正当全国刚刚渡过三年严重困难，经济形势开始全面好转的时候，1966年5月，一场史无前例的震撼中外的“文化大革命”风暴，在中国的大地上铺天盖地而来。大批久经考验，为中国革命和社会主义建设事业做出重大贡献的干部受到无情打击，残酷斗争，被打倒、被关押、被流放甚至被迫害致死，马明方就是其中的一个。
马明方同其他许多同志一样，对“无产阶级文化大革命”是很不理解的。他出于对毛泽东主席的信赖，在“文革”初期，还是积极宣传和执行了中央的决定。他向东北局机关干部传达《五一六通知》时，对于“通知”中关于中央和中央各机关，各省、市、自治区都有一批反党反社会主义的资产阶级代表人物的论断是有保留意见的，所以在传达原文之后又解释说：“资产阶级代表人物有就有，没有就没有”。而这个解释后来就成为他“反对毛主席”的罪状之一。在运动初期，马明方根据中央“通知”精神，把运动控制在“五界十三行”的范围内，主张派工作组进驻大专院校，指导运动；主张大字报不上街，内外有别。他按照中央《十六条》决定精神，主张文斗，反对武斗。他认为绝大多数干部是好的或比较好的，反对把干部一棍子打死。他在接见抚顺煤矿工人代表时说，“张国焘搞肃反，杀害了大批优秀共产党员；王明对干部实行残酷斗争，无情打击，使中国革命遭受重大挫折。历史的教训是不能忘记的。”而这一切后来又被当作执行了资产阶级反动路线，破坏“文化大革命”而受到批判。他过去在工作中的许多正确观点、正确主张被说成是修正主义，甚至把他在新疆狱中坚贞不屈，英勇斗争的历史，歪曲成“叛变革命”。说他是“大叛徒”、“活特务”。马明方那时已经是60多岁的人了，又患有多种疾病，每天忍受着巨大的苦痛，眼睁睁地看着许多同志受到残酷斗争，无情打击，在肉体和人格上备受凌辱和折磨。他自己自然也不能例外。此情此景，真是不堪回首。
1967年10月6日，在林彪、江青一伙的授意下，《辽宁日报》在头版头条发表了《打倒马明方》的社论。在二三版上发表了《马明方的反革命真面目》的长文。社论和文章捏造、诬蔑马明方“是一个卑鄙无耻，罪行累累的大叛徒”，“是牛鬼蛇神在党内的代理人”，“是彭高饶反党联盟的死党和漏网分子”，“是疯狂镇压无产阶级文化大革命的刽子手”，“是一个彻头彻尾的反革命修正主义分子”，“是党内最大一小撮走资本主义道路当权派篡党、篡政、篡军的一员干将”，“是东北地区党内走资本主义道路当权派的一个大头目”，“是党和人民的死敌”，“是个十足的死心塌地老牌反党分子”，“是埋在党内的一颗定时炸弹”，“是全辽宁人民不共戴天的死敌，全东北人民不共戴天的死敌，全中国人民不共戴天的死敌”，帽子之大，罪名之多，言词之毒，用心之险，攻击之狠，可谓无所不用其极。一个长期献身于无产阶级革命事业，当时是中共中央委员、中共中央东北局第三书记、“文革”初期周恩来在接见群众组织代表时称为“老实人”、“同高岗问题没有牵连”的马明方，就这样被打倒了！这篇社论，对当时运动起了特别恶劣的作用和影响，使东北地区本来已经十分混乱的局面，更加一发不可收拾。
1967年11月，马明方被送往北京卫戍区，秘密关押达8年之久，备受凌辱和摧残，终于含冤而死。
