1937年9月，在美国的胡适曾为陈独秀联系过一家美国图书公司，请陈到美国去写自传，但陈以“生活很简单不用去美国，也厌烦见生人”为由婉拒。
晚年的陈独秀居无定所。1937年出狱后，先住到学生傅斯年在南京的家中。但抗战爆发，傅举家前往内地，陈便住到学生陈中凡家中。随着抗战的深入，他又移居武汉，后迁到重庆。
1938年8月3日，陈独秀的留日同学邓仲纯（邓稼先的二伯父）多方寻访，找到陈独秀，一定让陈到自己家中居住。陈遂举家迁徙到重庆市西南的江津县。谁知到达邓家后，邓夫人竟以“住房狭小”将他们拒之门外，使他十分难堪，懊丧地说：“倘非携带行李多件，次日即再回重庆矣。”幸蒙同乡旧交方孝远的招待，才在小客栈暂栖下来；7日，又得东门郭家公馆房东同情，挪出楼房一间，住了进去，聊以安身。陈叹道：“出门之难如此。”
1939年1月，陈独秀一家迁入邓仲纯开办的“延年医院”后宅。但邓夫人经常对他们恶言相向。邓仲纯之弟邓敬坤在《我所知道的陈独秀》中道出了邓夫人厌恶陈独秀的原因：“我那位二嫂是个旧脑筋，过去在北大时便对陈独秀爱逛八大胡同，喜欢拈花惹草的风流作派看不惯，生怕陈把我二哥带坏了，眼下对这一对老夫少妻更是万般厌恶，经常恶言恶语地给他们夫妇难堪。偏偏我二哥惧内又是出了名的，不敢出面制止。”
邓敬坤回忆：“民国二十八年夏天，气候炎热，陈独秀也学着当地人的样，上身啥也不穿，下身只穿条裤衩。几家人挤住在一起，男男女女，老老少少，就像当初在汉口难民所里一样，确实不大方便。有一天，我那平常就很顽皮的六岁小儿子，看到陈独秀秃着脑袋，打着赤膊，觉得好玩，就跑到陈独秀背后去摸他的屁股。这样一来，陈独秀大冒其火，责怪我们邓家的小孩没有教养。我不在家，二哥又在前面给人看病，我二嫂原本心里就有气，此时一听‘没教养’几个字，马上火冒万丈指着陈独秀的鼻子喝骂道：‘你说别人没有教养，你还是先看看你自己吧！六十岁的老头子娶人家年轻轻的大姑娘做老婆，你这算什么教养？大热的天几家人挤住在一起，男男女女一大屋人，你一个老东西赤身露体地在中间走来走去，你这又是什么教养？’……”
陈独秀被骂得目瞪口呆，潘兰珍高声和邓夫人吵了起来，邓仲纯闻声急忙扔下病人，飞步跑进院子，厉声喝斥夫人住口。可邓夫人不依不饶，捶胸顿足地边哭嚎边大骂让他们“滚出去”。陈铁青着脸，瞪着歇斯底里的邓夫人，眼中倏然滚出两滴老泪，怆然道：“不要与她一般见识，兰珍，我们走！”说罢，推搡着潘兰珍往楼上走去。当夜，陈独秀便带着一家老小，离开邓家，住进了三通街的栈房里。
之后，陈独秀遂接受江津资本家邓蝉秋、邓燮康叔侄的帮助，迁居到江津城大西门外30余里的鹤山坪施家大院。此处孩子多，院内嘈杂，不利于陈养病、写作，恰巧陈独秀因偶然机会购得本地前清进士杨鲁承的手稿，杨氏的孙子杨庆余得知后，邀陈独秀迁居杨宅，并请陈帮助整理杨之遗著。陈独秀应允，于同年8月又迁居杨宅的偏房（石墙院）。此处十分简陋，陈的卧室上无天花板，下即泥土地，且年久失修，雨天常常进水。室内只有两张木床、一张书桌、几条凳子和几个衣箱和书箱。唯一的装饰是书房墙上挂着一张岳飞写的“还我河山”四个大字的拓片。
陈独秀认真看过杨鲁承的全部手稿后，认为“多系转述古人学说而已，无甚创见，价值不大”，便直截了当告诉杨，不再为杨家整理。杨家早已江河日下，杨庆余为支助陈独秀还与几个兄弟发生了争执。听了陈的话，杨庆余心中愤愤，几乎不再跨陈氏夫妇的门槛，渐渐地也不再送柴米蔬菜了。
有人去采访过石墙院中当年与陈氏夫妇一起生活过的杨明兴、郭碧清、吴元珍，以及陈死后帮他净身、穿“老衣”的胡品中等人。郭碧清说：“我开初不晓得陈先生就是陈独秀，后来晓得了，也不清楚陈独秀是干啥子的。我只晓得陈先生是我杨二爷请上门的客，是个大文化人。经常有人从重庆、江津来看望他，全是滑竿来滑竿去的，外边的人看到了还以为陈先生很有钱，连偷儿也来弄过他一回。其实我们都清楚，陈先生是马屎外面光，穷得遭孽，陈太太天天下午、晚上和我们杨家几个媳妇搓麻将，瘾大胆子小，输多一点，打出一张牌手都在抖，还不是因为荷包里没几个钱。”
杨庆余之子杨明兴说：“陈独秀两口子是1941年春天搬上来的，搬来不久陈先生害病了，要送到重庆去医，连药费都没有，陈太太没法，托吴元珍进城，把一个大官送他的银狐皮袍都弄去当了。有时屋头揭不开锅了，潘兰珍还过我屋来借米。”
