侯方域字朝宗，行三。河南归德府商丘县人。商丘，元朝名为睢阳，春秋时为梁国的都城，陈宗石词中所谓“千里睢阳，三更梁苑”，其实都是指他的岳家。
侯家先世是“戍籍”。所谓“戍籍”即是有罪充军至某地所记的户籍，被视为贱民之一，至方域的祖父始贵。
侯方域的祖父名执蒲，两榜出身，官至太常寺正卿。太常寺司职祭典。天启年间魏忠贤想代熹宗代行南郊祀天大典，侯执蒲事先得知消息，在魏忠贤不曾矫诏宣布此事以前，上了一道奏疏，说天坛常有“宫奴阉竖，连行结队，走马射弹，狂游嬉戏”，以为“刑余不宜近至尊，而况天神飨祀之地？请下所司论治”。这是指着和尚骂秃，魏忠贤大怒。侯执蒲见机，辞官而归。在朝时，陈贞慧的父亲陈于庭，当吏部左侍郎，与东林巨头高攀龙、赵南星，并负天下重望，对侯执蒲颇有照应。所以侯陈两家，算起来是三代四辈的交情。
侯执蒲有子五人，长子即是侯方域的父亲侯恂，以进士为言官。天启四年阉党大攻东林时落职而归。崇祯元年复起，由广西道御史转太仆寺少卿，擢兵部右侍郎，为时不过两年。崇祯三年出驻昌平，称为“督治侍郎”。其时正当前一年冬天，清兵入关，直薄京城，以及袁崇焕被杀，祖大寿兵变之后，各路勤王之师云集近畿达二十余万之多。负守关全责的是明末第一流人物孙承宗，但道路阻隔，指挥不灵。所以侯恂守昌平，碌碌无所表现，真是坐守而已。惟一的一件得意事，便是识拔了左良玉。侯方域《壮悔堂文集-宁南侯传》记左良玉辽东人，投军以战功得为辽东都司。有兵无饷，少不得常干没本钱的买卖。有一次抢了一大票，不想竟是运到锦州的饷银，论法当斩。而同犯丘姓很够义气，一肩担承，左良玉得以不死。当然，官是丢掉了。传云：
“既失官，久之，无聊，乃走昌平军门，求事司徒公。司徒公尝役使之，命以行酒。冬至，宴上陵朝官，良玉夜大醉，失四金卮；旦日，谒司徒公请罪。司徒公曰：‘若七尺躯，岂任典客哉？吾向误若，非若罪也！’”
按：司徒公即谓侯恂。昌平为明十三陵所在地。侯恂的职责之一，即是守护陵寝。是故冬至朝官祭陵，侯恂以“地主”身份，设宴相待。其中最可注意的是“命以行酒”四字，其中大有文章。
明朝中叶以后，龙阳之风甚炽，军中不携妇人，常以面目姣好的兵卒陪酒侍寝。“行酒”二字是含蓄的说法，所以侯方域的同社文友贾开宗，于此四字之旁有夹注：“宁南出身如此。”观下文失金酒卮以后，左良玉请罪，侯恂答复他的话，情景自见。而孔东塘作《桃花扇》派脚色，左良玉以小生应工，可知亦有微意在内。
崇祯四年春天，清太宗制成红衣大炮。秋天举兵侵明，进围大浚河新城。侯恂奉旨赴救，《宁南侯传》记：
“榆林人尤世威者为总兵官，入见司徒公曰：‘大浚河当天下劲兵处，围不易解。世威当行，今既以护陵不可，公且遣将；谁当往者？中军将王国靖，书生也；左右将军更不可任。”司徒公曰：‘然则谁可？’世威曰：‘独左良玉可耳！顾良玉方为走卒，奈何帅诸将？’司徒公曰：‘良玉初任此，吾独不能重良玉乎？’即夜遣世威前论意。漏下四鼓，司徒公竟自诣良玉邸舍，请焉。
“良玉初闻世威往，以为捕之；绕床语曰：‘得非丘磊事露耶？’走匿床下，世威排闱呼曰：‘左将军，富贵至矣！速命酒饮我。’引出而论其故，良玉失色；战栗立，移时乃定，跪世威前，世威且跪且掖起之。
