龙云和蒋介石、地方和中央联手抗战之中，双方的摩擦和矛盾也在积累。抗战开始后，大批中央军进驻云南，疏散的中央机关也纷纷到云南设立机构，云南原来铁板一块、只服从于龙云的格局被打破了，尽管被委以“行营主任”的崇高职务，有调度云南境内所有军队的权限，但他对中央军丝毫指挥不动,龙云再已不是唯我独尊的这片红土地之王。
而龙云绝不甘心蒋介石借抗日之机把他的云南吃掉。他规定，不准中央宪兵在郊区驻扎和执行任务，中央部队调动不准经过和驻扎昆明市区，防守司令部所属部队必须驻扎市区二十里外。这些规定，使凌驾于全国之上的蒋介石集团深感土皇帝的可恶。
在抗战中，龙蒋矛盾被对外战争暂时掩盖，但其间已屡有表现。1939年6月，昆明空军军官学校特务团就开始执行一项秘密任务——搜集龙云集团的情报，包括龙云对中央的态度，云南现有兵力及布防，团长以上军官的姓名、年龄、出身、籍贯、主要经历和人事关系等。而早在1938年，军统就在云南派驻大量特务频繁活动，龙云恼火不已，要求蒋介石将其撤走；蒋介石当面否认，说绝无特务活动之事，暗中命戴笠收敛。
龙云感到危险，在动用自身力量之时，对反蒋民主运动有了好感。抗战期间，许多思想进步的知识分子入滇，龙云与他们建立了密切关系，西南联大的教授随时可以和他见面交流。在反蒋自保的动机之外，龙云的政治思想也受到了一些影响。
1943年，龙云轻车简从，回到阔别已久的家乡昭通，在家乡的群众大会上作《民为贵，君为轻》的演讲。他脱离讲稿，率性演讲两个多小时，问听讲群众：“为什么一提起蒋委员长，就要起立立正？”还问：“什么是民主？民主和独裁有什么区别？”极大猱撼了群众。这篇演讲还在《滇东日报》和《云南日报》昭通版上公开发表。
在家乡期间，他接受《滇东1=1报》负贲人黄济舟采访，又大力抨击蒋介石集团：“培育人才，特别是送留学生出国很重要。去年，我打算送一批学生出国留学，一切用费由我负担。哪知，从去年办出国护照到今年，都难以到手；而中央各部门的人，他们想送子女公费出国留学，护照都随时可办。我们自己出钱送学生培养却遭如此刁难！”
龙云对昆明的民主运动采取放任乃至支持态度。民主人士在昆明可以办杂志，出海报，作演讲，乃至游行示威。1944年五四前夕，中共地下组织以西南联大为主力，筹备大规模纪念活动。何应钦对龙云说：“只要牺牲几个警察，就可以把这些活动镇压下去。”意思是杀死几个警察栽赃学生，做为镇压由头。龙云轻轻一句：“这是小事情，就交给兄弟我处理吧。”结果，纪念五四运动的255演讲会、营火会和出墙报、游行，全在龙云的庇护下安全进行。1
由于龙云对民主运动的支持保护，特务在昆明虽然暗中活动，但只敢搞搞情报，别处随时发生的抓捕、暗杀，在昆明一件也未发生；囚禁民主人士的监狱，也只设于敢庆和贵州，云南没有。因此，昆明是当时全闻民主氛围最浓厚的城市，被称为“民主堡垒”;昆明的公园到处是海报和演讲,被称为“中国的海德公园”。龙云对此颇为得意。
抗战逐渐走向胜利，龙云思索着中国、云南及他自己的前途。他觉得，蒋介石政权不会太长寿，但自己这个云南王只怕同样会倒；中国的未来很可能是中共和民主派的，他不管是要对抗蒋介石的吞并、维持地位，还是考虑蒋介石倒台后的境况，都要在他素有好感和联系的民主派那边进一步扎进脚去。他做出了一个重大决定：加入中国民主同盟。
1944年底的某一天，在龙公馆，龙云秘密加入民盟。在场的人有楚图南、闻一多、冯索陶等。龙云宣誓过后，即在监督人当面,把入盟申请书和誓词销毁。龙云入盟只有民盟高层极少数人知道，此后民盟最高领导人张澜直接和他秘密联系，直到1949年，龙云在香港加入民革。
