西南联大的成功，固然在于其融汇了北大、清华、南开三校的优秀师资，更在于她那符合大学精神的办学理念和学校制度。
在合并迁校之前，三校都形成了自己的优良传统，北大是自由、民主，清华是严谨、认真，南开是开拓、活泼，合并为西南联大后，互相取长补短，开拓出了更为高迈的境界。
西南联大的最高管理机构是常委会，由北大校长蒋梦麟、清华校长梅贻琦和南开校长张伯苓三人组成；另设校务会议为议事机构，设教授会为咨询机构。校务会议由常委、主任秘书、教务长、总务长、训导长、院长和与以上人数相等的教授组成；教授会由全体教授、副教授组成，参加校务会议的教授由教授会选举产生。
由于蒋梦麟和张伯苓常在重庆，西南联大校政其实由梅贻琦主持。这位提出了著名的\"大学者，非有大楼之谓也，有大师之谓也\"办学理念的教育家，执掌西南联大时说：\"吾从众，无为而治。\"\"众\"指的其实是教授，这句话落到实处，就是今天人们呼唤不已的教授治校。
西南联合大学设有文、理、工、法商和师范五个学院，二十六个系，教师三百五十多人，在校生人数在三千左右波动。她的机关却只有三个处：教务处、总务处和训导处，今天高校里的人事处、财务处、基建处、科研处、保卫处、外事办、老干处等等，一律没有；三常委实则梅贻琦一人负责，没有\"分管领导\"、\"领导班子\"；各学院和系均只设院长和系主任一人，由教授兼任，没有副职。
梅贻琦主张通才教育，反对重实用、轻文理的办学思想；他认为，教给学生所谓\"一艺之长\"，其实是在培养匠人，与大学宗旨不符。
西南联合大学的制度以学分制为主体，具体是\"选修课\"制和\"共同必修课\"制。学生四年（或五年）必须修满一百三十二个以上学分、相当于四十门课方可毕业；大一横贯文理的必修课一般为八门（国文和中国通史所有院系都必修），达四十个学分之多；三分之一的学分课程不及格要留级，二分之一的学分课程不及格则勒令退学。
联大八年中，共开出了一千六百多门课，如涓涓乳汁，哺育了一代优秀青年。
有名师的精心教导，有科学合理的培养方案，青年才俊们十分珍惜这战乱中万分难得的优良条件，他们刻苦勤奋，在这里迅速成长起来。
时任联大物理系教授的吴大猷这样回忆当时的联大学生、后来的诺贝尔奖获得者李政道：\"他求知心切，真到了奇怪的程度。有时我有风湿痛，他替我捶背，他帮我做家里的任何琐事。我无论给他什么难的书和题目，他很快地做完了，又来索更多的。我由他做问题的步骤，很容易发现他的思想敏捷，大异寻常。\"
西南联大的精神，除了战时办学必有的\"艰苦奋斗\"之外，就是\"大学独立\"。联大的高层和教授认为，政府的职责是保证办学条件，而不应干涉校政。
1939年，国民政府教育部长陈立夫三度训令西南联大必须遵守教育部新规定，由教育部安排应设课程、统一教材、举行统一考试等。联大对此不以为然，推文学院长冯友兰教授执笔抗辩。抗辩函说，这种做法的结果是\"大学将直等于教育部高等教育司中一科\"，如果什么都由教育部规定，那么\"教授在学生心目中为教育部一科员之不若\"；而且，如果大学内部事务、甚至课程的设置都要听命教育部，\"则必将受部中当局进退之影响，朝令夕改，其何以策研究之进行，肃学生之视听，而坚其心志？\"
抗辩函最后说：\"盖本校承北大、清华、南开三校之旧，一切设施均有成规，行之多年，纵不敢谓为极有成绩，亦可谓为当无流弊，似不必轻易更张。\"
西南联大不但抵制了国民政府对内部事务的干涉，而且在1942年把大一新生必修的\"三民主义\"课改为若干专题，不做考试，不计学分。
1940年10月，教育部又公布《大学及独立学院教员资格审查暂行规程》，要重新\"审查\"大学教师的\"资格\"。这一文件在西南联大教授会上激起公愤，全体教授拒填\"审查\"表格，导致被扣当年的学术津贴。
为了加强对高校的控制，国民党当局规定，凡担任院长者都必须加入国民党。联大法商学院院长陈序经教授听到消息，沉下脸来脱口而出：\"扯淡，我就不入。\"
在这批充满自由思想和独立意识的知识精英的全力呵护下，西南联合大学不仅是战火中的宁静港湾，也是民国末年污浊社会中的绿洲。