1946年7月，从国民党新疆省出狱的中共中央候补委员马明方回到陕甘宁边区。11月，中共中央任命马明方为中央西北局副书记。此时国民党蒋介石集团发动的内战已全面爆发。：在此后的数年间里，在中共中央和毛泽东主席的直接领导下，马明方协助党在西北的主要领导人彭德怀、贺龙、习仲勋、林伯渠，全面地领导了保卫陕甘宁解放区和解放陕甘宁国民党统治区的艰苦斗争，为党和人民建树了新的功勋。
侵占陕甘宁边区，夺取延安，是蒋介石集团发动内战的重要战略目标之一。1946年8月2日，国民党空军轰炸延安。到了10月间，集结在边区南、西、北三面的敌军已达8个师、23个旅、15个保安团、2个空军大队、2个独立炮兵团、2个工兵团、1个装甲兵团，进犯解放区的大小战斗达70余次之多，大有“黑云压城城欲摧”之势。在此严峻的形势下，中共中央书记处于11月9日决定，在延安的党政军民中公开动员保卫延安，一切笨重器材在一两个月内疏散完毕。11日，中共中央召集干部大会，朱德、刘少奇、彭德怀、杨尚昆到会讲话，号召动员起来，保卫陕甘宁边区。
遵照中共中央的指示精神，中央西北局在书记习仲勋的主持下，多次召开常委会议讨论形势和战备问题，具体部署保卫边区的各项实际工作。马明方在常委会议上反复强调说：蒋介石集团的总目标是要消灭我们共产党和解放区，不消灭我们共产党和解放区他们是死不瞑目的。我们的方针要针锋相对，坚持保卫解放区，坚持自卫战争。这场战争是定了的，不可避免，问题是我们如何取得胜利，是我们孤立蒋介石，还是我们自己被孤立。要藐视美帝国主义和蒋介石，但不能不重视他，这就要认真备战，要从精神上物质上去积极进行备战。敌人进攻延安的时间不会很远，可能有两三个月的空隙，我们要抓住这个空隙，扎扎实实地做好各项战备工作。解决土地问题是战备工作的重要内容，各地的战备工作必须和土改工作结合起来进行，同时要发动群众搞好生产。这场战争一打起来，可能不是几个月，要有长期打算，节省开支，支持战争。很多地方可以节省，如机关人员可以大减，马匹可以大减。财政开支要通盘计划，周密审查，严格制度和纪律，节省一切可以节省的人力物力和财力，以赢得长期的自卫战争的胜利。
马明方还说：在做好解放区战备工作的同时，还要派干部到宁夏、绥远、甘肃、关中、黄龙、陕南国统区去。整理那里的党组织，改正对“隐蔽”政策的误解，唤醒党员起来积极参加党的工作。要宣传教育群众，组织秘密游击队，注意用群众迫切的口号，组织开展群众运动。要广交朋友，组织广泛的反蒋统一战线。以国统区的人民斗争，来配合解放区的自卫战争。在中共中央直接领导下，陕甘宁边区的战备工作广泛深入地开展了起来。
广大人民群众热烈响应党的号召，积极参加保卫边区的斗争。数千青年争相参军，土地改革运动轰轰烈烈的进行，国民党军的一次次小股侵犯被地方武装和民兵英勇的击溃或消灭，稳扎稳打地夺取自卫战争的胜利。
1946年10月，正当国民党军阴谋闪击延安的时候，国民党陕北保安指挥部副指挥官胡景铎，接受中共中央西北局的指示，在解放区军民的大力配合下，率领5000官兵在横山光荣起义，遂使横山县和榆林县南部的国统区获得解放，建成榆横特区。特区下辖横山、镇川两个县治，胡景铎任特区政务委员会主任。榆横特区地处陕甘宁边区的北端，巩固这个新解放区对于保卫边区北境的安全甚为重要，因此西北局十分重视这个解放新区的巩固工作。
1946年10月底到11月初，西北局常委会议多次讨论榆横新区的工作问题。遂形成关于榆横新区工作的指示。
