1912年2月12日，清帝宣布退位的当天，袁世凯致电南京，表示赞成共和，电文是：
\"南京孙大总统、黎副总统、各部总长、参议院同鉴：共和为最良国体，世界所公认，今由帝政一跃而跻及之，实诸公累年心血，亦民国无穷之幸福。大清皇帝既明诏辞位，业经世凯署名，则宣布之日，为亲政之终局，即民国之始基。从此努力进行，务令达到圆满地位，永不使君主政体再行于中国。现在统一组织，至重且繁，世凯亟愿南行，畅聆大教，共谋进行之法；只因北方秩序不易维持，军旅如林，须加部署；而东北人心，未尽一致，稍有动摇，牵涉全国，诸君皆洞鉴时局，必能谅此苦衷。至共和建设重要问题，诸君研究有素，成竹在胸，应如何协商统一组织之法，尚希迅即见教。袁世凯真。\"
孙中山接到清帝退位和袁世凯赞成共和二电后，就于第二天向临时参议院提交了辞职和举袁世凯为中华民国临时大总统两篇咨文。
2月15日，临时参议院召开临时大总统选举会，以全票选举袁世凯为中华民国临时大总统。
我们知道袁世凯在今后的所做所为，不由对南京方面如此做法深感遗憾。然而在当时，却是顺理成章：袁世凯果然不负众望，未为清廷效力，只以两个多月时间就把清廷结果掉；如果手握重兵的他忠于清朝，对革命全力镇压，那共和胜利该要费多少周折啊。之前黎元洪、孙中山等一再表示，只要他推翻清廷、赞成共和，我们就选他当总统；如今要求他做到的，他都做到了，这当然要履行承诺了。
孙中山急于让位，还有一层经济原因。
各地独立之后，前清留下的财政库存十分有限，而作战又急需要大量经费，各地财政上都捉襟见肘。孙中山归国之时，人们盛传他带回了大笔资金；在上海下船后即有记者问他带回了多少钱，此前孙中山到欧洲筹款已经碰壁，就说：\"我一分钱也没有，我带回的是革命精神！\"大家当然都热烈鼓掌，但在心里不由泛起隐忧。
在孙中山宣誓就职之后，一次安徽前线军情告急，粮饷皆缺，急电中央索饷。临时大总统孙中山朱笔一批：拨二十万元济急。当总统府秘书长胡汉民持此总统手批，前去财政部拨款时，发现国库之内，只有银元十枚！
精于理财的实业家张謇估算：新政府的开支至少每年须有一点二亿两，每月须有一千万两；扣除可能得到的收入，新政府每年将短缺八千万两。
由于缺乏经费，南京临时政府几乎面临着军队解散、政府崩溃的危险，孙中山交班给袁世凯，也有难以维持的原因。
当然，孙中山等人也深知此人半新半旧，可新可旧，如果真的像他说的，维护共和到底，那国家人民有福；可如果这家伙掌握民国以后，又象清朝一样搞起专制来，那可怎么办？
孙中山首先为他准备了两个紧箍咒：首都定于南京；袁世凯必须到南京就职办公。
这是因为袁世凯在北京势力太大，要把他从个人势力和封建势力都很强大的北京调到南京，他肆意妄为的可能性就小多了。
当时革命阵营内部对民国首都到底该奠在何处一直有争议。有很多人觉得从全国版图来看，南京地处偏僻，当时又是个小地方，因此还是北京最好。孙中山顶住压力，力排众议，从制约袁世凯的角度，决定民国临时政府必须设于南京。
孙中山将定都南京和袁世凯必须来南京就职这两条发给袁世凯，并催促他来南京就职。这两条的用意，袁世凯一望便知，心里冷笑：把临时政府设于南京，要我到南京就职，你们正好欺负我是不是？调虎离山那么容易？
于是袁世凯回一电，说，我巴不得早日到南京面聆诸公教诲，可现在这个北方的秩序，那是相当的乱：皇室刚退，心有不甘，在一些外人挑拨下还企图生事；蒙古那边，也很不稳；各国的驻京使领馆和商业机构也要保护。这些破事拖了我准备南下就职的后腿，也搞得国家变成了迟迟不统一的南北两部分，真是不好意思。现在看来，与其您孙大总统让位于我，还不如您接着当，等我把北方搞安定之后就交给您，然后我辞职，去当一个逍遥快活的民国普通国民最好。
说孙中山为国为民，袁世凯的这番话说得更大公无私。这份电文公布后，袁世凯\"感动中国\"，其支持率直线上升。
孙中山依然不松口，2月18日，授命教育总长蔡元培为团长，宋教仁、汪精卫等八人为成员，组成迎袁专使团，于22日启程走海路赴北京迎接袁世凯南下就职。
袁世凯对专使团予以隆重接待，先派其长子袁克定到天津远迎；专使团抵京后，袁世凯打开以前只有皇帝才能走的正阳门迎接；他还把东城煤渣胡同的前清贵胄学堂布置为迎宾馆。
专使团向袁世凯递交了孙中山的亲笔信。袁世凯和专使团相谈甚欢，对南下就职问题，袁世凯再不推拒，一口答应，而且还讨论了南下路线。袁世凯说他准备走京汉线，先到武昌和黎元洪副总统见一面，然后换乘轮船到南京。专使团喜出望外，心上一块石头落了地。
就在专使团深感不虚此行的时候，2月29日晚，北京城忽然火光冲天，枪声四起，大群的士兵在街头又抢又烧。\"宫保要走了，我们没人管了，快抢个盘缠回家吧！\"这样的声音在部队中一呼百应。当晚，乱兵所过之处，金银首饰店、饭馆及杂货铺全遭洗劫，并火焚东安市场、东四牌楼等处，北京仿佛又来了八国联军。