马明方被关押审查期间，林彪的死党吴法宪任专案组组长，直接受康生的领导。为什么要关押审查马明方呢？因为他在新疆坐过敌人的监牢。同时坐牢的100多人也被列入审查名单。由于马明方职务最高，所以叫做“新疆马明方叛徒集团案”。罪已加，性已定，人已抓，但事实呢？没有。于是成立“马明方专案组”去搜罗“罪证”。办案人员经过外调，在新疆敌伪档案中发现了这样的记载：马明方等人“素性刁顽，平日在狱中分开小组会议，学唱国际歌，并要求发还马列书籍，无理滋事，已非一次”；“劝其投诚，然结果均仍执迷不悟”，“顽冥异常”。曾任国民党新疆省主席的张治中在1967年8月16日写给毛泽东的信中附的《我的经历事实简述》中，也记述了马明方等在新疆狱中的表现。他说：马明方等同志“在党中央、毛主席教导下，觉悟高，组织好，纪律好，被反动派关在监牢里，始终坚贞不屈”，是“经得起残酷考验的”。当办案人员将这些材料向吴法宪汇报时，吴法宪暴跳起来，说：“搞专案不要被敌人同化了”。“现在要突击审讯，要他口供。有口供就可以定案”。于是，他们对马明方大搞逼供，拳打脚踢，什么“喷气式”、“燕儿飞天”，用尽非人刑罚。但是马明方面对林彪、江青一伙的残酷迫害，铮铮铁骨，宁折不弯。
康生等人对马明方等同志在新疆狱中的斗争和出狱经过本来是完全清楚的，但他们指示专案组一面隐匿马明方等同志对敌英勇斗争的证据材料不呈报毛泽东和周恩来，另一方面又录用叛徒徐梦秋和国民党政府特派新疆审判团书记官郑大纶等人按他们的旨意编造的假供，逼迫受审查的同志承认。1968年6月1日下午，康生亲自接见马明方专案组人员，无中生有地把马明方定案为敌性。他说：“新疆这个案子，1943年向敌人自首，1945、 1946年烧毁口供，再向敌人、自首，回延安和张治中合伙欺骗党，篡夺党政军的领导地位，这个案子基本是敌我矛盾”。他还说：“马明方、方志纯、张子意是首罪分子”，“这些人不仅是集体欺骗，而且和张治中一道合伙欺骗我们党，投敌叛变”；“这是跟国民党勾结起来，有组织、有计划地隐瞒、潜伏、欺骗党，有计划地搞内奸”。很明显，康生等人把矛头指向代表党营救马明方等同志出狱的周恩来同志。下面引用1973年12月3日马明方在被关押期间写给周恩来的信，来看林彪、江青反革命集团是怎样残害马明方的
恩来总理：
我在新疆狱中的问题，1968年就想写信说明，又因我不愿意打扰你，一直等待专案组的处理。现在已至无可奈何，我不得不将几年来审讯的经过，给你作一次报告。最好请你派人来，了解多方面的情形，参加对我的审讯，以便能够依据我在新疆狱中的客观实在情形，把我的问题早日得到处理。……
我1967年10月到此，先向专案组交待了在新疆狱中填表和对敌斗争经过，先把这两个问题分别说一下，再讲其他。
我在狱中填的表和专案组的修改
我在狱中填的是八路军工作人员，专案组得到敌人的一个名册上也承认我是军人。但是，在1967年审讯开始和1968年一二月审讯末期，三番五次硬要改成中共党员。我填的是信仰共产主义，也愿为实现三民主义而奋斗。但是，硬要去掉信仰共产主义，只留下愿为实现三民主义而奋斗。过了几天，又将愿为实现三民主义而奋斗改成信仰三民主义。这样，将我由信仰共产主义，一变再变，变成共产主义的叛徒，还强加了一些不三不四的话。
在狱中的对敌斗争和专案组的意见
我在狱中对敌人进行了必要的坚决的斗争。我参加了绝食斗争；我们对敌人进行了集体抗议。我填了信仰共产主义的表格，敌人荷枪实弹以枪口对准我，我向謦人作了严正的抗议，我在索维仁（第二监狱处处长）等几人审问毒打我的时候，索维仁辱骂八路军，歪曲我党政策，我一句话也没有放过对敌人的驳斥。
专案组的负责者说：索维仁不够法官的资格，那个时候挨打的不是你一人。我说，够也罢，不够也罢，实际情形就是我给你们写的材料所说的那样。如果我是叛徒，敌人为什么喜欢打叛徒呢？我又为什么敢于给敌人以严正的驳斥？专案组对此一直不加可否，连听都不愿听一下？……
1968年的审讯，按审讯情形说来，又分三个不同的阶段。
三天的车轮战