1947年1月4日至7日，西北局连续四天召开常委会议，专题讨论榆横新区的工作问题。马明方说：巩固榆横新解放区，这包含着两种意义，一是在新区放手发动群众，解决土地问题，建立群众自己的武装，改造乡政权；一是用一切力量开展榆属国统区的工作，继续解决榆林问题，否则新区仍有随时被敌人侵扰和侵犯的危险，不要以为只要把新区群众发动起来便万事大吉。党的特委在对内对外工作的领导上，应以四分力量用之于内部，大部力量用之于外部，并积极改正前一两个月对外工作有所放松的缺点。西北局常委会议还重点讨论了胡景铎起义部队的整训问题。马明方说：胡景铎部能在内战全面爆发后率先接受我们党的号召，反对内战，光荣起义，说明这个部队是好的。我们准备用3个月时间整训提高这个部队。大体看来，在整训中，除了很少的人需要审查注意外，不需要提什么如“肃反”的口号，主要是进行政治思想教育，讲解八路军的作风纪律和党的各项具体政策，提高官兵的政治觉悟。要十分重视对胡景铎的培养，使之成为对内对外团结这个部队的核心人物。我们派到这个部队里去工作的同志，要把自己的位置摆正确，摆适当，否则就会引起部队的反感，在新同志和党外人员中造成不好的影响。
西北局撤出延安后，马明方于5月21日主持召开西北局后方工作委员会会议，讨论了榆横特区坚持游击战争的问题。
陇东分区是陕甘宁边区通过征购地主土地的办法进行土地改革的试办地区，中共中央和边区领导机关派了一大批干部在这里进行试办工作。1947年2月5日，中共陇东地委报告西北局：到1月底，庆阳、合水、镇原等3个县33个乡的征购土地工作大体结束，共征购和献地56823亩，9080户无地和少地的农民分得了土地。为了加强对土改工作的领导，马明方带着西北局2月10日对陇东土地征购工作的指示到庆阳，对陇东分区的工作进行视察和具体指导。
2月17日，马明方在中共陇东地委会议上强调指出：慎重的对待富农，实际上是巩固联合中农的问题。我们的目标是消灭封建剥削制度，割掉富农的封建剥削尾巴和消灭封建剥削制度在目标上是一致的。但是不能过重打击富农，当群众要求动富农土地时，以不致引起中农恐慌为原则，倘若因动富农土地而遭到中农反对，那就要迅即检讨我们对待富农的政策。富农打击过重，就会使富农走向地主方面，并使中农恐慌，而孤立我们自己。
但是正当陇东分区的土地改革运动深入发展的时候，国民党军于2月28日进犯陇东，3月2日侵占了庆阳和合水。马明方随中共陇东地委机关转移到庆阳以北的广大农村，协助地委领导陇东分区的自卫游击战争。
他强调指出：（一）敌人占了城镇，我们还有广大农村，只要我们适应这个变化，积极组织整顿地方武装，广泛开展游击战争，改变党政组织形式，发动群众整顿后方勤务工作，努力支援前线，形势会起变化的，而且愈往后形势变化愈有利我们。（二）在战争的环境下，要利用一切机会解决土地问题。战争动员的关键还在于土地问题的解决。在乡村，坚持游击战争与解决土地问题是当前的最主要工作。（三）战争才开了个头，艰苦的战争还在后头。我们的一些地方可能被敌人占领，一些地方可能变成游击区。但群众是向着我们的，最后胜利是我们的。要教育干部树立起这个信心。（四）对于敌人编的“保甲”，能打垮的就设法打垮，一时打不垮的，可争取其“明顺曹操，暗顺刘备”，为我所用。
同时，马明方还对战争以来的陇东分区领导工作中存在的问题进行了调查。3月12日，马明方在给西北局的电报中提出：（一）这次敌人侵入庆阳、合水，一下暴露了我们工作中许多严重的缺点。（二）其主要的原因在于地方党政的工作不确实，干部命令主义的工作方式在各种借口、各种形式的掩护下存在着。3月18日，西北局作出关于加强陇东地委的决定，指出“这次战争暴露出来的极多弱点，证明陇东工作没有认真转变，已不能适应新的战争环境，陇东地委是有责任的”，决定调整分区党政军的主要领导人员。
