1960年10月，中共中央决定，宋任穷任中央东北局第一书记，欧阳钦任第二书记，马明方任第三书记。当时由于第二书记欧阳钦兼任中共黑龙江省委第一书记，马明方除专管财贸工作外，还协助第一书记料理东北局的全面工作。
1960年11月2日至7日，中共中央东北局在吉林省长春市召开第一次全体委员会议，讨论通过了关于东北地区形势和任务的决议及对发展农业10个问题的意见。
东北地区是我国重要的工业基地和商品粮基地。第一个五年计划期间，各方面建设事业都取得重大的成就，到1957年，各项建设均超额完成计划，经济繁荣，人民生活有了很大改善。但经过1958年至1960年的三年“大跃进”，国民经济比例关系出现了严重的失调，农业生产大幅度下降，社会购买力与可供商品值之间出现了巨大差额，城市人口猛增，市场供应异常紧张，人民生活水平显著下降，整个国民经济处于非常困难时期，东北地区面临着严重困难的局面。
1961年1月，中共八届九中全会分析形势，指出由于农业歉收和轻工业原料不足而形成的市场暂时困难是一个急需解决的问题。全会要求迅速采取措施帮助轻工业、城市手工业、家庭副业和郊区农业的发展，增加各种日用品和副食品的生产，同时改进商业工作活跃农村初级市场。全会确定了“调整、巩固、充实、提高”国民经济的八字方针。东北局坚决执行了中央的方针，在大力加强农业的同时，缩短重工业，拉长轻工业，大刀阔斧地关、停、并、转了1100多个工业企业，大刀阔斧地精简城镇人口350多万，并采取了一系列重要措施，使工农业生产迅速得到恢复和发展。到1965年，各项经济指标接近1957年的水平，国民经济走向均衡发展的轨道，为实现第三个五年计划，打下了良好的基础。马明方当时在东北局主持经济调整工作和专管财贸工作。他坚决地贯彻执行了中央的指示和东北局的决定，认真进行调查研究，从东北地区的实际情况出发，在调整国民经济、安排人民生活、安排市场、发展农副业生产、发展轻纺手工业生产等方面，做了大量工作，做出了重要贡献。
东北局成立后，在农业严重减产、人民生活极端困难的情况下，马明方始终把安排好城乡人民生活作为一项大事来抓。1960年11月在东北局第一次全体会议上，马明方就提出：“安排好农村人民生活是当前整个工作的中心问题”。他说：吃饭问题从来就是个大问题，多少年都证明：谁能在这方面搞得好一点或比较好一点，谁才能站住脚。他同东北三省同志算了一个细账：1960年全区粮食产量比1957年减少了将近50亿斤，口粮减少一半左右。全区在完成征购任务和扣除秋冬口粮后，1961年1至9月人均只有口粮120斤（黑、吉两省稍多，辽宁更少，均不包括自留地产量），部分地区还低于这个数字，有256个大队已经没有粮食，全靠返销。很明显，问题是非常严重的，安排不当就要出大问题，对争取来年生产生活好转存在着很大的威胁。他在1960年东北局第一次至第五次书记处会议上先后对生活安排问题提出许多重要的意见。他提出：安排好人民生活应作为整风整社一项重要内容，并以此作为整风整社是否搞好的重要标志之一。如果离开了广大人民群众这个最迫切的问题去整风整社，就等于没整。他提出明年能否过得去，全部问题的关键在于从1月至9月能否每人至少有120斤粮食和每天有二两干淀粉（代食品）。120斤粮食是命根子，管理好、安排好，保持劳动力的一定强度，就可能争取好成绩，否则生产肯定搞不好。劳动力是生产力，安排好生活，保护劳动力，实际上也是生产力问题。他提出必须对1至9月的农村人民生活做出具体安排，120斤粮食，要分三段安排：大体上前3个月每人每天三两粮食、六七两干淀粉，加上自有的粮食和蔬菜，可以勉强过得去；中间四个月处于青黄不接农忙季节，每人每天必须有六两粮，二两干啶粉；后两个月早熟作物和蔬菜上来了，每人每天二两粮食，再加一些代食品，能接到秋收。同时提出对耕畜饲料也要安排好，这也是保护生产力的问题。书记处同意马明方的上述意见，并根据其精神于1960年12月28日以东北局名义发出关于安排人民生活的紧急指示。指示指出：“安排好人民生活是当前全区各级党组织的一件十分重要的事情，是做好一切工作的基础，是关系到全区人民生活和明后年生产的严重任务。”要求各级党组织按照指示中提出的意见，逐社逐队逐户安排落实。
