在联系邀请爱因斯坦来北大讲学同时，北大发生了一场著名的\"讲义风潮\"。蔡元培在这件事中对一个弱势学生的做为，可能就不是他生平的加分因素了。
所谓\"讲义风潮\"，就是北大决定向学生收取讲义费、引起学生抗议的一场风波。
当时北大学费相当低廉，每人每学期仅为十元，不到私立大学的五分之一，且学生还享受补贴，因此办学经费基本靠财政拨款，计每年七十五万元。而那时军阀混战，财税来源无保障，到1922年9月，办学经费已被拖欠五个月，蔡元培联合其他大学校长向政府屡次交涉，并以辞职为威胁，好不容易索来两个半月的经费。
这个时候，为了节约经费，校评议会（与教授会并立的权力机构）成员联合向校长蔡元培提出：学校每年耗费在印刷讲义上的费用高达一万多元，而在购买图书上的开支却捉襟见肘；如果把花在讲义上的这笔钱向学生收取，节约下讲义费来补充图书，对学校、对学生都有好处。
蔡元培对此很有同感，他还考虑到：因为学校将讲义印好下发到学生手中，学生上课就不用功，到考试时再\"恶补\"讲义内容，成了一大弊端。于是他当即决定：以后收取讲义费充做图书经费；购买讲义与否，由学生自行决定，如上课能认真听讲做笔记，讲义尽可不购。
这个决定应该说还是很厚道，但\"讲义要收钱啦\"的消息传出，一贯免费享有的东西现在要出钱，顿时在学生中激起了强烈反响。
这是个有\"造反\"传统的大学，三年前的五四运动这样的大事且不说，就在五个月前，学校规定不缴费不准考试，就有学生对代总务长沈士远进行围攻，学校建筑墙上贴满谩骂沈士远的条子，更有人高呼：\"打沈士远！\"幸亏刚刚担任北大教务长十五天的胡适出面表示，未缴费者准他们先考，但到月底还不缴费，则成绩无效，把事态平息下去。
1922年10月17日下午，为抗议讲义收费，数十名学生闯进会计室，对职员大肆谩骂恫吓；10月18日早晨，又有数十名学生群拥至校长室，要求蔡元培废除讲义费。蔡元培将收费决定详细解释，并说三日内不收费；但学生寸步不让，双方面越谈越僵，而且校长室外走廊上迅速聚集了几百学生，呐喊起哄，局面一片混乱。
蔡元培又急又怒，一下站起身来，捋起袖口，向学生吼道：\"我跟你们决斗！\"然后满脸青筋地步步进逼。包围着他的学生害了怕，步步后退，逐渐散去。
蔡元培对这场风潮深感恼火和痛心，他当天就写下辞职呈文离开北大，文中说：\"……该生等威迫狂号，秩序荡然。此种越轨举动，出于全国最高学府学生，殊可惋惜。废置讲义费事小，而破坏学校纪律之事实大。涓涓之水，将成江河，风气所至，恐使全国学校共受其祸……\"
蔡元培辞职后，北大总务长蒋梦麟、庶务部主任沈士远、图书馆主任李大钊、出版部主任李辛白、数学系主任冯祖荀分别刊登启事，宣布\"随同蔡校长辞职，即日离校\"；北大全体职员也发布《暂时停止职务宣言》，《北京大学日刊》也于当日宣告\"自明日起停止出版\"。大家都与蔡校长共进退。
为了挽留蔡元培，北大召开了教务会议和评议会紧急会议，教育部次长马叙伦也对蔡元培面劝。最后，蔡元培收回辞呈，讲义费则暂缓收取。
这场风潮并不是以蔡元培完全让步平息的，他坚持要处分带头闹事的学生。
事发时现场混乱，赶来喧闹的学生其实是出于自发，没有什么带头人物。挽留蔡元培时，校评议会开会就抛出了个替罪羊--一个叫冯省三的山东学生。评议会说就是这个冯省三带的头，决定予以开除！
了解冯省三的师生都知道，他性格单纯、直率，学习用功，只是心直口快，时常说话欠考虑。冯省三之所以被称为\"头目\"，是因为他在学生围攻会计室时喊了\"大家到会计课去把讲义券烧了\"，又在蔡元培和学生谈判时在校长室外说\"我们打进去，把他们围起来，把这件事解决了\"！
这几句话在学校查惩祸首以挽留蔡元培时被人报告，就成了他\"带头\"的\"铁证\"。其实，就是跟蔡元培谈判的学生在风潮中起的作用也比他大，他纯粹就是个看热闹瞎起哄的。
然而，蔡元培收回辞呈一返校，就根据评议会决定把冯省三开除。
这个飞来横祸让冯省三傻了眼。他根本没有组织这次风潮，却先被同学出卖，后被校方严惩，现在只好去找原本熟识的教务长胡适求情。
对冯省三受冤，胡适最清楚不过，因为报告冯省三\"带头\"的几个学生干部在胡家看见冯省三本人时，竟根本不认识他！开除他，就是为了给这个风潮找个负责者，以给尊严受到侵犯的蔡元培找回面子。说白了，就是拿冯省三做替罪羊。
现在冯省三来诉冤求情，胡适就朝他打哈哈：\"你既已做了英雄，就英雄到底嘛！\"拒绝为他说话。
那么，蔡元培自己是否认真调查过带头者呢？也没有。他开除冯省三后，也听到\"其实不是冯省三带头\"这样的话，但他一点没有查清真相的意思。如上所述，他就是要严厉处分一个跟讲义风潮有关的学生，一为严肃纪律，杀鸡儆猴；二为自己受学生围攻挽回颜面。
一定要开除一个不该对讲义风潮负责的冯省三，蔡元培后来一句话近乎赤裸裸--\"纸老虎哪能戳一个洞！\"
他承认他这个校长，在那时朝气蓬勃、斗争精神极强的青年学生面前只能算\"纸老虎\"，要管理好这帮人，威严就不能受冒犯，受了冒犯必须加倍找回来，否则以后说什么也不灵。
为了维护权威，就拿一个弱势学生做了牺牲品。开除学籍，对学生来说无异判处死刑，这种做法，难说不是草菅人命。跟他对名满天下的爱因斯坦的恭敬、理解和宽容比，讲义风潮处理中蔡元培的厚道君子之风荡然无存。