3月下旬到4月上旬，马明方帮助陇东地委认真总结已往工作的经验教训并向西北局作了报告，西北局于4月12日转发了这个报告。报告说：陇东地委领导作了初步的检讨，以往的工作主要缺点是：1、本位主义，不忠实执行地委的决定，党的一元化领导实际未做到。2、地委各委员对于全局工作不关心，地委的主要负责者亦未尽到克服与纠正之责，致使集中领导、各负专责的效果很差。3、严格检查工作的制度未建立，对党政基层组织执行党的指示的效果很少注意，下面的情况不能很好了解，地委的决定往往不能贯彻到实际工作中去。因为领导上有严重的官僚主义作风，致使实际工作中存在着严重的问题。
战争教育了人。从分区领导到基层，陇东的干部作风转变了，一面坚持游击战争，一面坚持土地改革和生产、战勤工作的动员，不断取得胜利。
1947年3月19日，中共中央西北局随中央主动撤出延安，转移到延安以北的广大农村，继续全面领导边区的各项工作。
西北局撤出延安后，为适应战争环境，正式分设为“前敌委员会”和“后方工作委员会”两部分。前委以习仲勋为书记，与彭德怀为司令员兼政委的西北野战军总部一起行动，习仲勋也是西野的副政委。后委以马明方为书记，林伯渠、王维舟、贾拓夫、周兴为成员，负责地方工作和军队的粮草被服等。
4月底，马明方从陇东北上抵达安塞农村，主持西北局后委的工作。在一个多月时问里，马明方利用战斗的空隙，主持召开了十多次后委会议，讨论部署撤出延安后的地方工作。随同毛主席转战陕北，参与指挥全国解放战争的中共中央政治局委员、书记处书记、中央军委副主席兼代总参谋长的周恩来，中共中央宣传部部长陆定一，也参加了其中的几次会议，作了重要指示。马明方在每次会议上都有发言，综合起来主要是：（一）我们陕甘宁边区十年来处于相对的和平环境中，在思想上，从西北局到下边，“打出去”的思想占主导地位，对敌人打进来估计不足，准备不足。在作风上，工作不深入，不踏实，形式主义，命令主义，脱离群众。（二）这次战争是长期的艰苦的，西北党要经得起这个考验，要一切从“长期、困难”四个字重新准备起。我们有困难，敌人也有困难。我们的困难能够克服，而敌人的困难是无法克服的，因为他们与人民大众是根本对立的。（三）努力扩大武装力量，扩大西北人民解放军。要做到干部四分之一到三分之一参军，党员十分之一到十分之二参军。要建立发展地方兵团，开展广泛的群众性游击战争。（四）创造比较巩固的后方。这一方面要靠主力部队作战，一方面也要靠我们自己去努力工作。现有的这一大块后方要尽量保存之，加强横山、靖边、吴旗、志丹、华池、安塞、子长等县的工作。后方的任何人员都要担负生产任务，这要成为测量后方工作人员负责与否的标准之一。要在河东山西建立小后方，派人以西北局、边区政府、联防司令部的名义去河东进行整理。（五）做好反奸保安工作。反奸应区别主从，经过群众，避免单纯的行政处理。保安工作要加强，但不能“左”。保安工作已有十多年历史，中间发生过“左”和右，一“左”便要错杀人，遗害就大。（六）开展敌占区的工作。这个地域内的党员干部大部分要上游击队去，一部分可以群众面目出现进行秘密活动，凡敌要群众办理的手续，如加入三民主义青年团、宣誓等，可以允许参加。在此期问，后委还以西北局的名义发出了《关于目前边区战争形势与党的任务的指示》、《关于目前敌军工作的指示》、《关于扩大西北人民解放军的决定》等重要文件，指导各地的工作顺利开展。
