抵达重庆，陈诚和蒋经国接机。蒋经国请宋子文转告龙云，当晚蒋介石宴请。龙云还在愤愤之中，以身体疲乏为由推托。
第二天，宋子文携龙云去见蒋介石。蒋介石终于如愿将这个多年游离自己控制之外的“云南王”拉下马来，把他的王国真正纳入了自己的管治之中，心情大好。他对龙云殷勤有加，话语中又假惺惺略示歉意。
龙云抑制满腹怨气，说：“我一生只有两个长官，一个是唐继尧，一个就是你。我在你领导下服务很久了，自问对你、对国家、对地方都没有什么对不起的。改组地方政府，调换职务，这原是很普通的事情，但是采取不正常方式，而用这种非常手段，未免过分，这样做，恐对国人留下不良影响。”I
蒋介石心里暗笑：我不用非常手段，能调得动你？不过分，你会服从我？但他连连解释：“我的指示不是这样的，这是杜聿明搞错了，要处罚！”
龙云又说：“我身体不好，愿在重庆长期休养，关于军参院长职，请另委贤能担任。”蒋介石连声说：“要不得，要不得！”
此后龙云根本不到军事参议院就任，闭门独处。军参院高级将领来拜访，他拒不接见不说，就是蒋介石来看他，他也不但不出院门迎接，而且连房门也不出；蒋介石找话寒暄几句，无趣告辞，他也不挽留、相送。
到重庆后的龙云最爱看对蒋介石的抨击文章，时常向人推荐中共《新华曰报》和新华社消息，并极力抬高蒋介石对手。一议论时局，做为国民党高官的他却每次必说：“此路走不通，去找毛泽东！”以此泄愤。
名为军参院长，实为软禁。龙云不忘反蒋复仇，他还把希望寄托在卢汉身上。可自从他离滇以后，蒋介石对云南强力控制，继任省主席卢汉过去掌握十多万雄兵，现在连省政府卫队的兵都是蒋介石的，谈何为表哥龙云东山再起？
龙云离开云南后，“民主堡垒”昆明失去庇护，军警特务嚣张横行，接连发生“一二·一”惨案和李公朴、闻一多遇害血案；人们都说，如果龙云不走，这些都不会发生。听到这些消息，龙云感慨伤神，他说：“一些文人，能这样不畏强暴，舍生取义，很是难得！”并托人问候李、闻家属。
1946年，民国首都从重庆迁回南京。龙云结束了在重庆二百二十九天的单调无聊生活，被裹挟到南京。
在南京他的生活待遇极好，但遭受监视和软禁，心情苦闷。龙云为试探自己的自由度，提出到杭州观潮，蒋介石找借口不允；女儿龙闰璧赴美留学，龙云想到上海送行，居然也未如愿。在龙云住处南京中央路一百五十六号的隔壁和斜对门，都是特务耳目；而正对面，特务机关干脆开设一个商铺，日夜监视龙云行动。
好不容易解决了龙云，蒋介石严密防备其脱离控制、咸鱼翻身。1948年秋，中共开始发动三大战役，国民党兵败如山倒，蒋介石集团开始安排退路，龙云的命运又到了转折点上。这一年，趁到南京开会的云南老部下来拜会，龙云找到机会，对老部下说：“独夫（指蒋介石）要解我去台湾！”一语说出，已失去自由整整三年的当年“云南王”声泪俱下。
经云南老部下缪云台秘密奔走联系，曾在云南和龙云并肩抗日的美国空军第十四航空队原司令、现任飞虎队航空公司总经理的陈纳德对龙云处境十分同情，答应帮助云龙出逃。
陈纳德分文不取，精心安排，1948年12月8日，龙云终于逃出南京，乘坐陈纳德提供的专机飞抵广州，并乘轮船于次日抵达香港！被软禁三年两个月零一天后，龙云获得了自由。
发现龙云逃脱，蒋介石大骂宪兵司令张镇是“饭桶”，数名直接负责监视龙云的“饭桶”被枪决。
到达香港后，香港各大报纸对这位九死一生的传奇人物来临表示极大关注，于第二天刊出“龙将军来港”的新闻。南京方面维护颜面，自欺欺人，于12日由中央社发布消息，说龙云“因健康关系，须易地疗养，已奉准病假二月，于本月八日由京飞广州转香港就医”。
龙云住在浅水湾。为防国民党的追踪暗杀，他向港督府提出是来港“政治避难\"，港督府即为他提供了警卫保护。
终于获得自由之身的龙云，经过一段时间的深居简出，开始活跃起来。他对蒋介石政权危在旦夕感到大快人心，先后派妻子顾映秋、三子龙绳曾回昆明活动，策动卢汉反蒋起义。
1949年8月13日，龙云在香港与其他四十三人发表联合声明，严斥蒋介石集团背叛孙中山先生三民主义，投靠帝国主义，实行法西斯独裁专制；表示拥护中共，号召有爱国心的国民党员与蒋介石决裂。第二天，他满面春风接见记者，答问中透露云南起义在即。香港报纸立即以“龙云策动云南起义”的大字标题刊出。
蒋介石集团对龙云再也没有表面的温情脉脉。9月中旬，毛人风部署叶翔之等数名特务潜人香港，任务就是暗杀龙云。而在动手前一天，特务们的任务临时调整，把枪口对准了在香港的陆军大学前校长、前驻苏大使杨杰。9月18日，杨杰被暗杀。
案发后，在港英当局的严密搜捕下，叶翔之等再无机会对龙云下手，直接离港去了台湾。叶翔之说：“龙云运气真好！”龙云一生出生人死，这次又逃过一劫。
他最挂心的云南，虽经连连催促，卢汉却一直没有动静。到年底，有消息说,卢汉准备起义，但他要中共先给他一个指令，以表示是服从了中共。龙云急得连拍大腿，说：“卢永衡还是旧军官的脑筋！要先拿委状才能干么？现在不是那个时代了，只要你干了，人家会承认你的！”
民国1949年12月9日夜，在中共建国已两个多月、国民党败局铁定的情况下，观望已久的的云南省主席卢汉终于动手，他扣押在昆明的国民党各路军官和包括沈醉在内的特务头目十余人，在五华山了望台升起五星红旗，宣布云南起义，等待中共接收。
得知消息，龙云立即拍电报给在美国的四儿子龙绳文，电文就一句话：“卢汉10日转变了！”欣喜之情，溢于言表。