就在此案按法律程序进行并进展颇大之时，痛失栋梁的国民党人除黄兴等少数人保持冷静外，无不切齿痛恨袁世凯。当时正在日本考察铁路的孙中山闻听宋教仁被刺死，悲愤万分，痛感认清袁世凯真面目太晚，立即起兵讨袁。
这次讨袁就是\"二次革命\"。之所以叫\"二次革命\"，是因为事件过程有点与辛亥革命相似：反袁各地从江西开始纷纷宣布\"独立\"。宣布独立的先后有江西、安徽﹑上海﹑广东﹑福建﹑湖南以及重庆等地。\"二次革命\"在孙中山的号召下，以江西﹑江苏为主要战场进行。
袁世凯在宋教仁遇刺后知道国民党马上就要来算帐，因此及早调兵遣将准备。讨袁事起仓促，加上内部黄兴极力主张不要诉诸武力，而可法律解决，\"二次革命\"仅两个多月就失败了。再不需要羞羞答答的袁世凯下令通缉孙中山、黄兴、李烈钧等反袁人士（这些人只好又流亡海外），并在国会等机构中大力清洗国民党人。
发动二次革命，今天看来，应是孙中山的又一\"迷误\"。民国初年，效法西方的\"司法独立\"做得不错，刺宋案按照法律程序走得很规范，总理赵秉钧照样被地方检查厅传讯，所有的证据都指向赵秉钧和袁世凯；而且哀兵动人，社会对深得民心的国民党当家人莫名其妙死于非命广泛同情。然而孙中山在狂怒之下，没有采纳黄兴的意见，立即选择了武力，这就让事情脱离法律轨道，走上\"谁打赢了谁有理\"的歪路。当然，按照法律把袁世凯送上审判台是不可能，但呼之欲出的法律结论会让他丧尽道义支持，此后很可能再不敢恃势胡来。
一句话：用法律，国民党人难讨公道，但会孤立袁世凯，特别是会为后来开一个\"凡事诉诸法律\"的好头；而\"二次革命\"，更是会输，却为后来的军阀混战不休开了一个恶劣先例。同样是输，采取\"革命\"手段，效果远离进步人士的理想。
镇压了\"二次革命\"的袁世凯，既为清肃了反袁力量而松了口气，又在刺宋案中焦头烂额，充分尝到了共和的厉害。袁世凯现在憋足了劲，要一步步把所有牵绊自己的东西都除去！
早在1913年4月8日，民国第一届国会典礼在北京举行时，袁世凯竟不出席，以示对国会的藐视。
然而袁世凯还有用得上国会的地方，因为他的大总统前还有\"临时\"二字，想去掉难听的\"临时\"，当个正式的，总不能不要国会投票选举。
当时民国还没有宪法，只以宋教仁起草的《中华民国临时约法》代替，因此正常程序是：先制定宪法，再依法选举总统。
而袁世凯已等不及了，他要在10月10日国庆日前正式当上大总统，就来个\"倒着走\"：先选总统，再制定宪法。
袁世凯以国家没有正式总统跟国际上打交道不方便为由，要求从速选举总统；接着，也急于去掉\"临时\"二字的副总统黎元洪在湖北领衔，会同十九省都督、民政长发出通电，主张先选总统，后定宪法；再接下来，进步党人在众议院提出先制定《大总统选举法》，再制定宪法。
10月4日，《大总统选举法》制定完成；10月6日，大总统开选。
《大总统选举法》规定，总统选举须有选举人总数三分之二以上出席，用无计名投票方式，得票超过总票数四分之三以上者当选；若第一轮无人符合当选，则进入第二轮；第二轮再无人当选，第二轮里得票最多两人为候选人进入第三轮，第三轮两人里得票多者并超过总票数一半者当选。
令袁世凯颜面扫地、恼羞成怒的是，他在满以为胜券在握并使尽阴招的情况下，竟差点没选上！
10月6日选举第一轮开票后，袁世凯得四百七十一票，黎元洪得一百五十四票，都不符合当选条件，于是进入第二轮；第二轮袁世凯得四百九十七票，黎元洪得一百六十一票，还是都不符合当选条件。