1968年1月间，开始了午前、午后、晚上一日三审。问的问题是新疆有人控告我叛变，说我在第一监狱没有审讯是不可能的。我说，我在新疆没有做过勾勾搭搭见不得人的事；我在第一监狱没有被审问过，审讯就是审讯了，没有审讯就是没有审讯，没有审讯怎能说成审讯了呢？我不能请求审讯。一次他们（指专案组）来了，一进门就叫我站起来，然后盯着我绕了一个圈子，我说你们轮班审讯，我要求停止一晚，未允许。过来过去，总想要我把这两个问题承认下来。
20天的清醒头脑
接着进行了一场开国以来审讯史上少有的事情。审讯一开始，就把新疆有人控告我的材料拿出要我看，说这是绝密材料，是对你的照顾，别人是不能看的。我要看时，则又说，看了你可要签字！我说，那样我就不看了。老审听了我的话，非常生气，这样，我就坐上了“飞机”，还说，人少外面有的是人。说，我向敌人承认参加了“四一二”暴动，做了损害负责同志的事。我说，连那个影子也没有。
第二天审讯时，带来了脚镣手铐。审讯我的负责者向桌子上“啪”的一甩，我想这一定是要给我戴的了。其他负责者都悠悠然。以为得计而乐在心间。忽然，老审向主审我的负责者默语了一会，没给我戴，这大概是因为戴上了，就不能坐飞机。一位负责者说，我的头脑不清醒，于是又坐上了飞机。清醒头脑的办法，我亲自实践了的有这样几种：坐飞机，是捋左右两支胳膊，两个人各捋一只，使劲往后捋。燕儿飞天，是把头发揪住向后揪，揪到面目朝天。还有一种是两腿撇开，站端，臀部向下，腰部伸直，两手向上高举。这个不知其名。打耳光，是将四肢撒开打的，用脚蹬头，用拳头打胸脯。卡脖子，抓住领口摇晃……。这样，越到后来，越不清醒，昏昏然，不知究竟是怎样一回事。
在审讯的全过程中，归纳起来，要我承认这样一些问题：我向敌人承认参加了“四一二”暴动，做了损害负责人的坏事。张子意要档案，火烧档案，出卖了支部的同志。你在高楼上住的，敌人怎能不问你和苏联领事馆的关系。你一定写了自首书，等等。
现举一下张子意要档案、火烧档案这个问题做例子， 就可以知道审问其他问题的情形了。负责者说，你们释 放后一个月来，跳上跳下，张子意到敌人档案室把你们的档案弄到手，发给每个号子的小组，张子意已经承担了全部责任，你不知道吗？我说，不知道，于是就坐上了飞机。我要求放开手，站起来说，站起来后，我说，据我所知，张子意不是做这样坏事的人，也没有那个本事。负责入说我是缓兵之计，于是又坐上飞机，坐了一阵子，又改成燕儿飞天。把头发拚命往后揪，揪至面目朝天，不承认则拚命的捋。捋得全身流汗，头上的汗流在地上，好像洒过水的样子，直至所问的，全部承认了，才作罢。捋得两只胳膊完全失去知觉，负责者将胳膊放在背上，我用力拉，好久也拉不下来。我一站起来就否认了，每次都是这样，急得一位负责者要我总结经验。
我不写材料，曾发生过哨兵不准我睡觉。
要我把所有我的“口供”，总和成万千条，把我叫到审讯室，几位负责者编好几句，要我写几句，写慢了，一位负责者在我头上敲打。写好了要签字盖章，我没有章子押了红指印。这是审讯我均一个例子。……
附带一两句：这次审讯对我的身体造成的后遗症，恐怕终生难以去掉了。
这就是20天审讯的经过，这就是20天清醒头脑的经过。
一个月左右比较和平的审讯
一日三审了一个时期，我的血压增高，疲累不堪，一位负责者还拿我打趣：你刚来时，不是嫌睡觉的时间多了吗？现在怎么样？我的马大哥，而今安在？有的负责者说我们坐飞机，给别人也坐哩，又不是给你一人坐的。此后一个多月的审讯中，也发生过动手动脚的事，如卡脖子，拿起棍子说：“老子揍死你”，也有的说：“枪毙的条件也够了”。但比之前20天，算是比较和平的审讯了。
