原本，永历政府的办公地点由肇庆迁至梧州，由梧州迁至桂林，由桂林迁至武冈，由武冈迁至南宁，可谓流离失所，朝廷已不像朝廷，政府已不像政府，只能逃亡和流窜于广西部分府州之间，威望大损，人心离散，而随着江西、广东反正，永历政府不但凭空多了两省地盘，而且清廷因唯恐长江中下游有失，已调令孔有德、耿仲明、尚可喜三王带领军队撤回湖北汉阳，留置在湖南力相当单薄。永历政权如果能趁机收复湖南全省，便可以使湘、赣、粤、桂连成一片，进而为下一步扩大战果奠定基础，同时，朝廷的声威将大幅度提升，无论是在战略上还是政治上，其意义都是非常巨大的。
对此，督师阁部何腾蛟还是看得很清楚的。
他带领曹志建、赵印选、焦琏、卢鼎等部于五月二十七日攻克全州。
清广西巡抚李懋祖、总兵余世忠从全州惊走入湖南永州。
余世忠以“辱妻戮子、挖掘亲尸”相胁，威迫何腾蛟降清。
何腾蛟答书回应：为天下者不得顾其家，为名节者不得顾其身，何腾蛟负性硁拙，各奉其事，各为其主，各存其体，你等小人，要胁迫我降清那是万万不可能的！
何腾蛟说到做到。
他置家族、骨肉的毁存于不顾，毅然进围永州。
他本人身先士卒，冒矢石督战，大小三十六战，围城凡三月，将永州城围困得水泄不通，而城内也因被围太紧，粮食耗尽，只能咽糠齧草，以维持生命。
战略眼光不在何腾蛟之下的堵胤锡也抓住了这个机会，相邀马进忠分由湘西九溪卫（在今湖南慈利县西北）、永定卫（今湖南大庸县）出发，虎吞常德。
曾跟刘承胤一起举武冈降清的原明朝悍将领陈友龙也在靖州反正归明，他带领着苗、徭等少数民族兄弟大举攻打靖州，一时间，火炮如电，戟列如霜。清署贵州巡抚彭而述抵挡不住，败入宝庆。靖州既下，陈友龙又兵进贵州黎平府，克武冈州、陷宝庆府（府治邵阳）。
可以说，这时的湖南局势对明朝来说极为有利。
可是，何腾蛟眼看堵胤锡部已经收复常德，陈友龙也部连克靖州、武冈、宝庆等地，不乐意了。
这是为什么呢？
还是私心作怪。
自弘光二年进入湖南后，何腾蛟一直把湖南当作自己的禁脔之地。
当初，他不愿意隆武帝移跸江西、湖南，就是这个原因。
在桂林避难期间，他经常自言自语地说：“长沙自我失之，必自我复之。”
刚刚收复全州，他就写信给留守大学士瞿式耜，夸口说：“衡阳、长沙功夫，俱在永州做就。”
现在，他想趁孔有德等清军主力撤退时一举收复湖南，以盖前愆。偏偏一个小小的永州就把他前进的脚步阻挡住了，而陈友龙已经占领靖州、黎平、武冈、新化、宝庆，同收复常德地区的堵胤锡、马进忠部互相呼应，大有一举拿下长沙之势。复湘大功旁落在即，他怎么高兴得起来？
尤其是陈友龙。
陈友龙在武冈降清后，曾奉清廷严令进攻何腾蛟的老家贵州黎平（按，何腾蛟是五开卫人，五开卫治与黎平府同城），俘虏了何腾蛟一家四十余口，逼得何腾蛟妻王氏投水自杀，妾赵氏、张氏自缢，何腾蛟老母及其他家属都被解到靖州关押。
杀妻辱母之仇，不共戴天！
何腾蛟恨陈友龙恨得牙痛！
不行，必须制止陈友龙的行动，甚至让陈友龙停止呼吸！
何腾蛟玩儿了一手阴的。
