1949年6月，黄汲清满怀壮志地由旧金山飞达香港，准备回国。可是，就在他下榻香港的一家饭店时，一位在台湾工作的旧友匆匆找上门来，并当面向他转交了一封台湾大学校长傅斯年的电函。傅斯年是黄汲清非常熟悉而且可以说曾是一度崇拜的人物之一，傅与丁文江、胡适都是好友，黄汲清做了丁文江的得意门生，傅自然对黄也格外看重。此次，傅斯年是作为蒋介石的代表，出面邀请黄汲清到台湾大学主持地质系工作的。傅的电文中语气之恳切动情，真让黄汲清激动了一番。可黄汲清有些不明白，为什么要到那弹丸之地台湾呢！包括傅先生他自己在内？往内地一打电话，黄汲清才恍然大悟：原来，蒋介石国民党政府正在大撤退，把大陆各界名流拉拢到台湾是蒋介石大撤退计划中的一个重要内容。我不去！搞地质的，就得爬大山，跑大川，台湾那么一块小地方有啥地质可搞呀！黄汲清把傅的电函一扔，毫不含糊地对旧友这样说。那时的香港乱得一团糟，而蒋介石的特务到处都是。黄汲清怕出意外，决定立即抽身回国。
回哪儿去呢？南京的中央地质调查所？这是他出国前的从职单位，理当回那儿，可听说南京已被共产党解放，地质调査所也被收管。作为曾在旧政府中任过职的知名人士，当时黄汲清心里顾虑很大，毕竞他对共产党不了解。尤其令他担忧的他那位任国民党行政院长的恩师翁文灝，听说还被共产党列入重要战犯之一而逃之夭夭了。外界的传闻当时也很多，尤其是蒋介石派特务在高层知识分子中放的谣言就更多。有人说共产党来了，凡在国民党政府中当过官、委过号的，不是杀头就得坐牢。黄汲清心想，自己官也当过地质调査所所长、号也有中央研究院院士，这可怎么办？最后，他心一横：管他那个，老子搞地质搞科学是一生变不了的事，任杀任砍听天由命吧。当时他最挂念的还是妻子和三个孩子。有人吿诉他，在南京混乱时，他的家人搬到了重庆北碚住。黄汲清再也没有犹豫了，在大陆的人们潮水般向南奔命时，他一手挎一个皮包，顶着硝烟与尘埃，回到了山城。北碚是个距重庆十几里外的小镇，抗战时黄汲清曾作为所长带着中央地质调査所全班人马在此安营扎寨过几年。此时的小镇已是一片凄凉萧条。大势已去的蒋介石坐镇山城还想在此作最后的挣扎。黄汲清记得，那天他正担心在人慌马乱一片狼藉之中家人会不会走失时，一个八九岁的小男孩站在他面前傻笑着。儿子？儿子！黄汲清喜出望外，他放下皮包，张开双臂上前抱住大儿子浩生。
全家团聚在战乱的硝烟之中。那时的黄汲清什么都不想，只要一家五口人平安无事就阿弥陀佛。可偏偏有人要找他麻烦。一天，有两位持枪的宪兵上门了。
“黄先生，我们奉命请你与我们一起走。”宪兵显然知道站在他们面前的是一位大科学家，说话还算客气。
“上哪儿？”黄汲清问。
“南边，或者台湾。”
“我不去。回去告诉你们的上司，我还是那句话：搞地质的，就得有自己的地盘，台湾那么一块小地方，没法干。”
宪兵冷冷地看了黄汲清片刻，没有说话就走了。
没过几天，又来了几个当兵的，而且还开了一辆吉普车，惟一不同的是军装变了样。
“这回你得跟我们走一趟。”一位当官模样的人说。
黄汲清看了一眼妻子和孩子，只好跟着上了车。
吉普车一溜烟走了，家人的心却吊到了嗓门口。夜色朦胧时，吉普车又回来了。黄汲清跳下车，拉着妻了和孩子就往屋里走，情不自禁地连声说道：“我放心了！我放心了！”
“怎么回事？”妻子问。