6月15日，毛泽东为中共中央军委起草的致林伯渠、王维舟并告彭德怀、习仲勋、马明方、叶剑英、杨尚昆的电报指出：“敌之‘清剿’，主要在骚扰我区，捉走壮丁。据我们经验，只要我们采取积极态度，坚持反‘清剿’斗争，即使是十数人的游击队，经常保持与敌接触，也可使敌踌躇不敢冒进，或者据山筑工，不敢下沟捉人。这样，既可迟敌前进，便我掩护群众及机关转移，又可阻敌骚扰，减少群众及机关损失。”遵照中央的指示精神，西北局于6月18日发出《关于粉碎敌军“清剿”的指示》，对全区的反“清剿”斗争作了具体的部署。7月21日至23日，中共中央在靖边县小河村召开前委扩大会议，研究人民解放军战略进攻阶段各解放区配合作战等问题。会后，毛泽东召集彭德怀、贺龙、习仲勋、马明方、贾拓夫开了三天会，检讨工作，决定河东、河西统一后方工作由贺龙负责，习仲勋回后方工作。并决定西北野战军向榆林行动。至此，西北局的前委、后委合在一处了。
1947年6月初，马明方指导中共绥德地委召开干部会议，讨论了土地改革等问题。6月10日，马明方亲自动手向中央写了书面报告。报告说：绥德分区的土地问题，据已知道的情况，有下列几个问题：甲、把阶级成分弄错了，因土地不够分配，就勉强把中农当做富农、富农当做地主，引起富农中农的不满。乙、有些地方提出“有仇报仇，有怨报怨”的口号，混淆斗争对象，分散革命力量，引起农民间许多纠纷，造成农民内部的不团结。丙、没收地主土豪家财时，群众未曾发动起来，党、政、军代替包办，二流子大出风头，变为积极分子，欺骗干部，从中发财。丁、分配土地时，干部多得地，得好地。戊、干部参加打土豪，刨窨子，私人拿东西，机关也没收东西，造成与民争财和群众对立的现象，党、政、军的威信降低了，杨家沟的群众曾提出要开除区委书记的党籍并捆打干部。周恩来仔细批阅了马明方的这个报告。
1947年秋冬，西北局派出一大批干部组成工作团，帮助绥德分区各县进行土地改革工作，并一再指示地委要注意防止“左”的倾向和做法。
1948年1月19日，习仲勋、马明方致电绥德地委：“在土改过程中，对参加三三制的党外人士应慎重处理，县以上非党人士的处理务由地委提出意见经西北局批准，县以下及小学教员中的非党人，士须经地委批准后，才能处理。”3月26日，习仲勋和马明方再次指示绥德地委：“凡错订成分，把中农错作富农斗了的，必须彻底改正，一家也不要错了。凡改正错误不彻底的地方，必须继续改正，不要说春耕已到而终止，争取在最短时间内彻底清理，才能使群众安心生产。”4月4日，习仲勋和马明方又给绥德地委负责人写信，指示坚决纠正土地改革中“左”的错误。信中说：“米脂土改中错斗了不少中农，这是一件大事情，必须认真改订成分，退还错误拿出的土地和财产。本人财物已变卖或消耗的，应以其他斗争果实赔偿，暂时无法赔偿的可采取借贷方式处理。纠正‘左’偏，应采取坚决的态度和切合实际的步骤，一般提出‘秋后解决’还不妥当，应根据现有干部力量，先从突出的区乡开始，对被错斗的人，改订成分，退还土地财物，有些土地应该退还但分得人已种上的，应采取由种地人收割后再退还并给出租子等办法，使双方都不太吃亏。对斗得不错但斗得过火的，亦必须注意纠正。对斗了的地主必须使其能维持起码的生活，并须领导和帮助他们参加生产，使其逐渐获得生产技能，依靠劳动生活。纠偏中忽略了这一方面，也是不对的。”