“而司徒公至，乃面与期，诘旦会辕门，大集诸将，以金三千两送良玉行，赐之卮酒三令，箭一，曰：‘三扈酒者，以三军属将军也！令箭，如吾自行。诸将士勉听左将军命，左将军今日已为副将军，位诸将上。吾拜官疏，夜即发矣！’“良玉既出，以首叩辕门墀下曰：‘此行倘不建功，当自刎其头。’已而果连战松山、杏山下；录捷功第一，遂为总兵官。良玉自起谪校至总兵，首尾仅岁余，年三十二。”
这段记述，稍嫌夸张，而大致皆为事实。自此以后，左良玉成为动关安危的大将。而侯恂的仕途亦很得意，崇祯六年五月，调升为户部尚书。侯方域进京侍父，即在此时。其时年十六，已中了秀才，也娶了亲。第二年，代父草拟屯田奏议，计分官屯、军屯、兵屯、民屯、商屯，腹屯、边屯、垦种、考课、信任等十目，洋洋万言，条畅练达，期于可行。但此时大局已成鼎沸鱼烂之势，民间有“田”字诗，所谓“昔为富之基，今成累字头”，有田者宁愿流离道途，乞讨为生，不愿回乡耕种，借以逃避“加派”。在这种情况下谈屯垦，无异纸上谈兵。此奏上否不可知，即上亦不能行，可为断言。但以十七岁的少年，能草成这样的大文字，虽说是在侯恂指导之下所完稿，亦是一件了不起的事。明末四公子中，侯方域颇留意经济政事，有用世之志。却以生不逢辰，英才无由得展。以小见大，侯方域个人的悲剧，亦正是时代的悲剧。
当侯恂就事一个月之后，首辅周延儒为温体仁所排挤而去官。不过温体仁虽取代为首辅，犹不敢彰明较着与东林、复社为难，所以侯恂亦得安于其位。
到了崇祯九年，东林健者文震孟被排挤罢相以后，温体仁羽毛已丰，职掌度支的侯恂乃为体仁唆使言官奏劾糜饷，被捕下狱，直到崇祯十四年方始出狱。
侯恂明史无传，他的落职获罪，系狱五年之久，始末如何，侯方域诗文中皆未提及。所谓“糜饷”，或非虚诬。
侯方域初到金陵在崇祯十一年。南归的原因是在应乡试。第二年方始结识李香君。侯方域《李姬传》：
“李姬者，名香，母曰贞丽。贞丽有侠气，尝一夜博，输千金立尽。所交接皆当世豪杰，尤与阳羡陈贞慧善。姬为其养女，亦侠而慧，略知书，能辨别士大夫贤否。张学士溥、夏吏部允彝急称之。少，风调皎爽不韦，十三岁，从吴人周如松受歌《玉茗堂四传奇》，皆能尽其音节；尤工琵琶词，然不轻发也。
“雪苑侯生，己卯来金陵，与相识。姬尝邀侯生为诗，而自歌以偿之。初，皖人阮大铖者，以阿附魏忠贤论城旦，屏居金陵，为清议所斥；阳羡陈贞慧，贵池吴应箕，实首其事，持之力。大铖不得已，欲侯生为解之；乃假所善王将军日载酒食，与侯生游。姬曰：‘王将军贫，非结客者，公子盍叩之。’侯生三问，将军乃屏人述大铖意。姬私语侯生曰：‘妾少从母识阳羡君，其人有高义；闻吴君尤铮铮。今皆与公子善，奈何以阮公负至交乎？且以公子之世望，安事阮公？公子读万卷书，所见岂后于贱妾耶？’侯生大呼称善，醉而卧。王将军者，殊怏怏，因辞去不复通。
“未几，侯生下第，姬置酒桃叶渡，歌琵琶词以送之。曰：‘公子才名文藻，雅不减中郎；中郎学不补行，今琵琶所传词固妄，然尝昵董卓，不可掩也。公子豪迈不羁，又失意，此去相见未可期，愿终自爱，无忘妾所歌琵琶词也。妾亦不复歌矣！’侯生去后，而故开府田仰者，以金三百锾邀姬一见；姬固却之。开府惭且怒，思有以中伤姬。姬叹曰：‘田公宁异于阮公乎？吾向之所赞于侯公子者谓何？今乃利其金而赴之，是妾卖公子矣！’卒不往。”