1961年2月，马明方在东北局的干部会议上的讲话中，又对城市职工生活安排提出了具体要求。他首先明确指出了生产和生活的关系，说生活搞好了，生产才能搞好，生活问题对职工的思想影响很大，生产是根本的长远的问题，生产发展了，生活自然会提高，把生活安排好，职工就能更好的生产，而生产的发展又为解决生活需要提供物质条件，归根到底，生产的目的，就是为了提高整个社会的物质生活和精神生活的水平。马明方在当时就明确地提出生产的目的这个根本问题，是很可贵的。他要求所有厂矿企业都要办好食堂，节约用粮，搞出高级代食品，尽可能自种蔬菜，解决好职工生活问题，同时要教育职工家属，把职工家庭生活搞好，以解决职工后顾之忧。
在精简城市人口下放农村时，马明方又及时提出：各级党政部门要对下乡人口的生产和生活安排好，以稳定人心，巩固成绩。否则就出现下乡人口回流城市现象，引起社会秩序的混乱，人为地增加困难。
为了解决城市人口的蔬菜问题，1962年3月，马明方主持召开了城市蔬菜工作会议。他在会议讲话中指出：城市人口的粮食是定量的，想上也上不去，现在肉少了，菜也少了（每人每月比1957年少14斤），增大了职工生活的困难。一定要千方百计地把城市蔬菜抓上去，这是城市人民生活中仅次于粮食的重要问题。会议经过认真研究讨论，形成会议纪要，提出解决城市蔬菜问题的若干重要政策和重要措施，经东北局批转各地执行。
马明方对安排城乡人民生活的工作一直是抓得很紧的，在各种会议上，在下乡检查工作中，经常讲到这个问题，每年都要根据当年粮食情况作出具体安排。1965年，东北全区粮食情况是几年最好的一年，农民的口粮水平也提高了一些。多数生产队有了一些储备粮，有些地方出现了放松安排人民生活的情况。1966年2月4日，马明方在《关于当前面上的几项工作》的讲话中指出：目前国家和群众的家底还很薄，国家每年还要进口一部分粮食，东北还吃关内调入的粮食，全党同志必须继续以极大的努力，增加粮食生产，下苦功夫做好粮食工作，狠抓生活安排，节约用粮，这是一个长期的方针，要全面抓，全年抓，上下一起抓，发动群众抓，争取少吃返销粮，不吃探头粮，保住储备粮，给第三个五年计划打下一个良好的基础。
还在1961年，东北全区就出现了社会购买力与可供商品值之间的严重差额。1962年差额达14.4亿元。许多生活必用品严重缺乏，市场供应十分紧张。1962年5月24日，马明方在东北局第三次全体（扩大）会议上，着重讲了市场问题。他说，市场问题，无非是增产和节约问题。市场的差额很大，怎样解决？根本的办法是多生产点东西，要千方百计地将轻纺工业、手工业搞上去，多生产一点生活用品和生产用具。多生产一点东西，就多一点实在的力量，这是根基。政治工作是不可少的，但基础是物质，政治要同司物质条件结合起来，才能产生力量。原材料不够怎么办？要想方设法将轻纺工业、手工业生产需要的各种原材料和边角余料收集起来，用在生产上。要坚决做好清仓核资工作，超库存的物资都拿出来，用在市场的轻纺工业、手工业生产方面。并且要将有限的材料使用得合理，要节约原材料，力争多生产一点，质量好一点。他还提出要坚决压缩社会集团购买力，压缩流动资金，切实扭转工商企业的亏损局面，减少货币投放量。
在这前后，中共中央批转了陈云和李富春的报告，指出全国处于困难的非常时期，要以坚决措施扭转局面。东北局结合东北地区情况研究了如何执行中央的指示问题，认为东北的困难比全国其他地区更为严重，东北地区市场差额和金融、财政矛盾比全国尤为突出。因此，除自身解决外，必须向中央报告，请求中央给以可能的支持。经宋任穷亲自和中央联系，派马明方、强晓初（东北局书记处候补书记兼秘书长）赴京向政治局汇报。主持汇报会的刘少奇和周恩来十分体谅东北的困难，并组织有关部门给予了有力的支持。在此期间，马明方还组织财贸委员会系统地调查研究了东北地区财政、金融、市场情况，提出争取市场和财经状况好转的四项措施，经东北局批转三省省委并上报中共中央。