三边分区的西面是宁夏回族地区，北面是绥远蒙族地区，全分区的民族工作任务本来就比较重。自卫战争开始以后，三边分区的一部分地方又几度被国民党宁夏的马家军所侵占，这就使这个分区的民族工作更为复杂、艰巨。因此，西北局对三边工作的指导特别强调要严格执行党的民族政策。
1947年7月，中共三边地委决定整理党在宁夏的工作。29日，习仲勋和马明方致电中共三边地委指出：三边收复后，西北野战军主力部队将北上榆林，这就为开展伊克昭盟蒙族工作创造了极为有利的形势，三边要借此机会大力争取伊盟的广大军民，除对个别首要反动分子发动蒙人进行斗争予以镇压外，对于在敌占期间一时动摇而投敌的分子均应坚持争取的方针，耐心教育，消除其顾虑，增强其胜利信心，告诉他们同敌斗争的方法，争取他们同我们共同反对蒋介石，为实现蒙人自治进行斗争。为此，必须用大力扩大蒙汉游击支队，并加强对蒙人自治会的领导。
同一期间，鄂托克旗的蒙人自发的兴起了“独立运动”。8月3日，习仲勋和马明方致电中共三边地委，要求地委以大力支持和领导这个运动。电报指出：务求此一运动及广泛开展，尤应注意与蒙人当前迫切的经济斗争配合起来。为求得这一运动的开展，务须对赞成这一运动的失意蒙官采取联合方针，利用其推广这一运动，但其斗争的领导权要绝对掌握在积极可靠的平民手中，并注意建立武装力量，实行蒙人自治。
三边有一支蒙族部队叫“西乌鄂旗部队”。为了巩固这支民族部队，习仲勋和马明方于8月29日致电中共三边地委，指出：为巩固西乌鄂旗部队，一要注意巩固内部，把不稳分子清洗出去；二要切实解决其粮、款、穿衣等问题，一切供应均由我们负责，原则是小处放宽，大处（政治方面）抓紧；三，如果该部问题严重，可调到靖边附近，或靠近我主力部队，酌加整顿。
随着三边分区自卫战争的不断胜利，敌占区的大部收复，三边的民族工作出现了新的形势。西北局于1948年6月17日至19日，先后召开了两次常委会和一次城工委委员会议，专门讨论伊盟工作问题。
马明方在这些会议上说：
（一）我们党今天在伊盟的总方针是蒙汉联合，团结伊盟各阶层，组成广泛的反蒋统一战线，以便达到整个伊盟的解放和自治。在此方针下，在已解放的地区进行一些蒙人内部的改良工作是必要的，但这是属于统一战线内部斗争问题，应该适当地、有尺度地、有分别地、有步骤地去进行，任何过早、过“左”的做法，都会脱离蒙古群众，使我们自己陷于孤立，并造成我们工作中的困难。
（二）在我们已解放的地区，应成立蒙汉联合的自治政务委员会，吸收在群众中有威信的蒙汉进步分子，包括王公等上层分子参加工作。提倡蒙汉平等、蒙汉合作，尊重蒙人的自治权益，防止汉族干部包办代替。
（三）在蒙人中发展党员和培养干部。应该特别强调指出的是在自卫战争中，蒙人党员和干部起了很好的作用，应把蒙人中的进步分子、优秀青年吸收到党内来。
（四）在蒙旗境内暂不实行土改，只在王公私有地、召庙地、蒙人户口地等土地集中的地区实行减租交租政策。伊盟全境解放后，遵照毛泽东主席1949年10月24日指示，经中共中央华北局和西北局商议，伊盟划归绥远省领导。
中共中央西北局撤出延安后，相当长一段时间驻在延属分区北部几个县的农村，因此西北局对延属的工作多是面对面的直接指导。
撤出延安后，边区级机关的一大批干部在安塞县区乡工作。1947年5月1日，马明方主持召开西北局后委会议，在总结发言中着重讲了区乡开展游击活动和组织生产的问题。他说：每个乡可以组织几个不脱产的游击小组，实行劳武结合，一面掩护群众生产和掩护工作人员工作，一面参加生产劳动。生产是关系战争胜败的大事，全体党政干部都要下乡组织生产，参加生产，从县委书记和县长到乡支书和乡长，都要在这方面以身作则。