他给屯军于柳州的郝永忠写信说：“目下众将出师湖南，都争先恐后立下了战功，只有将军你还独自深居于柳州，将来寸功未立，一定为众将所耻笑。如今我亲自率领云南赵印选、胡一青、曹志建的军队攻打永州、衡阳，王进才、马进忠等部队兵出辰州、常州；我替将军你想过了，将军如若要有所建树，只有从靖州、武冈一线出兵。现在，陈友龙在靖州、武冈等地搅得风生水起，一口气连收二十座城，富甲诸将，军中的黄金白米可坐食十年。将军觉得，与陈友龙开战容易取胜还是与清军开战容易取胜？何况，这个不自量力的陈友龙，自从得到皇上招安后，真的以为平安无事了，肯定不会料到你从后面偷袭，所以，你不采取行动则已，一旦采取行动，当可一鼓而破。我的妻妾都是死在陈友龙的魔掌之下，将军和我，师生情谊最厚，难道不肯为了一报这杀妻杀妾之仇吗？袭杀了陈友龙，就可以尽友谊、取大功、收厚利、据乐土，一举数利，何乐不为？希望不要以陈友龙新受招安而犹豫不决，只要杀了陈友龙，将军已经据有宝庆，而我又拿下了长沙，朝廷想追究责任也追究不来了。”
要郝永忠北上靖州从背后向陈友龙捅黑刀。
郝永忠自归附明朝，一直得到何腾蛟的栽培和重用，感激之下，唯命是从。
他诡称借道靖州以恢复辰州，将军队开进靖州，趁陈友龙部没有防备，蓦然发起攻击，陈友龙部大溃，陈友龙差点命丧混战之中。
总算陈友龙武勇能战，其挟一矛左冲右杀，力透重围，入广西向永历朝廷诉冤去了。
这样，堵胤锡和陈友龙军合兵进攻长沙的计划流产了。
何腾蛟笑容绽放，不无得意地对手下诸将说：“我所推荐和提拔的将帅数不胜数，但真正能为我效一臂之力的唯郝永忠一人而已！”
陈友龙军一散，宝庆府也被清军重新占领。
而何腾蛟也于十一月初一日攻下了永州，随后再次占领宝庆。
这一得一失间，貌似局势变化不大。
其实不然，因为全湘收复被延误，从西面解救南昌之围已难于实现，该年（公元1659年，顺治六年，永历三年）正月十八日，南昌城破，金声桓、王得仁遇难。
而李成栋两次攻赣失利，全军败亡，赣、粤两省形势陡然逆转，大好局面，就此葬送！
不过，如果何腾蛟这时能去掉私心，站在国家、民族的立场上全面调度，还是有机会翻盘的。因为，蛰伏多时的忠贞营来了。
何腾蛟在苦攻永州（府治在零陵）时，堵胤锡和马进忠、王进才等部已收复了泸溪、辰溪、黔阳、宁远、新田、祁阳、安仁、耒阳、酃县、城步、新宁、安化、江华、麻阳、东安、沅州（今湖南芷江）、道州等地。
清将金砺曾从荆州率万余骑入援永州，并从洞庭湖别遣舟师溯沅江西上。
马进忠在麻河设伏阻击，大获全用，收获马骡、甲仗，帟帐巨万计。
这还不算，又于常德城下的沅江之中全歼金砺发来的舟师。
王夫之因此称：“自南方兴师以来，推麻河功第一。”
清军吓得连衡州（今衡阳市）也不敢守，仓皇撤入湘乡、长沙扼守。
表面上看，明军的成绩还不错。
但堵胤锡不满意。
因为，这个时候清廷安置在湖南的兵力并不多，基本上等同于弃湖南于不要了。但各部明军忙碌了大半年，还没能收复湖南全境，这和堵胤锡的期望值相去甚远。
上文说过，无论是政治眼光还是军事眼光，堵胤锡都要比同期的明朝官员高出许多，包括何腾蛟，包括瞿式耜，都难以望其项脊。