蒋介石越来越觉得这个土皇帝是个心腹大患。龙云不服从自己的意志，云南在他这个中国头号人物权力之外，本已令他念及就不快；现在龙云明显倒向了民主派那一边，更让他坐立不安。抗战一胜利，他就要集中精力对付共产党，龙云实力强大，可不能让西南失火，拖住自己的后退。
拔掉龙云的阴谋，在紧锣密鼓地暗中部署进行。十八年的五华山龙家小朝廷，即将走到末路。
1945年4月初，蒋介石的黄埔嫡系、第五集团军总司令兼昆明防守总司令杜聿明接到昆明机场的电话，要求他立即去重庆见蒋介石。
一到重庆，蒋介石劈头问逍：“来的时候有什么人看到没有？”杜聿明说没有。蒋介石再问来重庆见到了什么人，杜聿明说谁也没见，心里已知他要接受重要任务了。
果然有重要任务：武力解除龙云所有武装，并限令龙云三日内到重庆就任军事委员会军事参议院院长。蒋介石要朝龙云下手了。杜聿明接下任务，当天返回昆明。
这次计划没有落实。就在杜聿明准备动手之时，蒋介石又告诉了何应钦他要武力解决龙云，何应钦主张和平解决，就暂时缓了下来。
在1945年4月到10月3日龙云终究被“解决”这段时间，蒋介石方面对龙云有何行动，两方后来各执一词。何应钦说他和多位国民党大员劝说龙云交出云南军政权力，到中央另任要职，但龙云拒不受调，故才武力解决；而龙云反驳说如在事前他们流露过要他离开云南的意思，他就会小心防范，根本不可能让杜聿明10月3日突袭得逞。
1945年8月，剥夺龙云实权的行动开始实施了。这个月底，何应钦传达蒋介石指示：云南所有军队开人越南，接受日军投降。
那时日本刚刚无条件投降，举国欢庆，没有人会想到威望在海内外达到顶点的中国领袖蒋介石在大喜之日，心里时刻考虑的居然是如何搞掉与他并肩战斗取得胜利的云南省主席。
龙云对蒋介石要把他的部队全开到越南，也有犹疑，但蒋介石、何应钦反复强调越南不是一城一地，而是一国，受降事大，且滇军入越受降也是云南的莫大光荣。龙云警惕一放松，就基本接受了指令。只是在卢汉率军出发之际，他密告卢汉：“如果后方有事，闻讯即火速回军。”
中共地下组织代表、云南大学教授华岗觉得事态危险，就提醒龙云别中了调虎离山之计，同时告诉龙云近期驻昆明蒋军似有异常调动。龙云觉得事情不至如此，就说：“谅老蒋不敢动我一根毛。如果他敢动手，老子要收拾他，叫他龟儿子一个也跑不脱！”
精干一生的龙云这回大意了。共八个师的滇军主力去了越南，留在昆明的只有一个师、一个宪兵团和一个警卫大队；而此时蒋介石在昆明的部队却有第五军、第二零七师、云南机场守备司令部所属的四个团和宪兵十三团等部队。
而在一发生意外可回师救援的入越滇军主力，也陷进了中央军的包围。蒋介石哪能不考虑到卢汉会救援龙云的问题？他以受降重要为名，随卢汉军队又加派两个军一个师同进越南，加上原在越南的部队，在越南形成了中央军十个师对卢汉八个师的优势。
到9月27日，扳倒龙云的准备进入最后阶段。这一天，蒋介石专程飞到西昌。在这里，他首先详细布置了对龙云的军事行动，要求杜聿明保证龙云生命安全，最好一枪不发，使用武力中也要对龙云客气尊敬，因为要“调任”他为军事参议院院长，将来名义上还是杜聿明上级；其次，蒋介石找来当任国民党中央委员的云南老牌政客李宗黄，交代解决龙云后由他暂代省主席。最后，蒋介石签发了免去龙云云南省主席兼云南行营主任职务、调任军事委员会军事参议院院长、云南地方部队由杜聿明接编、任命卢汉为云南省主席、李宗黄为代主席的手令。同时，又以私人身份给他的“志舟（龙云的字）兄”写下一封恭敬的信，请龙云“如期来渝，早就新职”。