马明方在写给周恩来总理的另外几封信中，还写了1969年、1970年、1971年、1972年的审讯经过。信中说：
1970年初，情形变到最高点，一天傍晚，把我叫去，负责者正等着，他说：“你的问题非常严重，按照你的问题只有枪杀。你在报告（系指给中央的报告——写信人注）上说几句话，我们好转弯，就说你的态度还好，这样就可以免于枪杀——对你也有好处嘛！”我说：“要说你们说去，我没有说的。”但我心里一直不安。
1970年4月间，有几位负责者审讯我时，还是要我把问题承认下来，我当时非常着急，我说，要我承认什么呢？我说了几百次我没有做叛党的坏事，你们硬说我做了，这样什么时候能说清呢？现在还是凭证据论处吧！一位负责者说：“你太天真了！”……这时上次审讯我的负责者又突然地说：“你不承认，你以为让你在那里睡觉呀？！睡不成！”
今年（1972年）6月1日审讯一开始，老审说，这里条件还不错，你可以把你的问题实事求是地写上来。我说，实事求是，我就一点也写不出来。
1972年11月9日审讯时，我说，我从1967年到此，连头连尾六年了，应该对我的问题很清楚了。……我说集中一点时间，把我的问题搞个结束。回答说：不行，我们没有时间，顾不上。我说：请释放我。回答说：不行，我们办不了，没有那个权力。我说：请中央派人来参加对我的审讯。回答说：不行，我们都是中央派来的。我说：请允许我给中央写信。回答说：那可以，信要交我们。我说：那不行，信是给中央写的，不是给你们写的。这次审讯的情形就是这样。
上面引用的信，是马明方1972年在被关押期间，背着专案人员和看守人员，在烟盒纸上、报纸边头秘密写出来的。1973年3月15日，马明方的女儿马锐去首都工农兵医院（同仁医院改名）看望父亲时，马明方悄悄从裤腰里抽出这些材料交给女儿，并嘱咐：一定要孙维世同志转交到总理手里。不料孙维世同志已遭江青惨害，离开人世，所以这些材料未能送到周恩来手里。
从上面的信中，可以看出马明方被迫害的情况和他同迫害者做斗争的情况。林彪、江青、康生一伙施尽种种毒计，用尽种种刑罚，并没有使他屈服。
马明方被打成“叛徒”、“特务”，秘密关押之后，马明方全家遭到了灭顶之灾。他的妻子马淑良被下放到辽宁盘锦“五七”干校劳动审查，他最喜爱的小女儿马小芳被逼疯了，经常袒露胸膛跑到街上大喊大叫“爸爸回来，爸爸是好人”。他的儿子、女儿、女婿被流放到农村，备受凌辱。在马明方身边工作过的工作人员也受到审查和歧视。他的大女儿马锐冒着危险，经过再三要求，“马明方专案组”终于答应她可以在1973年2月2 13去探望马明方。这一天是旧历大年三十。马锐清晨起来，冒着鹅毛大雪，来到北京西郊指定的地点，一直等到10点钟，才来了一辆吉普车，把马明方拉来。马明方下车后，马锐竟然认不出了。马明方身体弯曲，头上戴一顶旧毡帽，穿一身破旧黄色棉衣，上面露出许多棉花，上衣特别小，扣子没扣全，肋骨都露出来。脚上穿一双黄色胶鞋，没有鞋带。脸色发灰，胡子很长，两眼呆涩，两腿弯曲，不会站立，更不会走路，由两个人架着拖出车外。这和以前的马明方完全是判若两人！马明方同马锐说了几句话后，就叫把专案人员找来，他愤怒地说：“你们说我在新疆出卖同志，说有人检举我，你们有根据吗？把他找来，当面对质。你们先定案，先抓人，后调查材料，这对党对人民有什么好处？叛党的人是不敢回延安的，我马明方如果在新疆做过坏事，我情愿一步一叩头到延安请罪请死！”专案人员本来限定接见时不准谈政治，马明方就用这种方式，斥责了专案人员，诉述了他的冤案，显示出他的凛然正气和铮铮铁骨。过了好久，马明方才问起家庭情况，问起马淑良和小芳的下落。马锐能说什么呢？只有簌簌下泪！