“我见到了共产党！”黄汲清滔滔不绝道：“他们都是好人，完全不像国民党说的那样。有几个当官的叫……对，一个叫刘岱峰，还有段君毅、万里、李文彩什么的，他们对我特别客气，对我以前当过中央地质调查所所长和中央研究院院士都知道。说让我把散处在西南几省的地质人员找来一起为新中国服务，后天还要让我见一位重要人物……噢，我穿什么衣服去见合适呀？好像共产党干部都没有穿西服的，对，你想法给我买一套中山装。”
妻子乐了：“行，看你高兴的。”
“怎么不高兴？谁让我搞科学、搞地质，我就高兴！”黄汲清一本正经地说。他的那双充满智慧的眼里，流露出固有的天真。
后来会见他的那位重要人物便是当时任第二野战军政委和西南军政委员会副主席的邓小平同志。两位同龄的四川老乡，一见如故。“我们人民解放军在毛泽东的领导下，用枪杆子赶跑了蒋介石国民党，可是要收拾这个烂摊子再靠枪杆子是不行喽，得靠工人、农民和黄先生这样的科学家了！”邓小平带着浓重的四川乡音，亲切地说道。“中央令我和刘伯承同志一方面率领部队解放蒋匪残留的地方，另一方面是更重要的工作，那就是尽快恢复和建设好大西南。搞建设特别是工业生产建设就离不开地质工作。咱们四川老家和云贵康（旧省份西康笔者注），可是块宝地，有很多矿产资源吧？所以我今天代表西南军政委员会请黄先生出山配合政府领导和组织好西南地区的地质工作。你看这工作应该怎么做？”
聆听了邓小平的一番话，黄汲清很受鼓舞，说：“应该先把机构搭起来。川、滇、黔、康原来都有地质调查所，是否可以考虑在这基础上组成西南地质调査所”。
“可以”。邓小平当即拍板，并说：“黄先生可马上着手与这些省份的地质人员联系。需要政府出面的随时找我无妨”。
1950年7月，西南军政委员会召开第一次全体会议，黄汲清被选为委员。事隔不到两个月，西南地质调査所又宣布成立，黄汲清任所长，另两位地质学家乐森埒、常隆庆任副所长。成立那日，邓小平亲自设宴招待黄汲清等三人。席后，邓小平单独留下黄汲清。那时重庆市刚刚成立，这个昔日的战时首都，是大西南最重要的工业城市，邓小平对该市的工业发展十分关注。当他听黄汲清介绍说重庆附近不少煤、铁矿和天然气资源因缺乏钻探设备而一时无法开发时，便立即命令调来六台金刚石钻机。
“国家大规模建设需要人才，黄先生是知名人士，在国外也一定有不少地质界专家朋友，是否有人愿意回国呀？”邓小平问道。
黄汲清想了一想，说：“有”。他告诉邓小平，有个名叫赵景徳的青年专家，是地质学博士，学识丰宫，愿回国参加建设。
“那就你去请他回来，一切旅费我们负责。你写个报告，我批！”邓小平非常干脆。
遵照邓小平的意见，黄汲清即刻向西南军政委员会写了一份报告。不几日，邓小平当即批准3000美元拨款作为黄汲清寄给赵景徳回国的旅费。遗憾的是，赵收到旅费正准备回国时，美国当局下令禁止中国专家学者离境，因此赵不得成行。然而，通过这件事，邓小平等共产党领导人那种平易近人，尊重知识，尊重人才和雷厉风行的办事作风，给黄汲清留下深刻印象。无疑，这一切都给了黄汲清以极大的精神力量。在这之后的三四年里，黄汲清以前所未有的工作干劲，带领西南地质调査所的科技人员，跑遍了西南云、贵、川及西康一些地区的山山水水，出色完成了中梁山煤田、泰江铁矿、彭县铜矿、遵义锰矿、水城观音山铁矿、东川铜矿和江油海棠铺、简阳石经寺气油田等重要矿产地的发现与勘探工作，为西南各省的大工业建设作出了卓越贡献。如中梁山煤田，几十年来一直是重庆市的主要能源供给地。