一群乱兵张牙舞爪地冲进专使团的下榻处，九位专使慌忙逃到六国饭店避难。人人衣衫不整，缺鞋少袜，狼狈不堪。
兵变前后绵延三日，扩大到天津、保定及更大的北方地区。
兵变次日，袁世凯紧急召开高级军政首长会议，决定立即采取行动制止乱事蔓延，下令凡看到乱兵任意抢劫，立即格杀勿论。
袁世凯痛心疾首地对专使团说：北京真是不稳啊，你们看到了吧！如果我一离开，那怎么得了？！
这样一个过程，再加上袁世凯的一贯为人，不猜想这场兵变是他主使、是为不去南京找理由的都难。
此事到底是否是袁世凯叫人干的，至今还有争议，因为拿不出确凿证据。最可能的是：兵变的策划者是袁世凯的儿子袁克定。他先放出袁世凯一走，北京就要裁减军队、士兵就没活路的消息，然后由布置好的人挑头，抢劫焚烧泄愤。
兵变的规模和乱象超过了策划者的预料。这里除了军队本来就存在欠饷、士兵有怨气之外，还有个原因：中国首都从此要改在南京的消息，让一些北京人失魂落魄、窝火不已：以前咱们这是天子脚下，全国中央，多大的优越感啊，这下一迁都，立马就变成啥也不是了！于是一大帮街痞混混，跟着乱兵拼命起哄，希望能保住首都。
的确，中国城市的兴衰受行政影响太大。1927年4月蒋介石定民国首都为南京后，改北京为北平。中央行政机关一迁走，北平市面立即冷清下来；到1949年，失去首都地位仅二十二年的北平已衰败得不成样子，中共建国前清扫天安门为开国典礼礼台，竟挑下来好几担鸟粪！
不管兵变是否袁家策划，目睹这一幕的专使团无计可施，只好去电南京向孙中山汇报实情。南京方面本来就有很多人主张定都北京，这样一来，袁世凯在北京就职立成定局。
他又得逞了。
孙中山在给袁世凯设置两个紧箍咒失败之后，再筑起一道堤防：总统必须遵守代宪法的《中华民国临时约法》。这个约法修改《临时政府组织大纲》关于民国政体为总统制的规定，改政体为内阁制。
所谓总统制，就是国家大权赋予总统，总理由总统任命。现在袁世凯当大总统，就风险太大。
所谓内阁制，就是把大权赋予总理，总理由选举产生，而不是总统任命；总统并不掌握实权，只是一个代表国家的虚位元首，做些礼仪性、程序性工作。如能实现，等于是夺去了大总统袁世凯的实权。
1912年3月10日，袁世凯在北京宣誓就职；第二天，孙中山签署公布《中华民国临时约法》。
在袁世凯内阁尚未成立时，孙中山依然在南京处理中枢政务，他正式解职是4月1日。因此从3月10日至4月1日，民国曾有过两个合法的临时大总统。
这两个临时大总统，一个是中国最大的实力派，一个是中国最大的偶像派，如能精诚合作，同谋民国未来，那么历史进程要顺利得多。但这个实力派，思想上对真正的民主共和只有皮毛之见，更无意捍卫之、追求之；袁世凯第一位考虑的就是个人能不能有最大的权，能不能不受制约地干自己想干的事。
袁世凯看到临时约法改总统制为内阁制，心里冷笑一声：你当总统就是总统制，我当总统就是内阁制，因人设法啊？我忙乎半天，为的就是当个签字盖章的虚位元首而啥权没有？笑话！
东山再起之后，六个月来，袁世凯对清廷又哄又吓又逼，对革命党人又打又拉又拍，费尽了心机，为的就是一个最高权力。现在大总统到手了，岂能做小媳妇！
袁世凯要向孙中山们制定的法律规章示威，一宣誓就职就下令大赦天下，凡是3月10日前坐牢的犯人都大赦放回家。而这样的大举措，本来一要参议院同意，二要内阁副署，也就是他袁世凯签字的旁边还得有总理的签字，这才有法律效力。但袁世凯悍然为之，显然是故意表示，你们在南京搞的那些东西在他眼里什么也不算，现在是老袁当家做主了！
3月13日袁世凯任命唐绍仪为民国第一任国务总理；4月1日，唐绍仪责任内阁组成，孙中山正式解职。新政府的组成人员是：
临时大总统袁世凯，字慰亭，河南项城人，五十三岁。
副总统黎元洪，字宋卿，湖北黄陂人，四十八岁。
国务总理唐绍仪，字少川，广东香山人，五十二岁。
外交总长陆徴祥，字子欣，上海人，四十一岁。
内务总长赵秉钧，字智庵，河南临汝人，五十三岁。
陆军总长段祺瑞，字芝泉，安徽合肥人，四十七岁。
海军总长刘冠雄，字子英，福建闽侯人，五十四岁。
财政总长熊希龄，字秉三，湖南凤凰人，四十二岁。
司法总长王宠惠，字亮畴，广东东莞人，三十一岁。
教育总长蔡元培，字孑民，浙江绍兴人，四十四岁。
农林总长宋教仁，字钝初，湖南桃源人，三十岁。
工商总长陈其美，字英士，浙江吴兴人，三十六岁。
交通总长施肇基，字植之，浙江钱塘人，三十五岁。
南京留守黄兴，字克强，湖南善化人，三十六岁。
一看这个名单就明白，掌握实权的部门，比如外交、内政、陆海军、财政和交通，都清一色地掌握在袁世凯的人手中；司法、教育、农林、工商等不关痛痒的部，也就是被政界称为\"冷衙门\"的部门，才由非袁世凯阵营的人点缀。