堵胤锡的着眼点并不局限于湖南一境，他从大局观出发，深知收复湖南受阻，永历朝的局面就打不开，而且，南昌方面一旦失守，清军主力就会再度入湘，那时，攻守势异，处境就会陷于被动。
不行，必须尽快拿下长沙！
堵胤锡忧心如焚，亲往夔东诚邀忠贞营进军湖南。
忠贞营在隆武二年（公元1646年）围攻荆州时遭到勒克德浑部清军反击，损伤惨重，只好一退再退，退到巴东县平阳三坝休整疗伤。
接到堵胤锡的邀请，李赤心二话不说，于七月初一日领兵数十万东下，一举占领湖北彝陵，九月进至湖南常德，十月二十一日击败清总兵徐勇派来的援兵，二十四日收复益阳县。十一月初一日分兵攻取湘潭、湘阴、衡山。初三日占领湘潭，歼敌一万余人；初九日攻克湘乡、衡山，势如破竹，摧锋折锐。
忠贞营的到来，长沙府属州县尽皆为明军所得。
十一月初，长沙已成孤城。
忠贞营进围长沙，志在必得。
十一月十一日，李赤心、高必正亲统将校攻城，攻势如潮。
一时间，矢箭如雨，铳子落城中如鸡卵，中人物皆毙。
清偏沅巡抚线缙、总兵徐勇据城死守。
徐勇为激励士气，提刀上城头督战。城下的李赤心看得真切，弯弓搭箭，一箭将他射翻。
主将中箭，清军神气大沮。
另外，清军镇守长沙的不过三千余人，遥看城外兵甲如云、刀枪林立、密密麻麻的明军，斗志尽丧。
清偏沅巡抚线缙惶恐之余，连连告急。
长沙城破，就在呼吸之间。
然而，关键时刻，何腾蛟又来捣乱了。
得知忠贞营从常德挥师南下，何腾蛟就预感到忠贞营会在复湘战役中唱主角，大不甘心。
何腾蛟恨陈友龙不假，同时，他对堵胤锡也没有什么好感。
何腾蛟与堵胤锡之间有嫌隙，主要是何腾蛟的器量太小了。
当然，这也跟堵胤锡的恃才傲物有关。
想想看，堵胤锡年轻时不过一介布衣，就放豪言说他有经略辽东大才，蓟辽经略熊廷弼少了他的帮助必定败亡，现在，他已俨然成为永历朝一个举足轻重的人物，说话行事间就不免有些狂妄。
堵胤锡得任湖广巡抚，是何腾蛟推荐的，何腾蛟就因此把堵胤锡视同自己的门生，可是堵胤锡却不把何腾蛟当作老师对待，与何腾蛟交往过程中，以平辈相称。此举，惹得何腾蛟大不高兴。
这种背景下，两府中一些无良幕宾，不但不加以劝解，反而推波助澜，彼此煽风点火，使得两人间嫌隙加深，有反目成仇之势。
李赤心、高必正举兵归明，朝廷将这一功劳记在堵胤锡头上，这本来无可厚非，但堵胤锡的尾巴翘得太高，何腾蛟器量又小，双方矛盾更加加深。
麻河大捷，堵胤锡又放出“长沙先陷，过在腾蛟”之类的言论，何腾蛟更窝了一肚子气。
现在，忠贞营破长沙在即，堵胤锡高兴之下，得意忘形，逢人就说：“长沙从何腾蛟督师的手里丢失，将从我的手中收复，天意啊，天意！”
何腾蛟忍无可忍，写信给堵胤锡说：“治生（何腾蛟的谦称）与清军大战于严关日月桥，孔有德等丑类败遁；我军进围零陵（即永州），指日可下，各郡邑尽入掌中。我听说忠贞营诸部驻节中湘，分取衡阳，已经建有大功了。近日王进才、马进忠诸勋都知道怎么做人，想来你也应该不会辜负我。”示意堵胤锡要管理好忠贞营，向王进才、马进忠等人学习，不要来和自己争功。
堵胤锡大感愤慨，对左右说：“我等封疆之臣，罪且难赎，他何腾蛟还想争什么功呢！”（计六奇《明季南略》卷十二《堵胤锡始末》）