7月11日，马明方主持召开西北局后委会议，听取中共延属地委书记李景膺关于反“清剿”斗争情况的汇报。他指出：敌人的“清剿”办法已有了一些变化，以“怀柔”欺骗群众，因此我们的反“清剿”办法也要有变化，除了组织群众转移外，要采取各种办法加强宣传工作，用事实揭破敌人的阴谋和欺骗，并大力组织群众生产，救济灾民，解决群众的实际困难。
12月中旬，中共延属地委召开土改工作会议，马明方到会指导并讲话。23日，他写信报告习仲勋：延属土改中犯了“左”的错误，斗了好多中农、富裕中农、新富农和干部家属，“左”的行动使农民怀疑我们党对劳动起家的农民究竟持何政策，显然影响他们的生产情绪，影响工商业者的营业。这是一个失常的情况，必须引起注意，否则发展生产就会遇到更多困难。地委准备用全力领导春耕生产，斗错了的一律平反，退还错没收的全部财产财物。
1948年春耕开始后，马明方到延川县城市区检查生产。3月14日，他到第六乡检查，向乡支部书记问了一些基本情况：“你乡有多少户”？“全乡有多少军工属”？“全乡共有多少地”？“你亲自参加哪个村的生产动员会，群众提出些什么问题？有几户没地的，没地的户怎样和别人伙种”？等等。对于这些基本的情况，乡支书都未能具体的回答上来。马明方说：“你是只把上边的指示传达下去，没根据下边实际情况和群众商量具体问题。”《延川报》和《群众日报》先后以“西北局马副书记和刘支书谈生产”为题，刊登了这次谈话的记录，号召干部加强对生产的具体领导，纠正不踏实的工作作风。
黄龙地区是陕甘宁边区南面东部的国民党统治区，蒋介石反动集团长期在这里集驻重兵，对解放区实行封锁和侵扰。另一方面，中共黄龙特委领导的地下组织也有相当的力量，党员800多名，游击队员2000多人。因此，内战一爆发西北局就把开辟黄龙新区的任务提到了议事日程上。
1947年5月，西北局后委将中共黄龙特委“桌儿山会议”记录报送中央。根据周恩来的审阅批示，马明方向黄龙特委转达了以下三条指示：（一）鉴于过去多次经验，我们在蒋管区工作的开展，主要依靠人民游击战争的自力更生，野战军只能在消灭敌人正规军、打开局面方面给以推动，而且更要估计到野战军不会永远在一个地区行动的，敌人在我主力军走后也会再来的，故必须经过多次的反复，游击根据地才能变成巩固的解放区。因此一切武装工作，党的组织均须服从这一形势的发展而规定它的斗争形式和组织形式。（二）从特委的报告中也可看出，统战的对象、策略与斗争，仍应予以极大的注意。必须清楚，统战阵营也包括民族资产阶级与开明士绅，但他们究竟是上层人士，其动摇性是不可避免的。故与他们这一类人联络反对蒋介石胡宗南，必须有联合又有斗争，不要怕他们不来，斗走后碰了反动压力又会回来的。（三）游击队仍应以劳动人民为基本成分。从敌军来的士兵，如经过战斗考验，应欢迎其中成绩好的入党，并提升之。成绩不佳的游击队，如纪律不好，战斗不行，应以得力的领导同志自己下去领导改变作风。
为配合西野南下作战，西北局多次召开常委会议，讨论党在黄龙地区的各项工作。马明方在每次会议上都作了重要发言，突出强调：（一）黄龙党的工作应放在自己进行艰苦工作的基础上。不论主力部队是否去黄龙，黄龙的党应有信心在黄龙创造建立根据地。不向此努力就会犯错误。（二）用大力做群众工作。全体干部都要做群众工作，其中绝大部分要跟游击队去做发动群众斗争的工作，这样做，一方面发动了群众，反过来又改造发展了游击队，才能使我们的工作在群众中生根，才能使游击队成为群众的武装，游击队的一切问题才可以得到解决。