蔡元培出任北大校长后，听沈尹默等介绍陈独秀，便有意请陈出任北大文科学长。他差不多每天都去亚东图书馆拜访陈，有时去得很早，陈还没有起来。他便招呼茶房，不要叫醒，只要拿张凳子让他坐在房门口等候就行。陈起初拒绝，说自己正在办杂志，蔡说：“那没关系，把杂志带到学校里来办好了。”于是，陈独秀出任北大文科学长。
陈独秀到北大后，黄侃、马裕藻很不高兴，抱怨道：“陈独秀不过能写点笔记文，怎么能作文科学长。”蔡元培说：“仲甫精通训诂音韵之学，如何做不得学长？”
陈独秀在刘季平处看到沈尹默的一首五言古诗，第二天便到沈宅拜访，一进门就大声说道：“我叫陈仲甫，昨天在刘三家看到你写的诗，诗做得很好，字其俗入骨。”沈觉得此话虽刺耳，但却是事实，从此便发奋研究起书法来，日后成为民国知名的书法大家，与“草圣”于右任并称为“南沈北于”。
50年代中期，沈尹默应《新民晚报》约稿撰写《书法漫谈》一文，文中提到陈独秀对其激励一事，报社编辑以为陈的名字不见报为妥，提出删去此段，沈怒道：“没有陈独秀的批评，我就达不到今天的水平。”宁可稿子收回不发表，决不让步。最后，编辑将陈独秀的名字改为“陈姓朋友”作为变通，这才发表。
1926年“三一八”惨案发生后，陈独秀对当时的教育部长章士钊十分气愤，写信对章说：“我和你绝交”。但1932年陈被捕入狱，章士钊自荐为陈辩护，来到南京后，章赋诗称赞陈道：“王气只今收六代，世家无碍贯三孙。廿载浪迹伤重到，此辈清流那足论？独有故人陈仲子，聊将糟李款牢门。”
陈独秀在狱中，开始着手写传记《实庵自传》。《宇宙风》得到自传的前两章后，大登广告，称之为“传记文学之瑰宝”，并在编辑后记中宣传说：“陈独秀先生除为本刊写自传（第五十期起登）外，还俯允经常撰文，可望每期都有。陈先生是文化导师，文坛名宿，搁笔久矣，现蒙为本刊撰文，实不特本刊之幸也。”但令人惋惜的是，陈写完自传的前两章即出狱，之后再未动笔。
1937年，陈独秀出狱后，远在墨西哥的托洛茨基认为斯大林可能会暗杀陈，对陈很是担心，几次三番致函李福仁，让李设法将陈送到国外。
陈独秀入狱后，陈在北大的学生、时任国民党少将的杨鹏升经常去狱中探望，陈晚年居四川，杨更是对陈多方照顾、接济，连陈平日用的特制的信封、信笺都是杨为其出资印制。
陈独秀去世后，有一位不曾与陈独秀见过一面的董退思致函高语罕说：“鄙人与陈先生素不相识，兼因政治与文学均为门外汉之故，亦少读陈先生之文章。但鄙人对于陈先生，则极其钦佩。窃尝谓一般所谓革命家者，不成功，即成仁。成功者则富贵功名，生荣死哀；不成功者，死后亦往往有政府褒扬，社会追悼。陈先生无一于此，一生清苦，寂事以死，然而惟其如此，乃属难能可贵。‘独’之一字，陈先生足以当之！”还随信汇来500元丧费。但陈独秀家属遵从陈生前遗志，不敢收授，仍由高语罕归还了。