北大同学会先是委派罗汉来照顾陈独秀的生活，1939年罗汉在重庆遭日寇空袭时身亡后，北大同学会又委托何之瑜继续照看陈独秀。无论是罗汉还是何之瑜，都有自己的工作，不可能时时在侧。陈的嗣母谢氏此时也与陈氏夫妇一起生活，潘兰珍承担做饭、洗衣等家务，嗣母时已双目失明，陈还得给她送饭。
陈独秀本无积蓄，主要收入来源是为报刊撰稿所得的稿酬，但数量有限，要负担三个人的生活费，以及陈自己的医药费，颇为困难，靠北大同学会每月接济三百元，才勉强可以维持生活。
不得已，陈独秀只能典当、变卖。柏文蔚来江津看望陈，见他衣服单薄，便将身上的银鼠皮袄脱下来送给他。这件皮袄及他在狱中收到的十多件皮袍都进了当铺。为了节约开支，潘兰珍便在后院的空地上开辟了一处小园，种上了菠菜、辣椒、洋芋等蔬菜。空闲时，陈独秀也常常给菜圃浇水，施肥，捉虫。
物价暴涨使他们的生活难以为继，陈独秀听说江津西南的赤水县及江津上游的江安县物价尚低，治安较好，便打算到那里居住。他写信给任国民党少将的学生杨鹏升寻求帮助，但杨爱莫能助。而且在江津，好友邓仲纯可随时为他诊病，并且免除他所有的医费。所以，迁居的打算最后只好取消。
据说，在南京时，他的学生罗家伦、傅斯年曾亲自送钱给他，但他执意不收，驳得二人很失情面。端茶送客时还对二人说：“你们做你们的大官，发你们的大财，我不要你们的救济。”
对那些因仰慕而来又素无知交者，陈独秀也不愿无缘受赐。他还坚持无功不受禄。晚年，陈从事文字学研究，写了一部《小学识字教本》。原定由国民党政府教育部出版，并预支稿酬共5000元。但是，该书直到陈逝世也没有出版，因此陈一直不准家人动用那5000元。
杨鹏升素知陈的脾性，故常常想办法资助陈。他经常写信向陈索取字条、字联、碑文、金石篆刻，甚至要陈为其父写墓志，付给他资费；或者干脆以“无记名”方式给他寄钱。1939年10月，陈就“如数收到”了“某先生”让杨鹏升转寄的赠款600元。1941年3月份，陈独秀收到了杨鹏升附有“千元汇票一纸”的信，信中还提到求他写大字对联，但对于千元汇款却没有说明用处。10月，“某先生”又以同样的方式寄给他600元。
据台湾中研院近代史研究所档案馆朱家骅档案记载，国民党政府得知陈独秀的境况，曾以朱家骅的名义三次让张国焘赠给陈医药费14000元，第一次为1000元，第二次为5000元，第三次直接是蒋介石批准，为8000元。
北大给陈独秀寄钱，陈觉得不安，曾找出一本《连语类编》递给邓仲纯说：“北大寄钱给我，我也没有什么报答，便将这本油印稿送给北大。”
陈独秀在江津避居时，国民党仍对其进行监视，但陈却不在意。1941年3月初，在江津第九中学任教的何之瑜写信告诉陈，他所在的中学被国民党密探秘密监控。陈复函告诉何“不必谨慎过度”，宽慰道：“即使是侦探也不要紧，他们愿探的三件事：（一）我们与干部派（中共）有无关系；（二）我们自己有无小组织；（三）有无反对政府的秘密行动。我们一件也没有。言行再加慎重些，他能探听什么呢？”
从嗣母、大姐去世到手稿被盗后，万事俱废的伤感使陈独秀寻求书生雅兴的激情更为强烈了。他在给杨鹏升的信说：“弟拟求四个好友各写一小斗方，四个女画家各画一小斗方，装成四条屏以为纪念，近已各得其三，想求为兄写一小幅，嫂夫人倘喜作画，更为画一小幅，则或为完璧矣。尚蒙许可，得书即将纸寄上。”
因病而迫处闲暇时，陈独秀常常用心炼笔，并与欧阳竟无、台静农等研讨书法艺术。他有时到江津县城东欧阳竟无办的“支那内学院”游玩，与欧阳竟无谈文赏艺、切磋书法、聊天，或偶尔与同乡老相识、七十多岁的老进士苏鸿怡等人一起打牌。他在到江津风景区东门公园游玩散心的同时，也顺便到西门的康庄一带踏青赏景。此处背依青山，面临大江，万树桃花，遍地桔林，风景幽美，实是一个修身养性的绝妙所在。每每来到这个地方，他都流连忘返，不忍离去，常常不由自由地发出一声感叹：“此地风景甚好，得此佳景，平生足矣！”
这年9月，新任县长罗宗文慕名到陈独秀家作了礼节性的拜访。他来到石墙院，见到陈独秀，看他已经颇显衰老了。从他这副老态龙钟的情状里，罗几乎看不出陈独秀曾经是那样一个有影响的人物。陈独秀与罗大谈书法，并为他写了一个条幅，内容是杜工部的七律《曲江对酌》第二首的后四句：“穿花蛱蝶深深见，点水蜻蜓款款飞；传语风光共流转，暂时相赏莫相违。”
1942年春节前，陈独秀向欧阳竟无商借字帖《武荣碑》后，赋诗云：“贯休入蜀唯瓶钵，卧病山中生事微。岁暮家家足豚鸭，老馋独羡武荣碑。”好友朱蕴山见此诗后，心中极为不忍，买了几只鸭子去看望他，只见他独自在家，因胃病发作在床上打滚，情境十分凄凉。