游击队如无群众工作，则打仗打不胜，巩固发展也很困难。（三）注意策略争取最大多数。争取各阶层人士对我同情或中立，这个工作做得越广泛越好。争取过去反对过我们的人，至少不要使他们害怕我们。对学生教员一律采取争取政策，哪怕是三青团员国民党员只要不是特务或有反动行为，仍要给以工作。就是特务也要分别胁从的，对这种人还是争取。工商业，除反革命分子办的予以没收外，其余一律采取保护的政策。（四）黄龙的游击队已有三几千人，可组成3个团。主力部队转移后更需要有这些地方部队，打击出援之敌，巩固自己。
1948年1月，黄龙分区的党政军领导机关成立。3月，西野取得宜川战役的胜利，歼敌3万多，黄龙地区各县相继解放。黄龙新区和关中分区连成了一片。
在西北局分设为前委和后委的时候，关中分区归前委指挥。到1947年冬，关中分区收复了绝大部分被敌侵占的地区。
1948年春，在西北野战军即将转入外线作战的时候，西北局于2月1日将对黄龙工作的七条指示，转发中共关中地委，要求按其部署关中的工作。
4月16日，西北野战军从关中分区马栏出发，出击西府国民党统治区。同时成立了西府分区的党政军领导机构。经过半月激战，解放了宝鸡等10座县城。5月12日，西野与西府分区领机构撤回关中解放区，已解放的西府国统区再入敌手。为了部署西府的下步工作，贺龙、习仲勋、马明方于6月26日、29日致电西府地委和关中地委，指示：（一）西府目前的中心任务是积蓄力量，争取群众并壮大群众，克服困难，争取好转，而不是等待好转。改变前时期公开的组织形式与斗争方式，务求能够荫蔽和存在，凡已公开不能立足进行活动的干部均应有计划的撤退，建立各地新的领导核心，积极准备武装活动。（二）留在西府的游击队应配备坚强干部领导，化整为零活动，行动无踪，飘忽不定，使敌不易合围和奔袭。这一时期游击队的主要任务不是打仗，而是做群众工作，不是急求发展，而是保存有生力量，一切盲目的乱窜和拼命主义都是错误的。（三）游击区的保甲组织不宜过早摧毁，即在较巩固的游击区亦不宜取消保甲建立乡村民主政权，否则流于形式，或新旧脱节，与我不利。但对乡保中的特务反动分子要积极地发动群众与之斗争，以至从保甲中驱逐出去。（四）对游击区的地方团队和灰色武装应独立自主的进行统战工作，只打其中最反动的个别部分，不要过多树敌，不要过分要求一切同情我们的力量都马上跟我们来，这样都会孤立我们自己，只要你今天不打我，我今天还要坚持合作，切记我们自己不把门堵死。（五）杀人要特别慎重，严禁密杀，处决任何一个反革命分子必须经过群众审判并宣布其罪状，杀人要事先报告地委审查批准。
9月7日，西北局再次致电西府地委，批评了“不怕暴露”的错误方针，郑重指出：这个方针一出，必然会引起下面工作中的盲动主义与拼命主义，领导上要注意纠正与防止这种偏向，应在反蒋反美、抗差、抗款的口号下，发动与组织各阶层广大群众向蒋胡统治作斗争，所以不仅应着重发动基本群众，而且亦应向地富进行工作。在敌反复“清剿”、群众未发动起来、我们游击队的力量弱小的情况下，只能利用旧保甲或搞革命的两面政权，绝不能建立我们的民主政权，否则便是冒险，使群众遭受本可避免的损失，或给坏人以可乘之机，使其取得合法地位，而对我游击队则无任何好处。从此，西府分区党的工作步人了健康发展的道路，为西府国统区的最后解放做了各方面的准备。
在西北野战军取得宜川战役的重大胜利，并乘胜出击西府国统区的形势下，孤守延安的胡宗南部于1948年4月21日晨仓皇逃出延安，向西安溃退。4月24日，马明方、王维舟、周兴率领一部分工作人员，从陕北北部回到延安，指导先行回延安的延属分区领导机关进行接收工作。