周恩来对东北的困难十分关心，曾亲自到东北视察工作。东北局书记处向周恩来汇报了市场、金融、财政情况。在他的直接指导下，提出进一步压缩集团购买力2亿元，千方百计增产轻、纺、手工业产品3.2亿元，为东北渡过困难起了重要作用。
为了搞活市场，马明方除了大力抓农副产品的生产和收购，积极促进轻纺工业、手工业生产的发展，努力增加市场货源外，还主张开放农村集市贸易，在城市开放小商品市场。1962年7月，他到黑龙江省牡丹江、合江、宁安、林口、绥化、鸡西、鹤岗、佳木斯、依兰、汤原等地进行了广泛的调查。他向东北局书记处写的调查报告中提出：自由市场的发展，对集体经济起着辅助的作用，对自由市场采取硬性限制的办法是脱离群众的。据勃利县双河公社太安大队、桦川县土龙公社胜利大队第五生产队和依兰县三道岗公社永安大队第一生产队的调查，1961年社员的收入，按国家牌价计算，来自集体的收入和来自自由市场的收入各占一半；按自由市场价格计算，为六比四；如果集体收入按国家牌价、自由市场的收入按高价计算，则为四比六。农民反映，“吃饭穿衣靠集体，日常零花靠小自由。”对自由市场消极的一面，马明方主张用发展供销社自营业务的办法来限制。报告中说，供销社自营业务开展以来，农村产品的收购增加，某些商品的集市价格降低，城乡物资交流加速，所以完成国家统购派购任务以后的一二类物资和三类物资应允许供销社自营，对于活跃市场是很有好处的。
经过各方面努力，到1963年，东北地区的市场形势有了明显的好转。市场商品增多，货币回笼；平价商品销量增加，高价商品销量减少，集市贸易价格下降，计划价格基本稳定。对于加速国民经济的调整、巩固、充实、提高起了积极的作用。
马明方对东北局农委工作也很支持。他根据东北局“关于农业的发展跟不上工业发展的需要，是当前主要矛盾”的分析，用很大的精力研究农业问题，曾多次深入农村调查研究，实事求是地提出发展农业的一些重要政策意见。
关于征粮问题。为了调动农民的积极性，马明方提出：（1）把征购任务固定下来，几年不变；（2）随着粮食产量的增长，增产部分加价征购一部分，例如30％左右。
关于自留地问题。马明方历来主张自留地要及早确定，并采取保护政策，不要轻易变动抽调，以补群众口粮和饲养猪、鸡饲料的不足。他指出，在农业正处于恢复的时期，自留地以不征农业税为宜。
关于小片开荒问题。马明方肯定小片开荒对于充分发挥个人积极性，扩大耕地面积，增产粮食和发展农副业生产起了积极作用。同时也指出小片开荒的一些副作用，对小开荒提出一些切实可行的政策，如严禁破坏山林资源和水土保持，对小开荒土地三年后适当征收农业税等。关于发展畜牧业问题。黑龙江草原不少，发展畜牧既可有肉吃。又可增加皮毛收入。但当时多是集体饲养，限制个人养羊。马明方提出允许个人养羊，采取集体饲养和个人饲养相结合的方法，加速畜牧业的发展。对于商业部门收购羊皮购九留一的规定，马明方认为不利于畜牧业的发展，建议适当调整。
关于农业生产的经营责任制问题。1962年7月，马明方在黑龙江汤原县莲江口公社万胜大队调查时，对于这个大队实行包产到户的办法给予了充分的肯定。他在写给东北局书记处的调查报告中说：“这个大队是个产稻区，有两个生产队，49户（都是朝鲜族），有水田675亩，连年减产。今年春天安排生产时，450亩地也安排不下去，后来采取了包产到户的办法，按地定产、定工，超产部分60％奖给承包户、40％提交生产队。”“实行这种包产办法以后，全部土地都包下去了，逃走的社员也回来了，很多社员想尽一切办法增施肥料。现在，稻秧长得一片葱绿，预计亩产400斤，超过包产266斤的50％。我们认为，这种包产到户的办法并不是削弱集体经济，而是在生产过程中的某一个环节劳动组织方面更合理，更能充分调动社员生产的积极性，评工记分、劳动调配的矛盾也解决了。”可惜，在他的调查报告印发不久，包产到户在北戴河会议上就受到了批判。