远在昆明的龙云，没想到川边小城西昌，正在散开一张针对他的阴谋大网。
1945年10月2日下午，杜聿明行动了。他召集团以上军官及西昌来昆人员，传达蒋介石命令，做出严密部署。
10月2日夜，昆明戒严；10月3日凌晨5点，杜聿明各部队根据布置，向各自目标扑去！
龙云发现大事不好，是10月2日深夜。他在威远街的公馆忽然响起急促的电话声，值班聱卫睡眼惺忪接起电话，那边急切要龙主席接听，警卫说龙主席早睡了，不敢去叫醒；那边心急火燎地说那么龙夫人来听也行。龙云妻子顾映秋起床接过电话一听，脸色大变，赶紧叫醒龙云。
龙云在电话里听到的是：“龙主席，事情不对，不知有什么意外，市区已戒严几分钟了，是防守司令部戒严的，电话怕中断！……”话未说完，果然中断。马上副官来报告：公馆被包围，交通被断绝，司机被隔在外面！接着，外面送来一封信，龙云急忙拆开。信中杜聿明告知他调任中央、卢汉接任、省政府改组！
防范了多年的蒋介石黑手，终于在这个凌晨猝不及防地伸来。在龙公馆之外，龙云的部队和各警署，杜举明军队仅用五十分钟就将其缴械和围困。
龙云咬紧牙关，决心突围和蒋介石死战。他的前门已被包围，后门却正对着他的庶务所长家，庶务所长家后门是劝学巷，过劝学巷，再过象眼街、绥靖路、咸宁巷，就是华山南路，从这里就可上省政府五华山，召集力量指挥反攻。这条曲折的道路，杜聿明事先未探明。龙云获得了一线生机。他穿上普通长衫，压低呢帽帽檐，带着一名副官出公馆后门，沿这条路向五华山匆匆走去。他让副官跟在他身后一百米处,如遇盘查等危险，他一抬帽角，副官就开枪射击。
黎明的两个人影，一前一后，闷声疾步行走在昆明的街巷，早起的居民看着这场景，绝对想不到这是云南地方史上惊心动魄的一刻。
在四吉堆转角，迎面驶来一辆军用吉普，车上坐的是第九十六师师长黄翔，由四支冲锋枪护卫，看样子是巡视各攻击点的。这个黄翔认识龙云！
当时天未大亮，光线黯淡，龙云又换了衣服，压低帽子，黄翔没有认出他来。满身都是汗水的龙云眼看就要和吉普车擦肩而过，黄翔忽地对他吼了一嗓子：“老倌，清早出来干啥子？快回去！”龙云的心差点跳出嗓子眼，赶紧称是，低头继续赶路。
终于他上了五华山，进入省政府，这里有他的警卫营。不一会，龙云的二儿子、暂编二十四师师长龙绳祖和他的得力助手张冲也脱险上了五华山，部署警卫营抵抗。
上五华山后，龙云气愤地说：“既然是卢汉来接任，又何必多此一举，做得如此卑鄙！”卢汉是他的表弟、亲信。
其实，发布命令任命卢汉为省政府主席，是蒋介石精心考虑安排的：得知龙云走后省主席是自己的，卢汉可能就不会尽心回师救援了；亲龙派看到是卢汉接任，也能接受；而且，他的命令上写的是卢汉“任”云南省政府主席，而不是\"兼任”，卢汉的第一方面军司令官的军权被削夺了。解决龙家小朝廷，蒋介石心思无比细密。
五华山上的龙云发出电报，宣布杜聿明叛变（龙云为云南行营主任，杜聿明名义上是他下级，令卢汉率部回攻；又令云南各县起兵“勤王”，讨伐杜聿明。现在龙云的救命稻草就是卢汉，可他在省政府内苦撑三天，越南卢汉方面杳无音信。
卢汉处境同样凶险。10月1日，何应钦飞往河内，部署防范卢汉回师。两天后昆明行动一发生，卢汉部队即被中央军挟持、包围，动弹不得。他只好强作镇定，专心办理受降。
蒋介石要解决龙云，却又要体面地吃下云南，行事前一再交代杜聿明不能对龙云有人身伤害，要比别人看出这只是一次“调任”，因此，龙云虽只剩零星兵力，杜聿明却不能冲上五华山把他捆走。双方形成了对持，此期间，蒋介石多次发来电报，督请他早日到重庆就职。