现在，何腾蛟眼看攻克省会长沙的首功就要落入忠贞营之手，内心忽忽如狂，妒意横生，竟然连脸也不要了，匆忙率标兵数百人，从衡州泛舸下湖潭，对堵胤锡说：“湖南省内的各郡各县都在我的掌握之中，你还是赶紧带领围攻长沙的部队去救援南昌，解除南昌汤火之厄，这样，每个人都有属于自己的功劳。”
然后，不由分说，勒令忠贞营离开长沙转赴江西。
堵胤锡当然知道何腾蛟此举的真正用意，但何腾蛟既是督师阁部，朝内又有留守大学士瞿式耜撑腰，胳膊拗不过大腿，只好下令忠贞营于十一月十六日放弃即将到手的长沙，怅然东进。
长沙城里的清军本来已趋绝望，突然看见忠贞营拔营而去，大感诧异之余，仿佛死后重生，纷纷拜天欢呼。
何腾蛟已于十一月初一攻下了永州，会聚诸路兵马，摩拳擦掌，准备一举拿下长沙，全取首功。
不过，何腾蛟手下诸营不但战斗力不强，而且纪律性又差，大部分人马距长沙尚远，军队远还没集结好，长沙城的清军已四处抢粮，补充了城内物资，又加固城守，要攻取长沙，并不容易。
而更为恐怖的是，由于清廷接到湖广总督、巡抚、巡按诸臣连续告急的奏疏，已于顺治五年（公元1648年）九月中旬任命郑亲王济尔哈朗为定远大将军大举入湘。
可怜的何腾蛟，居然对此一无所知。
他从十一月中旬至顺治六年（公元1649年）正月，忙忙碌碌，一直没能组织起一支像样的军队向长沙进攻，而济尔哈朗统率的满汉大军出现了。
济尔哈朗的大军以满洲兵为主，患有“恐满症”的何腾蛟部下诸将谈虎色变、闻风丧胆，纷纷招呼起手下兄弟撒腿跑路。
何腾蛟时在湘潭，手下只有马进忠遣来的杨甲一军，可谓兵单将寡，凶多吉少。
自感大难临头的何腾蛟给永历朝廷上疏奏称：“湖南千里一空，前恢复诸城一旦尽弃，引罪自劾。”
一六四九年（顺治六年，永历三年）正月二十日，济尔哈朗军毫无阻碍地进抵道林市，侦知何腾蛟在湘潭城，于是，轻骑疾奔，突然向湘潭发起袭击。
何腾蛟急乘马出城，欲登舟走，不幸为追兵所执，寻囚于城外慧德庵中。
二十一日，清军进入湘潭，清郑亲王济尔哈朗下令屠城。
当时逃到乡下的文人汪辉记载：清军从正月二十一日开刀，屠至二十六日封刀，二十九日方止，湘潭城中的百姓几乎全被杀光。
何腾蛟被俘后，济尔哈朗派人劝降，并致书称：“你如果肯顺应天意、知命降清，地位当不在洪承畴之下。”
何腾蛟将劝降书一丢，答：“何腾蛟少壮入朝为官，国家遭遇厄运，早在甲申三月，就该随先帝而去，之所以留着性命不死，是想效仿郭子仪中兴国家。可惜志大才疏，招致如此狼狈大败，负恩辱国，罪该万死，还怎么敢苟延活在人世呢！何腾蛟的头可断，心可剖，即使死了，还可以归附于先王先公！”遂拒绝饮食。
过了四日，实在渴得厉害，嘱咐庵僧前往一宿河取水。
僧人不以为然，说：“湘潭的江水还清冽可饮。”
何腾蛟摇头说：“湘潭的江水已染腥秽，岂可污我冰玉肺肠？一宿河从大明国土流出，尚可以饮！”
僧人于是不辞路远，专门往一宿河取水。
又过了两日，济尔哈朗知何腾蛟必不能屈，便吩咐士兵将他杀害于湘潭流水桥旁一个小坡下。
据记载，何腾蛟就义前举手拍地，连呼：“可惜！”两掌皆碎。
何腾蛟殉难后，永历朝只诸将汹惧，百官皆恸。
永历帝诏赠何腾蛟太师中湘王，谥文烈。