李贞丽为陈贞慧所眷，亦见余淡心《板桥杂记》。可以猜想得到，侯方域之结识李香君，是从陈贞慧同游而起。至于阮大铖原与侯家有旧，胡介祺撰《侯朝宗公子传》云：
“大铖佥壬凶险，顾少有俊才，其朱党阉时，司徒公绝爱之。后以身陷大逆，见槟君子，犹欲以世讲之谊，与公子通殷勤，且欲藉公子以解于四公子之徒，公子拒之峻。”
侯方域本人有《癸未去金陵日与阮光禄书》，作于崇祯十六年左良玉打算由九江移军金陵之前，第一段叙述彼此的渊源：
“执事，仆之父行也。神宗之末，与大人同朝，相得甚欢；其后乃有欲终事执事而不能者，执事当自追忆其故，不必仆言之也。大人削官归，仆时方少，每侍，未尝不念执事之才而嗟惜弥日。”
按：此言侯恂与阮大铖同朝，始而情谊相孚，继而纵迹相违，则因阮大铖投身阉党之故。天启年间，侯恂削职家居，而仍痛惜阮的才具，可知侯阮之间，并无私憾。
“乃仆稍长，知读书，求友金陵，将职途，而大人送之曰：‘金陵有御史成公勇者，虽于我为后进，我常心重之，汝至当以为师。又有老友，方公孔，汝当持刺拜于床下。’语不及执事。及至金陵，则成公已得罪去，仅见方公，而其子以智者！仆之夙交也，以此晨夕过从，执事与方公同为父行，理当谒，然而不敢者，执事当自追忆其故，不必仆言之也。”
按：成勇天启五年进士。崇祯十年行取为南京吏部主事，后改御史。崇祯十一年九月以劾杨嗣昌“入枢两年，一筹莫展”而革职充军。于此可知，侯方域初到金陵，在此年九月以后。
方以智的父亲方孔，其时新奉复起之命，以右佥都御史巡抚湖广。此时当因长江上游，韦盗狂起，道路阻隔，尚未赴任。
“晨夕过从”者，是与方以智交游。侯方域获识陈贞慧、吴应箕及冒辟疆当均在此时。侯方域不谒父执阮大铖，则以前一年方有《留都防乱》之揭，阮大铖为清议所弃，侯方域何敢冒天下之大不韪，而词气之间，仍然在强调并无私憾。
在此书以前，又有《致田中丞景》可补《李姬传》的不足，中云：
“仆之来金陵也，太仓张西铭偶语仆曰：‘金陵有女伎李姓，能歌《玉茗堂词》，尤落落有风调。’仆因与相识，间作小诗赠之。未几，下第去，不复更与相见。”张西铭即张溥。所谓“间作小诗赠之”当为《四忆堂诗集》卷二，《赠人》及《金陵题画扇》二首，《赠人》是一首七绝，曾为孔东塘记入《桃花扇》中：
“夹道朱楼一径斜，王孙争御富平车。青溪尽种辛荑树，不及春风桃李花。”
这首诗之为赠李香君，绝无可疑，但含意殊不可晓。青溪九曲，流经秦淮，见《太平寰宇记》；又有“青溪小姑”为蒋侯第三妹，见《异苑》，此为诗中青溪的来历。而“辛荑”不知是何典故？辛荑即辛夷，开花名迎春，是一种高贵的花卉，而又开在春先，故云“不及春风桃李花”。《桃花扇》引此诗，作“不及春风桃李花”，与原句的褒贬之意，完全相反。这不知是孔东塘所改，还是别有所本，尚待考证。
崇祯十、十一、十二年亦即戊寅、己卯、庚辰三年，为明朝百毒俱发，势在必亡之时，而南都的繁华，却更胜于昔。“四公子”的名声，即起于此时。十一年南闱乡试，王谢子弟，东林孤儿，连翩入场。陈贞慧、冒辟疆、侯方域皆下第，而不尽关乎文字优劣，如侯方域之被摈，乃第一场策论触犯时忌之故。