗先生注重大的综合，系主任蒋廷黻先生专攻中国近代外交史，考据与综合并重，更偏重综合”。
雷海宗开启了史学界的风气，堪称一代宗师。然而后世研究者看得很明白：他的学术观念和思想，与后来取得学术话语领导地位的马克思主义唯物史观派不尽相同，甚至完全相左。“这样一个声名显赫的资产阶级史学权威，在解放前就曾以与马克思主义唯物史观相违的文化史观闻名于世。虽然，解放后的雷海宗在学习了马克思主义之后，觉得找到了真理，发现了新的世界，‘辩证唯物主义和历史唯物主义的世界观’使其恢复了‘青年时期的热情’，但在当道者眼中他的世界观仍然是资产阶级的，所以必须清算。”
他在1957年的遭遇，被后人称为“蒙难”。当权者甚至拟定了一个为期两年的“批判计划”，“以批判雷海宗的资产阶级学术思想为重点，一共十五项题目”。“披着史学家外衣的、具有二十多年反苏反共政治经验的老牌右派分子”等罪名不断袭来，温文尔雅的雷教授终于声嘶力竭地承认“我叫雷海宗，反苏反共二十多年……”。
2002年，雷海宗诞辰一百周年之际，南开大学举行了隆重的纪念活动。但有观察者感到遗憾：现在的纪念者大多也是当年历史的亲历者，读起他们的回忆文章，还是感觉有些史实较为晦涩，不提也罢。