5月4日，延安万人集会隆重庆祝延安光复，马明方出席会议并讲话。他说：民主圣地延安的收复，标志着蒋匪法西斯统治在全国范围内，将要被人民力量完全打垮，而建立全国范围的民主联合政府。记得去年此时，蒋匪侵入延安之后，蒋匪及其反动的官僚们，曾经冲昏了头脑，以为从此可以长期统治西北，安然压榨人民。美国的银行老板和白宫的大官僚们，也沾沾自喜，以为我国这块土地，又可以变成他们的殖民地了。甚至蒋贼还把去年3月“克服延安”在猪仔国大报功，夸耀这是他在“一年半的时间”“达成了两个重要战略目标”之中的第一个。可是仅仅一年一月零三天，延安就为我们光复了，这就给蒋介石打了一个十分清脆的耳光。从蒋匪侵占延安的累累罪行可以完全看清蒋匪对中国人民统治的本质，摧残破坏，欺骗与屠杀。因此，中国人民只有打倒蒋匪及其封建法西斯制度，才有活路。蒋匪及其封建法西斯制度，是和中国人民不能相容的，人民力量是无限强大的，中国人民在共产党、毛主席领导下，一定能打倒与推翻蒋介石政权而建设人民自治的新民主主义政权。光复延安以后的首要任务是发展生产恢复建设，并在一二年内恢复到战前水平。
延安光复后，中共中央西北局突出抓了干部学习，为解放大西北准备干部。
1948年7月1日，西北局发出《关于在职干部学习的指示》，并在延安召开学习动员大会，号召党员干部加紧学习，掌握政策，坚决执行中央的路线，迎接解放大西北的胜利。习仲勋、林伯渠、贺龙、马明方先后在大会上讲了话。马明方在讲话中着重对党员干部中存在的个人主义、自由主义、命令主义等不良思想倾向进行了深刻分析，号召通过理论学习，提高思想觉悟，克服各种不良的思想倾向。他说：个人主义，表现在个人方面的是计较名誉地位的得失，比资格比历史，总觉得党没有提拔自己，责己宽，责人严，牢骚满腹；表现在工作方面就成为本位主义，只顾本部门的需要，不顾全体利益，不顾党的政策和政府的法令；表现在军队中发展到高峰就成为军阀主义，不执行命令，忽视政治工作，打骂成为制度。至于自由主义则是个人主义的亲生子，其表现为随风转舵，看人说话，事不关己高高挂起，当面不讲背后谈，马马虎虎，对对付付；对事对人没有明确原则，不能给同志以思想政策上的指导，更不能帮助同志克服错误。特别普遍严重的是命令主义，表现在工作方式上简单，不耐心说服群众，不细心向群众解释，没有民主作风，不和群众商量，独断独行，没有高度为人民服务的精神，甚至捆打群众造成和群众的对立。这些都是党性不纯的表现，必须在这次学习中彻底加以纠正。此后马明方两次主持召开学习汇报会，要求在学习中和教条主义、经验主义的学习方法作斗争，以期达到改造思想和改进工作的目的。
他在9月22日的学习汇报会上说：（一）各单位在学习中要根据各自的具体情况，各有重点的学习西北局指定的文件，并针对本单位存在的主要问题进行检查。文件要精读，不精读文件就急于检查，学习一定搞不好，检查也会不深刻。（二）开展批评和自我批评是思想检查的主要方法，但现在仍有相当多的同志在这方面存在着各种错误态度，这是提高觉悟改进工作的思想障碍，克服它才能把学习继续引向前进。（三）首长负责制是搞好学习的关键，但它不在于首长和大家一起开会学习、读文件等这些形式，而在于首长在实际的思想领导作用，引导群众向正确的方向发展。（四）开展批评和自我批评要力求全面，实事求是，要反对片面，夸大等不解决任何问题的唯心主义的批评和自我批评。
这次干部学习运动12月底结束，成效显著，为迎接大西北解放做了思想上的充分准备。