长期的关押和折磨，严重地摧残了马明方的身体。1973年被送往首都工农兵医院，那时他已经是气息奄奄了。他患有全身性血管硬化症，四肢僵硬，每次大便蹲下就站不起来，只好爬着走。他在生死严重考验关头，坚信党的事业必定胜利，光明必定战胜黑暗。他要前来医院探望他的女儿马锐给他找一支圆珠笔芯，夹在手指缝里，背着看守人员，用颤抖的手，花一个多月时间，写了前面引用的1973年12月3日那封给周恩来总理的信。当他得知孙维世已被迫害致死后，脸色阴郁，慢慢闭上双眼，不禁潸然泪下。他患病期间还阅读《毛泽东选集》，读列宁的《谈谈辩证法淞读《史记》，他说：“我早晚能出去，还能做点工作，比如写党史，至少还可以提供材料嘛！”他一刻也没有忘记党。他对马锐说：“我是党员，就要缴党费。现在人家不承认我是党员，党费也没处去缴，而且也没有钱缴，总有一天，我要把党费缴清的。”
马明方在医院里得不到很好的治疗，病情日益恶化。他在临终前特别嘱咐子女：“你们要把我的事，报告毛主席，报告周总理，说我马明方是好人，不是叛徒。”1974年8月13日，马明方终于含冤去世了。
“新疆马明方集团案”，根据毛泽东、周恩来的指示，于1975年7月31日，由中共中央办公厅发出通知，予以平反。中央专案三办《关于新疆马明方案的平反报告》中说：“大量材料证明，1942年9月新疆军阀盛世才，为达到其投蒋反共的罪恶目的，捏造了所谓‘四一二阴谋暴动案’，诬陷我党，将我在新疆的人员全部拘禁，于1943年春关进监狱。陈潭秋、毛泽民、林基路三同志坚贞不屈，惨遭杀害。其余的我党被捕人员，除徐梦秋、潘柏南、刘西屏和黄义明等15人先后自首叛变没有回延安外，马明方等绝大多数同志，在敌人监狱里表现很好，没有自首叛变”。他们“在新疆出狱，没有履行任何反共手续，是张治中任国民党新疆省主席时受我党中央委托，无条件释放，派专人护送回延安的”。至此，八载冤案，得以平反昭雪。
1976年10月，党中央粉碎了江青反革命集团之后，马明方一案才真相大白。原来这是林彪、江青反革命集团阴谋篡党夺权的一个组成部分。受蒙蔽的群众，反戈一击，揭穿了林彪、江青、康生一伙的真面目。
中共十一届三中全会之后，中共中央于1979年12月29日为马明方举行了隆重的追悼大会，姚依林致悼词说：马明方同志是中国共产党优秀党员，是我党久经考验的坚强的无产阶级战士，是红军时期陕北革命根据地的创始人和主要领导人之一。马明方同志在陕北时，坚持以毛泽东同志为代表的党的正确路线，先后和刘志丹等同志一起，发展了陕北的农民运动，建立和巩固了陕北革命根据地。1941年，他从苏联学习回国，路经新疆被反动军阀盛世才软禁，1943年复遭逮捕入狱。这期间，他参与领导狱中党的工作，坚贞不屈地同敌人进行了英勇的斗争，表现了一个共产党员的崇高革命气节。新中国成立后，马明方同志在陕西省委和西北局工作期间，在中央部门工作期间，在东北局工作期间，都正确地执行了党的方针政策。在“文化大革命”中，马明方同志立场坚定，旗帜鲜明，坚贞不屈，顽强斗争，为保卫党的利益，战斗到生命的最后一息。在50多年的长期革命斗争中，马明方同志为中国人民的解放事业、社会主义革命和社会主义建设事业做出了重大的贡献。在“文化大革命”中被林彪、江青反革命集团强加在马明方身上的一切诬蔑不实之词统统被推倒了。历史证明：马明方同志的一生，是革命的一生，战斗的一生，他不愧是无产阶级的英勇战士。
“文化大革命”是一场历史悲剧，它给中国人民带来巨大的灾难。马明方在这场悲剧中被夺去了生命，人们在哀思之余，永远不要忘记这场悲剧的惨痛教训。