但几天以后，爱德华·加维思就翻供了。他在写给赦免法庭执行委员会的信中收回了他的证词，说“那并不是我的观点，而是别人灌输给我的印象”。在与小沙缪尔·派克曼博士又一席谈话之后，“我相信我确实是弄错了”。信的末尾，有小沙缪尔·派克曼写下的一行字：“我认可上述纠正。S·派克曼”不少人认为，这和乔治·派克曼博士生前的那桩“乔斯街监狱地皮交易”一样，也是“相当可疑”而且“极具丑闻色彩的”。试想，派克曼家族甚至可以以重金聘请公诉方律师，要封掉一个医生之口还不是易如反掌？
多年后，本案又爆出两宗与派克曼家族有关的事件，或乔奇·贝密斯所称之“派克曼计划”。一是赦免法庭执行委员会的五名成员之一、州议员萨穆尔·伍德在定于1850年7月18日举行的最后一次听证会前，给公诉方的另一位律师、州检察长乔恩·克立夫写了一张条子：
绝密
议员会议
1850年7月17日
朋友克立夫
委员会将向议会提议，于8月30日，星期五，执行韦斯特教授死刑。
你的忠诚的
S·伍德
也就是说，在听证尚未结束之前，委员会已经决定否决被告方的申请。这纸短柬被史学家们认为是乔恩·克立夫涉嫌“派克曼计划”及“策划阴谋的罪证”。
二是，社会上曾流传过一份所谓的“由普特南牧师笔录的韦斯特教授自白”，称韦斯特教授在“自白”中承认，他于1849年11月23日与派克曼博士在化学实验室里因债务发生口角时，失手误伤了对方，凶器就是那根为实验课“木材的性质”做准备的木棍。几乎在《波士顿旅游者报》登出“自白”的当天，其他报纸便以文中数处明显的破绽而一口咬定“这是一场骗局”。后来有证据证明，这场“骗局”的导演者正是几位公诉方的成员和派克曼博士的儿子、律师小乔治·F·派克曼。
1850年8月30日凌晨，夜空刚刚透出一点天光，便有人群开始聚集在列维利街监狱的刑场。到上午9点，刑场上已经人山人海，波士顿警察完全失去了控制。
9点25分，一支小小的队列从监狱方向缓缓走过来，穿过刑场，登上绞刑台。狱卒安德鲁扶住囚犯的胳膊，警官强恩·埃维雷斯伸手整理好罩在囚犯头上的黑色头套，这才转向众人——
“现在，本人以马萨诸塞州的名义，奉马萨诸塞州之命令，对人犯约翰·崴特·韦斯特行刑。愿上帝保佑马萨诸塞州！”
随着一声令人直酸到牙根儿的金属摩擦声，犯人脚底下的活动踏板被猛地抽掉，身子便铅锤般地骤然跌落了8英尺半（合26米），又在空中戛然而止。几秒钟后，放了一个很响的屁，两条腿一阵抽搐，而后渐趋笔直。
尸体在风中荡悠了正好半小时，10点零5分，埃维雷斯警官割断绳索。
据《波士顿旅游者报》报道：“尸体被装进一副极粗劣的棺材……全身上下没有一点走形，看上去与熟睡无异。只有变成酱紫色的肌肤显示出，韦斯特教授死于非命。”
稍后，哈佛大学图书管理员兼历史学家乔恩·思伯黎听韦斯特教授的好友亨利·隆斐洛教授说起，那天早晨，临刑之前，他和哈佛大学校长加尔德·斯巴克斯一起到了韦斯特教授那间6乘8英尺的空徒四壁的牢房。整个过程中，教授闭口不谈他自己的事，“只滔滔不绝地述说他那位早逝的唯一的儿子”。
隆斐洛教授言毕一声长叹：“这是我一生中最痛苦的经历。”
律师们说，要想了解一个人，最简单也最可靠的方法，就是看一看这个人的私人物品细目表。
以下便是韦斯特夫人赫丽叶向萨伏克地区遗嘱检验法庭提交的约翰·韦斯特教授的全部个人财产：化学仪器若干，矿石收藏若干，各类名目书籍几百册，科学论文660篇，音乐文献几百份，长笛一支，钢琴曲谱102页（没有钢琴），坛装酒满满一地窖，和与约纳斯·崴萨先生签署的花园街22号住房租赁合同（年租金200美元）一份。
自韦斯特教授被捕之后，尽管他的两个女儿玛莉安和赫丽叶分别找了份教授绘画和音乐的工作，家里一直是入不敷出，全靠朋友们接济。教授被处死后，周遭的人们再次慷慨解囊。据主持这项工作的威廉·阿勃顿先生说，替韦斯特家募捐并不难，他曾有一次半天就募到了4000多美元。到1850年9月底，韦斯特母女一共收到各类捐款2万多美元，相当于教授生前10余年的工资。据说其中有500美元是派克曼博士的遗孀依丽莎捐赠的。
三年后，1853年10月，教授夫人赫丽叶·韦斯特因积郁成疾，久病而逝。这时，也叫赫丽叶·韦斯特的三女儿已经出嫁，玛莉安·韦斯特遂带着最小的妹妹凯瑟琳远渡重洋，到亚速尔群岛的法雅尔投奔了她们的姐姐莎拉。约翰·韦斯特教授是家中的独子，从此，韦斯特家族的这一支便从波士顿的版图上抹掉了。
伊弗任·利托菲尔德如愿以偿，获得了派克曼家族的3000美元赏金。
也是在19世纪50年代初期，英国作家查尔斯·狄更斯再次造访波士顿时，专程前往哈佛大学医学院查看了本案的“现场”。
时光泻过100多年。1961年，位于波士顿以西40余英里的沃瑟斯特，一幢当地人称为“霍亚故居”的巨宅中珍藏的大量“历史文献”被它的继承人捐献给了“马萨诸塞州州史协会”。一个世纪以前，这栋房子曾经属于名叫艾伯纳·霍亚和乔基·霍亚的两兄弟。艾伯纳是当地有名的律师，后来又做过法官。乔基是“19世纪下半叶马萨诸塞州杰出的国会参议员”。兄弟俩生前与约翰·韦斯特教授的辩护律师爱德华·索耶尔过往甚密，堪称至交。