为了万无一失，袁世凯事先让手下纠集一帮无赖泼皮，组成\"公民团\"，在会厅门外集结，朝议员吹胡子瞪眼，高喊：\"袁大总统万岁！一定要选袁大总统！\"\"谁不选袁大总统，我们跟他没完！\"老袁两选不中，而一次开票要耗时四小时，议员们饿得发昏，\"公民团\"却围在门口，声称不选出袁大总统都不许出去！前来送饭的也被他们围住，只有声明是\"为投票给袁大总统的议员送饭\"才许进。
到了晚上10时，在袁世凯和黎元洪之间对决的第三轮投票终于有了结果，袁世凯得票五百零七张，超过了黎元洪，也超过了总票数的一半。袁世凯总算当选。
结果出来，会厅响起几下巴掌声。议员们不愿意鼓掌，也早就饿得鼓不动掌了。而那些个\"公民\"，听到老袁当选，立即一哄而散，去领赏钱了。
热锅上蚂蚁般等待一天的袁世凯得知自己终于当选，再也支撑不住，颓然倒在椅子上。
先用\"公民团请愿\"围攻，虽然卑鄙，但也勉强还算利用的是\"现代政治规则\"；再用饿饭的方法逼，也是世界政治史上的特大奇闻。
第二天选副总统，门口的\"公民团\"就不见了；而黎元洪第一轮就得六百一十票，一次性当选，和袁世凯当选的窘状形成鲜明对比。
当初逼清帝退位、接受孙中山让位之时的袁世凯，口口声声拥护共和，说\"共和为最良之国体，世界所公认\"，如今在袁世凯心里，世界上最可恨的东西就是这个共和，害得他不能自由用权，现在三轮选举才勉强过关又丢了老脸。最直接恨死的，就是国会。
1913年10月10日10时10分，在这个\"十全十美\"的时辰，袁世凯在保和殿就任正式大总统。为了报复国会，在就职仪式上，他把总统府和国务院的官员安排在殿中间，而把国会议员安排在偏远朝房，根本看不见他，也听不见他说话；而按照《约法》，总统是国会选举的，要对国会负责！
袁世凯的这些做为，表明再显赫的身份、地位，也遮掩不了他那颗终身无法改变的小人之心。
废除《约法》，解散国会！袁世凯\"大刀阔斧\"地干起来。
他提出，《约法》和国会是一切政治弊端的根源，让大总统不能行使职权，害万民于水深火热；他要求，把原属国会的外交权、人事权等等都交给总统，改内阁制为总统制。
解散国会从清洗国民党议员开始。\"二次革命\"后，袁世凯称国民党议员\"为虎作伥，危害国家\"；其北洋系人马立即闻风而动，上书强烈要求驱逐国民党议员。
国民党是国会中的最大党，国民党议员一被驱逐，国会人数剧减，只剩一个空架子。
名正言顺地把国会彻底解散掉，光他袁世凯签字还不行，还得总理副署。当时的总理是熊希龄，袁世凯是怎样让老熊就范的呢？
袁世凯通知熊希龄到他办公室议事，熊希龄到时，袁世凯又\"恰好\"有外宾要会见，叫熊希龄坐他办公室里等会儿。熊希龄在他的办公桌上看到放着前司法总长许世英报告承德盗宝案的案卷，其中就有他熊希龄在任热河都统时，私自把一把乾隆的折扇送给北洋红人姜桂题的事！
袁世凯就是要熊希龄看到，一个把柄已捏在了他手上，如果不听话，你就算不要总理，还要不要名誉？
等袁世凯会见完外宾归来，坐立不安的熊希龄自然是袁世凯说啥他答应啥，只求袁世凯别提那个盗宝案。
1914年元月，袁世凯下令解散国会；2月，又下令解散各省议会。
民国第一届国会，就此终结；制定中的宪法，彻底泡汤。1914年5月，袁世凯公布了为他量体定做的《中华民国约法》，闪烁着现代宪政精神光芒的《中华民国临时约法》废除。
袁记约法规定：民国为总统制；取消国务院和总理，在总统府设政事堂，由国务卿负责；大总统选举记名投票；侯选人是现任大总统和他推荐的另三人；总统任期十年，不限制连选连任。
袁世凯彻底掌握了民国，政事堂是他口袋里的工具，他可以当一辈子总统，要死时还可以推荐儿子当，儿子要死时再推荐孙子当……
在袁世凯的摧残下，民国已经有名无实。