滇军元老、和龙云索来交好的胡瑛，知道龙云大势已去，就接受杜聿明方面的邀请，出来尽力斡旋，争取一个较好结果。他手持蒋介石的亲笔信上了五华山。
一见胡瑛，龙云对蒋介石大骂不迭，他说：“妈的，老蒋说老子拥兵自固，
日本投降后叫我派卢永衡（卢汉）去越南接收，我不仅让第一方面军全部开进越南，连龙绳武的第十九师也一齐开去了。等我的人调空后，他便叫杜光庭（杜聿明）对我下手。好嘛！老子就是不走，五华山是他老蒋的昆明行营，我是行营主任，要死，我也死在这个岗位上，让国际友人也肴宥，究竞是哪个拥兵自固？是哪个背信弃义、排除异己？”
胡瑛叹息劝道：“您有什么值得生气的？老蒋的为人我们还不清楚？依我看，今天赌气和他硬拼没有任何好处，首先把昆明打烂了，几十万老百姓的生命财产遭受损失，有违大哥十多年的苦心；再说，也要知己知彼嘛，现在我们用什么来对付人家？人家处心积虑要您下台已不是一朝一夕，今天的形势已今非昔比，人家的军、警、宪、特到处都是。”
胡瑛又说：“您这个行营主任，对中央军既不能调，又不能命，这个空头主任还有什么值得留恋的呢？”
良久，龙云被说动了，沉思再三，他提出三个条件：一是省政府要正式移交；二是立即释放被缴械关押的云南军警和其他人员；三是第五军全部撤出市区，解除戒严。
杜聿明答应了前两个条件，但不同意撤军、解严，并说龙云一定要在5号前到重庆；胡瑛说龙云如今已毫无力量，你们撤军究竞怕什么？
杜聿明对胡瑛说：“据我们截获的电报，龙主任正命地方武装向昆明集结。如果他不服从中央命令，企图负隅顽抗，我们只有动用空军和装甲部队，强上五华山了！”
胡瑛火起，说你们是要我来调停的，还是要我来代表龙主任接受最后通牒的？“诸位无视公论，一定要打，那就打吧，我只有自叹无能，就此告退了！”于是众人请胡瑛息怒，让他继续做龙云工作。最后，杜聿明把龙云的三个条件都答应下来。
龙云虽知自己的对抗已穷途末路，还是气恨难平，坚决不肯按蒋介石命令5号即走；而杜聿明的任务是必须在5号让龙云上路，僵局还在继续。
杜聿明和胡瑛向当时在昆明的更高一级军官、中国远征军司令官卫立煌请示龙云可否迟几天到任。卫立煌对二人殷勤接待，却对请示事项不置一词。看到这位民国一级上将如此不敢过问蒋介石的事，胡瑛不胜感慨。
现在只好再请示蒋介石。蒋介石回电：“中央同仁均仍盼志舟兄五号来渝。如逾期不至，则将以违抗命令、别有企图视之，中正亦爱莫能助矣。”语气相当强硬。
龙云现在能争的就是一点面子了，他要求行政院长宋子文来谈。宋子文5日傍晚飞抵昆明，上五华山与龙云见面会谈，答应了龙云一些条件。有了民国政府首脑出马，龙云终于答应6号和宋子文一起飞往重庆。
宋子文走后，心犹不甘的龙云还在与龙绳祖和张冲商量反击，想出的几个方案，比如在飞机上劫持宋子文飞越南等，都因不可行而作罢。
“云南王\"龙云，在蒋介石的狠辣手段前，终究保不住偏安一隅的天下。10月5日夜，昆明城鞭炮齐鸣，为龙主席升职调任送行。这也是龙云的要求，他在这里苦心经营了十八年，自问对得起云南父老，所以他要走得风光体面，而不是灰头土脸被蒋介石踢上台去。
10月6日清晨，龙云和宋子文、何应钦来到昆明巫家坝机场，登机飞往重庆。杜聿明也来送行，他戎装佩剑，跑步到龙云面前立正行礼。
一见这个“绑架”者，龙云破口大骂：“杜聿明你这个烂狗，我是委员长的行营主任嘛，他不要我干，只需一个电报就行了。你夜半三更率领军队包围昆明，进攻行营，以下犯上，形同造反，你搞啥子？\"杜聿明只说：“对不起龙院长。”始终站立听训。
飞机起飞，云贵高原上这个十八年的龙家小朝廷就此覆灭。龙云从此再没有踏上云南的土地。