1963年5月，毛泽东在杭州召集有部分政治局委员和大区书记参加的会议，讨论农村社会主义教育问题，制定了《关于目前农村工作中若干问题的决定（草案）》（即前十条）。《前十条》对我国形势作了“左”的估计，认为“当前中国社会中出现了严重的尖锐的阶级斗争情况”，提出要“重新组织革命的阶级队伍”，打退资本主义和封建势力的进攻。同年9月，中央政治局在北京召开工作会议，又讨论通过了《关于农村社会主义教育运动中一些具体政策的规定（草案）》（即后十条），继续强调以“阶级斗争为纲”，同时也强调了团结95％以上的干部和群众的重要性。1964年12月。中央政治局召开全国工作会议，进一步讨论农村社会主义教育运动问题。并于1965年1月14日发布了这次会议的讨论纪要，《农村社会主义教育运动中目前提出的一些问题》（即二十三条），进一步指出“我国城市和农村都存在着严重的、尖锐的阶级斗争”，要“抓住阶级斗争这个纲，抓住社会主义和资本主义两条道路斗争这个纲”，并第一次提出“这次运动的重点，是整党内那些走资本主义道路的当权派”。“四清”运动就是在这种“左”的指导思想下，在全国展开的。
马明方参加了这场运动，在有关“四清”运动的会议上，也贯彻了“阶级斗争为纲”的观点。但他在搞“四清”时，对农村干部队伍的状况作过实事求是的分析，主张采取热情的帮助的方法。
1965年11月，马明方到辽宁省营口县官屯大队蹲点搞“四清”。当时正提倡在每县每社集中大批干部组织工作队打“歼灭战”，但他在蹲点时，却只带两名干部。他说：“我们走群众路线，不走工作队路线。把社员都发动起来，都变成工作队不是更好吗？而且他们是永远不走的工作队。”进点以后，马明方一连十几天，找农村干部促膝谈心，并且深入到群众中了解群众的生产和生活情况，征求群众对农村干部的意见。在一段时间里，群众下地干活，他也跟着下地；群众起圈积肥，他也跟进畜棚；晚上群众学习，他也参加；干部回家，他就去串门。开始时干部和群众还有顾虑，认为他的官大，不敢说心里话。几天之后，干部和群众见他和善诚恳，没有一点官架子，就愿意和他说心里话了。那时他已是近60岁的人了，又患有慢性胃溃疡，县委为了照顾他的身体，指定一个炊事员给他单独做饭。他得知后，立即找公社党委书记，指示今后什么事情都不能特殊照顾。吃第二顿饭时，他就到食堂同大家一起排队买饭。他的言行举动，给大家深刻的教育，群众对他更为亲近和尊敬。他还亲自向干部讲解党的政策，讲土地革命战争、抗日战争、解放战争的故事。他讲的东西和干部群众的思想能对上号，所以人们都愿意听，并且主动找他反映情况，说出自己心里的疙瘩和思想上工作上的问题。
经过20多天深入细致的群众工作，他和同去的干部多次研究后，联名向宋任穷和东北局书记处的同志写了报告。他对农村干部队伍状况作了与当时“左”的估计完全不同的看法。报告中说：“我们到官屯公社官屯大队20多天，感到在社教运动中。如何正确地认识和正确地对待好的和比较好的干部，如何把他们的思想觉悟大大提高一步，是一个容易被忽略的、又是很重要的问题”。“干部到底存在一些什么问题，对他们的问题应该怎样认识。怎样才能把他们的问题解决得好？经过我们多次的研究，认为这些干部基本上是好的，但是也有许多错误缺点。就他们好的方面来说，各个人是不相同的。概括起来，他们大多数是劳动人民出身，基本上能够坚持社会主义方向，有一定的政策思想水平，在领导生产队、生产大队的工作上，在领导农副业生产上，以及在分配、安排社员生活上，都做了不少的工作，为群众办了许多好事”，“这是他们基本的、主要的方面”。“就他们的错误缺点来说，也是各不相同的，有的多一点，有的少一点，有的是很轻微的”。报告说，农村干部的缺点错误，主要的是作风不民主，阶级观点模糊，有的有多吃多占，有的从事一些商业活动，投机买卖，有的革命意志衰退，想当“太平党员”、“舒心社员”等。“对他们的成绩要给以足够的估计，对他们的错误缺点要给以严肃认真的批评教育，这样才能够达到提高认识、改正错误、团结起来，做好工作的目的”。这个报告。经东北局批转各地，对“四清”运动起了良好的作用。